SIMULASI DINAMIKA

MOLEKULER

OLEH :
DIYAH AYU NOVIYASARI (16307141074)
RUTH MICHELIA S (16307141075)
SALMA HUSNA S. (16307141076)
NADIYA FITRI ANISA (16307144039)
ANGGIER KUKUH F. (16307144040)
TUJUAN
Menentukan struktur paling stabil dari suatu senyawa dengan
teknik simulasi molekular dinamik (MD).
TEORI
Asumsi dasar dalam simulasi MD :
“berbagai macam interaksi antar atom dideskripsikan dalam bentuk
jumlah dari interaksi pasangan atom, maka many-body (badan-
banyak) tidak diperhitungkan kecuali pada masalah-masalah yang
sangat terbatas.”
Dinamika molekul didasarkan oleh transisi konformasi
dan vibrasi molekul.
Persamaan yang digunakan dalam dinamika molekul
untuk mensimulasi gerakan atom ialah persamaan
Newton :
𝐹𝑖 = 𝑚𝑖 𝑎𝑖
Dimana, 𝐹𝑖 = gaya
𝑚𝑖 = massa
𝑎𝑖 = percepatan
Konsep dasar dinamika molekul ialah perhitungan gaya setiap
atom.
Gaya pada atom dapat dihitung dari perubahan energi antara posisi
awal dan posisi akibat perpindahan jarak yang kecil.
Fungsi perubahan posisi atom :
𝑑𝐸
− = 𝐹𝑖
𝑑𝑟𝑖
PROSEDUR
Membuat molekul yang akan disimulasi, misalnya
trans 1,3-dietilsikloheksana.

Memilih molecular dynamics pada menu

compute.

Mengisi waktu pemanasan (heat), running dan

pendinginan (cool).

Mengatur heat time pada 0,1 ps. Temperatur

30K. Run time pada 0,5 ps.

Mengatur kondisi batas periodik.

LANJUTAN
Mengatur step size to 0,0005 ps dan periode data
collection pada 4.

Mengatur constant temperatur pada kondisi

tidak konstan.

Mengatur playback dynamics

Mengatur data rerata dari simulasi MD

Menjalankan simulasi MD (klik proceed).

LANJUTAN

Simulasi MD selesai.

Reoptimasi struktur baru.

 HASIL DAN PEMBAHASAN
Pada percobaan ini akan dilakukan simulasi dinamika molekular pada
isomer cis-trans pada sikloheksana dimana dilakukan perhitungan pada
konformasi dari masing-masing isomernya. Adupun isomer-isomer cis-
trans yang digunakan adalah sebagai berikut
Dari hasil simulasi diperoleh nilai energi berdasarkan waktu untuk
masing-masing simulasi.

E sebelum simulasi E sesudah simulasi

Senyawa
(kkal/mol) (kkal/mol)
Trans 1,3- 62,8225 10,505794
dietilsikloheksana
Cis 1,3-dietilsikloheksana 64,605 12,320408
Trans 1,4- 68,9071 14,280223
dietilsikloheksana
Cis 1,4-dietilsikloheksana 66,6708 12,248471
Trans 1,2- 68,9071 14,280223
dietilsikloheksana
Cis 1,2-dietilsikloheksana 64,4114 10,493343
Dari hasil simulasi diperoleh nilai energi sebelum
simulasi dan sesudah simulasi. Kedua data ini
menjelaskan bahwa struktur sebelum simulasi berada
pada keadaan belum stabil (nilai energi tinggi), setelah
simulasi struktur berada pada keadaan stabil (nilai
energi rendah).

Sehingga semakin rendah nilai energi maka semakin

stabil suatu konformasi senyawa.
KESIMPULAN
Dari hasil percobaan diperoleh bahwa struktur paling
stabil dari senyawa yang disimulasi adalah senyawa cis
1,2-dietilsikloheksana dengan energi sebesar
10.493343 kkal/mol.
LAMPIRAN
CIS 1,2-DIETILSIKLOHEKSANA
CIS 1,3-DIETILSIKLOHEKSANA
CIS 1,4-DIETILSIKOHEKSANA
TRANS 1,2-DIETILSIKLOHEKSANA
TRANS 1,3-DIETILSIKLOHEKSANA
TRANS 1,4-DIETILSIKLOHEKSANA
TERIMA KASIH
Tata (009) :