1.

Apa yg dimaksud dengan descriptor

 Descriptor adalah parameter yang mewakili sifat fisika kimia suatu senyawa

2. Macam2 desdriptor dalam HKSA

 Parameter hidrofobik
 Elektronik
 Sterik

3. Contoh masing-masing descriptor?

 hidrofobik
 lipofilisitas (LogP),
 kelarutan (LogS),
 luaspermukaan hidrofobik (ASA_H),
 Polaritas atom total (Apol),
 sterik
 globularitas (glob),
 volume van der Waals (Vol),
 refraktivitas molar (Mr)
 Elektronik
 energi total (AM1_E),
 energi elektronik (AM1_Eele),
 momen dipol (AM1_dipole),
 panas pembentukan (AM1_HF),
 orbital molekul tertinggi yang terisi elektron
 highestoccupied molecular orbital (AM1_HOMO),
 orbital molekul terendah yang tidak terisi elektron,
 lowest unoccupied molecular orbital (AM1_LUMO),

4. Syarat senyawa yg dipelajari dalam studi HKSA?

 1 seri senyawa yang mempunyai aktivitas yang diketahui secara in vitro atau
struktur molekul kecilyg sudah terbukti aktif.

5. Beda analisa regresi linear dan multilinear dalam HKSA?

 Analisis regresi linear tunggal hanya terdapat sebuah variabel bebas, Y =
a+bx. Sedangkan analisis multiliniear adalah hubungan linear antara variabel-
variabel bebas dengan variabel tertentu Y= a + b+ b0 +b1 x1 +b2 x2
6. Metode HKSA : semi empiris (hanya memperhitungkan elektron kulit terluar) & ab
initio (memperhitungkan semua elektron)

7. Syarat descriptor dipilih untuk menyusun persamaan HKSA

 kriteria statistik yang harus dipenuhi adalah nilai R > 0,8; nilai R2 ≥ 0.8; F
hitung / Ftabel > 1 dan q2 ≥ 0.5
8. Bila diperoleh beberapa persamaan HKSA, pertimbangan memilih persamaan terbaik
berdasarkan apa?
  nilai press semakin kecil semakin bagus
 nilai press = nilai EKS – nilai PRED
 nilai q2 mendekati 1 atau nilai q2 ≥ 0,5

9. contoh metode untuk validasi model statistik persamaan HKSA?

 Cara pengujian teknik validasi silang yaitu dengan menerapkan Leave One
Out (LOO) menggunakan kriteria q2. Dengan teknik LOO, setiap senyawa
yang digunakan dihilangkan data aktivitas eksperimennya
dalam analisis regresi multilinear

10. Harga press ( maksud dan cara menghitungnya)

 Harga press : menunjukkan ukuran seberapa dekat aktivitas inhibisi model
persamaan metode HKSA terhadap aktivitas inhibisi senyawa sebenarnya
yang telah ada di alam.
 nilai press = nilai EKS – nilai PRED
 nilai press semakin kecil semakin bagus

11. bagaimana memanfaatkan persamaan HKSA terpilih untuk mendesain senyawa baru
 memasukkan nilai descriptor dari senyawa baru pada persamaan HKSA yg
terpilih sehingga didapat aktivitas senyawa yang paling baik.

12. Contoh2 software untuk analisis docking molekuler

 soft ware Molecular Operating Environtment (MOE)
 ChemDraw versi 8
 Hyperchem versi 7,
 PDB viewer,
 ArgusLab,
 Autodock 4
 MarvinBean Suite,
 PyMOL,
 PLIP
 Chimera
 Molegro Molecular Viewer (MMV)
 ToxTree versi 2.1.0.

13. Validasi metode docking (cara & persyaratan)
 Cara : dengan menghitung RMSD (root mean square deviation)
 Syarat : rata2 jarak posisi 1 atom (C1 senyawa asli dengan ordinat hasil
docking memiliki amstrom, jika berhasil RMSD kecil mendekati 0 semakin
bagus)
 Semakin kecil nilai RMSD maka semakin baik metode yang dilakukan

14. Parameter penilaian hasil docking

  Energi AG banding : semakin kecil atau rendah interaksi lebih baik
 Ikatan : ikatan hidrogen adalah ikatan yg paling mudah divisualisasi, jika asam
amino sama dengan inhibitor makan interaksi semakin baik

15. Cara preparasi ligan?

 Perancangan struktur ligan dilakukan pada software ACDLabs dengan format
MDL molfile. Struktur ligan yang sudah dalam bentuk 3D diubah menjadi
bentuk .pdb menggunakan software Vegazz.
 Sembarang senyawa digambar dan dipreparasi menggunakan sofware
sehingga diperoleh struktur kimia 3D masing-masing senyawa.

16. Cara preparasi protein

 Struktur protein diunduh pada situs www.rcsb.org/pdb, dipilih α-glukosidase
yang berasal dari Homosapiens. Setelah didapatkan reseptorα-glukosidase
maka reseptordibersihkan dari komponen lain dengan menggunakan software
Discovery Studio
 Menyiapkan struktur protein > dihilangkan molekul airnya dengan
menggunakan software

17. Gridbox?
 Merupakan tempat dimana ligan akan berinteraksi pada target reseptor (enzim)
dan digambarkan dalam bentuk kubus
 Gridbox adalah ruangan dimana kita melakukan docking molekuler (X,Y,Z)
tempat target senyawa