KELAS A

Kelompok 2
a. Berapa nilai afinitas ketiga ligan tersebut dan apa yang mempengaruhi nilai
afinitas? (Azmi Akbar Ar Rahmad)
b. Jelaskan modifikasi dari ketiga ligan tersebut yang ada pada tabel? (Aldi
Apdillah Setiawan)
Jawaban :
a. Nilai afinitas ketiga ligan yaitu
 Ligan 1 (-7,1 Kkal/mol)
 Ligan 2 (-7,1 Kkal/mol)
 Ligan 3 (-7,3 Kkal/mol)
b. Modifikasi dari ketiga ligan tersebut yaitu memodifikasi jumlah H donor dan H
reseptor, dimana jumlah H donor tidak lebih dari 5 dan H reseptor tidak lebih
dari 10. Dari jurnal kami Ligan 1 (H donor 1 dan H aseptor 3), Ligan 2 (H donor
0 dan H aseptor 2) dan Ligan 3 (H donor 1 dan H aseptor 2)

Kelompok 3
a. Pada senyawa ini apa protein target nya? dan ditujukkan untuk aktivitas apa ?
b. Kesimpulan dari hasil skor docking
Jawaban :
a. Protein tujuannya adalah reseptor COX-2 dengan kode 3LN1. Ditunjukkan untuk
meningkatkan aktivitas analgesic yang optimal dan toksisitas yang minimal.
b. Berdasarkan hasil dari skor doking dimana nilai skor docking pada senyawa 1
dan senyawa 2 lebih rendah dari pada nilai skor docking paracetamol artinya
ikatan obat-reseptor kedua senyawa turunan lebih stabil dibandingkan
paracetamol sehingga dapat ditarik kesimpulan kedua senyawa turunan tersebut
layak disintesis dan diprediksi mempunyai aktivitas yang lebih tinggi dibanding
paracetamol.

Kelompok 4
a. Jelaskan apa perbedaan dari ikatan hydrogen dan ikatan sterik dan apa makna dari
hasil kedua ikatan tersebut?
Jawaban:
a. Ikatan hydrogen adalah ikatan yang menjelaskan ikatan sifat fisikokimia ligan
untuk menentukan karakter hidrofobik atau hidrofilik untuk melalui membrane sel
oleh difusi pasif. Sedangkan ikatan sterik adalah ikatan yang mengatur spasial
atom atau gugus pada daerah lokasi reaksi. Hasil dari kedua ikatan tersebut yaitu,
senyawa baru yang ditemukan dikatakan lebih stabil karena didukung dengan
banyaknya asam amino yang terikat pada bagian ikatan hydrogen maupun ikatan
steriknya dibandingkan dengan senyawa induk dan senyawa pembandingnya

Kelompok 5
a. Dari keempat obat adakah dijadikan modifikasi struktur untuk pengobatan covid
tersebut? (Aldi Apdillah Setiawan)
b. Bisa dijelaskan apa perbedaan dari molekular docking dan molekular dynamic?
(Wardah Izzatul Awwaliyah)

Jawaban :
a. Untuk modifikasi struktur terjadi pada Remdesivir, lopinavir , ritonavir dan
faviviravir lebih mengkikat ikatan hydrogen dan sisanya membentuk ikatan
hidrofobik asam amino. Dan telah dinyatakan sudah terbentuk stabil antara ligan
dengan reseptor. Dan hasil interaksi dari ke-4 obat tersebut berikatan kuat dan
stabil dan dapat berpotensi untuk pengobatan Anti SARS-CoV-2.
b. Molekular docking merupakan salah satu metode yang dapat memprediksi
interaksi antar molekul, dapat berupa protein termasuk enzim, DNA, karbohidrat,
lemak terhadap substrat, tetapi lebih banyak yang mengeksplorasi terhadap enzim.
Sedangkan Dinamika molekuler (MD) adalah metode simulasi komputer untuk
menganalisis gerakan fisik atom dan molekul . Atom dan molekul dibiarkan
berinteraksi selama periode waktu tertentu, memberikan pandangan tentang
"evolusi" dinamis system. Dan untuk molekular docking menggunakan perangkat
lunak AtodockTools 1.5.6 dan untuk molekuler dynamic menggunakan software
MOE versi 2009. Untuk melakukan penelitian uji lebih dahulu gunakan
molecular docking baru molekuler dynamic.

Kelompok 6
a. Modifikasi struktur pada senyawa Isoniazid (INH) dilakukan dengan penambahan
struktur atau apa yang diganti pada struktur Isoniazid (INH), dan ligan yang
paling stabil itu pada struktur yang mana? (Sanas Araska Nainggolan)
b. Kenapa dilakukan 3x sintesis pada senyawa Isoniazid (INH)? (Nadhia Khairany)

Jawaban :
a. Modifikasi Struktur pada senyawa Isoniazid (INH) dijelaskan pada gambar
dibawah ini :
Senyawa 1

Untuk lebih jelas nya sebagai berikut :

Reaksi metil salisilat dengam hidrazin dilakukan dengan menerapkan iradiasi
gelombang mikro. prosedur ini akan menghasilkan senyawa 1 melalui adisi
nukleofilik hidrazin (-NH2) kegugus karbonil elektrofilik dari gugus ester (metil
salisilat).

Reaksi senyawa 1 dengan beberapa turunan benzoil klorida (4-metoksi benzoil

klorida; 4-kloro benzoil klorida; 2,4-dikloro benzoil klorida; 3,4-dikloro benzoil
klorida) dalam kondisi bebas air telah berhasil menghasilkan beberapa turunan
benzohidrazida (senyawa 2a-e). Mekanisme reaksi ini adalah penambahan
senyawa nukleofilik (-NH2) (1) pada gugus karbonil elektrofilik dari gugus asil
karbonil melalui mekanisme SNasil.
 Dan untuk senyawa dengan ligan yang paling stabil adalah senyawa modifikasi
2a; 2c; 2e diperkirakan membentuk interaksi ikatan hidrogen dengan Ile 194 dan
beberapa interaksi sterik. Ikatan hidrogen pada residu Ile 194 diduga merupakan
salah satu interaksi yang paling penting bagi suatu ligan untuk menghambat
aktivitas InhA.

b. Sebenarnya hanya ada 2x sintesis, Sintesis pertama untuk membuat turunan N'-
benzoylsalicylhydrazide. Kemudian, sintesis kedua menggunakan hasil sintesis
pertama tadi (N'-benzoylsalicylhydrazide) untuk membuat modifikasinya
sehingga menghasilkan senyawa 2a-e. Senyawa 2a-e inilah yang dikembangkan
ditemukan mirip dengan isoniazid yang diduga memiliki aktivitas antituberkuosis
dengan cara menghambat enzim InhA berdasarkan sintsesis dengan
menggunakan molecular docking yang telah dilakukan.

KELAS B

KELOMPOK 1
1. Apa hubungan log P dengan toksisitas senyawa tersebut ( Bapak Hafiz)
jawab : nilai log P yang lebih besar dari S akan menyrbabkan senyawa obat akan
cenderunhg memiliki tingkat toksisitas lebih lama pada lipid bilayer dan terdistribusi lebih
luas didalam tubuh sehingga selektifitas ikatan terhadap enzim kargen menjadi berkurang.
Nilai log P yang terlalu negatif jug tidak baik karena jika molekul tersebut tidak dapat
melewati membran lipid bilayer

2. Semakin kecil aktivitas maka semakin baik hasil nya (Bapak Hafiz)
jawab : Nilai koefisen partisi yang terlalu kecil akan menyebabkan molekul obat sangat larut
dalam air(darah) sehingga tidak akan mampu menembus sawar (barrier) lipid untuk mengapai
organ lipid seperti otak dan jaringan saraf lain. Nilai press yang baik menunjukan bahwa
persamaan tersebut semakin baik, karna memiliki tingkat kesalahan yang kecil dalam
menghitung nilai aktivitas biologis. Berdasarkan hasil kalkulasi nilai ld50 18 senyawa baru
 mengunakan persamaan HKSA diperoleh 5 senyawa memiliki aktivitas biologis yang lebih
baik dari senyawa penuntunnya (penuntun A dan B) yakni senyawa A1,A4,B1,B4 dan B9
aktivitas biologis yang lebih baik penentunya. Dipengaruhi oleh sifat fisikokimia (deskriptor)
yang berkontribusi signifikan. Nilai deskriptor kimia senyawa Usulan terbaik ini senyawa
penuntun yang digunakan adalah 2 senyawa yang memiliki nilai lc50 terkecil (aktivitas
antiamuba terbaik) yakni senyawa 15 (lc50:0,7) dan senyawa 21 (lc50:0,6) struktur molekul
kedua penuntun.

KELOMPOK 2
1. Nilai mana yang menunjukkan mekanisme kerja dari atorvaststintin dan senyawa turunan
Dari hasil penelitian pada jurnal ini nilai/hasil ligan 1 lah yang tidak jauh berbeda dengan
atorvastatin dengan nilai afinitas -8,8 Ligan 1 mengalami proses subtitusi gugus fenilkarbamoil
dengan metil. Sedangkan Ligan 2 dan ligan 3 merupakan kandidat terbaik yang dapat
digunakan untuk berkontribusi sebagai antihiperlipidemia. yaitu dengan nilai afinitas yang
sama -8,9. Ligan 2 mengalami proses subtitusi gugus fenilkarbamoil dengan metil sulfonil
serta subtitusi gugus isopropil dengan metil. Sedangkan Ligan 3 mengalami subtitusi gugus 3,5
dihidroksiheptanoat menjadi bentuk siklik.
2. Kenapa adanya persamaan residu asam amino menunjukkan kemungkinan aktifitas yang sama
Salah satu residu asam amino yang hanya ada pada atorvastatin. hasil docking ketiga hasil
modifikasi senyawa atorvastatin memiliki residu asam amino Ser565 yang berarti hasil
docking dikatakan telah sesuai.
KELOMPOK 3
PERTANYAAN :
Putri maulida,
1. Mohon jelaskan kembali Bagaimana, modifikasi senyawa pendekatan toplis
Bapa Hafiz
2.Knp struktur dgn substituen CHCL2 berpotensi toksik
Jelaskan dengan hasil yg d dapat.
JAWABAN :
 Modifikasi senyawa pendekatan toplis memasukkan gugus gugus sifat lipofilik elektronik
dan sterik.

 Hasil Prediksi Toksisitas

Uji toksisitas dilakukan dengan menggunakan aplikasi Toxtree terhadap semua senyawa
turunan kuwanon-H yang memiliki energi lebih rendah dari native ligan dan hasil uji
toksisitasnya dapat dilihat pada Tabel 4 Untuk senyawa dengan substitusen CHCl2
menunjukkan positif terhadap genotoksik karsinogenik. Selain itu, menurut parameter
Kroes TTC decision tree, semua senyawa turunan kuwanon-H kecuali senyawa dengan
substituen CHCl2 termasuk kategori 1 yaitu senyawa diduga tidak aman dan memiliki
resiko bagi kesehatan.

Ket tabel 4
CHCL2
*3 high class
* 1,9 benegni/bosa Rulebase
( 1 ( Peringatan struktural untuk karsinogenisitas genotoksik )

( 9 Negatif untuk karsinogenisitas nongenotoksik)

 *2 TTC
2( Risiko diabaikan ( probabilitas rendah dari risiko kanker seumur hidup lebih besar dari 1
dalam 10 ) )

KELOMPOK 4
1. Apa itu native ligan,dan apa native ligan masing-masing pada penelitian ini? (Penanya:
Bapak Hafiz)
Jawab:
Native ligan (ligan asli) adalah Ligan adalah molekul sederhana yang bertindak sebagai
penyusun elektron pada senyawa kompleks. Ligan memberikan pasangan elektronnya
pada atom pusat yang memiliki orbital kosong. Interaksi antara ligan dan atom pusat
menghasilkan ikatan koordinasi. Adapun native ligan masing-masing senyawa pada
penelitian ini yaitu untuk reseptor pfDHODH: JZ8, Kinesin Eg5 :S-monastrol, XOD :
Oxipurinol

2. Apa hasil analisis jika energi yang dihasilkan dati turunan MDP lebih kecil dari native
ligan? (Penanya: Bapak Hafiz)
Jawab:
Hasil yang didapat dari proses docking berupa nilai binding energy dan konstanta inhibisi
yang dipengaruhi karena terbentuknya ikatan hidrogen. Ikatan hidrogen yang semakin
banyak akan menaikkan kestabilan dari suatu kompleks, sehingga nilai binding energy
semakin rendah dan kompleks yang terbentuk semakin stabil serta konstanta inhibisinya
juga semakin rendah. Jadi jika nilai energi hasil turunan MDP nilainya lebih kecil dari
native ligan maka senyawa yang terbentuk juga akan stabil.

KELOMPOK 5
1. Noor hayati :
a. Metode apa yang digunakan dalam aplikasi?

2. Listya Nor Hidayati:

a. Jelaskan ER-a
b. 4-Hidroksimoksifen memiliki rantai Yang mengarah keluar dari kantung akhir
ER-a. mengapa mengarah keluar?
c. Kuinin seluruh bagiannya terdapat pada kantung aktif, bisa dijelaskan kenapa
bisa berada pada kantung aktif? Apakah interaksinya akan lemah atau seperti
apa?

Jawab:
 1. Jawaban dari pertanyaan Noor Hayati :
a. Metode yang di gunakan untuk kolidasi Proses docking adalah redoching
dengan Pose Selection mengonakan Struktur ligan Co-crystal yaitu 4-hidroksi
tamak sifen Sebagai pembanding redocking kemudian di lakukan terhadap 4-
hidroksi moksifen Pada reseptor ER-a.

2. Jawaban dari pertanyaan Listya Nor Hidayati :

a. ER-a adalah Esterogen -a, Salah satu biomater utama, Selain human epidermal
grouth Factor reseptor 2 (HER 2) yang memisahkan Subkelompok biologis
berbeda antara Sel kanker dengan sel normal.
b. Karena untuk dapat berinteraksi dengan air permukaan pada ER-α, yang mana
akan memperkuat interaksi antara 4- hidroksitamoksifen dengan ER-α.
c. Karena 4-hidroksitamoksifen memiliki rantai yang keluar dari kantung aktif
sementara kuinin seluruh bagiannya terdapat pada kantung aktif. Docking
molecular terhadap ER-a menunjkkan bahwa kuinin memberikan energi bebas
ikatan paling negatif dan konstanta inhibisi paling kecil sehinga diprediksi
memiliki afinitas paling tinggi. Namun, walaupun sama-sama dapat
berinteraksi dengan ER-a, 4-hidroksitamoksifen memiliki afinitas yang lebih
tinggi dibandingkan kuinin. Tetapi kuinin juga memberikan ΔG paling
negative dan ki paling kecil, hal tersebut meunjukan bahwa kuinin memiliki
afinitas paling tinggi jika dibanndingkan turunan kuinolon

KELOMPOK 6
6B-Retno Anggun Wulandari
1. Mengapa VEGFR2 menjadi penentu target reseptor?
Jawab :
Vascular endothelial growth factor receptor (VEGFR) tyrosine kinases adalah target obat
yang telah divalidasi secara klinis untuk terapi kanker. VEGF/VEGFR2 dianggap sebagai
jalur proangiogenik paling penting untuk meningkatkan semua tahap angiogenesis termasuk
permeabilitas vaskular, kelangsungan hidup sel endotelial, proliferasi, migrasi atau invasi ke
jaringan sekitar, dan pembentukan tabung kapiler. Perkembangan kanker sering dikaitkan
dengan ekspresi VEGF, dan jalur sinyal VEGF/VEGFR2 pada umumnya dianggap sebagai
mediator utama tumor angiogenesis, sehingga VEGF/VEGFR2 merupakan sistem target
untuk intervensi terapeutik pada kanker.
6B-Devi Titiya
2. Apa itu nilai RS, apa itu VEGFR2, senyawa yang disentesis kenapa tidak menimbulkan
efek hepatotoksik, dan bila senyawa yang menimbulkan efek hepatoksik bila disentesis
kenapa ?
Jawab :
➡Nilai RS: Nilai RS adalah nilai energi ikatan atau Rerank
Sqcore (RS) pada uji in silico. Hasil docking berupa energi ikatan digambarkan dengan
nilai Rerank Score (RS). Senyawa dengan nilai RS kecil berarti mempunyai ikatan ligan-
reseptor yang stabil dan diprediksi mempunyai aktivitas yang besar. Di penelitian ini
senyawa paling kecil yang paling baik adalah N-(4-propoksibenzoil)-N’-feniltiourea (nilai
RS = -106,332) dan N-(3,5-di-
trifluorometilbenzoil)-N’-feniltiourea (RS = -106,231), tetapi kedua senyawa terjadi
hepatoksik, sehingga senyawa N-(3,4-dimetilbenzoil)-N’-feniltiourea dengan RS nilai RS
= -105,792 yang di pilih paling baik.
 ➡VEGR2
VEGFR atau Vascular endothelial growth factor receptor (VEGFR) adalah target obat
yang telah divalidasi secara klinis untuk terapi kanker. VEGF/VEGFR2 dianggap sebagai
jalur proangiogenik paling penting untuk meningkatkan semua tahap angiogenesis
termasuk permeabilitas vaskular, kelangsungan hidup sel endotelial, proliferasi, migrasi
atau invasi ke jaringan sekitar, dan pembentukan tabung kapiler. Perkembangan kanker
sering dikaitkan
dengan ekspresi VEGF, dan jalur sinyal VEGF/VEGFR2 pada umumnya dianggap sebagai
mediator utama tumor angiogenesis, sehingga VEGF/VEGFR2 merupakan sistem target
untuk intervensi terapeutik pada kanker.

➡Toksisitas dari senyawa-senyawa

turunan N-(benzoil)-N’-feniltiourea dilakukan dengan menggunakan pkCSM online tool.
Untuk memprediksi toksisitas (LD50) per oral pada rodent
dan klasifikasi toksisitas senyawa berdasarkan Globally Harmonized System (GHS)
digunakan
Protox online tool.
Kemudian dari uji _Ames toxicity_ metode ini digunakan untuk menilai efek mutagenik
menggunakan bakteri serta untuk menilai sensitisasi pada kulit. Pada toksisitas peroral
(LD50) menggunakan _protox online tool_ dapat dilihat bahwa semua turunan N-
(benzoil)-N’-feniltiourea diprediksi mempunyai nilai LD50 pada rodent berkisar antara
2850
sampai 2885 mg/kg, dan termasuk kelas toksisitas 5 GHS yang berarti senyawa
mempunyai
efek toksisitas akut yang rendah.
Jadi dari hasil penelitian secara in silico diprediksi bahwa senyawa nomor 5 tidak
menimbulkan efek hepatotoksik maupun efek toksik lainnya.

➡ Pada penelitian ini kita ingin mengetahui suatu rancangan atau penemuan obat baru.
Keamanan dari suatu senyawa yang masuk di dalam tubuh akan ditunjukkan dengan
LD50, skin sensitization, Ames toxicity dan
Hepatotoxicity secara in silico.
Dan apabila kita ingin merancang suatu obat baru tetapi kita sudah tahu bahwa suatu
senyawa tersebut dapat menimbulkan efek yang merugikan bagi manusia/efek toksik
artinya ini tidak sesuai dengan ketentuan yang berlaku, sebelum disetujui beredar di
Indonesia, obat harus melalui penilaian khasiat, keamanan dan mutu, sehingga obat yang
beredar harus memenuhi 3 kriteria tersebut.
Apabila obat tersebut menimbulkan efek hepatotoksik artinya obat tersebut tidak aman.

KELAS C

KELOMPOK 1
Pertanyaan
1. (Bapak Hafizh) Hubungan afinitas dengan atorvastatin?
2. (Bapak Hafizh) Ligan dapat dari mana?
3. (Melza) Ligan yang paling baik?
 Jawaban
1. Semakin rendah nilai senyawa afinitas nya maka semakin efektif dan lebih baik mengatasi
hiperlipidemia.
2. senyawa atorvastatin dimodifikasi melalui proses subtitusi gugus fenilkarbamoil dengan metil
(ligan1), subtitusi gugus fenilkarbamoil dengan metil sulfonil (ligan2) dan subtitusi
dihidroksiheptanoat menjadi rantai siklik (ligan3).
3. Dari scor nilai akhir waktu di uji di autodoc nilainya lebih rendah dari kontrol positif yg
terbaik ligan, 2&3 yang terbaik karna memiliki scor yang sama.
 “NOTULENSI PRESENTASI KIMIA MEDISINAL”

Judul Jurnal : Studi Potensi Pirazolin Tersubstitusi 1-N Dari Tiosemikarbazon

Sebagai Agen Antiamuba Melalui Uji In Silico
Kelompok / Kelas : II / VIC
Nama Anggota :
1. Annisa Noor Fedya SF19012
2. Khairunnisa Johanna SF19046
3. Noor Hikmah SF19079
4. Annisa Aulia Rizkika SF19118
5. Niken Ramadhani Putri SF19154
6. Dwi Novita Sari SF21274

 Pertanyaan 1
Pada jurnal ini apa senyawa dengan nilai IC50 yang terbaik?
 Jawaban:
Pada jurnal ini senyawa penuntun yang akan digunakan yaitu ada 2, dimana 2
senyawa ini yang memiliki nilai IC50 terkecil (aktivitas Antiamuba terbaik), yakni senyawa
15 (IC50 = 0,7) dan senyawa 21 (IC50 = 0,6).
 Pertanyaan 2
Dari semua senyawa dilihat dari hasil docking pada bagian mana yang menunjukkan score
senyawa docking? Dan Simpulkan yang mana seri senyawa yang memiliki potensi
antiamuba yang terbaik!
 Jawaban:
Hasil penambatan dari perangkat lunak AutoDock Tools 4.2.6 dan AutoDock Vina
adalah energi afinitas ligan-reseptor dan nilai Root Mean Square Deviation (RMSD).
Energi Afinitas menunjukkan kekuatan ikatan ligan-reseptor, semakin besar afinitas maka
ikatan ligan-reseptor semakin stabil. RMSD merupakan suatu nilai yang menunjukkan
tingkat penyimpangan relatif apabila suatu ligan ditambatkan ke sisi aktif makromolekul.
Luaran AutoDock Vina memberikan 2 nilai RMSD, yakni batas atas RMSD (RMSD u.b)
dan batas bawah RMSD (RMSD l.b). Konfigurasi ikatan ligan-reseptor terbaik adalah
yang memiliki nilai afinitas terbesar dan nilai RMSD terkecil.
Dari hasil penambatan menunjukkan bahwa semua senyawa baru mampu
melakukan interaksi spesifik pada sisi pengikatan reseptor EHOASS dengan baik. Hal ini
ditunjukkan oleh nilai afinitas ikatan yang lebih baik dibandingkan senyawa penuntun.
Gambar Energi Afinitas Keterangan
-6,2 kkal/mol Dibutuhkan energi
sebesar -6,2
kkal/mol untuk
memutuskan ikatan
ligan A1 dengan
reseptor EHOASS.

-6,7 kkal/mol Dibutuhkan energi

sebesar -6,7
kkal/mol untuk
memutuskan ikatan
ligan A4 dengan
reseptor EHOASS
(sisi pengikatan).
-6,3 kkal/mol Dibutuhkan energi
sebesar -6,3
kkal/mol untuk
memutuskan ikatan
ligan B1 dengan
reseptor EHOASS
(sisi pengikatan).

-6,8 kkal/mol Dibutuhkan energi

sebesar -6,8
kkal/mol untuk
memutuskan ikatan
ligan B4 dengan
reseptor EHOASS
(sisi pengikatan).

-6,6 kkal/mol Dibutuhkan energi

sebesar -6,8
kkal/mol untuk
memutuskan ikatan
ligan B9 dengan
reseptor EHOASS
(sisi pengikatan).

-6,3 kkal/mol Interaksi antara

senyawa penuntun
A dengan sisi
pengikatan reseptor
EHOASS yaitu
dengan energi
afinitas -6,3
kkal/mol.
 -6,2 kkal/mol Interaksi antara
senyawa penuntun B
terjadi pada residu
dengan energi
afinitas -6,3
kkal/mol.

Berdasarkan energi afinitasnya seri senyawa yang memiliki potensi antiamuba yang
terbaik yaitu seri senyawa usulan A1 dan seri senyawa penuntun B karena energi afinitasnya yaitu
6,2 kkal/mol. Dimana semakin besar energi afinitas maka ikatan ligan-reseptor semakin stabil,
namun dari 7 senyawa tersebut (senyawa usulan dan senyawa penuntun) diatas merupakan
senyawa yang memiliki antiamuba terbaik.
Kelompok 3
 Dheo fikri noor ramadhan SF19021
 Muhammad iqbal devaldi SF19050
 Nur humaira marwati SF19083
 Ariyanti indryan noor SF19122
 Nur aulia washihta SF19158
 Kelara SF21275

1. bagaimana mekanisme senyawa fe ft losianina pada uji aktivitas in sclico tersebut

Jawab :
Pada senyawa ft ftalosianina dilakukan metode in silico dengan 4 tahapan

 Preparasi Makromolekul Protein dimana ft ftalosianina dihilangkan terlebih

dahulu molekul air dan lognan alamai nya kemudian dilanjutkan dengan
menambahkan atom hidrogen pola
 Preparasi molekul senyawa uji dimana ft ftalosianina yg telah dipisahkan dari
kedua makromolekul protein HasAp, kemudian dipreparasi dengan
penambahan atom hidrogen dan menghitung muatan parsial Gasteiger
menggunakan perangkat lunak MGLTools 1.5.6 yang dilengkapi dengan
AutoDock 4.2
 Studi ligan-protein docking dilakukan dgn perangkat lunak dengan tujuan
untuk mengamati dan mengidentifikasi afinitas dan interaksi molekuler yang
terjadi antara makromolekul protein HasAp dengan molekul Fe-ftalosianina.
Pada studi ligan-protein docking ini didapatkan nilai energi bebas Fe-
ftalosianina sebesar -68,45 untuk HasAp dan -69,16 untuk HasR
  Studi protein-protein docking dilakukan untuk mengamati dan
mengidentifikasi afinitas dan interaksi molekuler yang terbentuk antara
kompleks ligan-HasAp dengan makromolekul protein HasR. Pada studi
protein-protein docking menunjukkan bahwa kompleks Fe-ftalosianina (Fe-Pc)
dan HasAp memiliki nilai ACE positif yaitu 556,56 kJ/mol . Fenomena
tersebut membuktikan bahwa senyawa Fe-ftalosianina (Fe-Pc) mampu
menghambat terjadinya ikatan terhadap makromolekul reseptor HasR sehingga
sinyal tidak dapat diteruskan

2. Kenapa semakin bnyk ikatan yg terbentuk menghasilkan hasil yg lebih baik

Jawab :
Karena ikatan yang terbentuk dapat meningkatkan afinitas dari senyawa
ftalosianina sehingga berpengaruh pada kemampuan protein HasAP dalam
berinteraksi dengan protein HasR yang berperan dalam mengatur sinyal sel bakteri
p.aeruginosa
Resume pertanyaan serta jawaban kelompok 4

1. Apakah gambar struktur yang ada di ppt sudah merupakan struktur yang di gabung atau
struktur yang sudah di modifikasi?
Jawab: struktur yang di ppt merupakan senyawa penuntun yang artinya belum di modifikasi.

2. Apa hubungan antara nilai lc50 dengan energi elektronegatifitas?

Jawab:
Semakin kecil angka lc50 maka semakin bagus, dengan nilai lc50 yang bagus maka akan
meningkatkan energi elektronegatifitas nya.

3. Ada berapa senyawa yang di docking pada jurnal tsb:

Jawab:
Ada 5 yaitu
- Molekul Br, NO2, NH (molekul calon modifikasi)
- Senyawa penuntun (C14: 6-bromo-4-(4-
((4-fluorophenoxy)methyl)-1H-1,2,3-triazol-1-
yl)-2H-chromen-2-one)
- Senyawa pembanding (Doxorubixin)
 “NOTULENSI PRESENTASI KIMIA MEDISINAL”

Judul Jurnal : Molekul Docking In Silico dan Studi Simulasi Protein HBx Terlibat
dalam Patogenesis Virus Hepatitis B-HBV
Kelompok / Kelas : V / VIC
Nama Anggota :
1. Fitri SF19029
2. Salsa billa SF19096
3. Muhammad Aldi Rahman SF19142
4. M Arkan Helmadani SF19058
5. Rosya Rizky Maulidya SF19170

 Pertanyaan 1
Pada jurnal ini ada menyatakan bahwa Docking adalah metode in silico, apa yang dimaksud dengan in
silico itu sendiri?
 Jawaban:
In silico adalah metode penelitian yang memanfaatkan teknologi komputasi dan database untuk
penelitian pengembangan obat. Pada bidang farmasi, in silico adalah teknologi komputasi yang
berguna pada modifikasi obat, protein, dan lain-lain.
 Pertanyaan 2
Bagaimana cara kerja alat schrodinger untuk menganalisis parameter lintasan md termasuk
penyimpangan rmsd dllnya ?
 Jawaban:
Simulasi dinamika molekul dilakukan dengan menggunakan Schrödinger. Alat komputasi yang kuat
ini dapat memprediksi sifat material, merancang obat dan memodelkan biomolekul, dan banyak lagi.
Simulasi MD dilakukan setelah docking untuk mengoptimalkan struktur akhir, menganalisis stabilitas
kompleks yang berbeda, dan memperhitungkan efek pelarut sebagai filter akhir in silico untuk
memandu sintesis kimia untuk optimasi hit. Ini memungkinkan pemahaman tentang struktur dan
dinamika menganalisis perilaku yang bergantung pada waktu dari sistem molekuler memungkinkan
pelacakan gerakan atom individu pada skala ini.
KELOMPOK 6 (VI C)
Haiti Rahmah
Muhammad Rahman Hadi
Suntia Rasestia Anggraini
Muhammad Rizha Hariesi
Siti Jamilah

NOTULENSI
Pertanyaan
1. Pada software ecosar apa aja yang diperlukan atau bagaimana tahapannya ? (Penanya
: Fitri)
2. Apa hubungan ikatan residu-residu asam amino dengan hasil nilai docking dengan
hasil docking ke 4 senyawa hasil modifikasi ? (Penanya : apt. Hafiz Ramadhan,
M.Sc.)
Jawaban
1. Data yang diperlukan dalam toksistas didalam software ECOSAR adalah,
deskirpsi dari senyawa kimia, Hal ini bisa dimasukkan dealam system dengan
menggunakan notasi Simplified Molecular Input File Entry System, Nomor Registrasi,
CAS/ nama jika tersedia dalam database, atau membuat/ menggambar yang baru
dalam program ECOSAR, file dalam bentuk mol, untuk senyawa tunggal atau flie .sdf
atau deretan file untuk menampilkan batch run data selanjutnya adalah koefisien
partisi oktanol/air (Log P). Dengan informasi tersebut ECOSAR bisa menampilkan
analisis hubungan aktivitas dan perkiraan secara otomatis nilai toksisitas untuk zat
aktif
2. Semakin banyak interaksi senyawa isonicotinohydarzide dengan residu-residu
asam amino maka diprediksi interaksinya semakin baik, pada senyawa 1 ikatan
residunya sebanyak 5 melalui ikatan hidrogen sebanyak 3, pada senyawa 2 ikatan
residu asam amino sebanyak 6 melalui ikatan hydrogen sebanyak 1, senyawa 3 ikatan
residu sebanyak 5 melalui ikatan hydrogen sebanyak 4 dan senyawa 4 ikatan residu
sebanyak 7 melalui ikatan hidrogen sebanyak 1.
Asam amino didalam suatu protein disebut residu asam amino, semakin
banyak residu yang terikat pada senyawa obat maka dapat meningkatkan interaksi
antara obat dengan targetnya yang dimana target dari obat modifikasi dari isoniazid
ini adalah reseptor inhA, inhA enoyl-acyl carrier protein reductase didalam
Mycobacterium tuberculosis yang merupakan target yang menarik untuk
pengembangan obat baru terhadap TBC

KELAS D
Kelompok 1

Pertanyaan Dhaifina (6D)

1. Apa yang dimaksud protein HasAp?
→ Protein HasAp merupakan suatu hemofor yang disekresi oleh beberapa bakteri adalah
Patogen dengan sistem akuisisi Heme (Has), di antaranya Pseudomonas aeruginosa.
Pertanyaan Bapa
2. Apa hubungan ikatan hidrogen dengan interaksi hidrophobic dalam Pengembangan
probiotik ini. Hubugkan interaksi Inulin dengan kasein?
- Inulin lebih menguntungkan untuk mengikat kastin kappa di dominasi Oleh ikatan hidrogen
dan interaksi hidrofobik dengan inti hidrofobik dan kasein Kappa Tingkat mengikat ini
disebut. Ofinitas Menggambarkan kekuatan efeknya

Kelompok 2

(Nurtasya Mufrida (VI D)

1. Apa yang menyebabkan suatu senyawa berasifat toksik
Jawab :
Jika suatu senyawa memiliki energi ikatan rendah , maka ikatan antara reseptor
dengan senyawa semakin kuat yang akan menyebabkan senyawa tersebut akan tinggal
lebih lama pada lipid bilayer dan akan menyebabkan toksik

(Tria Rezky Azizah (VI D )

1. Apa yang dimaksud dengan TCU pada binding afinity
Jawab :
TCU merupakan senyawa lignan alami yang dijadikan sebagai senyawa pembanding
pada uji binding afinity

Kelompok 3
Pertanyaan 1
1. Helmayanti (6B)
Modifikasi yang dilakukan ada 2. Dari senyawa turunan 4-asetamidofenil 2-
klorobenzoat
dan 4-asetamidofenil 3-klorobenzoat tersebut mana aktivitas analgesik yang paling
bagus?

Jawaban :
senyawa yang memiliki aktivitas analgesik lebih bagus adalah 4-asetamidofenil 3-
klorobenzoat, hal ini bisa dilihat pada hasil sintesis turunan senyawa paracetamol
yang menunjukkan persentase senyawa tersebut sebesar 72,19%
Pertanyaan 2
2. Maulida Nurazmi Octavia (6B)
Kenapa kedua senyawa turunan paracetamol layak disintesis dan apa kelebihan dari
masing-masing senyawa turunan tersebut?

Jawaban:
Berdasarkan tabel 2, paracetamol dan senyawa 1 mengikat 2 asam amino yang sama
yaitu Gln 178 dan Try 341. Sedangkan senyawa 2 mengikat satu asam amino yang
sama, yaitu Gln 178. Hal ini menunjukkan pola interaksi dan gugus farmakofor yang
sama antara keduanya.
Kelebihan lain yang dimiliki senyawa 2 adalah mampu mengikat asam amino yang
sama dengan selekoksib yaitu Arg 499 dan Leu 338, sedangkan parasetamol tidak
mengikat asam amino tersebut Demikian pula pada senyawa 1 mampu mengikat asam
amino Leu 338 yang tidak diikat oleh parasetamol. Sehingga kedua senyawa turunan
parasetamol tersebut layak disintesis
Kelompok 4
Pertanyaan:
1. Anton (VI B)

Kenapa semakin kecil energy ikatan yang diperoleh maka semakin stabil?
Jawab:
Nilai RMSD (Root Mean Square Deviation) yang merupakan pengukuran dua pose
dengan membandingkan posisi atom antara struktur eksperimental dengan struktur
yang di dockingkan pada protein. Metode dikatakan valid apabila diperoleh nilai
RMSD ≤ 3 A, sehingga dari hasil validasi yang didapatkan menunjukkan bahwa
metode yang digunakan telah valid. Semakin kecil nilai RMSD yang diperoleh
menunjukkan bahwa pose ligand yang diprediksi semakin baik karena semakin
mendekati konformasi native ligand.
2. Anisatul (VI B)

Afinitas itu apa? dan hal apa yg menunjukan/membuktikan jika energi ikatan
menunjukan afinitas antara sianidin dan peonidin dengan protein tersebut.
Afinitas adalah sejauh mana suatu substansi cenderung ingin mengikat dengan yang
lain contoh nya yaitu sianidin, peonidin dengan protein NF-kB. Hal yang membuktikan
Energi ikatan menunjukkan afinitas antara sianidin dan peonidin dengan protein
tersebut dikarenakan semakin kecil energi ikatan yang diperoleh maka semakin stabil
ikatan yang terbentuk sehingga memiliki potensi aktivitas sebagai antiaterosklerosis
karena memiliki afinitas dan membentuk ikatan hidrogen dengan protein NF-kB.
Ikatan yang terjadi

Kelompok 5
1. (Anggun) Ada bagian pembahasan semakin banyak interaksi bias mengganggu
kestabilan reseptor sehingga dapat menghambat perkembangannya. Interaksi apa saja
yang menghambat reseptor perkembangannya?
2. (Deny) Apa pengaruh dari ikatan lebih negative maka semakin stabil ikatan senyawa
ligan?

Kelompok 6
1. (Anggun) Ada bagian pembahasan semakin banyak interaksi bias mengganggu
kestabilan reseptor sehingga dapat menghambat perkembangannya. Interaksi apa saja
yang menghambat reseptor perkembangannya?
2. (Deny) Apa pengaruh dari ikatan lebih negative maka semakin stabil ikatan senyawa
ligan?