ABSTRAK
Inflamasi atau radang merupakan proses fungsi pertahanan tubuh terhadap masuknya
organisme maupun gangguan lain Penelitian ini bertujuan untuk menentukan interaksi dan
toksisitas senyawa Kalkon 1,3-difenil-2-propen-1-on. Dilakukan proses Molecular Docking
dari senyawa senyawa Kalkon 1,3-difenil-2-propen-1-on dan turunannya terhadap reseptor
antiinflamasi dengan kode reseptor yang digunakan adalah 1UNH. Interaksi pada senyawa ini
menghasilkan interaksi yang sangat baik. Pengujian dilakukan dengan AutodockTools
(Autodock4 dan Autogrid4). Pada penelitian ini senyawa yang paling baik yaitu yaitu ligan
uji 14 atau turunan 5p dengan nilai binding affinity -9.00 , Konstanta inhibisi 254.09, Vds +
Hbond + desolv energy -11.83, Elestrotatic energy -0.15, dan torsional free energy +2.98.
Setelah dilakukan validasi docking didapatkan nilai RMSD < 2 Å. Dapat disimpulkan bahwa
senyawa kalkon memiliki aktivitas terhadap antiinflamasi
ABSTRACT
Inflammation is a process of the body's defense function against the entry of organisms and
other disorders. This study aims to determine the interaction and toxicity of chalcone 1,3-
diphenyl-2-propen-1-on. Molecular Docking was carried out from the chalcone compound
1,3-diphenyl-2-propen-1-on and its derivatives against the anti-inflammatory receptor with
the receptor code used was 1UNH. The interactions on these compounds produce very good
interactions. Testing was performed with AutodockTools (Autodock4 and Autogrid4). In this
study, the best compounds were the 14 test ligand or 5p derivative with a binding affinity
value ofinhibition constant -9.00254.09,, Vds + Hbond + desolv energy -11.83, Elestrotatic
energy -0.15, and torsional free energy +2.98. After doing docking validation, the RMSD
value was <2 Å. It can be concluded that chalcone compounds have anti-inflammatory
activity
PENDAHULUAN
Inflamasi atau radang merupakan proses fungsi pertahanan tubuh terhadap masuknya
organisme maupun gangguan lain. Inflamasi merupakan suatu reaksi dari jaringan hidup guna
melawan berbagai macam rangsangan (Soenarto, 2014)
Penyebab inflamasi antara lain mikroorganisme, trauma mekanis, zat-zat kimia, dan
pengaruh fisika. Tujuan akhir dari respon inflamasi adalah menarik protein plasma dan
fagosit ke tempat yang mengalami cedera atau terinvasi agar dapat mengisolasi,
menghancurkan,menginaktifkan agen yang masuk, membersihkan debris dan mempersiapkan
jaringan untuk proses penyembuhan. Elizabeth J. Corwin. Buku saku patofisiologi corwin.
Jakarta: (Aditya Media; 2009)
Peradangan disebabkan oleh berbagai rangsangan termasuk kerusakan fisik, radiasi ultra
violet, invasi mikroba dan kekebalan tubuh. Bermacam-macam obat digunakan untuk
mengatasi peradangan, misalnya antiinflamasi steroid dan non steroid, antiinflamasi golongan
steroid maupun non steroid berbahaya bila digunakan secara tidak tepat, penggunaan jangka
panjang dapat menyebabkan gangguan inflamasi., (Tabassumaj, et al., 2015).
METODE PENELITIAN
ALAT
Alat dan Bahan Penelitian ini dilakukan dengan menggunakan perangkat keras prosesor
Intel (R) celeron (R) CPU N3350 @ 1.10 GHz; RAM 4 GB; system type 64 bit; Operating
System:Windows 10 pro © 2019 Microsoft Corporation. All rights reserved. Perangkat lunak
yang digunakan dalam penelitian ini adalah Chemdraw Ultra 8,0, Autodock4, Autogrid4,
command prompt, Molegro Molekular Viewer, Discovery studio 2017 R2 64-bit Client,
Marvin Sketch, Excel 2016, web server yang digunakan RCSB PDB, PDBSum, PreAdmet,
Lipinski rule of five, dan PoseView.
BAHAN
N N
N
N
N
O
PROSEDUR PENELITIAN
Studi In Silico
Screening Ligand Based Drug Likeness
Drug Scan digunakan untuk mengamati sifat kesamaannya dengan obat yang telah ada
(Drug Likeness) dilakukan menggunakan aturan the rule of good medicine (Lipiniski’s rule of
five) dan bioavabilitas oral dari ligan. Parameter yang digunakan diantaranya berat molekul
<500 g/mol, lipopilitas <5, donor ikatan hidrogen <5, aseptor ikatan hidrogen <10 dan
refractoty molar antara 40-130. Parameter tersebut ditentukan menggunakan software
MarvinSketch 5.2 (Arif, 2017).
Prediksi ADME dan Toksisitas
Pada penelitian ini dilakukan prediksi ADME pada senyawa turunan N-
benzoylisonicotinohydrazide. Struktur senyawa ini dikonversi menjadi mol file (*.mol) lalu
disumbit pada program PreADMET, akan secara otomatis yang menghitung penyerapan
prediksi untuk sel Caco-2, HIA (Human Intestinal Absorption), dan protein plasma yang
terikat. Dan dilakukan uji toksisitas terhadap senyawa turunan N-
benzoylisonicotinohydrazide dengan program PreADMET (Arif, 2017).
Preparasi Ligan
Ligan digambar menggunakan software Marvin Sketch 5.2.5.1 dalam bentuk dua dimensi
selanjutnya dilakukan optimasi geometri pada ligan, diprotonasi pada pH 7,4. Ligand
disimpan dengan format file.mrv. Kemudian dilakukan Comformational search lalu simpan
hasil pencarian konformasi dengan format file .mol2 (Ruswanto, 2015).
Validasi Metode Docking
Parameter yang digunakan untuk validasi docking ini adalah nilai Root Mean Square
Deviation (RMSD). Metode docking dikatakan valid apabila nilai RMSD yang diperoleh
adalah ≤ 2 (Trott, 2009).
Docking Ligan Uji Terhadap Reseptor
Untuk melakukan docking dari senyawa turunan N-benzoylisonicotinohydrazide
digunakan software Autodock. Reseptor hasil validasi dimasukkan ke dalam software tersebut
lalu digunakan ligan alami yang digunakan untuk proses validasi, selanjutnya diatur
gridboxnya sesuai dengan yang telah dipakai untuk proses validasi. Hasil yang diperoleh ini
berupa binding affinity terendah dan konstanta inhibisi (Ruswanto, 2015).
Visualisasi
Hasil docking reseptor dengan ligan kemudian diubah dalam bentuk kompleks.pdb lalu
dianalisis menggunakan Pose View atau Doscovery Studio dengan dilihat interaksinya dalam
bentuk 2 Dimensi.
Dalam proses docking harus mempersiapkan terlebih dahulu reseptor dan ligan yang
akan di dockingkan. Pemlihan reseptor dari website www.rscb.org . Kualitas struktur protein
dikatakan baik jika residu pada disallow region (daerah yang tidak diinginkan) lebih kecil
dari 15% dan residu asam amino yang berada pada most favored region (daerah yang disukai)
lebih besar dari 50%. (Amelia,2015)
Prediksi ADME ini dilakukan untuk memprediksi sifat farmakokinetik yaitu absorpsi,
distribusi, metabolisme, dan eliminasi didalam tubuh secara in silico. Parameter yang
digunakan diantaranya Caco-2 digunakan untuk menentukan nilai permeabilitas senyawa,
paremeter HIA (Human intestinal Absorption) untuk mempredisksikan proses penyerapan
obat didalam usus manusia, dan parameter Protein Plasma Binding untuk mengetahui nilai
dalam persen suatu obat yang terikat dengan protein plasma.
Validasi metode dilakukan untuk melihat apakah metode yang digunakan dapat
dikatakan valid atau tidak. Validasi ini dilakukan dengan keadaan tanpa air pada reseptor,
karena adanya air pada reseptor dapat memengaruhi interaksi ikatan ligan atau obat dan
reseptor, validasi dilakukan agar metode yang dipakai untuk men-docking senyawa hasil
sintesis dapat dipercaya sebagai referensi dalam docking. Adapun parameter yang digunakan
dalam proses validasi metode docking ini adalah berupa nilai Root Mean Square Deviation
(RMSD). Pada proses validasi ini nilai yang dilihat adalah nilai Root Mean Square Deviation
(RMSD). Root Mean Square Deviation (RMSD) merupakan parameter yang digunakan untuk
mengevaluasi kemiripan dua buah struktur. Kemudian kemiripan dari dua buah struktur
tersebut diukur berdasarkan perbedaan jarak atom sejenis tersebut. Semakin kecil nilai
RMSD menunjukkan bahwa posisi ligan yang diperkirakan semakin baik karena semakin
mendekati konformasi asal (Dany et al., 2013). Program validasi dilakukan dengan cara
membandingkan struktur native ligand dengan struktur hasil redocking. Analisis data
perbandingan nilai dinyatakan dengan RMSD (Rate Mean Square Deviation). Metode
docking dikatakan baik jika nilai RMSDnya lebih kecil atau sama dengan 2 Å. Jika nilai
RMSD yang diperoleh lebih besar dari 2 Å, metode yang digunakan tidak dapat dipercaya.
Pada reseptor 1UNH memiliki nilai RMSD ≤ 2 Å yaitu 0,48 Å dan energy sebanyak -8,77
kcal/mol yang menandakan bahwa secara teori, ligan dan protein yang divalidasi telah
memenuhi kriteria valid. Berdasarkan hasil docking antara senyawa dengan reseptor
diperoleh nilai sebagai berikut :
NH
HO
+
1 N N
N
N
N
O Cl
2 N N
N
N
N Cl
O
3 N N
N
N
N CH3
O
4 N N
N
N
N
O
5 N N
O
N
N
N
O
6 N N
N
N
O N
Cl
7 N N 2
N
N
O N
Cl
8 N N
N
N
N
O
NC
10 N N
N
N
N
O
11 N N
6
O
N
N Cl
N
O
Cl
12 N N
N O
5
N
O N
Ligan 74 -8.70 416.0 -11.52 -0.17 -2.37 +2.98 -2.37
O
13 N N 9
O
N
N
O N
14 N N 9
N O
N
Cl
O N
Cl
15 N N
N
9
N O
O N
C H
O H
Dilihat dari Tabel 2, semakin rendah (negative) nilai binding affinity (energi bebas(ΔG))
menunjukkan semakin stabilnya ikatan antar ligan dengan protein target, pada tabel dari
sepuluh ligan uji dihasilkan nilai binding affinity paling stabil yaitu ligan uji 14 dengan nilai
– 9.00. Sedangkan, semakin rendah nilai konstanta inhibisi (Ki) maka penghambatan yang
ditunjukkan oleh ligan terhadap aktivitas protein semakin efektif. Dapat dilihat hasil
konstanta inhibisi pada tabel 2, yang paling efektif adalah ligan uji 4 dengan nilai 1,47.
Pada Van der waals dan electrostatic energy, sumbangan energi menguntungkan bagi
inetraksi antara ligan dan reseptor, jadi semakin besar nilai energi elektrostatik dan Van der
waals semakin bagus interaksi ligannya, tetapi pada Hbond desolven energy tidak
menguntungkan bagi interaksi ligan. Pada tabel 2 dapat dilihat bahwa nilai Van der waals
paling bagus interaksi ligannya pada ligan uji 12 dengan nilai – 12.40 sedangkan pada energi
elektrostatik yang paling bagus interaksi ligannya adalah ligan uji 81 dan ligan uji 5 yaitu
+0.40.
Visualisasi hasil docking dilakuan untuk mengetahui interaksi antara senyawa dengan
residu asam amino dari reseptor 1UNH. Adapun interaksi senyawa dapat dilihat pada Tabel
3. Berdasarkan data hasil visualisasi, semakin banyak ikatan ligan dengan asam amino
reseptor maka semakin dekat jarak antara ikatan, maka ikatan yang dihasilkan akan semakin
stabil (kuat) dan baik. Adanya ikatan hidrogen dapat mempengaruhi sifat fisika kimia obat
sehingga berperan penting terhadap aktivitas biologis obat.
Hasil docking dari isolasi senyawa kalkon terhadap reseptor 1UNH memenuhi syarat
dari aturan Lipinski’s rule of five, memperoleh nilai Caco-2, HIA dan PBB. Hasil docking
dari isolasi senyawa empetrifranzinan terhadap resepto 1UNH, senyawa yang lebih baik yaitu
ligan uji 14 atau turunan 5p dengan nilai binding affinity -9.00 , Konstanta inhibisi 254.09,
Vds + Hbond + desolv energy -11.83, Elestrotatic energy -0.15, dan torsional free energy
+2.98. Dilihat dari data ADME dan toksisitas senyawa yang paling baik pun sama yaitu ligan
uji 14 dengan nilai Caco2 54.7909, HIA 98.042037, dan PPB 91.557624, ligan uji 14 ini non
mutagen dan tidak bersifat karsinogenik sehingga senyawa ini baik digunaka untuk
Antiinflamasi. Dari data yang diperoleh ligan yang tidak baik
DAFTAR PUSTAKA
Ahmed, R.M., Sastry, G.V., Bano, N., Ravichandra, S., dan Raghavendra, M. 2011. Synthesis
and Cytotoxic, Antioxidant Activities of New Chalcone Derivatives. Rasayan Journal Chem.
4(2): 289-294.
Amelia, F. 2015. Modeling Struktur Protein Vaksin H5N1 HA BTB Menggunakan I-Tasser.
Fakultas Matematika dan IPA Universitas Negeri Padang
Choudhary, A.N., V.Juyal. Synthesis of chalcone and their derivates as antimicrobial agents.
2011. International Journal of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences 3(3): 125-128.
Dany. P., Lattimer. J. M., Prakash. M., Steiner. A.W., 2013, Stellar Superfluids, Inspire, INT-
PUB-009
Jayapal, M.R., K.S Prasad, N.Y Sreedhar. 2010. Synthesis And Characterization Of 2,5-
Dihydroxy Substituted Chalcones Using SOCl2/EtOH. International Journal of Pharmacy and
Pharmaceutical Sciences 1(4): 361-366.
Kamble, V.M., Hatnapure, G.D., Keche, A.P., Biradjar, S., Patil, S.G., Tale, R.H., Rodge,
A.H., Turkar, S.S. dan Gour, K. 2011. Synthesis and Biological Evaluation of a Novel Series
of Methoxylatedchalcone As Antioxidant and Anti-microbial Agents. Journal of Chemical
and Pharmaceutical Research. 3(6): 639-648.
Motiejunas, D., & Wade, R. (2006). Structural Energetics, and Dynamic Aspects of Ligan—
eceptor Interactions in J. B. Taylor & D. J.
Ruswanto, 2019. Uji In Vitro dan Studi In Silico Senyawa Turunan N’-
Benzoylisonicotinohydrazide sebagai Kandidat Antituberkulosis. Jurnal ilmu kefarmasian
Indonesia. 2019. Ruswanto, Nur Rahayuningsih1 , Nur Lali Dwi Hidayati , Ginna Sri Nuryani , Richa
Mardianingrum. hlm. 218-226
Soenarto. 2014. Inflamasi. Dalam: Setiati, Seti. Ilmu Penyakit Dalam. Edisi 6.
InternaPublishing. Jakarta.
Trott O, dan Olson AJ. Improving the Speed and Accuracy of Docking with a New Scoring
Function, Effi cient Optimization, and Multithreading. Journal of Computational Chemistry.
2009. ol. 31, No. 2
Yanuar, A. 2012. Penambatan Molekular: Praktek dan Aplikasi Virtual Screening. Depok:
Fakultas Farmasi UI