MOLEKULAR DOCKING SENYAWA TURUNAN thiazolidine-2,4-dion TERHADAP

RESEPTOR 2xcg

MOLECULAR DOCKING COMPOUND thiazolidine-2,4-dion COMPOUND TO 2xcg

RECEPTORS

Yuyun Febriani
Program Studi Farmasi, Fakultas Ilmu Kesehatan
Universitas Perjuangan, JL. Peta no 177 Tasikmalaya
Email: febrianiyuyun12@gmail.com

ABSTRAK

Antibakteri adalah zat yang dapat membunuh atau menekan pertumbuhan atau reproduksi
bakteri. Penelitian dilakukan secara komputasi menggunakan metode molecular docking pada
senyawa turunan thiazolidine-2,4-dion yang telah di uji pada bakteri Staphylococcus aureus
terhadap reseptor 2xcg. Pengujian dilakukan dengan Arguslab. Pada penelitian ini senyawa
yang paling baik yaitu senyawa turunan empat karena pada senyawa turunan empat nilai Caco2
termasuk permeabilitas sedang, HIA dapat terabsopsi dengan baik dan plasma protein binding
< 90. Dan pada data toxicity data yang diperoleh semua senyawa pada ames_test bersifat
mutagen sedangkan pada carcino rat dan carcino mouse kebanyakan bersifat karsinogenik.
Dapat disimpulkan bahwa hasil molecular docking kurang baik digunakan dalam aktifitas
antibakteri oleh turunan thiazolidine-2,4-dion.
Kata Kunci : Thiazolodine-2,4-dion, Reseptor 2xcg, Docking.

ABSTRACT

Antibacterial is a substance that can kill or suppress the growth or reproduction of bacteria.
The study was carried out computationally using a molecular docking method on thiazolidine-
2,4-dione derivatives which was tested on bacteria Staphylococcus aureus on the 2xcg
receptor. Testing is done with Arguslab. In this study the best compound is a four-derivative
compound because in four Caco2-derived derivatives including moderate permeability, HIA
can be well adopted and plasma protein binding <90. And in the toxicity data the data obtained
for all compounds in ames_test are mutagenous while in carcino rat and carcino mouse are
mostly carcinogenic. It can be concluded that the results of molecular docking are less well
used in the antibacterial activity by thiazolidine-2,4-dion derivatives.
Keywords: Thiazolodine-2,4-dion, 2xcg receptors, Docking.
PENDAHULUAN penyebab utama infeksi nosokomial,
Antibakteri adalah zat yang dapat keracunan makanan, dan sindroma syok
mengganggu pertumbuhan atau bahkan toksik (Ryan, et al., 1994; Warsa, 1994).
mematikan bakteri dengan cara Pada penelitian sebelumnya,
mengganggu metabolisme mikroba yang Thiazolidine-2,4-diones adalah kelas
merugikan. Antibakteri termasuk kedalam senyawa aktif biologis yang terkenal karena
antimikroba yang digunakan untuk kelompok obat antidiabetes (Pioglitazone,
menghambat pertumbuhan bakteri. Rosiglitazone, dll.). Selain itu, thiazolidine-
(Schunack W, Mayer K, Haake M. 1990). 2,4-dione adalah cincin dengan aplikasi
Secara umum antibakteri adalah zat luas sebagai zat aktif biologis. Ini memiliki
yang dapat membunuh atau menekan luas spektrum yang dari aktivitas biologis,
pertumbuhan atau reproduksi bakteri. Zat termasuk antibakteri (Trotsko dkk. 2017),
antibakteri dibagi menjadi dua kelompok, antikanker, antiinflamasi, antijamur.,
yaitu antibakteri yang dapat menghambat antioksidan (Jeong et al. 2004).
pertumbuhan bakteri (bakteriostatik) dan Pada penelitian ini menggunakan
antibakteri yang dapat membunuh bakteri metode Docking, dimana Dalam
(bakteriosid) (Talaro, 2008). Berdasarkan ilmu biologi molekuler dan bioinformatika,
daya menghambat atau membunuhnya, docking merupakan salah satu metode yang
antibakteri dibedakan menjadi dua dapat memprediksi interaksi antar molekul,
kelompok, yaitu berspektrum sempit dapat berupa protein termasuk enzim,
(narrow spectrum) dan berspektrum luas DNA, karbohidrat, lemak terhadap substrat,
(broad spectrum). Bakeri berspektrum luas tetapi lebih banyak yang mengeksplorasi
contohnya Staphylococcus aureus. terhadap enzim. (Lengauer T, Rarey M.
Staphylococcus aureus merupakan salah 19960). Hasil yang diharapkan adalah
satu bakteri penyebab infeksi, Infeksi oleh dapat memprediksi interaksi yang stabil dan
S. aureus ditandai dengan kerusakan bersifat spontan, dapat dilihat melalui
jaringan yang disertai abses bernanah. derajat energi bebas yang semakin
Beberapa penyakit infeksi yang disebabkan negative. (Feig M, Onufriev A, Lee MS, Im
oleh S. aureus adalah bisul, jerawat, W, Case DA, Brooks CL. 2004).
impetigo, dan infeksi luka. Infeksi yang METODE PENELITIAN
lebih berat diantaranya pneumonia, ALAT
mastitis, plebitas, meningitis, infeksi Perangkat keras yang digunakan
saluran kemih, osteomielitis, dan berupa personal komputer Intel (R) celeron
endokarditis. S. aureus juga merupakan (R) CPU N3350 @ 1.10 GHz; RAM 2GB;
tipe system 64 bit; Operating dengan software ArgusLab melalui
System:Windows 10 pro © 2017 Microsoft beberapa tahapan.
Corporation. PREPARASI LIGAN
Perangkat lunak yang digunakan Senyawa digambar dengan
dalam penelitian ini adalah Chemdraw menggunakan software marvin sketch lalu
Ultra 8,0, Arguslab, Molegro Molekular dioptimasi geometri, dengan diprotonasi
Viewer, Discovery studio 2017 R2 64-bit pada pH 7,4 agar pH sesuai dengan pH
Client, Marvin Sketch, Excel 2016, Pose dalam darah. Kemudian dilakukan
View, PDBSum, www.rscb.org, Conformation search ini dilakukan untuk
https://preadmet.bmdrc.kr/, memperoleh energi yang terendah sehingga
http://www.scfbio- didapatkan posisi molekul yang paling
iitd.res.in/software/drugdesain/lipinski.jsp stabil untuk berinteraksi dengan sisi aktif
BAHAN reseptor. Kemudian disimpan dalam bentuk
Bahan yang digunakan berupa .mrv dan .mol2 untuk proses docking.
senyawa turunan tiazolidine-2,4-dion yang DOCKING DENGAN ARGUSLAB
berjumlah 7 senyawa, diperoleh dari jurnal Reseptor bakteri S.aureus (2xcg) di
"synthesis and antibacterial activity of new download dari RCSB www.rcsb.org
(2,4-dioxothiazolidin-5-y/yli-dene)acetic dengan format Protein Data Bank (PDB)
acid derivatives with thiazolidine-2,4- VALIDASI METODE DOCKING
dione, rhodanine and 2-thio-hydantoin Program ArgusLab divalidasi untuk
moieties)”. mendapat metode yang dapat dipercaya.
O
Selanjutnya, dimasukkan protein target atau
O
HN
reseptor kemudian pilih ligan alami yang
NH
digunakan untuk proses validasi,
S O selanjutnya diatur grid box-nya sesuai
O
O dengan yang telah dipakai untuk proses
validasi. Parameter yang diperoleh apabila
Gambar 1. Struktur senyawa thiazolidine-
metodenya valid adalah RMSD (Root Mean
2,4-dion
Square Deviation) < 2,0 Å. Software
PROSEDUR PENELITIAN docking memberikan hasil yang lebih
STUDI IN SILICO mendekati hasil eksperimental jika
Senyawa turunan thiazolidine-2,4- memiliki RMSD kurang dari 2 Å. RMSD
dion di-docking-kan pada reseptor 2xcg yang makin kecil menunjukkan posisi ligan
dengan menggunakan metode ArgusDock hasil redocking yang makin mendekati
posisi ligan hasil kristalografi (Kontoyianni UJI ADME DAN TOKSISITAS
et al., 2011; Bissantz et al., 2000; Pratama, Program PreADMET merupakan
2015). aplikasi berbasis web untuk memprediksi
DOCKING LIGAN UJI data absorpsi, distribusi, metabolisme, dan
Docking ligan uji terhadap reseptor ekskresi dengan metode in silico. Program
menggunakan program Arguslab, senyawa tersebut diakses secara online melalui
ini didockingkan pada bindingsite reseptor http://preadmet.bmdrc.org/ (Kartasasmita
bakteri S. aureus (2xcg). Hasil yang et al., 2015). Uji toksisitas dilakukan
diperoleh dari proses docking ini adalah dengan menggunakan program
berupa energy best ligand pose atau berupa preADMET. Keamanan dari senyawa
binding affinity senyawa/ligan. turunan akan dilihat melalui parameter
VISUALISASI HASIL DOCKING toksisitas pada ames test, carcino rat, dan
Hasil docking reseptor dengan ligan carcino mouse (Kartasasmita et al., 2015).
kemudian diubah dalam bentuk pdb lalu HASIL DAN PEMBAHASAN
dianalisis menggunakan Pose View dengan Penambatan molekuler atau
dilihat interaksinya dalam bentuk 2 molecular docking adalah prosedur
Dimensi. komputasional yang digunakan untuk
SCREENING LIGAND BASED DRUG memprediksikan ikatan nonkovalen
LIKENESS (DRUG SCAN) makromolekul, lebih sering, sebuah
Pengamatan obat dilakukan terhadap molekul besar (reseptor) dan sebuah
ligan yang memiliki energi ikatan yang molekul kecil (ligan) secara efisien dimulai
rendah dan interaksi yang baik dengan dari struktur-struktur yang tidak saling
enzim target. Analisis pengamatan obat berikatan, struktur yang ditemukan dari
dilakukan dengan memperhatikan the rule simulasi dinamika molekul, homology
of good medicine (Lipinski’s rule of five) modeling, dan lain-lain. Tujuan dari
yaitu berat molekul 500 g/mol, lipofilitas 5, molecular docking adalah untuk
donor ikatan hidrogen 5, akseptor ikatan memprediksikan konformasi ikatan dan
hidrogen 10, dan refractory molar antara afinitas pengikatan (Yanuar, 2012).
40-130 dan bioavaibilitas oral dari ligan. Dalam proses docking, ada 2 hal yang
Parameter yang digunakan dapat ditentukan harus disiapkan yaitu reseptor dan ligan
dengan bantuan software Marvin Sketch yang akan di-docking-kan. Docking
(Tambunan, 2012; Athar et al., 2017). dilakukan terhadap senyawa turunan
tiazolidine-2,4-dion hasil desain senyawa
dengan menggunakan Marvin sketch.
Sebelumnya, reseptor bakteri telah di-
download dari website www.rcsb.org.
Kode PDB untuk Staphylococcus aureus
adalah 2xcg. Pemilihan reseptor dilihat dari
nilai Procheck statistics residu asam amino
yang berada pada most favored region
sebesar 92,3%. Sedangkan residu yang
berada pada disallow region sebesar 0,5%.
Gambar 1. Procheck statistics reseptor 2xcg
Pada preparasi ligan, ligan yang telah
digambar pada Marvin sketch dilakukan
optimasi geometri. Ligan yang telah
digambar mula-mula diprotonasi pada pH
7,4. Protonasi tersebut dilakukan dengan
tujuan agar diperoleh suatu senyawa yang
sesuai dengan pH darah dalam tubuh
manusia.
Validasi metode docking dilakukan
untuk melihat apakah metode yang
digunakan dapat dikatakan valid atau tidak.
Pada proses validasi ini nilai yang dilihat
adalah nilai Root Mean Square Deviation
(RMSD). Semakin kecil nilai RMSD
menunjukkan bahwa posisi ligan yang
diperkirakan semakin baik karena semakin
mendekati konformasi asal (Dany et al.,
Hal ini sesuai dengan literatur menurut
Amelia (2015) yang menyatakan bahwa
Kualitas struktur protein dikatakan baik jika
residu pada disallow region (daerah yang
tidak diinginkan) lebih kecil dari 15% dan
residu asam amino yang berada pada most
favored region (daerah yang disukai) lebih
besar dari 50%.
2013). Reseptor 2xcg memiliki nilai RMSD
≤ 2 Å yaitu 1,948480 Å dan energy
sebanyak -9,4488 kcal/mol yang
menandakan bahwa secara teori, ligan dan
protein yang divalidasi telah memenuhi
kriteria valid.
Berdasarkan hasil docking antara
senyawa dengan reseptor diperoleh nilai
binding affinity. Semakin kecil nilai
binding affinity maka afinitas antara
reseptor dengan senyawa semakin tinggi
begitu pula sebaliknya semakin besar nilai
binding affinity maka afinitas antara
reseptor dengan senyawa semakin rendah.
(Saputri, dkk.2016).
Hasil docking kemudian dilakukan
visualisasi. Interaksi yang dapat diamati
dari visualisasi ini adalah ikatan hidrogen
dan interaksi hidrofobik. Adanya ikatan
hidrogen dapat mempengaruhi sifat fisika
kimia obat, sehingga berperan penting
terhadap aktivitas biologis obat. Ikatan
hidrogen merupakan ikatan antara atom H
yang mempunyai muatan positif dengan
atom lain yang bersifat elektronegatif
seperti O, N, dan F. Sedangkan ikatan
hidrofobik adalah ikatan yang
Tabel 1. Tabel Hasil Visualisasi
menggabungkan daerah non polar molekul
obat dengan daerah non polar pada reseptor
biologis. Oleh karena itu, ikatan hidrogen
dan ikatan hidrofobik mempengaruhi
kestabilan konformasi yang terjadi antara
ligan dan reseptor. Semakin banyak ikatan
ligan dengan asam amino reseptor maka
semakin dekat jarak antara ikatan, maka
ikatan yang dihasilkan akan semakin stabil
(kuat) dan baik

Nama Senyawa Binding Ikatan Hidrogen Ikatan Hidrofobik

affinity
(kcal/mol)
(Z)-4-((E)-(2-oxopyrrolidin-3- -7.0279 Pro102A, Leu171A, Ile199A,
ylidene)methyl)phenyl 2-(2,4- Tyr326A Leu164A, Ile316A
dioxothiazolidin-5-ylidene)acetate
(Z)-4-((Z)-(2,4-dioxothiazolidin-5- -6.30912 Pro102A, Leu171A, Ile199A,
ylidene)methyl)phenyl 2-(2,4- Tyr326A Leu164A, Ile316A
dioxothiazolidin-5-ylidene)acetate
(Z)-2-methoxy-4-((Z)-(5-oxo-2- -6.67666 Pro102A, Leu171A, Ile199A,
thioxoimidazolidin-4- Tyr326A Leu164A, Ile316A
ylidene)methyl)phenyl 2-(2,4-
dioxothiazolidin-5-ylidene)acetate
(Z)-4-((Z)-(2,4-dioxothiazolidin-5- -7.34674 Pro102A, Leu171A, Ile199A,
ylidene)methyl)-2-ethoxyphenyl 2- Tyr326A Leu164A, Ile316A
(2,4-dioxothiazolidin-5-
ylidene)acetate
(Z)-2-chloro-4-((Z)-(5-oxo-2- -6.12999 Pro102A, Leu171A, Ile199A,
thioxoimidazolidin-4- Tyr326A Leu164A, Ile316A
ylidene)methyl)phenyl 2-(2,4-
dioxothiazolidin-5-ylidene)acetate
(Z)-2-bromo-4-((Z)-(2,4- -10.8905 Pro102A, Leu171A, Ile199A,
dioxothiazolidin-5- Tyr326A Leu164A, Ile316A
ylidene)methyl)phenyl 2-(2,4-
dioxothiazolidin-5-ylidene)acetate
(Z)-4-((Z)-(5-oxo-2- -10.595 Pro102A, Leu171A, Ile199A,
thioxoimidazolidin-4- Tyr326A Leu164A, Ile316A
ylidene)methyl)phenyl 2-(2,4-
dioxothiazolidin-5-ylidene)acetate
(Z)-4-((Z)-(2,4-dioxothiazolidin-5- -7.65734 Pro102A, Leu171A, Ile199A,
ylidene)methyl)-2-methoxyphenyl 2- Tyr326A Leu164A, Ile316A
(2,4-dioxothiazolidin-5-
ylidene)acetate
 Gambar 2. Hasil visualisasi senyawa turunan ke-5 tiazolidine-2,4-dion

Table 2. Tabel Hasil Drug Scan

Nama Senyawa Molecular Hydrogen Hydrogen LogP Molar
Mass Bond Donor Bond Refactivity
Acceptors

Senyawa Induk 312.000000 5 6 -0.053101 77.145782

Senyawa Turunan 1 312.000000 5 6 -0.053101 77.145782
Senyawa Turunan 2 312.000000 5 6 -0.053101 77.145782
Senyawa Turunan 3 312.000000 5 6 -0.053101 77.145782
Senyawa Turunan 4 312.000000 5 6 -0.053101 77.145782
Senyawa Turunan 5 312.000000 5 6 -0.053101 77.145782
Senyawa Turunan 6 312.000000 5 6 -0.053101 77.145782
Senyawa Turunan 7 312.000000 5 6 -0.053101 77.145782

Dilihat dari tabel diatas bahwa 7 permeabilitas yang baik. Menurut Santoso
senyawa hasil desain hampir semua (2016) senyawa yang memenuhi aturan
memenuhi aturan Lipinski, namun pada Lipinski diduga akan memiliki
ikatan hydrogen tidak memenuhi aturan bioavailabilitas yang baik. Namun tidak
karena nilainya 5 tidak < 5. Nilai yang semua senyawa yang memiliki aktivitas
diperoleh dari data Lipinski yaitu Log P - yang baik memenuhi aturan Lipinski.
0,053101 < 5, akseptor ikatan hidrogen Parameter berat molekul
yaitu 6 < 10, berat molekul 312 < 500, dan berhubungan dengan proses distribusi obat.
refractory molar yaitu 77.145782 berada Jika suatu obat memiliki berat molekul
pada kisaran 40-130, artinya senyawa lebih besar dari 500 g/mol, maka obat
tersebut memiliki absorpsi atau tersebut tidak dapat menembus membran
sel dengan cara difusi pasif. Nilai Log P lipid bilayer. Jumlah donor dan akseptor
menyatakan koefisien kelarutan dalam ikatan hydrogen mendeskripsikan semakin
lemak/air. Nilai Log P yang besar tinggi kapasitas ikatan hidrogen, maka
menandakan bahwa molekul tersebut semakin tinggi energi yang dibutuhkan agar
semakin bersifat hidrofobik. Semakin proses absorpsi dapat terjadi (Syahputra,
hidrofobik sifat dari suatu molekul maka 2014).
tingkat toksisitas dari molekul tersebut Selanjutnya dilakukan uji ADME
akan semakin tinggi. Molekul yang bersifat (Absorpsi, Distribusi, Metabolisme,
hidrofobik akan tertahan lebih lama pada Ekskresi) dan toksisitas menggunakan
lipid bilayer karena lipid bilayer memiliki PreADMET. Parameter ADME dapat
sifat hidrofobik. Selain itu, molekul juga dilihat pada nilai Caco2, Human intestinal
akan terdistribusi lebih luas di dalam tubuh absorption (HIA), dan Plasma Protein
sehingga selektifitas ikatan terhadap enzim Binding (PPB). Sedangkan toksisitas
target menjadi berkurang. Sebaliknya, jika parameter yang dilihat yaitu ames test,
nilai Log P semakin negatif maka molekul carcino mouse, dan carcino rat.
tersebut tidak dapat melewati membran

Tabel 3. Hasil Prediksi ADME dan Toksisitas

Nama Senyawa ADME Toxicity

CaCO2 Human Plasma Ames- Carcino Carcino
Intestinal Protein Test Mouse Rat
Absorption Binding
Senyawa Induk 1.08636 91.561668 82.06477 Mutagen Positive Negative

senyawa Turunan 1 0.515417 84.174967 89.924434 Mutagen Positive Negative

senyawa Turunan 2 11.0439 87.597433 78.138169 Mutagen Positive Positive
senyawa Turunan 3 0.540569 83.038672 83.779935 Mutagen Positive Negative
senyawa Turunan 4 19.9736 93.201098 84.819199 Mutagen Positive Negative
senyawa Turunan 5 18.3417 93.684839 92.332095 Mutagen Positive Negative

senyawa Turunan 6 11.0742 89.562337 81.164544 Mutagen Positive Negative

senyawa Turunan 7 0.529563 83.837356 81.110919 Mutagen Positive Positive

Keterangan: Caco-2 (nm/sec) <4=permeabilitas rendah, 4-70= permeabilitas sedang,

>70= permeabilitas tinggi; HIA (%) 0 -20=tidak diabsorpsi dengan baik, 20 – 70=cukup
terabsorpsi, 70 – 100=terabsorpsi dengan baik; PPB (%) >90=terikat kuat, <90=terikat lemah.
 Dilihat dari tabel diatas maka Caco2 kurang dalam tubuh. Senyawa ke lima
pada senyawa turunan 2,4,5, dan 6 memiliki memiliki nilai PPB 92.332095 > 90.
nilai permeabilitas sedang. Sedangkan Sedangkan senyawa induk, senyawa
senyawa yang lainnya memiliki 1,2,3,4,6, dan 7 dapat terikat lemah yaitu <
permeabilitas yang rendah. Suatu senyawa 90. Maka dilihat dari data ADME senyawa
harus memiliki kemampuan menembus yang bagus yang dapat digunakan sebagai
membran sel yang baik agar dapat obat yaitu senyawa turunan ke empat.
mencapai jaringan target sehingga dapat Pada pengujian toksisitas yang
memberikan aktivitas. dilakukan terhadap senyawa yaitu dengan
Berdasarkan hasil pengujian ADME melihat sifat mutagenik dari senyawa
pada tabel diatas, dapat diketahui bahwa tersebut. Mutagen adalah zat yang dapat
semua senyawa usulan memiliki nilai HIA menyebabkan mutasi pada tanaman atau
pada rentang 70 – 100%. Artinya, semua hewan, yang dapat menyebabkan berbagai
senyawa dapat diabsorpsi dengan baik di konsekuensi. Mutagen dapat menyebabkan
dalam tubuh. Human intestinal absorption mutasi genetik, kemudian dapat
(HIA) berkaitan dengan kemampuan suatu berkontribusi terhadap perkembangan
senyawa untuk dapat diabsorpsi di dalam kanker, membuat mutagen ini karsinogenik
tubuh. Asorbsi obat merupakan selain mutagenik. Prediksi toksisitas
pengambilan obat dari tempat aplikasinya menggunakan PreADMET menunjukkan
ke sirkulasi sitemik. bahwa semua senyawa usulan memiliki
Efisiensi obat dapat dipengaruhi oleh sifat mutagen. (Ruswanto, dkk. 2019). Pada
sejauh mana ia mengikat protein dalam data yang diperoleh semua nilai Ames_test
plasma darah (Plasma Protein Binding). yaitu mutagen untuk bakteri
Semakin rendah ikatan obat, semakin Staphylococcus aureus. Sedangkan pada
efisien obat tersebut melintasi membran sel. carcino rat dan carcino mouse adalah
Obat dalam darah ada dalam dua bentuk parameter yang menyatakan senyawa
yaitu terikat dan tidak terikat. Hal ini tersebut bersifat karsinogenik dikarenakan
bergantung pada afinitas obat pada protein adanya gugus tiadiazol yang termasuk
plasma, sebagian obat dapat terikat pada dalam senyawa heterosiklik. Dimana
protein plasma, dan sisanya tidak terikat beberapa senyawa heterosiklik merupakan
(Nursamsiar, 2016). Berdasarkan pada zat karsinogenik.
tabel diatas, senyawa ke lima dapat terikat KESIMPULAN
kuat pada protein sehingga diprediksi Hasil docking senyawa turunan
memiliki kemampuan terdistribusi yang thiazolidine-2,4-dion terhadap reseptor
2xcg, senyawa yang lebih baik dilihat dari Bissantz, C., G.Folkers, D.Rognan. 2000.
binding affinity yaitu senyawa turunan lima Protein-based Virtual Screening of
dengan nilai -10,8905, dimana semakin Chemical Databases : Evaluation of
kecil nilai binding affinity maka afinitas Different Docking/Scoring
antar reseptor dengan senyawa semakin Combinations. Journal of Medicinal
tinggi. Namun dilihat dari data ADME dan Chemistry.Vol 43. 4759-4767.
toxicity senyawa yang paling baik yaitu Dany. P., Lattimer. J. M., Prakash. M.,
senyawa turunan empat karena pada Steiner. A.W., 2013, Stellar
senyawa turunan empat nilai Caco2 Superfluids, Inspire, INT-PUB-009.
termasuk permeabilitas sedang, HIA dapat Feig M, Onufriev A, Lee MS, Im W, Case
terabsopsi dengan baik dan plasma protein DA, Brooks CL. 2004. Performance
binding < 90 sedangkan pada senyawa comparison of generalized born and
turunan lima yang membedakannya yaitu Poisson methods in the calculation of
nilai plasma protein binding > 90 yang electrostatic solvation energies for
termasuk terikat kuat sehingga diprediksi protein structures. J Computat
memiliki kemampuan terdistribusi yang Chem 25(2): 265–284.
kurang dalam tubuh. Pada semua senyawa Jeong, TS., Kim, JR., Kim, KS, Cho, KH.,
ini bersifat karsinogenik sehingga senyawa Bae, KH., Lee, WS, 2004. Efek
ini kurang baik digunakan untuk penghambatan dari
antibakteri. benzylidenethiazolidine-2,4-diones
yang berganti-ganti pada Oksidasi
DAFTAR PUSTAKA
LDL. Bioorg. Med. Chem 12, 4017-
Amelia, F. 2015. Modeling Struktur Protein
4023.
Vaksin H5N1 HA BTB
Kartasasmita RE., Anugrah R., Tjahjono
Menggunakan I-Tasser. Fakultas
DH. 2015. Kajian Docking Dan
Matematika dan IPA Universitas
PrediksiBeberapa Aspek
Negeri Padang
Farmakokinetika Desain Molekul
Athar M, Lone MY, Jha PC. 2017. First
Turunan Kuinin Sebagai Upaya
protein drug target’s appraisal of
Menemukan Kandidat Senyawa
lead-likeness descriptors to unfold
Antimalaria Yang Baru. Kartika
the intervening chemical space.
Jurnal Ilmiah Farmasi. 3 (1): 13-20.
Journal of Molecular Graphics and
Kontoyianni, M., McClellan, Sokol. 2004.
Modelling. 72: 272–282.1
Evaluation of Docking Performance :
Comparative Data on Docking
 Algorithm. Journal of Medicinal Farmasi Universitas Muhammadiyah
Chemistry. Vol 47. 558- 565. Surakarta.
Lengauer T, Rarey M. 1996. Computational Saputri, K. E., Nurul F., Erwinda K., Dedy
methods for biomolecular P, Broto S. 2016. Docking Molekular
docking. Curr Opin Struct Biol 6(3): Potensi Antidiabetes Melitus Tipe 2
402-406. Turunan Zerumbon sebagai Inhibitor
Nursamsiar, Toding, A. T., Awaluddin, A. Aldosa Reduktase dengan Autodock-
2016. Studi In Silico Senyawa Vina. Chimica et Natura Acta. Vol.
Turunan Analog Kalkon dan 4(1): 16-12.
Pirimidin sebagai Antiinflamasi: Syahputra, G., Ambarsari, L., Sumaryada,
Prediksi Absorpsi, Distribusi, dan T. 2014. Simulasi Docking Kurkumin
Toksisitas. PHARMACY, Vol.1. Enol, Bisdemetoksikurkumin dan
Pratama, M.R.F. 2015. Molecular Docking Analognya sebagai Inhibitor
of Anticanced Agents: Artemsinin Enzim12Lipoksigenase. Jurnal
and Derivatives as HER2 Inhibitor. Biofisika. Vol.10.
Proceedings of 1st Sari Mulia Tambunan USF, Amri N, Parikesit AA.
International Conference on Health 2012. In silico design of cyclic
and Science 2015. Banjarmasin. peptide as influenza virus, a subtype
Ruswanto, Nur Rahayuningsih, Nur Laeli H1N1 neuraminidase inhibitor.
Dwi Hidayati, Ginna Sri Nuryani, African Journal of Biotechnology
Richa Mardianingrum. Uji In Vitro 11(52): p11474-11491.
dan Studi In Silico Senyawa Turunan Trotsko, N., Wujec, M., Kosikowska, U.,
N’-Benzoylisonicotinohydrazide Malm, A., 2017. Sintesis turunan
sebagai Kandidat Antituberkulosis. asam asetat baru (2,4-
JURNAL ILMU KEFARMASIAN dioxothiazolidin-5-yl) dengan
INDONESIA, Oktober 2019, hlm. piperazine dan 1,2,4-triazole
218-226. E-ISSN: 2614-6495. pengganti dan evaluasi aktivitas
Santoso, B., Utomo, R. S., Wiyoga, M. D. antimikroba mereka. Int. J. Med.
2016. Analisis Hubungan Senyawa Chem Anal 7, 41-47.
Golongan Flavonoid dari 24 Famili Yanuar, A. 2012. Penambatan Molekular:
Tanaman terhadap Aktivitas Praktek dan Aplikasi Virtual
Penangkap Radikalnya. Fakultas Screening. Depok: Fakultas Farmasi
UI