Nama Kelompok 7 :

1.
2.
3.
4.
5.
6.

Dinamika Struktural Pengikatan Agonis dan Antagonis pada

Reseptor Androgen
Reseptor androgen (AR) adalah reseptor nuklir hormon steroid yang mengikat ligan
androgenik endogennya (agonis), testosteron dan dihidrotestosteron (DHT), mengubah transkripsi gen
yang menghasilkan beragam efek biologis. Anti-androgen, seperti obat-obatan bicalutamide dan
hydroxyflutamide, bertindak sebagai agonis tanpa adanya androgen dan sebagai antagonis jika ada
atau dalam konsentrasi tinggi. Mekanisme aksi tingkat atom oleh agonis dan antagonis AR kurang
dikarakterisasi dengan baik. Oleh karena itu, dalam penelitian ini, beberapa 1 ÿs dinamika molekuler
(MD), simulasi docking dan analisis gangguan-respons dilakukan untuk lebih mengeksplorasi sifat
interaksi antara agonis atau antagonis dan AR dan perubahan konformasi yang diinduksi dalam AR
pada interaksi dengan berbagai ligan..Mengkarakterisasi mekanisme masuk / keluar ligan dan
menemukan bahwa Helix-12 dan motif struktural terdekat merespons secara dinamis dalam proses itu.
Pemodelan menunjukkan bahwa agonis dan antagonis/ agonis membentuk ikatan hidrogen dengan
Thr877/Asn705 dan interaksi ini tidak terjadi pada antagonis. Pengikatan agonis dengan AR
meningkatkan mobilitas residu di situs alosterik dan situs pengikatan koaktivator, sedangkan
pengikatan antagonis menurunkan mobilitas di situs penting ini. Situs baru juga diidentifikasi sebagai
permukaan potensial untuk pengikatan alosterik. Hasil ini menjelaskan efek agonis dan antagonis
pada struktur dan dinamika AR

Metode yang digunakan :

1. Docking Ligan ke AR
Satu set ligan agonis dan antagonis AR ditunjukkan dalam Skema 1. Docking set ligan ini ke
LBD AR dilakukan dengan rangkaian perangkat lunak Maestro (Schrödinger; New York,
NY, 2018–4). Agonis dan antagonis disiapkan untuk simulasi menggunakan modul LigPrep.
37 Ligan kemudian merapat ke kantong pengikat ligan tipe liar human AR (PDB: 3ZQT)
menggunakan GLIDE docking.38 Grid dipusatkan pada ligand binding pocket AR. Docking
dilakukan menggunakan pengaturan SP (Standard Precision) Glide dengan ligan PNyang
diperlakukan secara fleksibel.
2. Perhitungan Partial Charges dan Parameter Medan Gaya Ligan
Agonis dan antagonis AR menjadi sasaran perhitungan optimisasi menggunakan tingkat teori
Gaussian 09 rev D01 dan B3LYP/6–31G(d,p).39 dan tanpa kendala geometris. Muatan atom
parsial untuk geometri ligan yang dioptimalkan dihitung menggunakan tingkat teori yang
sama, menggunakan protokol potensial elektrostatik terkendali (RESP) berdasarkan potensial
elektrostatik yang dihasilkan Gaussian (ESP).40 Parameter medan gaya untuk ligan adalah
kombinasi dari yang sudah ada dari Generalized Amber Force Field (GAFF force field) dan
yang baru dihitung menggunakan modul Antechamber paket AMBER 18.41
3. Simulasi Dinamika Molekuler kompleks AR/ligan
Simulasi MD dari semua kompleks berlabuh dilakukan dengan menggunakan suite program
AMBER 18. Metode partikel-mesh Ewald (PME) digunakan untuk menghitung interaksi
elektrostatik jarak jauh di luar batas 12 Å. Kondisi batas periodik diterapkan untuk semua
simulasi dengan ansambel isotermal-isobarik (NPT) pada 300 K dan tekanan 1 atm
dipertahankan masing-masing menggunakan termostat Langevin dan algoritma kopling
lemah Berendsen. Frekuensi tumbukan ditetapkan sebagai 5 psÿ1. Algoritma SHAKE
digunakan untuk membatasi atom hidrogen saja.44 Simulasi produksi 1 µs MD untuk setiap
kompleks ligan/AR direplikasi tiga kali, menggunakan seed acak yang berbeda untuk
kecepatan awal untuk mendapatkan sampling ruang koordinat yang baik
4. Simulasi Dinamika Molekuler Akselerasi Acak (RAMD)
Simulasi RAMD48 diimplementasikan dalam rangkaian program NAMD 2.1349 digunakan
untuk menyelidiki potensi jalur disosiasi testosteron dari situs pengikatan ligan AR. Karena
ligan berpotensi keluar dari berbagai saluran, delapan puluh simulasi berbeda dilakukan
untuk mendapatkan statistik yang baik dari saluran keluar ligan. Pada masing-masingnya,
gaya acak diterapkan untuk mempercepat gerakan ligan, dengan gaya diatur ke 14 atau 16
kkal molÿ1Åÿ1. Arah gaya awal dipilih secara acak oleh algoritma.
5. Perturbasi-respon Dekomposisi Lintasan Dinamika Molekul
Perturbasi diterapkan pada matriks Hessian efektif dengan konstanta pegas 10 kkal/mol/Å2
dalam radius 10 Å. Profil respons perturbasi dihitung menggunakan metode yang dijelaskan
sebelumnya.51 Profil respons dan perturbasi selanjutnya didekomposisi menjadi perturbasi
yang menimbulkan respons stabilisasi (penurunan mobilitas) dan respons destabilisasi
(peningkatan mobilitas) seperti yang dijelaskan dalam penelitian kami sebelumnya.

Hasil :
1. Perbedaan Interaksi Ligan Agonis dan Antagonis dengan AR
Ligan agonis dan antagonis dimasukkan ke dalam kantong pengikat ligan AR. Mode
pengikatan yang diprediksi dari semua ligan mengungkapkan bahwa semua agonis
membentuk ikatan hidrogen (ikatan-H) dengan Arg752.
2. Struktur dan Dinamika AR saat Mengikat ke Ligan
Untuk menjelajahi struktur dan dinamika mode pengikatan ligan yang berbeda di AR LBD,
kami melakukan simulasi berbasis MD dari kompleks ligan AR yang dipasang seperti yang
dijelaskan dalam Bahan dan Metode. Untuk mengevaluasi dinamika konformasi yang
diinduksi oleh agonis dan antagonis yang berbeda, fluktuasi root mean square (RMSF) untuk
setiap residu dihitung untuk simulasi 500 ns terakhir dan dirata-rata selama tiga simulasi.
3. Ikatan Hidrogen antara Ligan dan AR
Hasil docking menunjukkan bahwa ikatan-H antara ligan dan AR berperan penting dalam
pengikatannya. Residu yang terlibat dalam pembentukan ikatan-H dengan ligan yang berbeda
dengan penempatannya. Perbedaan yang mencolok antara mode pengikatan agonis dan
antagonis adalah tidak adanya interaksi ikatan H antara ligan AR dan antagonis. Agonis kuat
seperti DHT, 17ÿ-trenbolone, dan methyltrienolone semuanya membentuk ikatan-H dengan
Thr877 dengan rata-rata hunian waktu lebih dari 90%, sedangkan testosteron membentuk
ikatan-H dengan Asn705 tetapi juga dengan hunian yang tinggi.
4. Analisis Energi Bebas Ikatan menggunakan MM-PBSA
Untuk mendapatkan wawasan lebih lanjut tentang afinitas pengikatan antara berbagai ligan
dan AR, ÿGbind dihitung menggunakan metode MM-PBSA standar yang diterapkan di
AMBER 18.41 Energi bebas pengikatan yang dihitung dirata-ratakan selama 50 ns terakhir
dari tiga imulasi berbeda yang dilakukan dengan masing-masing ligan/ kompleks AR. Bahwa
energi bebas pengikat agonis berada dalam kisaran ~ÿ14 hingga ~ÿ16 kkal/mol, sedangkan
nilai untuk antagonis dan agonis/antagonis sedikit lebih lemah dengan nilai berkisar dari ÿ8
hingga ÿ12 kkal/mol.
5. Perubahan Respons Dinamis
Untuk memahami perubahan dalam dinamika/mobilitas AR saat berikatan dengan ligan yang
berbeda, kami mengikuti metodologi yang diterbitkan sebelumnya untuk menghitung dan
mendekomposisi respons terhadap perturbasi.51 Profil respons dinamis rata-rata
didekomposisi menjadi respons stabilisasi (ss) dan respons destabilisasi ( sd). Derajat relatif
perubahan dalam respons terhadap gangguan stabilisasi untuk kompleks agonis, antagonis,
dan agonis/antagonis.
6. Disosiasi Androgen dari AR Ligand Binding Pocket
Kantung pengikat ligan AR terkubur jauh di dalam LBD. Penting untuk memahami
mekanisme masuk/keluarnya ligan ke kantong dalam ini untuk memahami residu dan motif
struktural mana yang merespons secara dinamis dalam proses tersebut. Oleh karena itu,
testosteron berlabuh di situs pengikatan ligan AR dan lima puluh langkah simulasi RAMD
dilakukan seperti yang dijelaskan di bagian metode. Simulasi RAMD pada awalnya
dirancang untuk memberikan ide tentang rute keluar dari situs pengikatan ligan yang terkubur
dan oleh karena itu mengisyaratkan rute akses ligan.
7. Identifikasi Kemungkinan Situs Alosterik
Permukaan AR memiliki situs pengikatan ligan alosterik yang memodulasi aktivitas AR.52.
Sejauh ini, tiga situs tersebut telah diidentifikasi dalam AR, yaitu AF2, BF3 dan BF4.52
Menargetkan situs permukaan ini telah menghasilkan terapi baru untuk kanker prostat. Secara
bersama-sama, kami berspekulasi bahwa peningkatan mobilitas residu di situs AF2 dan BF3
pada pengikatan agonis di LBP membantu mengikat ko-aktivator yang pada gilirannya
mentransfer sinyal alosterik ke domain pengikatan DNA untuk aktivitas transkripsionalnya.
Studi lain juga menunjukkan bahwa koaktivator reseptor nuklir meningkatkan transaktivasi
yang dimediasi AR61, 62.
Menjelaskan di sini fluktuasi konformasi skala lama dalam struktur AR LBD ketika
terikat pada agonis dan antagonis. Bahwa mengidentifikasi saluran di dekat Helix-12 sebagai
rute masuk/keluar yang paling mungkin untuk ligan di saku pengikat ligan AR. Agonis dan
antagonis menunjukkan mode pengikatan yang berbeda, dengan agonis membentuk ikatan-H
dengan Thr877 atau Asn705. Umumnya, agonis mentransfer sinyal alosterik melalui Helix-7
ke kantong pengikat kofaktor dengan meningkatkan mobilitas Helix-7, Helix-12, AF2 dan
BF3, sementara antagonis meningkatkan stabilitas keseluruhan LBD AR. Fleksibilitas yang
diinduksi oleh agonis memungkinkan pengikatan koaktivator dan menstabilkan kompleks.
Hydroxyflutamide dan bicalutamide menunjukkan respons dinamis yang serupa dengan
agonis dengan ikatan H yang sedikit lebih lemah dengan Thr877 atau Asn705. Aktivitas
agonis dari ligan ini ditentukan oleh afinitas pengikatan dan kemampuan untuk menggantikan
androgen endogen. Kami juga mengidentifikasi situs permukaan lain yang sebelumnya tidak
diketahui pada AR LBD yang dapat mengikat molekul kecil dan mengubah fungsi normal
AR.

Daftar Pustaka : J Phys Chem B. 2019 September 12; 123(36): 7657–7666.

doi:10.1021/acs.jpcb.9b05654