Machine Translated by Google

Akses Publik HHS

Naskah penulis
J Fisika kimia B . Naskah penulis; tersedia di PMC 2019 12 September.
Diterbitkan dalam bentuk edit akhir
J Fisika kimia B sebagai: . 12 September 2019; 123(36): 7657–7666. doi:10.1021/acs.jpcb.9b05654.

Dinamika Struktural Pengikatan Agonis dan Antagonis pada

Reseptor Androgen

Ettayapuram Ramaprasad Azhagiya Singam1, Phum Tachachartvanich2, Michele A. La Merrill2,

, Kimia,
Martyn T. Smith3,* Kathleen A. Durkin1,*
University
1Molecular
of California,
GraphicsBerkeley,
and Computation
CA, USA Facility, Fakultas

2Departemen Toksikologi Lingkungan, University of California, Davis, CA, USA

3Divisi Ilmu Kesehatan Lingkungan, Sekolah Kesehatan Masyarakat, Universitas California,

Berkeley, CA, AS

Abstrak
Reseptor androgen (AR) adalah reseptor nuklir hormon steroid yang mengikat ligan androgenik
endogennya (agonis), testosteron dan dihidrotestosteron (DHT), mengubah transkripsi gen yang
menghasilkan beragam efek biologis. Anti-androgen, seperti obat-obatan bicalutamide dan
hydroxyflutamide, bertindak sebagai agonis tanpa adanya androgen dan sebagai antagonis jika ada
atau dalam konsentrasi tinggi. Mekanisme aksi tingkat atom oleh agonis dan antagonis AR kurang
dikarakterisasi dengan baik. Oleh karena itu, dalam penelitian ini, beberapa 1 ÿs dinamika molekuler
(MD), simulasi docking dan analisis gangguan-respons dilakukan untuk lebih mengeksplorasi sifat
interaksi antara agonis atau antagonis dan AR dan perubahan konformasi yang diinduksi dalam AR
pada interaksi dengan berbagai ligan. Kami mengkarakterisasi mekanisme masuk / keluar ligan dan
menemukan bahwa Helix-12 dan motif struktural terdekat merespons secara dinamis dalam proses
itu. Pemodelan menunjukkan bahwa agonis dan antagonis/ agonis membentuk ikatan hidrogen
dengan Thr877/Asn705 dan interaksi ini tidak terjadi pada antagonis. Pengikatan agonis dengan
AR meningkatkan mobilitas residu di situs alosterik dan situs pengikatan koaktivator, sedangkan
pengikatan antagonis menurunkan mobilitas di situs penting ini. Situs baru juga diidentifikasi sebagai
permukaan potensial untuk pengikatan alosterik. Hasil ini menjelaskan efek agonis dan antagonis
pada struktur dan dinamika AR.

Abstrak Grafis

* Kepada siapa korespondensi harus ditujukan. Kathleen A. Durkin: durkin@berkeley.edu, Martyn T. Smith :
martynts@berkeley.edu.
Informasi Pendukung Tersedia
Informasi Pendukung Tabel S1-S12: Koefisien Korelasi Linier untuk RMSF
Machine Translated by Google

Singam dkk. Halaman 2

pengantar

Reseptor androgen (AR) adalah anggota superfamili reseptor nuklir (NR). Setelah mengikat
ligan androgenik endogen seperti testosteron dan dihidrotestosteron (DHT), AR melokalisasi
nukleus dan mengikat elemen respons androgen untuk mengatur transkripsi gen sensitif
androgen.1, 2 AR memainkan peran penting dalam regulasi banyak perkembangan normal dan
proses fisiologis termasuk hipertrofi otot, fungsi reproduksi, prostat dan perkembangan testis.
Struktur AR terdiri dari domain N-terminal, domain pengikat DNA, dan domain pengikat ligan (LBD)
yang dihubungkan oleh daerah engsel.3 Transkripsi N-terminal dan kontrol LBD melalui fungsi
aktivasi 1 (AF1) dan fungsi aktivasi 2 (AF2) situs, masing-masing.3, 4 Selain AF2, situs pengikatan
lain yang dikenal di LBD termasuk kantong pengikat ligan dan fungsi
Koaktivator
pengikatan
AR 3
adalah
(BF3).5
protein
yang berikatan dengan situs AF2 untuk memodulasi Tindakan transkripsi AR.6

Terlepas dari ligan endogen, ligan eksogen seperti bahan kimia lingkungan dan obat-obatan
juga dapat berinteraksi dengan AR dan mengubah fungsi normalnya.7 Ini dapat bertindak
sebagai agonis atau antagonis, menempati situs aktif reseptor dan menghalangi aktivasi normal
oleh hormon endogen, memodulasi perekrutan co-aktivator (atau co represor) ke kompleks
transkripsi. Beberapa bahan kimia diketahui menyebabkan toksisitas dengan bertindak sebagai
antagonis termasuk fungisida dicarboximide (misalnya vinclozolin dan procymidone), linuron, dan
flutamide.8-10 Studi sebelumnya telah menunjukkan bahwa gangguan pada jalur pensinyalan AR
dikaitkan dengan banyak hasil kesehatan yang merugikan seperti kesehatan reproduksi yang
abnormal. , sindrom insensitif androgen, dan kanker prostat.11–13 Penelitian telah menunjukkan
bahwa pensinyalan androgen dan AR memainkan peran penting dalam perkembangan dan
perkembangan kanker prostat.1, 2, 14–16 Obat-obatan farmasi yang menargetkan kaskade
pensinyalan AR adalah primer pengobatan untuk kanker prostat. Antagonis AR telah terbukti
bermanfaat untuk mengobati kanker prostat dengan menghalangi aktivitas AR.17–19 Menekan
aktivitas transkripsi AR dengan antagonis nonsteroid seperti hidroksiflutamid, enzalutamid, dan R-
bikalutamid adalah pengobatan yang efektif untuk kanker prostat.20–22 Namun, mutasi pada
kantong pengikat ligan AR dapat mengubah aktivitas sehingga mereka malah
agonis.23,24
bertindakSecara
sebagai
khusus, pengikatan bikalutamid R ke mutan W741L/C terbukti bertindak sebagai agonis.25 Selain
itu, Klocker dan rekan kerja menunjukkan bahwa bicalutamide memperoleh sifat agonis selama
ablasi androgen jangka panjang . Hidroksiflutamid juga telah dilaporkan menunjukkan efek agonis
dalam konsentrasi tinggi.22, 27 Mekanisme dimana antagonis menjadi agonis masih sulit dipahami.
Claudio dan rekan kerja telah menggunakan molekul 2,5 nanodetik (ns).

J Fisika kimia B . Naskah penulis; tersedia di PMC 2019 12 September.

Machine Translated by Google

Singam dkk. Halaman 3

simulasi dinamika untuk memahami dasar molekuler ligan sebagai agonis atau antagonis AR.28
Namun, mendapatkan pengetahuan terperinci tentang tingkat dan signifikansi dinamika AR ketika
dikomplekskan menjadi agonis dibandingkan dengan antagonis membutuhkan jumlah pengambilan
sampel konformasi yang jauh lebih besar, karena dari sejumlah besar derajat kebebasan dan skala
waktu lama yang terlibat dalam gerakan kolektif LBD AR.
Dalton dan rekan kerja telah mengkristalkan bentuk mutan AR LBD yang dikomplekskan
dengan bicalutamide (PDB:1Z95),25 memberikan wawasan struktural ke dalam efek agonis
atau antagonis dari ligan ini di AR. Secara umum, pengikatan LBD NR ke steroid diketahui
menyebabkan perubahan struktural dan dinamis di dalam LBD.29–31 Misalnya, pengikatan
estrogen mengubah konformasi heliks 12 (H12) pada reseptor estrogen.32, 33 Itu diketahui bahwa
stabilitas keseluruhan LBD AR meningkat setelah mengikat agonis asli. Pengikatan AR terhadap
androgen diketahui memengaruhi daerah fungsional LBD-nya seperti AF2 dan BF3 dan situs
permukaan fungsional yang tidak diketahui. Baru-baru ini, Li et al, menyelidiki interaksi antara
agonis dan antagonis AR dan pengaruhnya pada pengikatan ko-aktivator menggunakan simulasi
MD.34 Smieško et al menggunakan docking molekuler dan simulasi MD untuk membedakan
konformasi agonis dan antagonis AR, menunjukkan bahwa membedakan antagonis AR dari agonis
tidak mungkin dilakukan dengan pendekatan mereka saat ini saja.35 Hong et al, mempelajari
perubahan struktural dalam AR setelah mengikat agonis dan antagonis menggunakan bicalutamide
sebagai antagonis contohnya, tetapi bicalutamide diketahui bertindak sebagai agonis tanpa adanya
androgen dan dengan demikian bukan model yang baik. 36 Dengan demikian, detail informasi
struktural dan dinamis lokal dan global adalah hilang untuk AR saat mengikat agonis dan antagonis
yang berbeda. Oleh karena itu, dalam penelitian ini kami membahas hal-hal berikut:

• Mencirikan interaksi pengikatan kritis antara AR LBD dan ligan agonis atau antagonis;

• Memberikan wawasan tentang respons dinamis AR saat berinteraksi dengan ligan

agonis dan antagonis menggunakan simulasi panjang 1 mikrodetik dan analisis
gangguan;

• Identifikasi residu permukaan yang sebelumnya tidak diketahui yang berpotensi

menginduksi allostery di AR.

Pemahaman yang lebih baik tentang perubahan konformasi AR setelah mengikat ligan agonis dan
antagonis yang berbeda dapat membantu dalam desain rasional senyawa baru untuk pengobatan
kanker prostat dan gangguan perkembangan. Dalam studi ini, beberapa satu mikrodetik (µs)
Simulasi MD dilakukan pada kompleks agonis, antagonis dan antagonis / agonis yang terikat
pada AR LBD untuk memahami efek ligan ini pada konformasi AR.

Bahan dan metode

Docking Ligan ke AR

Satu set ligan agonis dan antagonis AR ditunjukkan dalam Skema 1. Docking set ligan ini ke
LBD AR dilakukan dengan rangkaian perangkat lunak Maestro (Schrödinger; New York, NY,
2018–4). Agonis dan antagonis disiapkan untuk simulasi menggunakan modul LigPrep. 37 Ligan
kemudian merapat ke kantong pengikat ligan tipe liar

J Fisika kimia B . Naskah penulis; tersedia di PMC 2019 12 September.

Machine Translated by Google

Singam dkk. Halaman 4

human AR (PDB: 3ZQT) menggunakan GLIDE docking.38 Grid dipusatkan pada ligand binding
pocket AR. Docking dilakukan menggunakan pengaturan SP (Standard Precision) Glide dengan ligan
yang diperlakukan secara fleksibel.

Perhitungan Partial Charges dan Parameter Medan Gaya Ligan

Agonis dan antagonis AR menjadi sasaran perhitungan optimisasi menggunakan tingkat teori
Gaussian 09 rev D01 dan B3LYP/6–31G(d,p).39 dan tanpa kendala geometris. Muatan atom parsial
untuk geometri ligan yang dioptimalkan dihitung menggunakan tingkat teori yang sama, menggunakan
protokol potensial elektrostatik terkendali (RESP) berdasarkan potensial elektrostatik yang dihasilkan
Gaussian (ESP).40 Parameter medan gaya untuk ligan adalah kombinasi dari yang sudah ada dari
Generalized Amber Force Field (GAFF force field) dan yang baru dihitung menggunakan modul
Antechamber paket AMBER 18.41

Simulasi Dinamika Molekuler kompleks AR/ligan

Simulasi MD dari semua kompleks berlabuh dilakukan dengan menggunakan suite program
AMBER 18. Kompleks agonis dan antagonis dengan LBD AR yang diperoleh dari perhitungan
docking Glide dilarutkan dengan air TIP3P . hingga 1000 langkah minimisasi energi yang
menggunakan algoritma turunan curam dan gradien konjugasi. Minimisasi diikuti oleh simulasi MD
500 picosecond (ps) awal. Produksi MD 1 ÿs kemudian dilakukan untuk semua sistem menggunakan
langkah waktu 2 femtosecond (fs) untuk integrasi persamaan gerak dalam ansambel NPT pada 300
K dan pada tekanan 1 atmosfer. Metode partikel-mesh Ewald (PME) digunakan untuk menghitung
interaksi elektrostatik jarak jauh di luar batas 12 Å. Kondisi batas periodik diterapkan untuk semua
simulasi dengan ansambel isotermal-isobarik (NPT) pada 300 K dan tekanan 1 atm dipertahankan
masing-masing menggunakan termostat Langevin dan algoritma kopling lemah Berendsen. Frekuensi
tumbukan ditetapkan sebagai 5 psÿ1. Algoritma SHAKE digunakan untuk membatasi atom hidrogen
saja.44 Simulasi produksi 1 µs MD untuk setiap kompleks ligan/AR direplikasi tiga kali, menggunakan
seed acak yang berbeda untuk kecepatan awal untuk mendapatkan sampling ruang koordinat yang
baik. Pasca pemrosesan dan analisis dilakukan menggunakan alat analisis GROMACS 2018.3.45
Paket VMD 1.9.4 46 dan PyMol 2.3.147 digunakan untuk analisis visualisasi.

Simulasi Dinamika Molekuler Akselerasi Acak (RAMD)

Simulasi RAMD48 diimplementasikan dalam rangkaian program NAMD 2.1349 digunakan

untuk menyelidiki potensi jalur disosiasi testosteron dari situs pengikatan ligan AR. Karena ligan
berpotensi keluar dari berbagai saluran, delapan puluh simulasi berbeda dilakukan untuk mendapatkan
statistik yang baik dari saluran keluar ligan. Pada masing-masingnya, gaya acak diterapkan untuk
mempercepat gerakan ligan, dengan gaya diatur ke 14 atau 16 kkal molÿ1Åÿ1. Arah gaya awal dipilih
secara acak oleh algoritma.
Setelah masing-masing simulasi MD 100 fs, arah gaya dipertahankan jika pusat massa ligan bergerak
setidaknya 0,025 Å. Kalau tidak, itu diubah secara acak. Simulasi dihentikan ketika pusat massa ligan
telah bergerak lebih jauh dari 30 Å darinya

J Fisika kimia B . Naskah penulis; tersedia di PMC 2019 12 September.

Machine Translated by Google

Singam dkk. Halaman 5

posisi asli. Peristiwa keluar terjadi pada skala waktu yang berbeda untuk setiap simulasi, tetapi
panjang maksimum simulasi diatur ke 3 ns. Koordinat disimpan pada interval 1 ps.

Perturbasi-respon Dekomposisi Lintasan Dinamika Molekul

3N
nÿ n dibangun untuk setiap lintasan MD menggunakan
Matriks kovarians Q = RTÿn = 1 n

paket JED.50 Matriks Hessian yang efektif diperoleh dari Ho = RT Qÿ1. Itu
1 3N
noise acak dihilangkan dengan substitusi ÿ n ÿnÿc = 3N ÿ c ÿn = c ÿ n di atas nÿ c

subruang seperti yang dijelaskan dalam makalah metode kami sebelumnya.51 Perturbasi
diterapkan pada matriks Hessian efektif dengan konstanta pegas 10 kkal/mol/Å2 dalam radius 10
Å. Profil respons perturbasi dihitung menggunakan metode yang dijelaskan sebelumnya.51 Profil
respons dan perturbasi selanjutnya didekomposisi menjadi perturbasi yang menimbulkan respons
stabilisasi (penurunan mobilitas) dan respons destabilisasi (peningkatan mobilitas) seperti yang
dijelaskan dalam penelitian kami sebelumnya.

Hasil dan Diskusi

Perbedaan Interaksi Ligan Agonis dan Antagonis dengan AR

Ligan agonis dan antagonis dimasukkan ke dalam kantong pengikat ligan AR. Mode
pengikatan yang diprediksi dari semua ligan ditunjukkan pada Gambar 1, mengungkapkan bahwa
semua agonis membentuk ikatan hidrogen (ikatan-H) dengan Arg752. 17ÿ-trenbolone dan
testosteron memiliki ikatan H tambahan dengan Asn705, sedangkan methyltrienolone, androgen
sintetik membentuk ikatan H dengan Thr877. Neburon memiliki interaksi ikatan-H dengan Leu-704
sementara antagonis lainnya tidak memiliki donor atau akseptor ikatan-H. Bicalutamide dan
hydroxyflutamide, yang dapat bertindak sebagai agonis atau antagonis, membentuk ikatan-H
dengan Asn705 dan Arg752. Perbedaan utama antara pengikatan ligan agonis dan antagonis
adalah ada atau tidaknya ikatan H antara ligan dan reseptor.

Struktur dan Dinamika AR saat Mengikat ke Ligan

Untuk menjelajahi struktur dan dinamika mode pengikatan ligan yang berbeda di AR LBD, kami
melakukan simulasi berbasis MD dari kompleks ligan AR yang dipasang seperti yang dijelaskan
dalam Bahan dan Metode. Untuk mengevaluasi dinamika konformasi yang diinduksi oleh agonis
dan antagonis yang berbeda, fluktuasi root mean square (RMSF) untuk setiap residu dihitung
untuk simulasi 500 ns terakhir dan dirata-rata selama tiga simulasi. Gambar 2 menampilkan variasi
RMSF dari setiap residu AR LBD dengan masing-masing ligan.
Koefisien korelasi linier untuk RMSF antara semua kompleks ligan-AR diberikan pada Tabel S1.
Data yang ditabulasi menunjukkan bahwa ada kesamaan keseluruhan dalam RMSF antara semua
kompleks. Koefisien korelasi linear untuk RMSF antara Helix dan loop yang berbeda diberikan
dalam informasi pendukung Tabel S2–S12. Nilai korelasi menunjukkan bahwa profil RMSF
bervariasi paling kuat di H3, loop antara H3 dan H4, H12 dan loop antara H11 dan H12. H6
kompleks Bicalutamide-AR menyimpang paling banyak dari semua kompleks AR lainnya.
Pengamatan ini menyoroti bahwa dinamika utama kompleks agonis AR, antagonis AR dan agonis /
antagonis AR berbeda terutama pada H3, H12 dan loop terdekat.

J Fisika kimia B . Naskah penulis; tersedia di PMC 2019 12 September.

Machine Translated by Google

Singam dkk. Halaman 6

Ikatan Hidrogen antara Ligan dan AR

Hasil docking menunjukkan bahwa ikatan-H antara ligan dan AR berperan penting dalam
pengikatannya. Residu yang terlibat dalam pembentukan ikatan-H dengan ligan yang berbeda
dengan penempatannya diberikan pada Tabel 1.

Perbedaan yang mencolok antara mode pengikatan agonis dan antagonis adalah tidak adanya
interaksi ikatan H antara ligan AR dan antagonis. Agonis kuat seperti DHT, 17ÿ-trenbolone, dan
methyltrienolone semuanya membentuk ikatan-H dengan Thr877 dengan rata-rata hunian waktu
lebih dari 90%, sedangkan testosteron membentuk ikatan-H dengan Asn705 tetapi juga dengan
hunian yang tinggi. Sebaliknya, baik Thr877 maupun Asn705 tidak memiliki interaksi ikatan-H
dengan antagonis yang diketahui. Baik hidroksiflutamid dan bikalutamid memiliki ikatan H dengan
Asn705 dengan okupansi masing-masing 21,70 dan 46,70%. Baik hidroksiflutamid dan bikalutamid
membentuk ikatan-H dengan Leu704 dengan okupansi lebih tinggi masing-masing 62,10% dan
90,83.

Analisis Energi Bebas Ikatan menggunakan MM-PBSA

Untuk mendapatkan wawasan lebih lanjut tentang afinitas pengikatan antara berbagai ligan dan
AR, ÿGbind dihitung menggunakan metode MM-PBSA standar yang diterapkan di AMBER 18.41
Energi bebas pengikatan yang dihitung dirata-ratakan selama 50 ns terakhir dari tiga imulasi
berbeda yang dilakukan dengan masing-masing ligan/ kompleks AR. Hasilnya diberikan dalam
Tabel 2 dan menunjukkan bahwa energi bebas pengikat agonis berada dalam kisaran ~ÿ14
hingga ~ÿ16 kkal/mol, sedangkan nilai untuk antagonis dan agonis/antagonis sedikit lebih lemah
dengan nilai berkisar dari ÿ8 hingga ÿ12 kkal/mol. Dengan perhitungan mekanika molekuler (MM)
dalam fase gas, kontribusi interaksi van der Waals (ÿEvdW) serupa di semua sistem, sedangkan
interaksi elektrostatik (ÿEele) yang lebih kuat diamati di semua kompleks agonis dan agonis/
antagonis. Untuk kompleks agonis/antagonis, interaksi elektrostatik yang lebih kuatlah yang
memberikan kontribusi signifikan terhadap keseluruhan energi bebas pengikatan.

Perubahan Respons Dinamis

Untuk memahami perubahan dalam dinamika/mobilitas AR saat berikatan dengan ligan yang
berbeda, kami mengikuti metodologi yang diterbitkan sebelumnya untuk menghitung dan
mendekomposisi respons terhadap perturbasi.51 Profil respons dinamis rata-rata didekomposisi
menjadi respons stabilisasi (ss) dan respons destabilisasi ( sd). Derajat relatif perubahan dalam
respons terhadap gangguan stabilisasi untuk kompleks agonis, antagonis, dan agonis/antagonis
dirangkum dalam Tabel 3. ÿTR adalah perubahan rata-rata dalam jejak matriks kovarians setelah
gangguan stabilisasi, yang menjelaskan besarnya respons dinamis secara keseluruhan.
Pengikatan antagonis menurunkan respons dinamis AR jika dibandingkan dengan apo AR,
sedangkan pengikatan agonis sedikit meningkatkan atau menurunkan respons dinamis,
tergantung pada molekul ligan spesifik. Peningkatan dua kali lipat dalam respons dinamis telah
diamati untuk kompleks bikalutamid-AR. Data ÿTR dinormalisasi relatif terhadap apo sehingga
rel%S
setiap protein diberi persentase relatif ( ) dari respons dinamis untuk menstabilkan gangguan.
Persentase relatif didekomposisi menjadi persentase relatif gangguan stabilisasi yang mengarah
%ss
ke respons stabilisasi ( ) dan persentase relatif gangguan stabilisasi yang mengarah ke respons
%sd untuk
destabilisasi ( ). Dari tabel tersebut dapat dilihat karakteristik respon dinamik secara keseluruhan
agonis dan

J Fisika kimia B . Naskah penulis; tersedia di PMC 2019 12 September.

Machine Translated by Google

Singam dkk. Halaman 7

agonis / antagonis serupa, sedangkan untuk antagonis persentase relatif dari respon stabilisasi
meningkat, dan persentase relatif dari respon destabilisasi menurun sehubungan dengan apo AR.

Profil respons rata-rata (ss dan sd) yang dipetakan pada struktur AR ditunjukkan pada Gambar 3. Profil
respons rata-rata serupa untuk apo AR, kompleks AR agonis dan agonis/antagonis. Tren serupa dalam
kompleks agonis menunjukkan sd yang kuat di Helix-7, Helix-12, dan di situs alosterik BF3 dan situs
AF252 (Gambar 3b hingga 3e). Di kompleks antagonis, Helix 12 dan AF2 menampilkan ss yang kuat.
Studi sebelumnya menunjukkan bahwa daerah protein dengan fleksibilitas / mobilitas tinggi memainkan
peran penting dalam pengikatan yang menguntungkan dengan mitra pengikatan dan dalam regulasi
alosterik.53–55 Secara bersama-sama, hasilnya menunjukkan bahwa semua agonis meningkatkan
mobilitas di daerah AF2 dan BF3 yang kemudian akan memungkinkan pengikatan untuk coactivators.56
Hydroxyflutamide dan bicalutamide memicu respon serupa dengan agonis. Ligan ini dapat bertindak
sebagai agonis pada konsentrasi tinggi atau tanpa adanya androgen.22, 26, 27 Agonisme/antagonisme
ligan ini ditentukan oleh afinitasnya untuk berikatan pada kantong pengikat ligan dengan menggantikan
androgen alami.

Disosiasi Androgen dari AR Ligand Binding Pocket

Kantung pengikat ligan AR terkubur jauh di dalam LBD. Penting untuk memahami mekanisme
masuk/keluarnya ligan ke kantong dalam ini untuk memahami residu dan motif struktural mana yang
merespons secara dinamis dalam proses tersebut. Oleh karena itu, testosteron berlabuh di situs
pengikatan ligan AR dan lima puluh langkah simulasi RAMD dilakukan seperti yang dijelaskan di bagian
metode. Simulasi RAMD pada awalnya dirancang untuk memberikan ide tentang rute keluar dari situs
pengikatan ligan yang terkubur dan oleh karena itu mengisyaratkan rute akses ligan.57 Wade dan rekan
kerja telah mengusulkan akses ligan dan rute keluar berdasarkan simulasi RAMD untuk P450.5758
Lintasan RAMD terungkap pelepasan testosteron melalui tiga saluran berbeda A, B dan C (Gambar 4a).
62,50% lintasan jalan keluar melalui saluran A, 26,25% lainnya melalui saluran B, dan sisanya 11,25%
melalui saluran C. Residu yang terlibat dalam setiap saluran diberikan pada Tabel 4. Saluran A dibuat
oleh loop antara Helix 11 dan Helix 12 (Gambar 4b). Dari penelitian sebelumnya diketahui bahwa pada
reseptor nuklir secara umum, Helix 12 lebih fleksibel dalam bentuk apo AR dan pengikatan ligan
menstabilkan domain pengikatan ligan.30 Meskipun jalur masuk dan keluar ligan dari kantong yang
terkubur dapat bervariasi , dalam penelitian ini diasumsikan bahwa saluran keluar juga merupakan saluran
entri substrat. Jadi, kami mengusulkan bahwa saluran A adalah rute masuk/keluar yang paling mungkin
untuk ligan di AR. Saluran B (Gambar 4c) terletak di antara Helix 1 dan Helix 4 seperti yang ditunjukkan
pada Gambar 4c. Di saluran C (Gambar 4d), ligan keluar melalui saluran yang dibuat oleh AF2. Rekrutmen
ko-aktivator di wilayah AF2 saluran C dapat menstabilkan keseluruhan struktur AR dan mencegah
keluarnya ligan agonis dari kantong melalui saluran ini.

Identifikasi Kemungkinan Situs Alosterik

Permukaan AR memiliki situs pengikatan ligan alosterik yang memodulasi aktivitas AR.52. Sejauh ini, tiga
situs tersebut telah diidentifikasi dalam AR, yaitu AF2, BF3 dan BF4.52 Menargetkan situs permukaan ini
telah menghasilkan terapi baru untuk kanker prostat.52 Kami menggunakan pengaturan default dari
perangkat lunak pengenalan situs SiteMap di Maestro Schrödinger59,60 suite untuk mengidentifikasi potensi

J Fisika kimia B . Naskah penulis; tersedia di PMC 2019 12 September.

Machine Translated by Google

Singam dkk. Halaman 8

Situs permukaan pengikat ligan AR. Peta Situs memperkirakan tiga situs permukaan seperti yang ditunjukkan pada Gambar 5a.

Volume dan data SiteScore diberikan pada Tabel 5. Situs 1 memiliki SiteScore 0,898 dan diperkirakan akan menjadi situs

permukaan yang mengikat. Selanjutnya, studi perturbasi kami menunjukkan bahwa residu di Situs 1 dan Situs 2 masing-masing

dapat memicu respons stabilisasi dan destabilisasi.

Profil gangguan rata-rata untuk apo AR digambarkan pada Gambar 5b. Dapat dilihat dari gambar bahwa residu di situs

alosterik (BF3) memicu respons stabilisasi, yang membuat domain pengikat ligan menjadi kaku. Juga, permukaan Situs 1

yang dibentuk oleh residu dari Helix-7 dan Helix-10/11 terbukti memicu respons stabilisasi yang mirip dengan situs alosterik

BF3 yang diketahui. Mengambil data ini bersama-sama, kami mengusulkan bahwa permukaan Situs 1 yang dibentuk oleh

Helix-7 dan Helix-10/11 mungkin merupakan situs alosterik yang sebelumnya tidak dikenal. Ketika suatu bagian berikatan

dengan permukaan Situs 1 ini, bagian tersebut dapat mengeras dan membatasi masuknya ligan alami.

Secara bersama-sama, kami berspekulasi bahwa peningkatan mobilitas residu di situs AF2 dan BF3 pada
pengikatan agonis di LBP membantu mengikat ko-aktivator yang pada gilirannya mentransfer sinyal alosterik
ke domain pengikatan DNA untuk aktivitas transkripsionalnya. Studi lain juga menunjukkan bahwa koaktivator
reseptor nuklir meningkatkan transaktivasi yang dimediasi AR61, 62

Kesimpulan

Kami menjelaskan di sini fluktuasi konformasi skala lama dalam struktur AR LBD ketika terikat pada agonis dan antagonis.

Kami mengidentifikasi saluran di dekat Helix-12 sebagai rute masuk/keluar yang paling mungkin untuk ligan di saku pengikat

ligan AR. Agonis dan antagonis menunjukkan mode pengikatan yang berbeda, dengan agonis membentuk ikatan-H dengan

Thr877 atau Asn705. Umumnya, agonis mentransfer sinyal alosterik melalui Helix-7 ke kantong pengikat kofaktor dengan

meningkatkan mobilitas Helix-7, Helix-12, AF2 dan BF3, sementara antagonis meningkatkan stabilitas keseluruhan LBD AR.

Fleksibilitas yang diinduksi oleh agonis memungkinkan pengikatan koaktivator dan menstabilkan kompleks. Hydroxyflutamide

dan bicalutamide menunjukkan respons dinamis yang serupa dengan agonis dengan ikatan H yang sedikit lebih lemah dengan

Thr877 atau Asn705. Aktivitas agonis dari ligan ini ditentukan oleh afinitas pengikatan dan kemampuan untuk menggantikan

androgen endogen. Kami juga mengidentifikasi situs permukaan lain yang sebelumnya tidak diketahui pada AR LBD yang dapat

mengikat molekul kecil dan mengubah fungsi normal AR.

Materi tambahan
Lihat versi Web di PubMed Central untuk materi tambahan.

Ucapan terima kasih:

Proyek ini didukung oleh kontrak 17-E0023 (ke MTS) dan 17-E0024 (ke MAL) dari Kantor Penilaian
Bahaya Kesehatan Lingkungan dari Badan Perlindungan Lingkungan California.

Referensi
1.Davey RA; Struktur, fungsi, dan biologi reseptor Androgen Grossmann M: dari bangku ke samping
tempat tidur. Klinik. Biokimia. Wahyu 2016, 37, 3–15. [PubMed: 27057074]

J Fisika kimia B . Naskah penulis; tersedia di PMC 2019 12 September.

Machine Translated by Google

Singam dkk. Halaman 9

2. Syafi'i AA; Yen AE; Reseptor androgen Weigel NL tergantung pada hormon dan tahan pengebirian
kanker prostat. Pharmacol. Ada 2013, 140, 223–238. [PubMed: 23859952]
3. Gao W; Bohl CE; Dalton JT Kimia dan biologi struktur reseptor androgen. kimia Rev 2005, 105, 3352–
3370. [PubMed: 16159155]
4. Jenster G; van der Korput HA; van Vroonhoven C; van der Kwast TH; Penjebak J; Brinkmann AO
Domain reseptor androgen manusia yang terlibat dalam pengikatan steroid, aktivasi transkripsi, dan lokalisasi
subseluler. Mol. Endokrinol 1991, 5, 1396–1404. [PubMed: 1775129]
5. Estebanez-Perpina E; Arnold LA; Nguyen P; Rodrigues ED; Mar E; Bateman R; Pallai P; Shokat KM;
Baxter JD; Guy RK; et al. Permukaan pada reseptor androgen yang secara alosterik mengatur pengikatan
koaktivator. Proses Natl. Acad. Sains. AS 2007, 104, 16074–16079. [PubMed: 17911242]
6. Miring EB; Gampe RT Jr.; Stanley TB; Faggart JL; Wilson EM Modulasi fungsi aktivasi reseptor androgen
2 oleh testosteron dan dihidrotestosteron. J.Biol. Chem 2007, 282, 25801– 25816. [PubMed: 17591767]

7. Delfosse V; Maire AL; Balaguer P; Perspektif struktural Bourguet WA pada reseptor nuklir sebagai
target senyawa lingkungan. Acta. Pharmacol. Sin 2015, 36, 88–101. [PubMed: 25500867]
8.Martinovic D; Blake LS; Durhan EJ; Greene KJ; Kahl MD; Jensen KM; Makinen EA; Villeneuve DL; Ankley
GT Toksisitas reproduksi vinclozolin pada ikan kecil fathead: mengkonfirmasikan mode aksi anti
androgenik. Mengepung. Toksikol. Kimia 2008, 27, 478–488. [PubMed: 18348629]
9.Lambright C; Ostby J; Bobseine K; Wilson V; Hotchkiss AK; Mann PC; Gray LE Jr. Seluler dan
mekanisme molekuler aksi linuron: herbisida antiandrogenik yang menghasilkan malformasi reproduksi
pada tikus jantan. Toksikol. Sci 2000, 56, 389–399. [PubMed: 10910998]
10. Zacharia LC Paparan flutamide antagonis reseptor androgen yang diizinkan setiap hari. Toksikol. Sains
2017, 159, 279–289. [PubMed: 28666357]
11.Shtivelman E; Bir TM; Evans CP Jalur molekuler dan target pada kanker prostat. Oncotarget 2014, 5,
7217–7259. [PubMed: 25277175]
12.Matsumoto T; Sakari M; Okada M; Yokoyama A; Takahashi S; Kouzmenko A; Kato S Reseptor
androgen dalam kesehatan dan penyakit. Tahun. Pendeta Physiol 2013, 75, 201–224. [PubMed:
23157556]
13. PE Lonergan; Tindall DJ Androgen receptor signaling dalam perkembangan kanker prostat dan
kemajuan. J. Carcinog 2011, 10, 20–34. [PubMed: 21886458]
14. Banerjee PP; Banerjee S; Coklat TR; Zirkin BR Androgen beraksi pada fungsi dan penyakit prostat.
Saya. J.Clin. Exp. Urol 2018, 6, 62–77. [PubMed: 29666834]
15.Fujita K; Nonomura N Peran reseptor androgen pada kanker prostat: Sebuah Tinjauan. Dunia. J.Mens.
Kesehatan 2018, 36, 1–8. [PubMed: 29299901]
16. Wartawan CJ; Otani K; McDonald MK; Penberthy LT Penyebab kematian pada pasien kanker prostat lanjut
usia dan dalam perbandingan kohort kanker nonprostat. J.Natl. Kanker. Inst 2000, 92, 613–621.
[PubMed: 10772678]
17. Wadosky KM; Koochekpour S Rasional terapi, kemajuan, kegagalan, dan arah masa depan untuk
kanker prostat lanjut. Int. J.Biol. Sains 2016, 12, 409–426. [PubMed: 27019626]
18. Munoz J; Wheler JJ; Kurzrock R Reseptor androgen di luar kanker prostat: penanda lama sebagai target
baru. Oncotarget 2015, 6, 592–603. [PubMed: 25595907]
19.Masiello D; Cheng S; Bubley GJ; Lu ML; Balk SP Bicalutamide berfungsi sebagai antagonis reseptor
androgen dengan merakit reseptor yang tidak aktif secara transkripsi. J.Biol. Chem 2002, 277, 26321–
26326. [PubMed: 12015321]
20. Goldspiel BR; Kohler DR Flutamide: antiandrogen untuk kanker prostat stadium lanjut. DICP 1990,
24, 616–623. [PubMed: 2193461]
21. Culig Z Mekanisme molekuler resistensi enzalutamide pada kanker prostat. Kur. Mol. Biol. Rep 2017, 3,
230–235. [PubMed: 29214142]
22. Kempainen JA; Wilson EM Aktivitas agonis dan antagonis hidroksiflutamid dan casodex berhubungan
dengan stabilisasi reseptor androgen. Urologi 1996, 48, 157–163. [PubMed: 8693644]
23. Hara T; Miyazaki J; Araki H; Yamaoka M; Kanzaki N; Kusaka M; Miyamoto M Novel mutasi reseptor
androgen: kemungkinan mekanisme sindrom penarikan bicalutamide. Kanker. Res 2003, 63, 149–153.
[PubMed: 12517791]

J Fisika kimia B . Naskah penulis; tersedia di PMC 2019 12 September.

Machine Translated by Google

Singam dkk. Halaman 10

24. Taplin ME; Bubley GJ; Shuster TD; Frantz SAYA; Sendok AE; Ogata GK; Keer HN; Balok SP
Mutasi gen reseptor androgen pada kanker prostat bebas androgen metastatik. N.
Inggris J.Med 1995, 332, 1393–1398. [PubMed: 7723794]
25.Bohl CE; Gao W; Miller DD; Lonceng CE; Dalton JT Dasar struktural untuk antagonisme dan resistensi bicalutamide
pada kanker prostat. Proses Natl. Acad. Sains. AS 2005, 102, 6201–6206. [PubMed: 15833816]

26. Culig Z; Hoffmann J; Erdel M; Eder IE; Hobisch A; Hitmair A; Bartsch G; Uterman G;
Schneider MR; Parczyk K; Klocker H Beralih dari antagonis ke agonis bicalutamide reseptor androgen dikaitkan
dengan perkembangan tumor prostat dalam sistem model baru. Sdr. J. Cancer 1999, 81, 242–251. [PubMed:
10496349]
27. Liar G; Chen M; Gelmann EP Respon menyimpang in vitro sel kanker prostat yang responsif hormon terhadap
antiandrogen. Prostat 1989, 14, 103–115. [PubMed: 2710689]
28. Bisson WH; Abagyan R; Cavasotto CN Basis molekuler agonisitas dan antagonisitas dalam
reseptor androgen dipelajari dengan simulasi dinamika molekuler. J.Mol. Grafik. Model 2008, 27, 452–458.
[PubMed: 18805032]
29. Memutuskan R; Pensinyalan Glass CK oleh reseptor nuklir. Pelabuhan Musim Semi Dingin. Perspektif. Biol
2013, 5, a016709–a016709. [PubMed: 23457262]
30. Huang P; Chandra V; Rastinejad F Gambaran struktural dari superfamili reseptor nuklir: wawasan tentang
fisiologi dan terapi. Tahun. Pendeta Physiol 2010, 72, 247–272. [PubMed: 20148675]

31. Jin L; Li Y Wawasan struktural dan fungsional ke dalam pensinyalan reseptor nuklir. Lanjut Obat. Deliv.
Wahyu 2010, 62, 1218–1226. [PubMed: 20723571]
32. Shiau AK; Barstad D; PM Loria; Cheng L; Kushner PJ; Agard DA; Greene GL Dasar struktural pengenalan reseptor/
koaktivator estrogen dan antagonisme interaksi ini oleh tamoxifen.
Sel 1998, 95, 927–937. [PubMed: 9875847]
33. Ho BK; Agard DA Menyelidiki fleksibilitas perubahan konformasi besar dalam struktur protein melalui gangguan
lokal. PLoS. Komputer. Biol 2009, 5, e1000343–e1000356. [PubMed: 19343225]

34. Jin Y; Duan M; Wang X; Kong X; Zhou W; Matahari H; Liu H; Li D; Yu H; Li Y; Hou T

Komunikasi antara kantong pengikat ligan dan domain fungsi-2 aktivasi reseptor androgen diungkapkan
oleh simulasi dinamika molekuler. J.Chem. Inf. Model 2019, 59, 842–857. [PubMed: 30658039]

35. Wahl J; Smiesko M Gangguan endokrin pada reseptor androgen: menggunakan dinamika molekuler dan docking
untuk skrining virtual dan prediksi toksisitas yang lebih baik. Int. J.Mol. Sains 2018, 19, 7184–7200.

36. Sakkia S; Kusko R; Panci B; Guo W; Ge W; Tong W; Hong H Perubahan struktural akibat pengikatan antagonis
pada kantong pengikat ligan reseptor androgen dijelaskan melalui simulasi dinamika molekuler. Depan. Pharmacol
2018, 9, 492–505. [PubMed: 29867496]
37. Rilis LigPrep, Schrödinger 2019–2: Schrödinger, LLC, New York, NY, 2019.
38. Friesner RA; Bank JL; Murphy RB; TA Halgren; Klicic JJ; Mainz DT; Repasky MP; Knoll EH; Shelley M; Perry JK;
et al. Glide: pendekatan baru untuk docking dan scoring yang cepat dan akurat. 1. metode dan penilaian akurasi
docking. J.Med. Kimia 2004, 47, 1739–1749. [PubMed: 15027865]

39. Frisch MJ; Truk GW; Schlegel HB; Scuseria GE; Robb MA; Pembuat keju JR; Scalmani G; Baron V;
Mennucci B; Petersson GA, dkk. Gaussian 09, Revisi A.1; Gaussian, Inc: Patrick, CT, 2009.

40. Bayly CI; Cieplak P; Cornell WD; Kollman PA Berbasis potensi elektrostatik yang berperilaku baik
metode menggunakan batasan muatan untuk menurunkan muatan atom - model resp. J.Fis. Kimia 1993, 97,
10269–10280.
41. Kasus D; Ben-Shalom I; Brozell S; Cerutti D; Cheatham T III; Cruzeiro V; Darden T; Adipati R; Ghoreishi D;
Gilson M, dkk. Amber 2018: San Fransisco. Kalifornia: 2018.
42. Jorgensen WL; Chandrasekhar J; Madura JD; Impey RW; Klein ML Perbandingan fungsi potensial
sederhana untuk mensimulasikan air cair. J.Chem. Fisika 1983, 79, 926–935.

J Fisika kimia B . Naskah penulis; tersedia di PMC 2019 12 September.

Machine Translated by Google

Singam dkk. Halaman 11

43. Maier JA; Martinez C; Kasavajhala K; Wickstrom L; Hauser KE; Mendidih C FF14SB:
meningkatkan akurasi parameter rantai samping dan tulang punggung protein dari FF99sb. J.Chem.
Teori. Hitung 2015, 11, 3696–3713. [PubMed: 26574453]
44. Ryckaert JP; Ciccotti G; Berendsen HJ Integrasi numerik persamaan kartesius gerak suatu sistem dengan
kendala: dinamika molekuler n-alkana. J.Komput. Fisika 1977, 23, 327– 341.

45. Van Der Spoel D; Lindahl E; Hess B; Groenhof G; Tandai AE; Berendsen HJ Gromacs: cepat, fleksibel,
dan gratis. J.Komput. Kimia 2005, 26, 1701–1718. [PubMed: 16211538]
46. Humprey W; Dalke A; Schulten K, VMD: dinamika molekul visual. J.Mol. Grafik 1996, 14, 33–38. [PubMed:
8744570]
47. Sistem Grafik Molekuler PyMOL, Schrodinger, LLC, Versi 2.3.1. 2015.
48. Kokh DB; Amaral M; Bomke J; Gradler U; Musil D; Buchstaller HP; Dreyer MK; Frech M;
Lowinsky M; Vallee F; et al. Estimasi waktu tinggal target obat dengan simulasi dinamika molekul akselerasi tau-
acak. J.Chem. Teori. Hitung 2018, 14, 3859–3869. [PubMed: 29768913]

49. Phillips JC; Braun R; Wang W; Gumbart J; Tajkhorshid E; Vila E; Chipot C; Skeel RD; Kale L; Schulten K
Dinamika molekuler yang dapat diskalakan dengan NAMD. J.Komput. Kimia 2005, 26, 1781–1802.
[PubMed: 16222654]
50. David CC; ERA Singam; Jacobs DJ JED: program dinamika esensial java untuk analisis komparatif
lintasan protein. BMC Bioinform 2017, 18, 271–280.
51. Ettayapuram Ramaprasad AS; Uddin S; Casas-Finet J; Jacobs DJ membusuk dinamis
kopling dalam fragmen antibodi scfv bermutasi menjadi efek stabilisasi dan destabilisasi. Selai.
kimia Soc 2017, 139, 17508–17517. [PubMed: 29139290]
52. Grosdidier S; Karbo LR; Buzon V; Brooke G; Nguyen P; Baxter JD; Bevan C; Webb P; Estebanez Perpina E;
Fernandez-Recio J Percakapan alosterik di permukaan domain pengikat ligan reseptor androgen. Mol.
Endokrinol 2012, 26, 1078–1090. [PubMed: 22653923]
53. Amaral M; Kokh DB; Bomke J; Wegener A; Buchstaller HP; Eggenweiler HM; Matias P;
Sirrenberg C; Wade RC; Fleksibilitas konformasi Frech M Protein memodulasi kinetika dan termodinamika
pengikatan obat. Nat. Komun 2017, 8, 2258–2276. [PubMed: 29273720]
54. Gunasekaran K; Ma B; Nussinov R Apakah allostery merupakan sifat intrinsik dari semua protein dinamis?
Protein 2004, 57, 433–443. [PubMed: 15382234]
55. Luque I; Freire E Stabilitas struktural situs pengikatan: konsekuensi untuk afinitas pengikatan dan
efek alosterik. Protein 2000, 4, 63–71. [PubMed: 11013401]
56. Jasuja R; Ulloor J; Yengo CM; Choong K; Istomin AY; Livesay DR; DJ Jacobs; Swerdloff RS; Miksovska J;
Larsen RW; Bhasin S Karakterisasi kinetik dan termodinamika dari gangguan konformasi yang diinduksi
dihidrotestosteron dalam domain pengikat ligan reseptor androgen. Mol. Endokrinol 2009, 23, 1231–1241.
[PubMed: 19443608]
57. Ludemann SK; Lounas V; Wade RC Bagaimana substrat masuk dan produk keluar dari situs aktif sitokrom
P450cam yang terkubur? 1. Investigasi dinamika molekul ekspulsi acak dari saluran dan mekanisme akses
ligan. J.Mol. Biol 2000, 303, 797–811. [PubMed: 11061976]
58. Winn PJ; Ludemann SK; Pengukur R; Lounas V; Wade RC Perbandingan dinamika
saluran akses substrat dalam tiga sitokrom P450 mengungkapkan mekanisme pembukaan yang berbeda dan
peran fungsional baru untuk arginin yang terkubur. Proses Natl. Acad. Sains. AS 2002, 99, 5361–5366.
[PubMed: 11959989]
59. Halgren TA Mengidentifikasi dan mengkarakterisasi situs pengikatan dan menilai druggability. J.Chem. Inf.
Model 2009, 49, 377–389. [PubMed: 19434839]
60. Halgren T Metode baru untuk identifikasi dan analisis situs pengikatan yang cepat dan akurat. kimia Biol.
Obat. Des 2007, 69, 146–148. [PubMed: 17381729]
61. Voegel JJ; Heine MJ; Zechel C; Kamar P; Gronemeyer H TIF2, transkripsi 160 kDa
mediator untuk fungsi aktivasi AF-2 yang bergantung pada ligan dari reseptor nuklir. EMBO. J 1996, 15, 3667–
3675. [PubMed: 8670870]
62. Yeh S; Chang C Kloning dan karakterisasi koaktivator spesifik, ARA70, untuk reseptor androgen dalam sel
prostat manusia. Proses Natl. Acad. Sains. AS 1996, 93, 5517–5521. [PubMed: 8643607]

J Fisika kimia B . Naskah penulis; tersedia di PMC 2019 12 September.

Machine Translated by Google

Singam dkk. halaman 12

Gambar
1: Representasi skematik dua dimensi dari AR dan interaksi ligan yang berbeda,
(Atas) agonis, (tengah) antagonis, (bawah) agonis/antagonis.

J Fisika kimia B . Naskah penulis; tersedia di PMC 2019 12 September.

Machine Translated by Google

Singam dkk. Halaman 13

Gambar
2: Rata-rata RMSF berbasis Residu relatif terhadap struktur awal untuk setiap sistem
selama lintasan 500 ns MD terakhir untuk (a) AR-Agonis, (b) AR-Antagonis, (c) AR-Agonis/
Antagonis, dan (d ) Representasi kartun AR-LBD dengan label heliks. Panah menunjukkan
wilayah di mana RMSF berbeda antara ligan yang berbeda.

J Fisika kimia B . Naskah penulis; tersedia di PMC 2019 12 September.

Machine Translated by Google

Singam dkk. halaman 14

Gambar 3.
Profil respons rata-rata (kasus ss dan sd) dipetakan ke struktur untuk (a) Apo AR, (b) DHT, (c)
Testosteron, (d) 17ÿ-trenbolone, (e) Methyltrienolone, (f) p', pÿDDE (1,1-dikloro-2,2-bis(p-
klorofenil)etilen), (g) Vinclozolin, (h) Neburon, (i) Hidroksiflutamid dan (j)
Bicalutamide. Skema warna respons destabilisasi adalah dari merah, jingga, dan kuning urutan
respons destabilisasi dari terbesar ke terkecil. Untuk menstabilkan respons, skema warna diatur
ke urutan biru, cyan, dan hijau dari terbesar ke terkecil. warna putih menandakan
tidak ada respon.

J Fisika kimia B . Naskah penulis; tersedia di PMC 2019 12 September.

Machine Translated by Google

Singam dkk. halaman 15

Gambar
4. a) Ligand exit Channels, Snapshot menunjukkan interaksi antara ligan dan protein
b) Channel-A, c) Channel-B, d) Channel-C

J Fisika kimia B . Naskah penulis; tersedia di PMC 2019 12 September.

Machine Translated by Google

Singam dkk. halaman 16

Gambar
5. a) Menstabilkan profil gangguan yang dipetakan ke struktur LBD AR (PDB: 3ZQT).
Diwarnai berdasarkan residu yang memicu respons stabilisasi (biru) dan destabilisasi (merah).

Warna putih menunjukkan tidak ada respon. b) Kantong permukaan yang diprediksi yang diidentifikasi oleh Peta Situs

J Fisika kimia B . Naskah penulis; tersedia di PMC 2019 12 September.

Machine Translated by Google

Singam dkk. halaman 17

Skema 1:
Daftar ligan a) agonis dan b) antagonis dan c) agonis/antagonis yang dipelajari dalam
penyelidikan ini.

J Fisika kimia B . Naskah penulis; tersedia di PMC 2019 12 September.

Machine Translated by Google

Singam dkk. halaman 18

Tabel 1:

Ikatan hidrogen antara LBD dan ligan yang berbeda dengan penempatannya

Residu agonis no. Ligan Hunian (%)

Thr877 DHT 93,80±9,01

Asn705 Testosteron 98,60±0,53

Thr877 17ÿ-trenbolon 98,20±0,10

Thr877 Metiltrienolon (R1881) 98,90±0,10

Arg752 Metiltrienolon (R1881) 10,45±5,87

Antagonis

- Vinclozolin -

Leu704 Neburon 17,90±12,60

- p',p-DDE (1,1-dikloro-2,2-bis(p-klorofenil)etilena) -

Agonis / Antagonis

Asn705 Hydroxyflutamide 62,10±30,97

Leu704 Hydroxyflutamide 21,70±10,87

Thr877 Hydroxyflutamide 37,85±33,44

Leu704 Bicalutamide 90,83±8,45

Asn705 Bicalutamide 46,70±3,18

J Fisika kimia B . Naskah penulis; tersedia di PMC 2019 12 September.

 J Fisika kimia B . Naskah penulis; tersedia di PMC 2019 12 September.
Energi
bebas
pengikat
MM-
PBSA
dan
komponen
energinya
untuk
semua
kompleks
ligan-
AR.
Bicalutamide Hydroxyflutamide Neburon Vinclozolin p',pÿDDE
(1,1-
dikloro-2,2-
bis(p-
klorofenil)etilena)
ÿ41.90±1.84 Metiltrienolon Testosteron Dihidrotestosteron Sistem
17ÿ-
trenbolon
ÿ54,64±2,64 ÿ40.10±2.35 ÿ44,74±2,07 ÿ41,43±2,00 ÿ46,00±2,31 ÿ43,77±2,35 ÿ46.91±2.18 ÿ48,04±2,28 ÿEvdW
(kkal/
mol)
ÿEelec
(kkal/
mol)
ÿGPB
(kkal/
mol)
ÿGSASA
(kkal/
mol)
ÿTÿS
(kkal/
mol)
ÿGbind
(kkal/
mol)
ÿ33,93±4,25 ÿ31,41±3,74 ÿ16,77±1,90 2,65±1,50 ÿ1,32±0,80 ÿ23,70±3,31 ÿ22,31±2,80 ÿ25,77±2,34 ÿ10.84±2.41
Meja
2:
ÿ88.57±4.61 ÿ71.51±3.85 ÿ61.52±2.92 ÿ38,78±2,37 ÿ43.22±1.96 ÿ69,70±3,37 ÿ66.08±2.98 ÿ72.69±2.76 ÿ57.78±3.02
52,28±4,38 42,74±3,32 29,21±2,48 31,07±2,62 30,52±3,53 35,82±1,88
11,37±1,37 12,58±1,74 19,23±2,35
ÿ23,63±3,99 ÿ20,47±3,29 ÿ20,35±3,02 ÿ21.31±2.84 ÿ18.46±2.81 ÿ21.90±3.13 ÿ20,55±3,04 ÿ20,40±2,55 ÿ20,49±3,32
ÿ12,66±5,30 ÿ8.29±4.70 ÿ11,95±3,79 ÿ8.22±3.91 ÿ12.18±3.75 ÿ16,74±4,24 ÿ15.01±4.46 ÿ16,46±3,84 ÿ18.06±4.40
halaman 19 Singam dkk.
Machine Translated by Google
Machine Translated by Google

Singam dkk. halaman 20

Tabel 3:

Karakteristik distribusi relatif dari respons dinamis untuk menstabilkan gangguan untuk semua kompleks
ligan-AR.

Sistem
ÿTR rel%S %ss %sd

Apo 4.01 100,00 68,45 31,55

17ÿ-trenbolon 6.42 160,40 70,67 29,33

DHT 3.09 77.22 74,27 25,73

Metiltrienolon 4.16 103,92 73,56 26,44

Testosteron 4.48 111,78 71,41 28,59

p',pÿDDE (1,1-dikloro-2,2-bis(p-klorofenil)etilena) 1,15 28.77 91,15 8,85

Neburon 0,61 15.22 93,49 6,51

Vinclozolin 1.78 44.35 91.81 8.19

Hydroxyflutamide 5.61 140,00 70,38 29,62

Bicalutamide 10.79 269,47 71,24 28,77

J Fisika kimia B . Naskah penulis; tersedia di PMC 2019 12 September.

Machine Translated by Google

Singam dkk. Halaman 21

Tabel 4:
Residu asam amino dalam saluran yang berbeda untuk pengikatan ligan

Saluran Residu terlibat

Saluran A I899, L873, T877, L880, F896, M780, V887, A698, F697, V889, L701, S702, L704, N705, F891

Saluran B F764, V684, V685, R752, M749, W751, A748, M745, M683, Q711, P682, H714, E681, K808

Saluran C L704, N705, E709, G709, Q711, L712, V715, V716, M734, I737, Q738, W741, M742, M745, T877, F891, P892, M895, I899

J Fisika kimia B . Naskah penulis; tersedia di PMC 2019 12 September.

Machine Translated by Google

Singam dkk. halaman 22

Tabel 5:

Situs berbeda diprediksi dari Peta Situs dengan skor dan volume

Volume Situs ( Å3 ) Skor Situs

Situs 1 108.045 0,898

Situs 2 93.296 0,710

Situs 3 93.296 0,709

J Fisika kimia B . Naskah penulis; tersedia di PMC 2019 12 September.