Anti Lung Cancer A549 Activity of G-Rh1 in Silico and in Vitro

Machine Translated by Google
molekul
Artikel
Investigasi Aktivitas Antikanker G-Rh1 Menggunakan

Studi In Silico dan In Vitro (A549 Lung Cancer Cells)
1,† 1 2
Jinnatun Nahar 1,†, Vinothini Boopathi , Mohanapriya Murugesan, Esrat Jahan Rupa ,
1,2
Deok Chun Yang , Se Chan Kang1,2,* dan Ramya Mathiyalagan1,*
1
Sekolah Pascasarjana Bioteknologi, Sekolah Tinggi Ilmu Hayati, Universitas Kyung
Hee, Yongin si 17104, Gyeonggi do, Republik
2
Korea Departemen Bioteknologi Obat Oriental, Sekolah Tinggi Ilmu Hayati, Universitas Kyung Hee,
Yongin-si 17104, Gyeonggi-do, Republik Korea *
Korespondensi: sckang@khu.ac.kr (SCK); ramyabinfo@gmail.com (RM) † Para
penulis ini memberikan kontribusi yang sama untuk pekerjaan ini.
Abstrak: Ginsenoside Rh1 (G-Rh1), kemungkinan zat bioaktif yang diisolasi dari Panax ginseng Meyer
Korea, memiliki berbagai efek farmakologis. Dalam penelitian ini, kami telah menyelidiki kemanjuran
antikanker G-Rh1 melalui metodologi in silico dan in vitro . Studi ini terutama berfokus pada dua
regulator metastatik, Rho-associated protein kinase 1 (ROCK1) dan RhoA, bersama dengan regulator
apoptosis standar lainnya. Protein ROCK1 adalah anggota keluarga serin/treonin kinase aktif yang
sangat penting untuk banyak proses biologis, termasuk pembelahan sel, diferensiasi, dan kematian,
serta banyak proses seluler dan kontraksi otot. Aktivasi abnormal ROCK1 kinase menyebabkan
beberapa gangguan, sedangkan banyak penelitian juga menunjukkan bahwa RhoA sangat diekspresikan
pada berbagai kanker, termasuk kanker usus besar, paru-paru, ovarium, lambung, dan hati.
Karenanya, menghambat ROCK1 dan RhoA akan menjanjikan dalam mencegah metastasis. Oleh
karena itu, interaksi tingkat molekuler G-Rh1 dengan residu situs aktif ROCK1 dan RhoA dari
Kutipan: Nahar, J.; Boopathi, V.; skrining awal jelas menunjukkan potensi penghambatannya. Simulasi dinamika molekuler dan analisis
Murugesan, M.; Rupa, EJ; Yang, komponen utama memberikan wawasan penting untuk memahami perubahan konformasi yang
DC; Kang, SC; Mathiyalagan, R. dihasilkan dari pengikatan G-Rh1 ke ROCK1 dan RhoA. Selanjutnya, uji MTT digunakan untuk menguji
Investigasi Aktivitas Antikanker G-Rh1
potensi sitotoksisitas in vitro terhadap sel kanker paru-paru manusia (A549) dan sel makrofag Murine
Menggunakan Studi In Silico dan In
Raw 264.7 . Dengan demikian, G-Rh1 menunjukkan sitotoksisitas yang signifikan terhadap
Vitro (A549 Lung Cancer Cells).
adenokarsinoma paru manusia (A549) pada 100 µg/mL. Selain itu, kami mengamati peningkatan
Molekul 2022, 27 , 8311. https://
generasi spesies oksigen reaktif (ROS), mungkin meningkatkan toksisitas sel kanker. Selain itu, G-Rh1
doi.org/10.3390/molecules27238311
menekan ekspresi mRNA RhoA, ROCK1, MMP1, dan MMP9 dalam sel kanker. Dengan demikian, G-
Editor Akademik: Riccardo Petrelli
Rh1 meningkatkan regulasi p53, Bax, Caspase 3, caspase 9 sementara Bcl2 menurunkan regulasi jalur
Diterima: 4 Oktober 2022 intrinsik. Temuan dari penelitian kami mengusulkan bahwa aktivitas antikanker G-Rh1 mungkin terkait
Diterima: 16 November 2022 dengan induksi apoptosis oleh jalur pensinyalan RhoA/ROCK1. Sebagai hasilnya, penelitian ini
Diterbitkan: 28 November 2022 mengevaluasi senyawa mirip obat G-Rh1 dari Panax ginseng dalam mencegah dan mengobati
adenokarsinoma kanker paru-paru melalui pengaturan metastasis dan apoptosis.
Catatan Penerbit: MDPI tetap netral
sehubungan dengan klaim yurisdiksi
Kata kunci: ROCK1; ADMET; Insilco; vina autodock; anti kanker paru-paru
dalam peta yang diterbitkan dan afiliasi kelembagaan
iasi.
1. Perkenalan
Hak cipta: © 2022 oleh penulis. Menurut Global Cancer Statistics 2020, kanker adalah penyakit mengerikan yang mengancam
Penerima Lisensi MDPI, Basel, Swiss.
jiwa secara global, dengan tingkat kematian yang lebih tinggi sekitar 19,3 juta kasus kanker baru dan
Artikel ini adalah artikel akses terbuka
hampir 10·0 juta kematian. Di antara berbagai penyakit kanker, kanker paru-paru tetap menjadi
didistribusikan dengan syarat dan
penyebab utama kematian terkait kanker, dengan perkiraan 1,8 juta kematian dan 2,20 juta kasus
kondisi Creative Commons
baru per tahun [1]. Kanker paru-paru non-sel kecil (NSCLC) terutama bertanggung jawab atas
Lisensi atribusi (CC BY) (https://
keganasan paru-paru, terhitung 85% dari semua kanker paru-paru dengan aktivitas terapeutik yang
creativecommons.org/licenses/by/
lebih rendah [2]. Saat ini, berbagai pengobatan konvensional seperti kemoterapi, radiasi, dan pembedahan digu
4.0/).
Molekul 2022, 27, 8311. https://doi.org/10.3390/molecules27238311 https://www.mdpi.com/journal/molecules

sebuah apoposs. baru-baru ini mengungkapkan karsinoma epaoceuar, biomarker prognostik yang - sa
Machine Translated by Google buruk untuk pasien [38]. Selain itu, dampak level MMP-1 dan MMP 9, dan akibatnya prevalensi dan
perkembangan kanker payudara, pada polimorfisme 1G/2G dan CT [39]. Oleh karena itu, target yang disebutkan
di atas memainkan peran penting dalam apoptosis, sehingga pengaturannya akan menguntungkan dalam
pengobatan kanker paru-paru.
Molekul 2022, 27, 8311 2 dari 22
Panax ginseng, umumnya dikenal sebagai ginseng, merupakan tanaman obat alami yang menarik
digunakan di seluruh dunia di negara-negara Asia Timur, termasuk Korea, Cina, dan Jepang [40]. Komponen
utama ginseng adalah ginsenosida, yang mengandung aglikon dengan bendungan yang mengobati kanker.
Meskipunmarane
kerangka menggabungkan terapi yang
[41]. Ginsenosides berbeda bertanggung
tampaknya meningkatkanjawab
peluang
ataspasien kanker
sebagian besar aktivitas kelangsungan
hidup yangtermasuk
ginseng, berkepanjangan, hasil akhirnyaanti-apoptosis,
anti-inflamasi, masih belum memuaskan karena
penyakit efek sampingnya. dan
kardiovaskular,
resistensi obat [3-5]. Oleh karena itu, ada kebutuhan mendesak untukpendekatan
efek lain [42,43]. Selain itu, ginseng merah mengandung ginsenoside Rh1, suatu metabolit memperluas
untuk terapi baru
meningkatkan
ginsenosides Rekelangsungan
dan Rg1 yanghidup pasiensedangkan
signifikan, kanker paru-paru dengan lebih
Rh1 diciptakan sedikit kritis
oleh situasi atau mikrobiota
tanpa efek usus,
samping. Di dalam
produk
alami memainkan peran penting dalam pencegahan dan pengobatan kanker
setelah penggunaan oral ginseng [44,45]. Selain itu, mekanisme dan efek antikanker P. karena memiliki
kemanjuran, keamanan, dan dampak ekonomi yang unik pada kanker [6,7].
ginseng dan metabolitnya (CK, G-Rh1, Rh2, Rh3, dan F1) pada berbagai kanker (kanker payudara Keunggulan
kanker terdiri dari enam kemampuan biologis yang diperoleh selama
cer, kanker usus besar, kanker prostat, kanker perut, dan kanker paru-paru) telah dibahas multistep perkembangan
tumor manusia. Mereka termasuk mempertahankan pensinyalan proliferatif,
dalam beberapa penelitian [46,47]. Di antara semua saponin P. ginseng , G-Rh1 adalah bioaktif potensial yang
menghindari penekan pertumbuhan, menolak kematian sel, memungkinkan keabadian replikasi, mendorong
senyawa yang teridentifikasi dari akar, daun, batang, buah, dan kuncup bunga [20]. Selain itu,
angiogenesis, dan mengaktifkan invasi dan metastasis [8]. Metastasis adalah multifaktorial dan
G-Rh1 menginduksi aktivitas antikanker pada beberapa sel kanker, termasuk kanker payudara [48],
proses multiseluler yang melibatkan pembentukan dan penghancuran struktur aktin yang dinamis [9].
sel kanker kolorektal [47], karsinoma hepatoseluler manusia [49], astroglioma [50] dan protein ROCK memiliki
dua isomer, ROCK1 dan ROCK2, dan keduanya menampilkan 92% homologi
sel leukemia monositik akut [51]. dalam
domain katalitik kinase dan identitas 65% dalam urutan asam amino keseluruhan mereka [10,11].
Persyaratan untuk menentukan interaksi molekuler antara G-Rh1 dan bio Kromosom manusia 18 (18q11.1)
dan 2 (2p24) mengandung gen ROCK1 dan ROCK2,
makromolekul sangat penting dalam mengembangkan produk alami sebagai obat. masing-masing obat dengan
bantuan komputer [12]. Selain itu, regulator hulu utama ROCK adalah protein Rho,
design (CADD) secara efektif digunakan dalam metodologi silico seperti docking molekuler, mo yang termasuk
dalam keluarga super Ras dan merupakan protein pengikat GTP molekul kecil dengan
dinamika lekuler, pemodelan farmakofor, dan alat kemoinformatika untuk meningkatkan dan menurunkan aktivitas
enzim GTP. Dengan berinteraksi dengan konformasi GTP atau GDP, itu bisa bergantian
menyempurnakan kandidat terapi yang berasal dari sumber alami [52,53]. Penelitian ini menggunakan
perbandingan antara aktivitas tinggi dan rendah [13]. Selain itu, banyak penelitian telah menunjukkan hal itu
simulasi prehensif untuk menilai stabilitas struktural, perubahan konformasi, dan aktivasi ROCK kinase pro
abnormal mengarah ke berbagai penyakit seperti kanker [9,14],
gerakan tein dari kompleks ginsenoside Rh1-RhoA dan Rh1-ROCK1. Gangguan kardiovaskular G-Rh1
[15], penyakit sistem saraf [16], hipertensi [17], Alzheimer
ruang kimia
penyakit berinteraksi
yang dengan
sesuai [18], situs
iskemia aktif pengikatan
miokard [19], gagalRhoA dandan
jantung ROCK1
gagaldengan
ginjal [20]. Akibatnya,
modus mengikat. Ini dimasukkan ke dalam studi dinamika molekuler dan prinsip beberapa penghambat ROCK
potensial saat ini sedang dalam uji klinis, dan hanya satu senyawa,
analisis komponen.
disetujui Meskipun beberapa
sebagai penghambat penelitian telah menyelidiki efek antikanker fasudil (Gambar 1B), telah
ROCK (https://clinicaltrials.gov/ct2
Rh1, mekanisme yang(diakses
show/NCT03792490 mendasari Rh1
pada 10pada migrasi
Oktober dan[21].
2022)) invasi kanker
Fasudil paru
telah tetap ada di
dipasarkan /
tidak dikenal.
tahun Akhirnya,
1995 dan dalam
digunakan penelitian
untuk ini, kami
mengobati menyelidiki
vasospasme regulasi
serebral dankanker paru-paru
iskemia di Jepang sejak
[22]. ROCK1
vasi danobat
target migrasi olehuntuk
penting G-Rh1 dengan penyakit,
beberapa jalur RhoA/Rock/p53/MMP-1/MMP-9 melalui
sehingga sangat penting untuk protein dianggap sebagai
mengidentifikasi
evaluasi in tambahan.
potensial vitro mengikuti konfirmasi in silico. penghambat ROCK1
Gambar 1. Representasi grafis dua dimensi (A) ginsenoside Rh1 dari Panax ginseng
Gambar 1. Representasi
dan (B) fasudil, grafis
penghambat dua dimensi
ROCK1 (A) ginsenoside Rh1 dari Panax ginseng
yang diketahui.
dan (B) fasudil, penghambat ROCK1 yang dikenal.
Serin/treonin kinase yang diekspresikan secara luas dan sangat terkonservasi dengan molekul
berat sekitar 160 kDa disebut ROCK (juga dikenal sebagai ROCK1 dan ROCK2).
efektor hilir penting yang dikendalikan oleh GTPase RhoA kecil [23]. Rho GTPase,
yang merupakan anggota superfamili Ras GTPase dan berbagi 25% homologi dengan Ras,
pertama kali diidentifikasi pada tahun 1985 [21]. Salah satu anggota Rho GTPase yang esensial adalah RhoA/B/C.
Oleh karena itu, keluarga protein penting lainnya yang mengendalikan migrasi sel adalah Rho GTPase,
yang sangat penting untuk menjaga morfologi sel, motilitas, dan sel-sel dan sel-matriks
adhesi RhoA adalah protein GTPase kecil milik keluarga Rho dan terhubung ke
mengatur sitoskeleton aktin [22]. Kontrol motilitas sel dalam sitoskeleton aktin
menciptakan potensi untuk mengatur metastasis sel tumor [24]. Oleh karena itu, Rho GTPase mengikat
untuk banyak protein efektor dan memainkan peran sentral dalam mengatur aktin dan mikrotubulus
sitoskeleton dan transkripsi gen [25]. Protein ini telah terlibat dalam banyak hal
proses terkait kanker kritis dalam sel mamalia, seperti proliferasi, migrasi, dan
bertahan hidup. Selain itu, pensinyalan RhoA/ROCK memainkan peran penting dalam berbagai penyakit manusia.
Molekul 2022, 27, 8311 3 dari 22
Sekarang dianggap sebagai target potensial untuk pengobatan beberapa penyakit, termasuk kanker paru-paru
[26,27], kanker payudara [28] kanker lambung [29], dan kanker usus besar [30]. Oleh karena itu, RhoA/ROCK1
dapat menjadi kandidat target yang ideal dalam pengobatan kanker paru-paru karena ditemukan sangat banyak
diekspresikan pada kanker. Oleh karena itu, menghambat atau menekan kedua target tersebut akan menjadi
strategi yang menjanjikan dalam pencegahan dan penanganan kanker.
Di sisi lain, spesies oksigen reaktif (ROS) adalah mediator ekstraseluler yang
mendukung berbagai jalur pensinyalan, termasuk metastasis dan proliferasi kanker [31].
Overproduksi spesies oksigen reaktif (ROS) adalah ciri khas mitokondria dalam sel kanker yang
membantu perkembangan penyakit dengan menyebabkan ketidakstabilan genomik, mengubah
ekspresi gen, dan secara aktif berpartisipasi dalam jalur pensinyalan [32] . ROS mitokondria
mengatur mekanisme mitokondria yang terlibat dalam homeostasis dan perkembangan kanker
[ 33]. Laporan sebelumnya menunjukkan bahwa ROS dapat mengatur proliferasi kanker dan
apoptosis melalui jalur pensinyalan p53/bax/bcl2 [34-36]. Selain itu, MMPs terdiri dari keluarga
seng metaloproteinase yang terkait secara struktural dan fungsional yang mendegradasi matriks
ekstraseluler dan penghalang membran basement dan dengan demikian dianggap memainkan
peran kunci dalam angiogenesis, proses inflamasi, perkembangan kanker, proliferasi sel, dan
apoptosis [37]. Sebuah studi baru-baru ini mengungkapkan bahwa pada karsinoma hepatoseluler,
MMP-1 adalah biomarker prognostik yang buruk untuk pasien [38]. Selain itu, dampak level MMP-1
dan MMP-9, dan konsekuensinya prevalensi dan perkembangan kanker payudara, pada
polimorfisme 1G/2G dan CT [39]. Oleh karena itu, target yang disebutkan di atas memainkan
peran penting dalam apoptosis, sehingga pengaturannya akan menguntungkan dalam pengobatan kanker p
Panax ginseng, umumnya dikenal sebagai ginseng, merupakan tanaman obat alami yang
menarik digunakan di seluruh dunia di negara-negara Asia Timur, termasuk Korea, Cina, dan
Jepang [40]. Komponen utama ginseng adalah ginsenosides, yang mengandung aglikon dengan
kerangka dammarane [41]. Ginsenosides tampaknya bertanggung jawab atas sebagian besar
aktivitas ginseng, termasuk anti-inflamasi, anti-apoptosis, penyakit kardiovaskular, dan efek
lainnya [42,43]. Selain itu, ginseng merah mengandung ginsenoside Rh1, metabolit dari
ginsenosides Re dan Rg1 yang signifikan, sedangkan Rh1 dibuat oleh mikrobiota usus setelah
penggunaan ginseng secara oral [44,45]. Selain itu, mekanisme dan efek antikanker P. ginseng
dan metabolitnya (CK, G-Rh1, Rh2, Rh3, dan F1) pada berbagai jenis kanker (kanker payudara,
kanker usus besar, kanker prostat, kanker perut, dan kanker paru-paru) telah diketahui. dibahas
dalam beberapa studi [46,47]. Di antara semua saponin P. ginseng, G-Rh1 merupakan senyawa
bioaktif potensial yang diidentifikasi dari akar, daun, batang, buah, dan kuncup bunga [20]. Selain
itu, G-Rh1 menginduksi aktivitas antikanker pada beberapa sel kanker, termasuk kanker payudara
[48], sel kanker kolorektal [47], karsinoma hepatoseluler manusia [49], astroglioma [50] dan sel
leukemia monositik akut [51].
Persyaratan untuk menentukan interaksi molekuler antara G-Rh1 dan bio
makromolekul sangat penting dalam mengembangkan produk alami sebagai obat.
Desain obat berbantuan komputer (CADD) secara efektif menggunakan metodologi in
silico seperti docking molekul, dinamika molekul, pemodelan farmakofor, dan alat
kemoinformatika untuk meningkatkan dan menyempurnakan kandidat terapi yang
berasal dari sumber alami [52,53]. Studi ini menggunakan simulasi komprehensif untuk
menilai stabilitas struktural, perubahan konformasi, dan pergerakan protein kompleks
ginsenosida Rh1-RhoA dan Rh1-ROCK1. Ruang kimia G Rh1 berinteraksi dengan situs
aktif pengikatan RhoA dan ROCK1 dengan mode pengikatan yang sesuai. Ini
dimasukkan ke dalam studi dinamika molekuler dan analisis komponen utama. Meskipun
beberapa penelitian telah menyelidiki efek antikanker Rh1, mekanisme yang mendasari
Rh1 pada migrasi dan invasi kanker paru masih belum diketahui. Akhirnya, dalam
penelitian ini, kami menyelidiki regulasi invasi dan migrasi kanker paru-paru oleh G-Rh1
dengan jalur RhoA/Rock/p53/MMP-1/MMP-9 melalui evaluasi in vitro mengikuti konfirmasi in sili
Molekul 2022, 27, 8311 4 dari 22
2. Hasil dan Pembahasan

2.1. Sifat Farmakokinetik G-Rh1
Struktur 2D G-Rh1 dari Panax ginseng digambar, dan energi diminimalkan
(Gambar 1). Struktur ginsenosida Rh1 yang telah disiapkan digunakan untuk menghasilkan molekul
sifat fisiokimia dan farmakokinetik. Kami menentukan berbagai sifat yang dihitung seperti kelarutan dalam air
(kisaran yang diterima: 6,5 hingga ÿ0,5), pengikatan protein serum
(kisaran yang diterima: 1,5 hingga ÿ1,5), logP untuk oktanol/air (kisaran yang diterima: ÿ0,2 hingga 6,5),
atotoksisitas hep (kisaran yang diterima: tidak beracun adalah 0 dan beracun adalah 1), probabilitas penghambatan CYP2D6
(kisaran yang diterima: noninhibitor adalah 0 dan inhibitor adalah 1), dan penyerapan oral manusia di
saluran cerna (kisaran yang diterima: buruk <25% dan tinggi >80%). Hasil rinci phar macokinetic (ADMET) dari G-
Rh1 ditunjukkan pada Tabel 1. Deskriptor ADMET
untuk ginsenoside Rh1 adalah sebagai berikut: diperoleh kelarutan dalam air (ÿ4,829), protein serum
mengikat (0,1), logP untuk oktanol/air (2,6), hepatotoksisitas (0), probabilitas penghambatan
CYP2D6 (0,2), dan penyerapan oral manusia di GI (49,4%). Nilai G-Rh1 yang diprediksi termasuk dalam
diterima berkisar 95% dari obat yang dikenal. Hasil ini jelas menunjukkan ginsenoside itu
Rh1 adalah senyawa bioaktif oral dan dapat digunakan untuk penargetan penyakit.
Tabel 1. Hasil ADMET ginsenoside Rh1 dengan sifat farmakokinetik.
CYP2D6 Hepato
QP (%) LogS QplogKhsa Referensi QPlogPo/w
Inhibisi Toksisitas
49.4 ÿ4.829 0,1 0,2 0 2.6 [54]
QP (%): Persentase penyerapan oral manusia di GI (kisaran yang dapat diterima: <25% buruk dan >80% tinggi). Catatan:
Kelarutan dalam air (kisaran yang dapat diterima: ÿ6,5 hingga 0,5). QPlogKhsa: Pengikatan protein serum (kisaran yang dapat diterima: ÿ1,5
sampai 1,5). Penghambatan CYP2D6: 0 adalah non-inhibitor dan 1 adalah inhibitor. Hepatotoksisitas: 0 tidak beracun dan 1 beracun.
QPlogPo/w: Koefisien partisi oktanol/air (kisaran yang dapat diterima ÿ0,2 hingga 6,5).
Studi filtrasi kemiripan obat dilakukan untuk G-Rh1 berdasarkan aturan Lipinski.
Molekul mirip obat diprediksi menurut aturan berikut: MW (<500), LogP
(<5), donor ikatan hidrogen (HBD) (<5), dan akseptor ikatan hidrogen (HBA) (<10). G-Rh1
menunjukkan berat molekul 638 kDa, tetapi ini berada dalam kisaran yang diterima yaitu 95% dari yang diketahui
narkoba. HBD [7] dan HBA [17] adalah pelanggaran aturan Lipinski, tetapi dianggap demikian
menjadi penemuan molekul obat dari produk alami [55]. Kemudian, LogP 2.6 juga
sesuai dengan sifat seperti obat, dan deskriptor ginsenoside Rh1 yang diprediksi adalah
ditunjukkan pada Tabel 2.
Tabel 2. Hasil prediksi kemiripan obat ginsenoside rh1 berdasarkan aturan Lipinski 5.
Properti Nilai Prediksi
Berat molekul 638.8
Donor ikatan hidrogen 7
Akseptor ikatan hidrogen 14
LogP 2.625
PASS, yang memprediksi spektrum aktivitas biologis berdasarkan struktur kimianya

rumus, menunjukkan target biologis yang signifikan untuk G-Rh1. Program ini diterapkan pada
deskriptor lingkungan multilevel atom (MNA) dan digunakan untuk menghitung target
dari struktur kimia aslinya. Deskriptor MNA ini dapat digunakan untuk memprediksi Pa
dan skor Pi, yang berkisar dari 0 hingga 1 dari G-Rh1. Molekul aktif target biologis
dapat diidentifikasi berdasarkan nilai Pa mendekati 1 dan Pi mendekati 0 [56]. Hasil G-Rh1
menunjukkan kemungkinan aktivitas biologis untuk target berikut: pencegahan kemo, caspase
3 stimulan, pengobatan demensia, pengobatan demensia vaskular, antitrombotik, CYP3A
induser, induser CYP3A4, antagonis apoptosis, hepatoproteksi, dan induser CYP2C9.
Target yang diprediksi untuk G-Rh1 bersama dengan nilai Pa dan Pi ditunjukkan pada Tabel 3.
Molekul 2022, 27, 8311 5 dari 22
Tabel 3. Prediksi aktivitas biologis ginsenoside Rh1.
Pa A
Aktivitas Biologis yang Diprediksi (%) Pi b (%)
Kemopreventif 0,99 0,001
Stimulan caspase 3 0,99 0,001
Pengobatan demensia 0,98 0.000
Pengobatan demensia vaskular 0,98 0.000
Antitrombotik 0,98 0,001
penginduksi CYP3A 0,97 0,001
penginduksi CYP3A4 0,96 0,001
Antagonis apoptosis 0,96 0,001
Hepatoprottan 0,94 0,002
penginduksi CYP2C9 0,93 0,001

A B
Pa mewakili probabilitas aktif. Pi mewakili probabilitas tidak aktif.
2.2. Hasil Interaksi Molekuler ROCK1 dan RhoA dengan Ginsenoside Rh1
Interaksi tingkat molekuler dari protein ROCK1 dan RhoA dengan ginsenoside Rh1 adalah
dianalisis menggunakan metode docking molekuler. Orang mendapat kesan bahwa docking itu
dirancang khusus untuk senyawa alami. Ini adalah metode yang memprediksi paling energik
orientasi ligan yang menguntungkan (biasanya molekul kecil tetapi bisa juga berupa biopolimer).
reseptor (biasanya protein). Dalam penelitian ini, struktur kristal ROCK1 dan RhoA digunakan
untuk melakukan simulasi docking menggunakan program Autodock Vina. Yang penting aktif
residu situs tetap fleksibel, dan fasudil dan deksametason digunakan sebagai kontrol. Itu
hasil interaksi dikonfirmasi oleh pembentukan ikatan hidrogen dan energi ikat ke
residu aktif penting dan ginsenoside Rh1. Analisis hasil docking menunjukkan bahwa ginsenoside
Rh1 berinteraksi dengan ROCK1 melalui empat ikatan hidrogen (ALA86, ASP160, ASN203, ASP216) untuk
Residu situs aktif ROCK1 bersama dengan afinitas pengikatan ÿ8,9 kkal/mol. Tiga hidrofobik
interaksi dengan residu asam amino GLY85, ILE82, VAL162 telah terbentuk. Menariknya
G-Rh1 berbagi dua interaksi ikatan-H yang serupa dengan obat kontrol yang digunakan.
Analisis hasil docking menunjukkan bahwa ginsenoside Rh1 berinteraksi dengan RhoA1 melalui empat
ikatan hidrogen (ARG5, ASP78, PRO180, GLN180) ke residu situs aktif RhoA bersama dengan
ÿ7,1 kkal/mol afinitas pengikatan. Selanjutnya, G-Rh1 membentuk empat interaksi hidrofobik dengan
residu asam amino ASP78, LYS6, PRO75, PHE106. Itu juga mengikat ikatan serupa
saku sebagai deksametason dan GDP. Detail hasil docking beserta kontrolnya
ligan ditunjukkan pada Tabel 4. Representasi grafis dari interaksi ginsenoside Rh1
dengan residu situs aktif ROCK1 ditunjukkan pada Gambar 2A. Representasi grafis dari
ginsenoside Rh1 berinteraksi dengan residu situs aktif ROCK1 ditunjukkan pada Gambar 2B.
Laporan lain menunjukkan bahwa dua ikatan hidrogen terkuat ini terlibat
Penghambatan ROCK1 pada banyak penyakit dan telah digunakan untuk pengembangan yang ditargetkan
calon obat potensial [57,58].
Tabel 4. Interaksi ginsenoside Rh1 dan obat kontrol dengan residu asam amino ROCK1 & RhoA.
Jumlah dari
Protein Energi Pengikat Ikatan Hidrogen Hidrofobik

Menggabungkan
Interaksi Interaksi Hidrogen
(kkal/mol)
Obligasi
ALA86, ASP160,
Ginsenosida Rh1 ÿ8.9 GLY85, ILE82, VAL162 3
ASN203, ASP216
ROCK1 Deksametason ÿ8.4 ALA86, ASP216 GLY85, GLY218 2
GLY83, VAL90, ALA103,

Fausidil ÿ8.3 ARG84, MET156 2
ALA215, LEU205
Tabel 4. Interaksi ginsenoside Rh1 dan obat kontrol dengan residu asam amino ROCK1 & RhoA.
Mengikat Nomor
Molekul 2022, 27, 8311 Ikatan Hidrogen Hidrofobik 6 dari 22
Protein Menggabungkan Energi Hidrogen
Interaksi Interaksi
(kkal/mol) Obligasi
ALA86, ASP160,
Ginsenoside Rh1Lanjutan.
ÿ8.9 Tabel 4. GLY85, ILE82, VAL162 3
ASN203, ASP216
ROCK1 Deksametason ÿ8.4 Energi Pengikat ALA86, ASP216 GLY85, GLY218 2 Jumlah
Protein Ikatan Hidrogen Hidrofobik
Menggabungkan
Interaksi GLY83, VAL90, ALA103,
Interaksi Hidrogen
Fausidil (kkal/mol)
ÿ8.3 ARG84, MET156 2
Obligasi
ALA215, LEU205
ARG5, ASP78, PRO180,
ARG5, ASP78,
ASP78,LYS6,
LYS6,PRO75,
PRO75,
Ginsenosida Rh1
Ginsenosida Rh1 ÿ7.1ÿ7.1 44
GLN180
GLN180 PHE106
PHE106
ALA181, THR77,PRO75,
ALA181, THR77, PRO75,
Deksametason
Deksametason ÿ7.0ÿ7.0 ASP76, ASP78,
ASP78, ALA177 33
ASP76, ALA177 PRO108
RhoA PRO108
ALA15, CYS16,
ALA15, CYS16, GLY17,
GLY17,
RhoA PDB ÿ7.2 THR19, CYS20, ALA161, LYS18, LYS118 7
PDB ÿ7.2 THR19, CYS20, ALA161, LYS18, LYS118 7
LYS162
LYS162
Fausidil ÿ5.5 GLU32, TYR34, VAL33 PRO31, LYS27, PRO36 3
Fausidil ÿ5.5 GLU32, TYR34, VAL33 PRO31, LYS27, PRO36 3
Ibuprofen ÿ6.3 GLU40, VAL38 LYS27 2
Ibuprofen ÿ6.3 GLU40, VAL38 LYS27 2
Rhosin ÿ7.1ÿ7.1 GLU40, 22
Rhosin GLU40, VAL38
VAL38 PRO36,
PRO36,LYS27,
LYS27,TYR42
TYR42
Gambar 2. (A) Interaksi docking 2D & 3D Ginsenoside Rh1 dengan ROCK1. (B) Semua ligan berlabuh
Gambar 2. (A) Interaksi docking 2D & 3D Ginsenoside Rh1 dengan ROCK1. (B) Semua ligan berlabuh dalam
kompleks dengan ROCK1 (Oranye—Rh1, Merah Muda—Deksametason, Kuning—Fausidil).
dalam kompleks dengan ROCK1 (Orange-Rh1, Pink-Dexamethasone, Yellow-Fausidil).
2.3. Simulasi Dinamika Molekuler, MM-PBSA dan Analisis PCA
2.3. Simulasi Dinamika Molekuler, Analisis MM-PBSA dan PCA Evolusi
struktural digunakan pada struktur kompleks ROCK1 yang merapat
(Gambar S3) struktural
Evolusi digunakan
menggunakan untuk
metode merapat
dinamika struktur(MD).
molekuler kompleks ROCK1 (Gambar S2), dan interaksi RhoA
Dalam penelitian
(Gambar ini, tiga
S2), dan interaksi RhoAsimulasi MD
(Gambar S3) individu dilakukan
menggunakan pada bentuk
dinamika molekuler (MD) apo ROCK1
metode.
kompleksDalam penelitian ini, tiga simulasi MD individu
ROCK1-fasudilROCK1-dexamethasone, dilakukan pada bentuk apo dan RhoA bersama dengan
ROCK1-
dari ROCK1 dan RhoA bersama dengan kompleks
ginsenoside Rh1, RhoA—dexamethasone, dan RhoA—GDP ROCK1-fasudilROCK1-dexame ginsenoside Rh1, RhoA—
thasone,
(Gambar ROCK1-ginsenoside Rh1,(Gambar
3A,B). Analisis hasil MD RhoA—ginsenoside Rh1,deviasi
4) menunjukkan RhoA—dexamethasone, dan
kuadrat rata-rata akar
RhoA—PDB (Gambar 3A,B).
backbone masing-masing Analisisdengan
kompleks hasil MD (Gambar 4) menunjukkan
kesetimbangan yang dicapai root mean
sekitar 1,5square (RMSD) terhadap
deviasi (RMSD) terhadap
(ROCK1-fasudil), dan 0,7 tulang punggung masing-masing
ns (ROCK1-ginsenoside Rh1 dankompleks dengan mencapai
RhoA—ginsenoside Rh1). kesetimbangan ns
sekitar 1,5 ns (ROCK1-fasudil),
mendapatkan dan 0,7 ns (ROCK1-ginsenoside
kesetimbangan masing-masing kompleks, stabilitasRh1 dan RhoA—ginseno
dipertahankan selama Setelah
sisi Rh1). Setelah mendapatkan kesetimbangan masing-masing kompleks,
waktu simulasi 50 ns. Selain itu, analisis Root Mean Square Fluktuation (RMSF).stabilitas dipertahankan sepanjang
sepanjang waktu simulasi
RhoA—ginsenoside 50 ns. Selain itu, fluktuasi root mean square kompleks ROCK1-ginsenoside Rh1 dan
Rh1 dihitung
(RMSF) analisis kompleks
seluruh simulasi ROCK1-ginsenoside
terhadap atom Rh1file
Cÿ . Untuk analisis dan RhoA—ginsenoside Rh1 di
lintasan,
dihitung di seluruh
residu situs simulasi
aktif penting dariterhadap atom
ROCK1 dan Cÿ. dengan
RhoA Untuk analisis dengan
ginsenoside Rh1kompleks
dibandingkan
ROCK1-fasudil dan kompleks RhoA-fasudil diketahui inhibitor. Gambar 5
menampilkan nilai RMSF yang diperoleh dari setiap kompleks. Jari-jari girasi dan ikatan-H
analisis juga mengkonfirmasi hasil docking (Gambar 6 dan 7).
, ,
file
Rh1,
situslintasan,
residu residu
situs aktif
aktif penting situs aktif
penting
ROCK1 dan penting
ROCK1 ROCK1
RhoA dan RhoA
dengan dan RhoAfile
dengan
ginsenoside dengan file ginsenoside
lintasan
Rh1 lintasan ginsenoside
dibandingkan Rh1, residu
dengan
kompleks
kompleks ROCK1-fasudil
ROCK1-fasudil dan
dan kompleks
kompleks RhoA
RhoA -fasudil
-fasudil a a diketahui
diketahui
kompleks ROCK1-fasudil dan kompleks RhoA -fasudil diketahui inhibitor. Gambar 5 dibandingkan
dibandingkan dengan
dengan
Molekul 2022, 27, 8311 7 dari 22
menampilkan
gy.
jari Gambar
penghambatnilai
5 menampilkan
RMSF yangnilai
gy. Gambar diperoleh
5 RMSFdari
yangmasing-masing
menampilkan diperoleh
nilai RMSFdari kompleks.
masing-masing
yang diperoleh Jari-jari
darikompleks.
penghambat
masing- Jari-
masing
docking
docking kompleks.
(Gambar
(GambarRadius
66 dan
dan 7).
rasio
7). ransum
gi dandan
ransum analisis
dan analisis
ikatan-H
analisis ikatan-Hjuga
ikatan-H juga
mengkonfirmasi
juga mengkonfirmasi
mengkonfirmasi hasil
hasil
hasil docking (Gambar
Gambar
Gambar
Gambar
Gambar 3.3.
3.
3. (A)
(A)(A)
(A) Interaksi
Interaksi
Interaksi
Interaksi docking
docking
docking
docking 2D2D& &&
2D
2D &3D
3D 3D
3D Ginsenoside
Ginsenoside
dari
dari Rh1
Rh1
Ginsenoside
Ginsenoside dengan
dengan
Rh1
Rh1 RhoA.
RhoA.
dengan
dengan (B)
RhoA.
RhoA. Semua
(B)(B)
Semua
(B) ligan
ligan
Semua
Semua berlabuh
berlabuh
ligan
ligan berlabuh
berlabuh
dalam kompleks
dalam
Fausidil, kompleks
Magenta—Fausidil,
dalam dengan
dengan
kompleks
dalam RhoA
RhoA
dengan (Oranye—Rh1,
(Oranye—Rh1,
kompleks
RhoA dengan Merah
Merah
(Oranye—Rh1,
RhoA Muda—Deksametason,
Muda—Deksametason,
(Oranye—Rh1,
Merah Kuning—GDP,
Kuning—GDP,
Muda—Deksametason,
Merah Muda—Deksametason,
Kuning—GDP,Magenta—
Magenta—
Kuning—GDP, Magen
Fausidil, Merah—Rhosin,
Merah—Rhosin,
Merah—Rhosin,
Merah—Rhosin, Hijau—Ibuprofen).
Hijau—Ibuprofen).
Hijau—Ibuprofen).
Hijau—Ibuprofen).
Gambar 4 RMSD ginsenosides Rh1 dan kontrol (Dexamethasone, Fausidil) dalam kompleks dengan
Gambar 4 RMSD ginsenosides Rh1 dan kontrol (Dexamethasone, Fausidil) dalam kompleks dengan (A)
(A) ROCK1
Gambar
Gambar 4 RMSDdan (B)
4 RMSD G-Rh1 danRh1
ginsenosides
ginsenosides kontrol
Rh1dan (Dexamethasone,
dan kontrol
kontrol GDP) dalam
(Dexamethasone,
(Dexamethasone, kompleks
Fausidil)
Fausidil) dengan
dalam
dalam RhoA
kompleks
kompleks sebagai
dengan
dengan (A)(A)fungsi
ROCK1 dan (B) G-Rh1 dan kontrol (Dexamethasone, GDP) dalam kompleks dengan RhoA sebagai fungsi
ROCK1
dari
ROCK1
waktu
dandan
simulasi
(B)
(BG-Rh1
Waktu simulasi MD.) G-Rh1
MD.
dan
dan
kontrol
kontrol
(Dexamethasone,
(Dexamethasone, GDP)
GDP)
dalam
dikomplekskan
kompleks dengan
denganRhoA
RhoA sebagai
sebagaifungsi
fungsi
Waktu
Waktu simulasi
simulasi MD.
MD.
Gambar 55 RMSF
Gambar RMSF ginsenosides
ginsenosides Rh1
Rh1 dandan kontrol
kontrol (Dexamethasone,
(Dexamethasone,Fausidil)
Fausidil)dalam
dalamkompleks
kompleksdengan
dengan(A)
Gambar
Gambar
ROCK15 dan5 RMSF
RMSF ginsenosides
(B)ginsenosides
G-Rh1 Rh1
Rh1
dan kontrol dan
dan kontrol
kontrol (Dexamethasone,
(Dexamethasone,
(Dexamethasone, Fausidil)
GDP) dalamFausidil)
kompleks dalam
dalam kompleks
kompleks
dengan dengan
dengan
RhoA sebagai (A)(A)
fungsi
dari (A) ROCK1 dan (B) G-Rh1 dan kontrol (Dexamethasone, GDP) dalam kompleks dengan RhoA sebagai fungsi
ROCK1
ROCK1
waktu dandan (B)G-Rh1
simulasi
( B) G-Rh1dan
MD. dankontrol
kontrol(Dexamethasone,
(Dexamethasone,GDP)GDP)dalam
dalamkompleks
kompleksdengan
denganRhoA
RhoAsebagai
sebagaifungsi
fungsi
waktu
Waktu
Waktu simulasi
simulasi
simulasi MD.
MD.
MD.
Molekul 2022, 27, x UNTUK PEER REVIEW 8311 8 dari 22 8

,
Molekul Molekul2022 2022, 27, 27, x UNTUK PEER REVIEW dari 22 8 dari 22
Gambar
Gambar 6. 6. Radius
Radius plot
plot girasi
girasi simulasimolekul
dinamika dinamika molekuler
(MD) simulasi(MD) dari (A) ROCK1
(A) reseptor ROCK1Gambar 6. Radius
plot girasi dinamika molekul
(Dexamethasone, (MD)
Fausidilkomplekssimulasi
) kompleks (A) reseptor
dan ROCK1 reseptor-ginsenoside Rh1 dan kontrol
(Dexamethasone, Fausidil) dan (B)(B) reseptor
RhoA RhoA ginsenoside
reseptor-ginseno Rh1 dan
ginsenoside Rh1kontrol
dan kontrol
(Dexamethasone, Fausidil) kompleks dan (B) RhoA reseptor-ginseno ginsenoside Rh1 dan kontrol
(Dexamethasone)
sisi Rh1 dan kompleks , PDB) kompleks.
kontrol (Dexamethasone, GDP).
sisi Rh1 dan kompleks kontrol (Dexamethasone, GDP).
Gambar 7. Plot garis ikatan Ligan-protein H untuk (A) ROCK1 dan (B) RhoA dengan Ginsenosides Rh1
Gambar 7. Plot garis ikatan Ligan-protein H untuk (A) ROCK1 dan (B) RhoA dengan Ginsenosides
dan kontrol
Gambar (Dexamethasone,
7. Plot Fausidil). H untuk (A) ROCK1 dan (B) RhoA dengan Ginsenosides
garis ikatan Ligand-protein
Rh1 dan kontrol (Dexamethasone, Fausidil).
Rh1 dan kontrol (Dexamethasone, Fausidil).
Kami juga menerapkan algoritma DSSP [59] untuk memeriksa perubahan struktural sekunder
Kami juga menerapkan algoritma DSSP [59] untuk memeriksa perubahan struktur sekunder
padaKami
protein
jugaROCK1
menerapkan
dan kompleks
algoritmaROCK1-ginsenoside
DSSP [59] untuk memeriksa
selama seluruh
perubahan
simulasi.
struktur
Itu sekunder
dalam protein ROCK1 dan kompleks ROCK1-ginsenoside selama keseluruhan simulasi. Perbedaan
yang protein
dalam diamatiROCK1
pada elemen strukturalROCK1-ginsenoside
dan kompleks sekunder ditunjukkan pada keseluruhan
selama Gambar S1. Pengikatan
simulasi. Perbedaan
yang diamati pada elemen struktural sekunder ditunjukkan pada Gambar S1. Perbedaan ikatan yang
diamati
sebelumpada
danelemen
sesudahstruktural
snapshotsekunder
dinamisditunjukkan
(Tabel 5) untuk
padaROCK1-
Gambar S1. Skor afinitas ikat dihitung
skor afinitas dihitung sebelum dan sesudah snapshot dinamis (Tabel 5) untuk struktur kompleks
skor afinitas Rh1.
ginsenoside dihitung
Untuksebelum dan sesudah
analisis terperinci, snapshot
snapshot dinamis
skala waktu yang(Tabel 5) untuk struktur
berbeda
kompleks ROCK1-ginsenoside Rh1. Untuk analisis terperinci, struktur kompleks ROCK1-
ginsenoside
berbeda digunakan
Rh1 skala
untuk
waktu
menentukan
yang berbeda.
perubahan
Untuk analisis
konformasi
rinci,pada
skalapengikatan
waktu yangginsenoside Rh1 ke
snapshot digunakan untuk menentukan perubahan konformasi pada protein ginsenoside Rh1 ROCK1.
Untuk analisis
snapshot ini, setiap
digunakan untuk snapshot
menentukan 2 nsperubahan
dikumpulkan dari keseluruhan
konformasi 10 ns ginsenoside Rh1
pada pengikatan
dengan protein ROCK1. Untuk analisis ini, setiap snapshot 2 ns dikumpulkan dari pengikatan ke
protein
yang berbeda
ROCK1. dianalisis
Untuk analisis
menggunakan
ini, setiap program
snapshotVMD2 ns (Gambar
dikumpulkan
S4).dari
Kami lintasan dan skala waktu
seluruh lintasan 10 ns dan skala waktu yang berbeda dianalisis menggunakan program VMD juga
menggunakan
seluruh lintasan 10 lintasan
ns dan 10skala
ns iniwaktu
untukyang
melakukan
berbeda PCA untuk memeriksa
dianalisis menggunakan gerakan protein
program VMD dengan prinsip
(Gambar
S4). Kami juga menggunakan lintasan 10 ns ini untuk melakukan PCA untuk memeriksa komponen
gerakanS4).
(Gambar protein.
KamiAtomjuga tulang punggung
menggunakan dari setiap
lintasan 10 nsstruktur dalam
ini untuk spektrum
melakukan PCAPCA menunjukkan
untuk memeriksalevelnya
gerakan protein dengan komponen utama. Atom tulang punggung dari setiap struktur dalam spektrum
PCA fluktuasi
dengan komponen atom dan perilaku
utama. Atom tulanggerakan proteindari
punggung berdasarkan dua vektor
setiap struktur dalameigen pertama.
spektrum PCA
menunjukkan tingkat fluktuasi atom dan perilaku gerakan protein berdasarkan yang pertama Kedua
struktur kompleks
menunjukkan tingkatprotein ROCK1
fluktuasi ROCK1-ginsenoside
atom dan perilaku gerakan proteinRh1berdasarkan
menutupi ruang
dua kecil
vektor eigen
pertama. Baik protein ROCK1 dan kompleks ROCK1-ginsenoside Rh1 membentuk dua vektor eigen.
Baik
tersebut.
proteinAwan
ROCK1 mewakili
dan struktur
lintasankompleks
10 ns yangROCK1-ginsenoside
diproyeksikan Rh1 dalam bidang proyeksi 2D
menutupi ruang kecil di bidang proyeksi 2D itu. Awan mewakili lintasan 10 ns dua vektor
eigen pertama
menutupi dan ditunjukkan
ruang kecil pada Gambar
di bidang proyeksi 8. Darimewakili
2D itu. Awan hasil MD, tulang10
lintasan punggung
ns yang
diproyeksikan dengan dua vektor eigen pertama dan ditunjukkan pada Gambar 8. Dari
hasil
8. Dari
MD,hasil
diproyeksikan
MD, RMSD, dengan
fluktuasi
duatingkat
vektorresidu
eigen Cÿ
pertama
atom, dan
perubahan
ditunjukkan
konformasi
pada Gambar
struktur sekunder,
RMSD tulang punggung, fluktuasi tingkat residu atom Cÿ, kesesuaian struktur sekunder dan gerakan
protein
RMSD berdasarkan
tulang nilaifluktuasi
punggung, komponen utama
tingkat dengan
residu atomjelas menunjukkan
Cÿ, perubahan molekul struktur sekunder,
konformasi
dan gerakan protein berdasarkan nilai komponen utama dengan jelas menunjukkan perubahan secara
jelas,
ROCK1dan dan
gerakan
RhoAprotein
saat berikatan
berdasarkan
dengan
nilaiginsenoside
komponen utama
Rh1 . Akhirnya,
dengan jelas
kami
menunjukkan
tampil mekanisme
mekanisme molekuler ROCK1 dan RhoA setelah mengikat ginsenoside Rh1. Terakhir, analisis MM-
mekanisme
PBSA untuk molekuler
menghitung ROCK1
parameterdan RhoA setelah
termodinamika mengikat
kompleks ginsenoside Rh1. Akhirnya,
tersebut
kami melakukan analisis MM-PBSA untuk menghitung parameter termodinamika dari
kami melakukan
energi analisis MM-PBSA
solvasi bebas/van untuk menghitung parameter
der Waals/elektrostatik/polar termodinamika
yang mengikat (ÿEbinding; Evdw;
kompleks, seperti energi solvasi bebas pengikat/van der Waals/elektrostatik/polar
kompleks,
(ÿEbind seperti
Eelec;energi solvasi
ÿEpolar bebas/van der pada
masing-masing) Waals/elektrostatik/polar
tingkat molekuler. yang mengikat
Tabel (ÿEbind ing; hasil perhitun
5 menampilkan
Evdw; Eelec; ÿEpolar masing-masing) pada tingkat molekuler. Tabel 5 menampilkan perhitungan
yang
ing; menunjukkan
Evdw; bahwa
Eelec; ÿEpolar nilai BFE masing-masing
masing-masing) pada tingkatkompleks lebih
molekuler. besar
Tabel dari nilai kompleks
5 menampilkan hasil kontrol.
perhitungan yang menunjukkan bahwa nilai BFE masing-masing kompleks lebih besar dari nilai
kompleks kontrol. menunjukkan bahwa nilai BFE masing-masing kompleks lebih besar dari nilai kompleks kontrol.
Molekul 2022, 27, 8311 9 dari 22
Molekul 2022, 27, x UNTUK PEER REVIEW 9 dari 22
Tabel 5. Energi bebas ikatan yang dihitung (MM-PBSA).
Tabel 5. Energi bebas ikatan yang dihitung (MM-PBSA).

Kompleks Kompleks ROCK1-Ginsenosida Rh1 Kompleks ROCK1-Deksametason Kompleks ROCK1-Fausidil
Kompleks
ÿVDWAALS ÿEEL (kkal/ ROCK1-Ginsenoside Rh1 ÿ39.8
Complex ROCK1-Dexamethasone Complexÿ29,79
ROCK1-Fausidil Complex ÿVDWAALS (kkal/mol)
ÿ34.47
mol) (kkal/mol)
ÿEPB (kkal/mol) ÿ39.8 ÿ20.78 ÿ18.77
ÿ29.79 ÿ18.09
ÿ34.47
ÿEEL (kkal/
mol) ÿENPOLAR 34,6 36,09 38.88
(kkal /mol) ÿEPB ÿ20,78 ÿ18,77 ÿ18.09
(kkal/mol) ÿEDISPER ÿ24,80 ÿ21,56 ÿ23.91
(kkal/mol) ÿENPOLAR 34,6 36,09 38,88
(kkal/mol) ÿGGAS (kkal/ ÿ24.80
42.9 42,97
ÿ21,56
43,63
ÿ23.91
mol) ÿEDISPER (kkal/mol)
ÿGSOLV ÿGGAS (kkal/mol)
(kkal/mol) ÿTOTAL 42.9 ÿ50.6 ÿ48,57
42,97 ÿ52.6
43.63
ÿGSOLVÿTOTAL
( kkal/mol) (kkal/mol) ÿ50.6 61.8 ÿ48,57
57,51 ÿ52.6
59.6
(kkal/mol) 61,8 ÿ30,80 57,51

ÿ20,95 59.6
ÿ27.04
ÿ30.80 ÿ20.95 ÿ27,04
Gambar
mewakili8.lintasan
Awan mewakili lintasan
10 ns yang 10 ns yang
diproyeksikan diproyeksikan
dengan dengan
dua vektor eigen dua vektorPCA
pertama. eigen pertama. PCA re Gambar 8. Awan
hasil lintasan protein
ROCK1-fasudil, dan ROCK1, ROCK1-fasudil,
ROCK1-ginsenosde Rh1 dan ROCK1-ginsenosde
ditunjukkan pada Rh1 ditunjukkan pada hasil lintasan protein ROCK1,
hitam,
hitam,merah, dan
merah, hijau,
dan masing-masing.
hijau, masing-masing.
2.4.Efek
2.4. Efeksitotoksisitas
sitotoksisitas Ginsenosides
Ginsenosides Rh1 Rh1
Bahan kimia
Bahan kimiabioaktif alami
bioaktif merupakan
alami sumbersumber
merupakan potensialpotensial
untuk mengembangkan obat untuk mengobati
untuk mengembangkan berbagai penyakit
obat untuk
mengobati berbagai penyakit. Secara khusus, beberapa ginsenosida telah terbukti memiliki
penyakit. Secara khusus, beberapa ginsenosida telah terbukti memiliki efek farmakologi, termasuk efek farmakologis
sifatkal,
efek antikanker
termasuk[51,55,60]. Di antara
sifat antikanker mereka,
[51,55,60]. Rh1 telah Rh1
Diantaranya, terbukti
telah terbukti menekan berbagai sel kanker,
termasuk
untuk sel kanker
menekan payudara,
berbagai sel kanker
sel kanker, paru-paru
termasuk A549,
sel kanker payudara, kanker paru-paru A549 dan sel kanker
serviks HeLa
Temuan [61]. Temuan
kami mengamati kami sitotoksisitas
tingkat mengamati tingkat sitotoksisitas
Rh1 pada sel Gmurine
sel makrofag , dan sel
(RAWkanker serviks
264.7), danHeLa [61].
sel kanker
paru-paru A549 diobati
G-Rh1 pada sel makrofag murine (RAW 264.7), dan sel kanker paru A549 berada pada beberapa konsentrasi (0, 12.5, 25, 50,
100 µg/mL) selama 24 jam. Dalam percobaan sitotoksisitas,
obat pada beberapa konsentrasi (0, 12,5, 25, 50, 100 µg/mL) selama 24 jam. Dalam sitotoksisitas kami
menggunakan
percobaan, kami larutan MTT untuk mengukur
menggunakan larutan MTTtingkat toksikmengukur
untuk sel. Sitotoksisitas
tingkat dalam
toksikbebas kanker
sel. Sitotoksisitas
dalam
sel RAWsel RAW
264,7 264.7
bebas dievaluasi,
kanker dan sampel
dievaluasi, ditentukan
dan sampel aman.
ditentukan Itu Viabilitas
aman. diamati sel sel RAW 264.7
menunjukkan toksisitas rendah dengan G-Rh1 pada 100 µg/mL
diamati bahwa viabilitas sel sel RAW 264.7 menunjukkan toksisitas rendah dengan G-Rh1
setelah 24 jam (Gambar 9A).
100 µg/mL setelah 24 jam (Gambar 9A).
Namun, 100 µg/mL G-Rh1 secara signifikan menghambat sekitar 40% proliferasi sel pada
sel A549 dibandingkan dengan kontrol positif seperti cisplatin komersial, yaitu
digunakan sebagai obat antikanker (Gambar 9B). Sebaliknya, diamati bahwa G-Rh1 menurun
Viabilitas sel A549 dengan cara yang tergantung pada dosis. Sedangkan pada 100 µM, Rh1 menurun
sekitar 30% dari viabilitas sel sel A549 [62] dan sekitar 25% dari sel
viabilitas sel HeLa [63]. Temuan ini menunjukkan bahwa Rh1 mempromosikan apoptosis
jalur dalam sel kanker paru-paru A549, yang memiliki sifat anti-kanker.
Molekul Molekul
83112022, 27,27, x UNTUK PEER REVIEW
2022, 10 10
22 daridari 22
Gambarsitotoksisitas
Evaluasi 9. Evaluasi sitotoksisitas
sel secara insel secara
vitro untukinginsenosides
vitro untuk ginsenosides
Rh1 (A) padaRh1 (A) pada
makrofag makrofag
murine (RAW)murine Gambar 9.
(RAW 264.7), (B) pada sel karsinoma lg manusia (A549) dibandingkan dengan kontrol positif (cisplatin). Grafik 264.7),
(B) pada sel lg karsinoma manusia (A549) dibandingkan dengan kontrol positif (cisplatin). Grafik menunjukkan
menunjukkan nilai rata-rata ± SD dari empat ulangan. *** p <0,001 menunjukkan perbedaan yang signifikan dari nilai
rata-rata kontrol ± SD dari empat ulangan. *** p <0,001 menunjukkan perbedaan yang signifikan dari kelompok kontrol.
grup.
2.5. In Vitro ROS Diinduksi oleh G-Rh1
Namun, 100 µg/mL G-Rh1 secara signifikan menghambat sekitar 40% proliferasi sel Pada sel
kanker, spesies oksigen reaktif (ROS) memainkan peran kunci dalam menghasilkan sitotoksisitas.
dalam sel A549 dibandingkan dengan kontrol positif seperti cisplatin komersial, yang Dalam berbagai
garis sel kanker manusia, akumulasi tingkat ROS yang lebih tinggi telah ditunjukkan.
digunakan sebagai obat antikanker (Gambar 9B). Sebaliknya, diamati bahwa G-Rh1 de menyebabkan
apoptosis, autophagy, dan penghentian siklus sel [64,65]. G-Rh1 terkenal penting
meningkatkan viabilitas sel A549 dengan cara yang bergantung pada dosis. Sementara itu, pada 100
µM, Rh1 de material untuk aktivitas antikanker akibat pembentukan spesies oksigen reaktif (ROS) [48]. Disini,
meningkatoleh
ditentukan sekitar 30%DCFH-DA
reagen dari viabilitas sel sel
dengan A549 [62]
cisplatin, danpada
G-Rh1 sekitar 25% tingkat ROS intraseluler
viabilitas sel sel HeLa [63]. Temuan ini menunjukkan
Perawatan G-Rh1 dari sel ganas A549 menunjukkan peningkatan bahwa Rh1 yang
mempromosikan
bergantung sel
padaA549.
dosis
jalur apoptosis pada sel kanker paru-paru A549, yang memiliki sifat anti-kanker. dalam
pembentukan ROS intraseluler pada konsentrasi yang lebih tinggi (100 µg/mL) dibandingkan dengan
obat kontrol positif cisplatin (Gambar 10). Beberapa penelitian memperkenalkan mitokondria tersebut
2.5. menghasilkan
Rh1 In Vitro ROS Diinduksi oleh G- reaktif (ROS) selama apoptosis, dan pengurangan mitokondria
spesies oksigen
potensiPada sel kanker,
membran spesies
sitotoksik yangoksigen reaktif (ROS)
menghasilkan memainkan
peningkatan peran
produksi kunci
ROS dandalam menghasilkan
apoptosis [66,67]. Selain itu,
kota. Dalam
akumulasi ROSberbagai garis menyebabkan
yang dapat sel kanker manusia, akumulasi tingkat
p53 diekspresikan, yangROS yang lebih
berdampak tinggi telah
signifikan pada menjadi
terbukti
awal menyebabkan
apoptosis apoptosis, protein
melalui transaktivasi autophagy, dan penangkapan
pro-apoptosis (Bax) atau siklus sel [64,65]. G-Rh1
berinteraksi
penting
REVIEW [48]. Di sini, tingkat ROS intraseluler bahan dengan
terkenal protein
untuk aktivitas mitokondria
antikanker anti-apoptosis
karena spesies oksigen (Bcl-2)
reaktif [68,69].
(ROS) Menghambat
generasi Molekul pertumbuhan
2022, 27, x UNTUK 22 sel dan
PEER
11 dari
menunjukkan
ditentukan oleh
bahwa
reagen
produksi
DCFH-DA
ROSdengan pembuatan cis ROS oleh ekstrak G-Rh1 dalam sel kanker paru-paru A549
menyebabkan
platin, G-Rh1 apoptosis melaluiPengobatan
pada sel A549. jalur mitokondria.
G-Rh1 dari sel ganas A549 menunjukkan peningkatan
ketergantungan dosis pada pembentukan ROS intraseluler pada konsentrasi yang lebih tinggi (100
µg/mL) dibandingkan dengan obat kontrol positif cisplatin (Gambar 10). Beberapa penelitian
memperkenalkan bahwa mitokondria menghasilkan spesies oksigen reaktif (ROS) selama apoptosis,
dan pengurangan potensi membran mitokondria menghasilkan peningkatan produksi ROS dan
apoptosis [66,67]. Selain itu, ROS yang terakumulasi dapat menyebabkan p53 diekspresikan, yang
memiliki dampak signifikan pada awal apoptosis melalui transaktivasi protein pro-apoptosis (Bax)
atau berinteraksi dengan protein mitokondria anti-apoptosis (Bcl-2) [68,69] . Penghambatan
pertumbuhan sel dan pembentukan ROS oleh ekstrak G-Rh1 pada sel kanker paru A549 menunjukkan
bahwa produksi ROS menyebabkan apoptosis melalui jalur mitokondria.
Gambar 10. Pada sel A549, kemampuan ginsenoside Rh1 untuk menghasilkan oksigen reaktif antar sel
Gambar 10. Dalam sel A549, kemampuan ginsenoside Rh1 untuk menghasilkan spesies oksigen reaktif
(ROS) antar sel dibandingkan dengan kontrol positif (cisplatin). Grafik menunjukkan nilai rata-rata ± SD dari
cies (ROS) dibandingkan dengan kontrol positif (cisplatin). Grafik menunjukkan nilai rata-rata ± SD dari tiga
tiga ulangan. *** p <0,001 menunjukkan perbedaan yang signifikan dari kelompok kontrol.
ulangan. *** p <0,001 menunjukkan perbedaan yang signifikan dari kelompok kontrol.
2.6. Apoptosis yang Diinduksi G-Rh1 dengan Mengatur Ekspresi Gen Apoptotik
2.6. Apoptosis Terinduksi G-Rh1 dengan Mengatur Ekspresi Gen Apoptotik Untuk
mengeksplorasi lebih jauh mekanisme yang terlibat dalam kaleng anti-paru yang dimediasi ginsenoside
Rh1 Untuk
ginsenoside mengeksplorasi
Rh1, beberapa genlebih jauhanti-paru
kanker mekanisme yangtelah
penting terlibat dalam efek
dievaluasi olehanti kanker
RT-PCR yang dimediasi
menggunakan primer
efek kanker paru-paru,
cantumkan beberapa
di (Bagian gen kanker
3.10), termasuk anti-paru
RhoA, Rock1,esensial
MMP1, dievaluasi oleh
MMP9, Bax, RT-PCR
Bcl2, yang kami
p53, Caspase 3, Caspase
menggunakan primer yang tercantum dalam (bagian 3.10), termasuk RhoA, Rock1, MMP1, MMP9, Bax, Bcl2,
p53, Caspase 3, Caspase 9. Selain itu, RhoA dan ROCK 1/2 adalah pengatur penting adhesi fokus, kontraksi
aktomiosin, proliferasi , apoptosis, dan motilitas sel [70,71].
Peran jalur pensinyalan Rho/ROCK1 dalam proses migrasi dan invasi molekuler telah dipelajari [72,73]. Jalur
ROCK sering meningkat pada NSCLC
Molekul 2022, 27, 8311 11 dari 22
9. Selain itu, RhoA dan ROCK 1/2 adalah regulator penting dari adhesi fokal, aktomiosin
kontraksi, proliferasi, apoptosis, dan motilitas sel [70,71]. Peran Rho/ROCK112 dari 22
s 2022, 27, x UNTUK TINJAUAN TEMAN
jalur pensinyalan dalam migrasi molekuler dan proses invasi telah dipelajari [72,73].
Jalur ROCK sering meningkat pada NSCLC dan terkait dengan tipe feno yang lebih agresif. Studi
sebelumnya mengungkapkan bahwa pada NSCLC, jalur Nrf2/Keap1 memengaruhi motilitas sel
cara oleh G-Rh1mendisregulasi
dibandingkan dengan obat komersial
jalur pensinyalan cisplatin. Selain
RhoA/ROCK1 itu, RT-PCR
[9]. Perawatan dengan
dengan baicalein aktif
(Gambar 11) menunjukkan upregulasi p53 dan bax, caspase 3, caspase 9 dan
menunda kemampuan untuk membentuk mimikri vaskulogenik dan menurunkandownregulation A549
tumorigenisitas. Ini
ekspresi gen bcl2komersial
dalam cara yang tergantung dosis oleh G-Rh1 dibandingkan dengan temuan
disertai dengan protein RhoA / ROCK yang diturunkan regulasi dan F-aktin yang dikompromikan
obat cisplatin. Olehapoptosis
karena itu,sitoskeleton
penelitian ini mengungkapkan
secara in vivo dan inbahwa
vitro [ G-Rh1 memiliki
74]. Selain kemampuan
itu, hasil untuk
penelitian menghambat
menunjukkan bahwa Rho A dan
ekspresi gen pada sel kanker
ROCK1 paru-paru.
diturunkan Namun,
secara analisis
signifikan padakuantitatif dan penelitian
cara tergantung lebih lanjut A549 oleh
dosis pengobatan
ke dalam mekanisme molekuler
G-Rh1 pada diperlukan
100 µg/mL (Gambaruntuk
11). memahami jalur biologis sepenuhnya.
A B
C D
Gambar 11. Lanjutan.

2022, 27, x UNTUK TINJAUAN TEMAN Molekul 2022, 27, 8311 13 dari 22 12 dari 22
e F
G H
SAYA
Gambar 11. Efek G-Rh1 pada tingkat ekspresi mRNA gen terkait apoptosis dalam sel A549.
Gambar 11. Efek G-Rh1 pada tingkat ekspresi mRNA gen terkait apoptosis dalam sel A549.
Di sini, sel A549 diobati dengan G-Rh1 pada 50 dan 100 µg/mL selama 24 jam. Selanjutnya, RNA total
Di sini, sel A549 diobati dengan G-Rh1 pada 50 dan 100 µg/mL selama 24 jam. Selanjutnya, RNA total
diekstraksi, dan level ekspresi mRNA ditentukan dengan analisis RT-PCR dengan perbedaan diekstraksi,
dan level ekspresi mRNA ditentukan dengan analisis RT-PCR dengan perbedaan
gen apoptosis termasuk (A) ROCK, (B) RhoA, (C) MMP-1, (D) MMP-9, (E) p53, (F) Bax, (G) gen apoptosis
Bcl2, (H) Caspasetermasuk (A) ROCK,
9, (I) Caspase 3 dan (dibandingkan
B) RhoA, (C) dengan
MMP-1,GAPDH.
(D) MMP-9, (E) sel
Dalam p53, (F) Bax,
A549, (G)ROCK1,
RhoA, Bcl2,
Ekspresi mRNA MMP1,(H) Caspase 9, (I)diturunkan
dan MMP9 Caspase 3oleh
dan G-Rh1.
dibandingkan dengan GAPDH.
Saat menurunkan Dalam meningkatkan
Bcl2, G-Rh1 sel A549, RhoA, ROCK1,
p53, Bax, CaspasemRNA
3, danMMP9
Caspase
diturunkan
9. Data oleh
yangG-Rh1.
ditampilkan
Saat menurunkan
mewakili nilairegulasi
rata-rataBcl2,
MMP1,G-Rh1
dan ekspresi
dari tiga percobaan
perlakuan.
independen
peningkatan
± SD. *** p
p53,
<0,001
Bax,dibandingkan
Caspase 3, dan
dengan
Caspase
kontrol
9. Data
yang yang
tidak ditampilkan
diberi mewakili nilai rata-rata
dari tiga percobaan independen ±SD. *** p <0,001 dibandingkan dengan kontrol yang tidak diberi perlakuan.
Molekul 2022, 27, 8311 13 dari 22
Matrix metalloproteinases (MMPs), termasuk MMP-1 dan MMP-9, adalah kelas

metaloenzim yang bergantung pada seng yang mengontrol beberapa fungsi fisiologis,
termasuk proliferasi dan metastasis sel tumor [75,76]. Oleh karena itu, kami menyelidiki
tingkat ekspresi mRNA dari MMP-1 dan MMP-9 untuk aktivitas antikanker pada sel A549.
Penelitian sebelumnya telah menemukan bahwa G-Rh1 menekan ekspresi MMP-1 dengan
menghambat jalur pensinyalan AP-1 dan MAPK dalam sel karsinoma hepatoseluler manusia
[49]. Selain itu, penurunan tingkat mRNA MMP-9 yang disebabkan oleh DNAzyme
menghambat migrasi sel, proliferasi , dan invasi sel A549 [77]. Oleh karena itu, dalam
penelitian ini, tingkat ekspresi MMP1 dan MMP9 diperiksa dan terbukti lebih rendah setelah pengoba
Generasi ROS oleh mitokondria diperlukan untuk pensinyalan redoks, sedangkan p53
adalah faktor transkripsi redoks-aktif yang menekan kanker. Akibatnya, ROS menyebabkan
apoptosis pada sel kanker melalui aktivasi p53 [78,79]. p53 mengatur ekspresi beberapa
gen pro dan anti-apoptosis, termasuk Bax dan bcl2. Bcl2 merupakan salah satu mekanisme
apoptosis yang dipicu oleh situasi stres, termasuk defisiensi sitokin atau kerusakan DNA
[80]. Proses ini dapat terjadi dengan aktivasi apoptosis yang dimediasi mitokondria, yang
ditandai dengan penghambatan bcl2, peningkatan Bax, memungkinkan pelepasan sitokrom
C ke dalam sitoplasma, dan akhirnya peningkatan regulasi gen caspase 9/3 [81 ,82]. Selain
itu, RT-PCR (Gambar 9) menunjukkan upregulasi p53 dan bax, caspase 3, caspase 9 dan
downregulasi ekspresi gen bcl2 dengan cara yang tergantung dosis oleh G-Rh1 dibandingkan
dengan cisplatin obat komersial. Selain itu, RT-PCR (Gambar 11) menunjukkan upregulasi
p53 dan bax, caspase 3, caspase 9 dan downregulasi ekspresi gen bcl2 dengan cara yang
tergantung dosis oleh G-Rh1 dibandingkan dengan cisplatin obat komersial. Oleh karena
itu, penelitian ini mengungkapkan bahwa G-Rh1 memiliki kemampuan untuk menghambat
ekspresi gen apoptosis pada sel kanker paru. Namun, analisis kuantitatif dan penelitian
lebih lanjut tentang mekanisme molekuler diperlukan untuk memahami jalur biologis sepenuhnya.
3. Bahan dan Metode

3.1. Bahan kimia
Sampel G-Rh1 dikumpulkan dari lab bio Hanbang, Suwon, Korea. Korean Cell Line
Bank menyediakan lini sel kanker paru-paru (A549) dan sel makrofag murine Raw 264,7
yang digunakan dalam penyelidikan ini (KCLB, Korea Selatan). Fetal bovine serum (FBS)
dan larutan penicillin-streptomycin dibeli dari Gen DEPOT (Barker, TX, USA).
Gibco (Waltham, MA, USA) memasok glukosa tinggi, Modified Eagle's Medium (DMEM)
piruvat Dulbecco . (3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyltetrazolium bromide atau MTT)
larutan dari Life Technologies, Suwon, Korea.
3.2. Eksperimen Komputasi

Persiapan Protein dan Ligan
Senyawa paling aktif dari tanaman obat Panax ginseng, ginsenoside Rh1, dipilih untuk
penelitian ini. Struktur senyawa ginsenoside Rh1 dikumpulkan dari database internal kami
sendiri (Gambar 1A). Struktur dua dimensi (2D) ginsenoside Rh1 digambar menggunakan
ChemSketch, http://www.acdlabs.com (diakses pada 2 Agustus 2022) (Advanced Chemistry
Development, Inc. Toronto, ON, Kanada). File struktur 2D yang digambar dalam format mol,
yang kemudian diubah menjadi struktur tiga dimensi (3D) sebagai format .pdb dengan
mengimpornya ke visualizer Discovery Studio 3.5 (DS 3.5)
(DS, http://www.accelrys.com (diakses pada 3 Agustus 2022); Accelrys, Inc. San Diego,
CA, AS). Inhibitor ROCK1 yang dikenal, fasudil (M77), digunakan sebagai ligan kontrol
untuk simulasi docking dan diambil dari struktur kompleks kristal ROCK1(PDB ID: 5WNE).
Inhibitor RhoA yang diketahui, GDP (kontrol dari kompleks PDB RhoA (PDB ID: 4D0N),
fasudil, Ibuprofen [83], dan Roshin [84] digunakan sebagai kontrol. Selanjutnya, molekul-
molekul ini dioptimalkan menggunakan metode Conjugate Gradients [ 54] diikuti Steepest
Descent [85] sebanyak 200 langkah menggunakan program PyRx [86] Langkah minimisasi
dilakukan dengan menggunakan Universal Force Field (UFF) [87].
Molekul 2022, 27, 8311 14 dari 22
3.3. Prediksi Sifat Farmakokinetik ADMET

dan Prediksi Kesamaan Obat
Berdasarkan struktur kimianya, memprediksi sifat farmakokinetik suatu molekul
merupakan tugas penting dalam desain obat. Deskriptor seperti sifat fisiokimia dan
farmakokinetik dihitung menggunakan modul Qikprop versi 3.0 yang dikodekan oleh
program Schrödinger (//www.schrodinger.com (diakses pada 5 Juni 2022)).
Properti ini, disebut ADMET (penyerapan, distribusi, metabolisme, ekskresi, dan
toksisitas), sangat penting untuk mengidentifikasi saponin aktif. Ginsenoside Rh1
diimpor dan dinetralkan menggunakan wizard Maestro GUI sebelum menghitung
prediksi properti fisiokimia dan makrokinetik karena kami ingin memprediksi sifat yang
diinginkan pada pH netral dan bukan ketika molekul dalam keadaan terionisasi.
Langkah ini penting karena ginsenosida Rh1 yang dinetralkan dapat menghasilkan sifat
farmakokinetik. Selain itu, Qikprop menyediakan rentang untuk membandingkan sifat
molekul tertentu dengan 95% obat yang diketahui. Skor hepatotoksisitas dan
penghambatan CYP2D6 dihitung menggunakan modul ADMET yang tersedia dari
program DS 3.5. Deskriptor ADMET berikut dihitung untuk ginsenoside Rh1: kelarutan
air, pengikatan protein serum, logP untuk oktanol/air, hepatotoksisitas, kemungkinan
penghambatan CYP2D6, dan penyerapan oral manusia dalam GI (%). Selanjutnya,
skrining kemiripan obat dilakukan dengan aturan lima Lipinski [88]. Filtrasi ini terutama
digunakan untuk menghilangkan molekul yang tidak mirip obat dan memilih molekul
yang mirip obat berdasarkan aturan Lipinski: berat molekul (MW), LogP, jumlah donor
ikatan hidrogen (HBD), dan jumlah akseptor ikatan hidrogen ( HBA). Sifat-sifat ini dapat ditentuk
3.4. Dalam Aktivitas Biologis Silico, Target dan Prediksi Situs Aktif
Program komputasi lain yang disebut Prediction of Activity Spectra for Substances
(PASS) (http://www.pharmaexpert.ru/passonline/ (diakses pada 3 April 2022)) digunakan
untuk memprediksi spektrum aktivitas biologis berdasarkan rumus struktur kimia [89].
Teknik komputasi ini digunakan untuk memprediksi jenis aktivitas biologis ginsenoside Rh1 apa
yang ada dalam sistem biologis. Selain itu, metode ini menghasilkan daftar aktivitas biologis
beserta nilai probabilitas aktif (Pa) dan probabilitas tidak aktif (Pi). Keakuratan aktivitas biologis
diukur dengan hati-hati berdasarkan skor probabilitas yang diprediksi; ketika Pa mendekati 1 dan
Pi mendekati nol, molekul tersebut memiliki probabilitas aktivitas biologis yang lebih tinggi. Selain
itu, ginsenoside Rh1 telah divalidasi menggunakan alat prediksi target SWISS (Gambar S5),
yang bertujuan untuk memprediksi target protein molekul kecil yang paling mungkin [90].
Kami telah menerapkan alat online DoGSiteScorer untuk memprediksi kantong pengikat
dalam ROCK1 dan RhoA asli (Tabel S1 dan Gambar S6). DoGSiteScorer adalah metode berbasis
grid yang menggunakan filter Difference of Gaussian untuk mendeteksi kantong pengikat
potensial semata-mata berdasarkan struktur 3D protein dan membaginya menjadi subpaket.
Properti global dihitung, menggambarkan ukuran, bentuk, dan fitur kimiawi dari (sub) kantong
yang diprediksi. Secara default, skor draggability sederhana disediakan untuk setiap (sub)
kantong berdasarkan kombinasi linear dari tiga deskriptor yang menjelaskan volume, permukaan,
hidrofobisitas, dan penutup. Kantung pengikat diberi peringkat berdasarkan ukuran, luas
permukaan, dan skor daya seretnya [91].
3.5. Molecular Docking

Struktur 3D protein ROCK1 [PDB ID: 5WNE] dan RhoA [PDB ID: 4D0N] diambil dari Protein
Data Bank (PDB) [92,93] bersama dengan co-crystalized ligan fasudil dan GDP. Untuk melakukan
studi docking, struktur ROCK dan RhoA disiapkan oleh antarmuka grafis alat Autodock (GUI)
[94]. Fasudil inhibitor yang diketahui dan GDP bersama dengan molekul air dihilangkan dari
struktur aslinya dan dibuat sebagai reseptor bebas [58]. Selanjutnya, biaya Kollman dan hidrogen
polar ditambahkan ke reseptor. Situs pengikatan fasudil dan GDP adalah situs aktif yang paling
mungkin. Lebih jauh,
Molekul 2022, 27, 8311 15 dari 22
fasudil terlibat dalam dua interaksi ikatan hidrogen dengan residu M156 dan D160 dan
penelitian lain menunjukkan bahwa residu ini berperan dalam penghambatan ROCK1 [95].
Ginsenosida Rh1 yang diminimalkan energi dengan struktur protein ROCK1 dan RhoA
digunakan untuk melakukan simulasi docking oleh program Autodock Vina [89]. Senyawa
fasudil dan GDP digunakan sebagai kontrol untuk penelitian ini. Detail prosedur docking diikuti
menurut penelitian kami sebelumnya [96,97]. Potensi interaksi pengikatan diidentifikasi
berdasarkan skor afinitas pengikatan dan interaksi ikatan hidrogen antara ROCK1 dan RhoA
dengan ginsenoside Rh1. Hasil dari setiap kompleks disimpan dari antarmuka grafis alat
Autodock dan diimpor ke visualizer DS.3.5 untuk menganalisis interaksinya pada tingkat
molekuler.
3.6. Simulasi Dinamika Molekuler

Untuk memeriksa stabilitas ginsenoside Rh1 bersama dengan protein ROCK1 dan RhoA,
dilakukan studi dinamika molekuler (MD) menggunakan program Gromacs 4.6 (GROningen
Machine for Chemical Simulations) [98]. Protein ROCK1 (bentuk apo), ROCK1-fasudil (dikenal
inhibitor), ROCK1-dexamethasone (obat kontrol), ROCK1-ginsenoside rh1, protein RhoA (tidak
terikat), RhoA-GDP (inhibitor), RhoA-dexamethasone (obat kontrol), dan struktur kompleks
RhoA ginsenoside rh1 digunakan untuk melakukan simulasi MD. File topologi protein ROCK1
dan RhoA dibuat menggunakan utilitas gromacs (pdb2gmx), dan file topologi ginsenoside Rh1
dibuat menggunakan server Dundee PRODRG2 [99]. Untuk semua simulasi, kami
menggunakan model air single-point-charge (SPC) [55] dan medan gaya Gromacs [100] .
Prosedur simulasi MD rinci diikuti menurut penelitian kami sebelumnya [96.101]. Setiap sistem
(ROCK1, ROCK1-fasudil, ROCK1-dexamethasone, ROCK1- ginsenoside rh1, protein RhoA,
RhoA-GDP, RhoA-dexamethasone, dan RhoA-ginsenoside rh1) dinetralkan dengan
menambahkan ion yang sesuai (Na+ atau Cl-) dan kanonik (NVT) ansambel, dan langkah-
langkah kesetimbangan ansambel isotermal-isobarik (NPT).
Selanjutnya, produksi 50 nano-detik (ns) dilakukan secara individual untuk semua sistem. Untuk
menganalisis simulasi MD ROCK1-ginsenoside Rh1, hasilnya disimpan setiap 2 pico detik (ps).
Selain itu, deviasi kuadrat rata-rata akar (RMSD), fluktuasi kuadrat rata-rata akar (RMSF),
Obligasi-H, dan struktur sekunder dihitung menggunakan utilitas gromac seperti g_rms, g_rmsf,
dan g_hbond. Simulasi docking dan dinamika molekul dilakukan menggunakan server Intel®
2.93 GhZ Xenon® CPU 5670 CentOS.
Terakhir, kami menggunakan paket gmx_MMPBSA [102] untuk perhitungan energi bebas
berdasarkan lintasan tunggal GROMACS dengan medan gaya yang sesuai. Alat ini
memungkinkan perhitungan energi bebas menggunakan metode MM/PBSA atau GBSA
(Molecular Mechanics/Poisson Boltzmann atau Generalized Born Surface Area) dengan model pelarut
3.7. Analisis Komponen Utama

Untuk menentukan perubahan struktur protein ROCK1 pada pengikatan ligan, kami
menggunakan utilitas gromacs. Metode PCA yang disebut essential dynamics (ED) diikuti
menurut protokol ini [103]. Koordinat protein ROCK1 dan kompleksnya (ROCK1-fasudil dan
ROCK1-ginsenoside Rh1) digunakan sebagai titik awal untuk menghitung PCA menggunakan
utilitas g covar gromacs. Program ini menghitung gerakan protein yang sesuai dari vektor eigen,
nilai eigen, dan nilai proyeksi. Selain itu, komponen utama ini ditentukan berdasarkan matriks
kovarians berbobot massa dari atom tulang punggung dari setiap struktur. Terakhir, utilitas
g_anaeig gromacs digunakan untuk menganalisis gerakan protein berdasarkan nilai proyeksi
2D untuk dua komponen utama pertama. Semua grafik dinamika diplot menggunakan Microsoft
Excel dan program XMGRACE [104] .
3.8. Budaya sel
Kanker paru-paru manusia (A549) ditumbuhkan dalam media yang mengandung 89

persen RPMI 1640, 10% FBS, dan 1% penicillin-streptomycin. Sel makrofag murine RAW 264.7
umumnya dimurnikan dalam DMEM dengan 10% FBS dan 1% penicillin-streptomycin. Dua garis sel
Molekul 2022, 27, 8311 16 dari 22
dibiarkan menempel dan tumbuh selama 24 jam sebelum diperlakukan dengan sampel yang berbeda
dalam inkubator 37 ÿC yang dilembabkan dengan lingkungan CO2 5% .
3.9. In Vitro Cytotoxicity dari Ginsenosides Rh1

Menggunakan larutan MTT, sitotoksisitas G-Rh1 diselidiki dalam garis sel A549 dan RAW
264.7. Sitotoksisitas cisplatin (10 µg/mL) dievaluasi hanya pada sel A549, dan temuan dibandingkan
dengan G-Rh1 setelah 24 jam. Uji viabilitas sel dilakukan seperti yang dinyatakan sebelumnya
[105]. Dalam pelat 96-sumur, sel-sel kanker dan sel-sel normal pertama kali disepuh dengan
kepadatan selektif 1 × 104 sel/sumur. Setelah itu, sel diperlakukan dengan berbagai konsentrasi (0,
12,5, 25, 50, 100 µg/mL) dan dibiarkan diinkubasi selama 24 jam. Setelah 24 jam, sel dirawat
selama 3-4 jam pada suhu 37 ÿC dengan 20 µL larutan 3-(4, 5-dimethyl-2-thiazolyl)-2, 5-diphenyl
tetrazolium bromide (MTT; 5 mg/mL, di PBS; Life Technologies, gen Eu, OR, USA). Selanjutnya
penambahan reagen MTT mengakibatkan terbentuknya formazan berwarna ungu pada sel hidup.
Untuk melarutkan agen formazan yang tidak larut, 100 ÿL DMSO ditambahkan ke masing-masing
sumur. Data diperoleh menggunakan pembaca ELISA 570 nm (BioTek Instruments, Inc., Winooski,
VT, USA).
3.10. Pengujian Spesies Oksigen Reaktif (ROS).

Pada kanker paru-paru manusia (A549), 2 ,7dichlorodihydrofluorescein diacetate (DCFH-DA)
digunakan untuk mengukur kekuatan spesies oksigen reaktif (ROS). Untuk memungkinkan perlekatan
dalam pelat kultur sel 96 sumur, kami menyemai sel dengan kepadatan 1 × 104 per sumur dan
membiarkannya di inkubator semalaman untuk pertemuan pertumbuhan 100 persen. Sel A549
kemudian dirawat selama 24 jam dengan berbagai konsentrasi cisplatin (10 µg/mL), (0, 12,5, 25, 50, 100 µg/m
Setelah 24 jam perawatan, sel diwarnai dengan 100 ÿL larutan DCFH-DA (10 ÿM) di setiap sumur
dan diinkubasi selama 30 menit dalam gelap. Sel-sel kemudian dicuci dua kali dengan PBS
((100 µL/sumur), dan media lama dibuang. Pada panjang gelombang eksitasi 485 nm dan panjang
gelombang emisi 528 nm, pembaca pelat multi-model (spektrofluorometer) digunakan untuk
menentukan intensitas fluoresensi produksi ROS. Reagen DCFH-DA digunakan untuk mengukur
peningkatan ROS.
3.11. Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR)

Total RNA dari sel A549 diperoleh dengan menggunakan reagen lisis QIAzol (QIAGEN, Ger
mantown, MD, USA), dan proses transkripsi balik dilakukan dengan menggunakan 1ÿg RNA dalam
20 ÿL reagen transkripsi balik amfiRivert ( GenDepot , Barker , TX, USA ), seperti yang diarahkan
oleh pabrikan. CDNA yang diperoleh diamplifikasi dengan primer berikut: RhoA, maju: 5 -CAG CAA
GGA CCA GTT CCC AGA-3 dan Reverse: 5 -TGC CAT ATC TCT GCC TTC TTC AGG-3 , ROCK1,
maju: 5 -AGG AAG GCG GAC ATA TTA GTC CCT-3 dan mundur: 5 -AGA CGA
TAGTTGGGTCCCGGC-3 , MMP-1, maju: 5 -ATT CTA CTG ATA TCG GGG CTT TGA -3 dan
mundur: 5 -ATG TCC TTG GGG TAT CCG TGT AG- 3 , MMP-9, maju: 5 -CGT CGT GAT CCC
CAC TTA CT-3 dan MMP-1, maju: 5 -ATT CTA CTG ATA TCG GGG CTT TGA -3 dan mundur: 5
-AGA GTA CTG CTT GCC CAG GA -3 , BAX, maju 5 -GGT TGC CCT CTT CTA CTT T-3 dan
mundur 5 -AGC CAC CCT GGT CTT G-3 ; bcl2, maju 5 -GAA GGG CAG CCG TTA GGAAA-3 dan
mundur 5 -GCG CCC AAT ACG ACC AAA TC-3 ; p53, maju 5 -TCT TGGGCC TGT GTT ATC
TCC-3 dan mundur 5 -CGC CCA TGC AGG AAC TGT TA-3
, CASPASE 3,
maju 5 -GAA GGA ACA CGC CAG GAA AC-3 dan mundur 5 -GCA AAG TGA AAT
GTA GCA CCA A-3 ; CASPASE 9, maju 5 -GCC CGA GTT TGA GAG GAA AA -3 dan mundur 5
-CAC AGC CAG ACC AGG AC -3 ; dan GAPDH, maju 5 -CAA GGT CAT CCA TGA CAA CTT TG-3
dan mundur 5 -GTC CAC CAC CCT GTT GCT GTA G-3 .
Reaksi diulang 35 kali selama 30 detik pada 95 ÿC, 30 detik pada 60 ÿC, dan 50 detik pada 72 ÿC.
Hasil RTPCR yang diamplifikasi diperiksa pada gel agarosa 1%, diwarnai dengan Pewarnaan Gel
DNA Pinky Aman (GenDepot, Barker, TX, USA), dan ditangkap di bawah sinar UV.
Molekul 2022, 27, 8311 17 dari 22
4. Kesimpulan
Dalam penelitian ini, senyawa terkenal G-Rh1 dari Panax ginseng Meyer divalidasi potensinya
untuk menghambat RhoA dan ROCK1 (metastasis) dan mengatur RhoA/rock/p53/MMP 1/MMP-9
(apoptosis). Docking molekuler, prediksi aktivitas biologis, pemodelan dinamika molekuler , MM-
PBSA, analisis komponen utama, dan prediksi ADMET digunakan untuk menentukan aktivitas
biologis G-Rh1. Selanjutnya, validasi in vitro dilakukan untuk mengamati aktivitas anti kanker paru-
paru G-Rh1 pada sel kanker paru-paru manusia (A549). Akibatnya, temuan farmakokinetik
mengungkapkan bahwa G-Rh1 berpotensi menjadi molekul mirip obat.
Selain itu, ketika G-Rh1 berinteraksi dengan residu di situs aktif ROCK1, ikatan hidrogen yang kuat
dan interaksi hidrofobik terbentuk yang secara jelas menguraikan efek penghambatan RhoA dan
ROCK1. Studi sitotoksisitas in vitro dan ROS mengungkapkan bahwa G-Rh1 tidak beracun bagi sel
RAW 264.7 non-kanker pada konsentrasi hingga 100 µg/mL. Sebaliknya, G-Rh1 menunjukkan lebih
banyak toksisitas pada sel kanker hingga 100 µg/mL. Selanjutnya, G-Rh1 menginduksi kadar ROS
yang lebih tinggi dalam sel karsinoma paru manusia pada konsentrasi yang lebih tinggi. Selain itu,
G-Rh1 menurunkan ekspresi gen RhoA dan ROCK1 pada sel kanker paru A549. Di sisi lain, G-Rh1
mengatur ekspresi gen regulator apoptosis seperti p53, Bax, Bcl2 Caspase 3, Caspase 9. Menurut
temuan saat ini, penurunan regulasi ROCK1 dan RhoA menghambat motilitas, proliferasi, dan
kelangsungan hidup sel NSCLC A549. Oleh karena itu, senyawa G-Rh1 yang diusulkan harus
dikenakan validasi eksperimental lebih lanjut dan dapat digunakan sebagai molekul utama untuk
penghambatan ROCK1 dan RhoA dan regulasi apoptosis dalam mengobati dan mengelola kanker paru-paru.
Bahan Pelengkap : Informasi pendukung berikut dapat diunduh di : https://www.mdpi.com/

article/10.3390/molecules27238311/s1 , Gambar S1: Elemen struktural sekunder dari (A)
protein ROCK1, (B) ROCK1-fasudil, dan (C) ROCK1-ginsenosde Rh1 selama simulasi 10 ns.
Kode warna didasarkan pada program DSSP di utilitas gromacs; Gambar S2: Interaksi docking
inhibitor obat kontrol ((A) Dexamethasone, (B) Fausidil dengan ROCK1); Gambar S3: Interaksi
docking inhibitor obat kontrol ((A) Dexamethasone, (B) GDP, (C) Fausidil, (D) Ibuprofen, (E)
Rhosin) dengan RhoA); Gambar S4: Snapshot konformasi yang berbeda dari (A)
protein ROCK1, dan (B) ROCK1-ginsenosde Rh1 melalui simulasi 10 ns; Gambar S5: Validasi prediksi
target untuk G-Rh1 menggunakan prediksi target SWISS; Gambar S6: (A) Situs aktif yang diprediksi untuk
ROCK1 (B) Situs aktif yang diprediksi untuk RhoA. Tabel S1. Prediksi situs aktif untuk ROCK1 dan RhoA
menggunakan DoGSiteScorer.
Kontribusi Penulis: Konseptualisasi, DCY, SCK dan RM; Kurasi data, VB dan MM; Akuisisi pendanaan,
SCK dan RM; Investigasi, DCY dan RM; Metodologi, JN, VB dan MM, EJR; Sumber Daya, DCY, SCK dan
RM; Perangkat lunak, JN dan VB, EJR; Pengawasan, SCK; Tulisan—draf asli, JN dan VB; Penulisan—
ulasan & penyuntingan, JN, VB, EJR, dan RM Semua penulis telah membaca dan menyetujui versi naskah
yang diterbitkan.
Pendanaan: Penelitian ini didanai oleh Kementerian Pertanian, Pangan dan Urusan Pedesaan ( Nomor
Proyek: 320104-03).
Pernyataan Dewan Peninjau Institusional: Tidak berlaku.
Pernyataan Informed Consent: Tidak berlaku.
Pernyataan Ketersediaan Data: Perhatian dari data penulis yang sesuai dapat disediakan.
Ucapan Terima Kasih: Pekerjaan ini didukung oleh Korea Institute of Planning and Evaluation for
Technology in Food, Agriculture and Forestry (IPET) melalui Program Pengembangan Model Bisnis Ekspor
Pertanian Pangan, didanai oleh Kementerian Pertanian, Pangan dan Pedesaan (MAFRA) ( No Proyek :
320104-03).
Konflik Kepentingan: Penulis tidak memiliki konflik kepentingan.

Molekul 2022, 27, 8311 18 dari 22
Referensi
1. Sung, H.; Ferlay, J.; Siegel, RL; Laversanne, M.; Soerjomataram, I.; Jemal, A.; Bray, F. Statistik kanker global 2020: GLOBOCAN memperkirakan kejadian dan kematian di
seluruh dunia untuk 36 kanker di 185 negara. CA Cancer J.Clin. 2021, 71, 209–249. [Referensi Silang]
2. Liu, T.; Zuo, L.; Guo, D.; Chai, X.; Xu, J.; Cui, Z.; Wang, Z.; Hou, C. Ginsenoside Rg3 mengatur kerusakan DNA pada sel kanker paru non-sel kecil dengan mengaktifkan
jalur VRK1/P53BP1. Bioma. Apoteker. 2019, 120, 109483. [Referensi Silang]
3. Ettinger, DS; Kayu, DE; Agarwal, C.; Aisner, DL; Akerley, W.; Bauman, JR; Bharat, A.; Bruno, DS; Chang, JY; Chirieac,
LR; et al. Wawasan pedoman NCCN: Kanker paru-paru non-sel kecil, versi 1.2020: Pembaruan fitur untuk pedoman NCCN.
JNCCN J.Natl. Komp. Jaringan Kanker 2019, 17, 1464–1472. [Referensi Silang] [PubMed]
4. Nagano, T.; Tachihara, M.; Nishimura, Y. Mekanisme resistensi terhadap penghambat reseptor-tirosin kinase faktor pertumbuhan epidermal
dan strategi pengobatan potensial. Sel 2018, 7, 212. [Ref Silang] [PubMed]
5. Keklikoglou, I.; Cianciaruso, C.; Güç, E.; Squadrito, ML; Musim semi, LM; Tazzyman, S.; Lambein, L.; Poissonnier, A.; Ferraro, GB; Baer, C. Kemoterapi memunculkan vesikel
ekstraseluler pro-metastatik pada model kanker payudara. Nat. Bio Sel. 2019, 21, 190–202.
[Referensi Silang] [PubMed]
6. Chen, H.; Yang, H.; Fan, D.; Deng, J. Aktivitas antikanker dan mekanisme ginsenosides: Tinjauan terbaru. eFood 2020, 1,
226–241. [Referensi Silang]
7. Jung, D.-H.; Nahar, J.; Mathiyalagan, R.; Rupa, EJ; Ramadhania, ZM; Han, Y.; Yang, D.-C.; Kang, SC Memfokuskan Tinjauan pada Mekanisme Pensinyalan Molekuler
Ginsenosides pada Kanker Anti-paru dan Aktivitas Anti-inflamasi. Agen Anti Kanker Med. kimia 2022. [Referensi Silang]
8. Hanahan, D.; Weinberg, RA Ciri khas kanker: Generasi berikutnya. Sel 2011, 144, 646–674. [Referensi Silang] [PubMed]
9. Ko, E.; Kim, D.; Min, DW; Kwon, S.-H.; Lee, J.-Y. Nrf2 mengatur motilitas sel melalui pensinyalan RhoA – ROCK1 dalam sel non-kecil
sel kanker paru-paru. Sains. Rep. 2021, 11, 1247. [Ref Silang] [PubMed]
10. Shahbazi, R.; Baradaran, B.; Khordadmehr, M.; Safaei, S.; Baghbanzadeh, A.; Jigari, F.; Ezzati, H. Menargetkan ROCK signaling in
kesehatan, penyakit ganas dan tidak ganas. Imunol. Lett. 2020, 219, 15–26. [Referensi Silang] [PubMed]
11. Bayel Secinti, B.; Tatar, G.; Taskin Tok, T. Penentuan inhibitor selektif potensial untuk isoform ROCKI dan ROCKII dengan teknik pemodelan molekul: Docking berbasis
struktur, ADMET dan simulasi dinamika molekul. J. Biomol. Struktur. Din.
2019, 37, 2457–2463. [Referensi Silang] [PubMed]
12.Loirand , G.; Guerin, P.; Pacaud, P. Rho kinases dalam fisiologi kardiovaskular dan patofisiologi. Sir. Res. 2006, 98, 322–334.
13. Schrade, K.; Troger, J.; Eldahshan, A.; Zühlke, K.; Abdul Aziz, KR; Elkins, JM; Neuenschwander, M.; Oder, A.; Elkewedi, M.; Jaksch, S. Inhibitor interaksi AKAP-Lbc-RhoA
mempromosikan translokasi aquaporin-2 ke membran plasma sel utama saluran pengumpul ginjal. PLoS SATU 2018, 13, e0191423. [Referensi Silang]
14. Huang, S.; Li, X.; Gu, W.; Li, X.; Zhao, J.; Wu, J.; Cai, J.; Feng, X.; Tao, T. Clusterin Sitoplasma Menekan Metastasis Kanker Paru dengan Menghambat Sumbu ROCK1-
ERK. Cancer 2022, 14, 2463. [Ref Silang] [PubMed]
15. Matahari, T.; Gong, Q.; Wu, Y.; Shen, Z.; Zhang, Y.; Ge, S.; Duan, JS Dexmedetomidine meringankan apoptosis kardiomiosit dan disfungsi jantung dapat dikaitkan dengan
penghambatan jalur RhoA/ROCK pada tikus dengan infark miokard. Lengkungan Naunyn Schmiedeberg . Farmasi. 2021, 394, 1569–1577. [Referensi Silang]
16. Rodríguez-Fdez, S.; Lorenzo-Martín, LF; Fabbiano, S.; Menacho-Márquez, M.; Sauzeau, V.; Dosil, M.; Bustelo, XR Fungsi baru protein keluarga Vav dalam biologi
kardiovaskular, otot rangka, dan sistem saraf. Biologi 2021, 10, 857. [Ref Silang]
17. Montagnoli, TL; da Silva, JS; Sudo, SZ; Santos, AD; Gomide, GF; de Sá, MP; Zapata-Sudo, penghambatan G. ROCK sebagai target potensial untuk pengobatan hipertensi
pulmonal. Sel 2021, 10, 1648. [Ref Silang]
18. Cai, R.; Wang, Y.; Huang, Z.; Zou, Q.; Pu, Y.; Yu, C.; Cai, Z. Peran pensinyalan RhoA/ROCK pada penyakit Alzheimer. Perilaku. Otak
Res. 2021, 414, 113481. [Referensi Silang] [PubMed]
19. Naseroleslami, M.; Niri, NM; Akbarzade, I.; Sharifi, M.; Aboutaleb, N. nano-niosomes Simvastatin-loaded memberikan cardioprotec tion terhadap iskemia miokard / cedera
reperfusi. Pengiriman Obat. Terjemahan Res. 2022, 12, 1423–1432. [Referensi Silang] [PubMed]
20. Su, Q.; Zhang, P.; Yu, D.; Wu, Z.; Li, D.; Shen, F.; Liao, P.; Yin, G. Upregulasi miR-93 dan penghambatan LIMK1 memperbaiki remodeling ventrikel dan mengurangi disfungsi
jantung pada tikus dengan gagal jantung kronis dengan menghambat aktivasi jalur pensinyalan RhoA/ROCK. Penuaan 2019, 11, 7570. [Ref Silang] [PubMed]
21. Humphries, B.; Wang, Z.; Yang, C. Rho GTPases. Pemain besar dalam inisiasi kanker payudara, metastasis, dan respons terapeutik.
Sel 2020, 9, 2167. [Ref Silang] [PubMed]
22. Yu, G.; Wang, Z.; Zeng, S.; Liu, S.; Zhu, C.; Xu, R.; Liu, R.-e. Paeoniflorin menghambat migrasi dan invasi yang diinduksi faktor pertumbuhan hepatosit- (HGF-) dan
pengaturan ulang aktin melalui penekanan pensinyalan RhoA / ROCK yang dimediasi c-Met pada glioblastoma.
BioMed Res. Int. 2019, 2019, 9053295. [Referensi Silang]
23. Sakaguchi, T.; Takefuji, M.; Wettschureck, N.; Hamaguchi, T.; Amano, M.; Kato, K.; Tsuda, T.; Eguci, S.; Ishihama, S.; Mori, Y.
Protein kinase N meningkatkan disfungsi jantung akibat stres melalui fosforilasi faktor transkripsi terkait miokardin A dan gangguan interaksinya dengan aktin. Sirkulasi
24. Matsuoka, T.; Yashiro, M. Rho/ROCK menandakan motilitas dan metastasis kanker lambung. Dunia J. Gastroenterol. WJG 2014, 20,
13756. [Referensi Silang]
25. Julian, L.; Olson, MF Rho-associated coiled-coil yang mengandung struktur, regulasi, dan fungsi kinase (ROCK). GTPase Kecil 2014, 5, e29846. [Referensi Silang] [PubMed]
Molekul 2022, 27, 8311 19 dari 22
26. Wu, Y.; Shen, Q.; Niu, Y.; Chen, X.; Liu, H.; Gangguan Shen, X. LncNORAD menghambat pertumbuhan tumor dan proliferasi, invasi dan migrasi sel kanker paru-
paru dengan menurunkan CXCR4 untuk menekan jalur pensinyalan RhoA/ROCK. eur. Pendeta Med.
Pharmacol. Sains. 2020, 24, 5446–5455.
ÿ
27. Zury'n, A.; Krajewski, A. Icaritin menginduksi apoptosis dan menurunkan regulasi jalur RhoA/ROCK dalam sel adenokarsinoma A549
garis. Kedokteran Res. J. 2022, 7, 242–248. [Referensi Silang]
28. Mohammadalipour, A.; Diaz, MF; Livingston, M.; Ewere, A.; Zhou, A.; Horton, PD; Olamigoke, LT; Lamar, JM; Hagan, JP; Lee, HJ RhoA-ROCK bersaing dengan
YAP untuk mengatur migrasi sel kanker payudara amoeboid sebagai respons terhadap aliran seperti limfatik.
FASEB BioAdv. 2022, 4, 342. [Ref Silang] [PubMed]
29. Liu, D.; Xia, A.-D.; Wu, L.-P.; Li, S.; Zhang, K.; Chen, D. IGF2BP2 mempromosikan perkembangan kanker lambung dengan mengatur
Jalur pensinyalan IGF1R-RhoA-ROCK. Sel. Sinyal. 2022, 94, 110313. [Ref Silang] [PubMed]
30. Yang, Y.; Li, L.; Dia, H.; Shi, M.; Dia, L.; Liang, S.; Qi, J.; Chen, W. Numb menghambat migrasi dan mendorong proliferasi usus besar
sel kanker melalui represi jalur pensinyalan RhoA / ROCK. Exp. Sel Res. 2022, 411, 113004. [Referensi Silang]
31. Jin, Y.; Huynh, DTN; Myung, C.-S.; Heo, K.-S. Ginsenoside Rh1 Mencegah Migrasi dan Invasi melalui Penghambatan Mitokondria ROS-Mediated dari Pensinyalan
STAT3 / NF-ÿB dalam Sel MDA-MB-231. Int. J.Mol. Sains. 2021, 22, 10458. [Ref Silang] [PubMed]
32. Yang, Y.; Karakhanova, S.; Hartwig, W.; D'Haese, JG; Philippov, PP; Werner, J.; Bazhin, AV Mitochondria dan ROS mitokondria pada kanker: Target baru untuk
terapi antikanker. J. Sel. Fisik. 2016, 231, 2570–2581. [Referensi Silang] [PubMed]
33. Wang, Y.; Qi, H.; Liu, Y.; Duan, C.; Liu, X.; Xia, T.; Chen, D.; Piao, H.-l.; Liu, H.-X. Peran ganda ROS dalam pencegahan dan terapi kanker. Theranostics 2021, 11,
4839. [CrossRef]
34. Chakraborty, S.; Mazumdar, M.; Mukherjee, S.; Bhattacharjee, P.; Adhikary, A.; Manna, A.; Chakraborty, S.; Khan, P.; Sen, A.; Das, T. Restorasi sumbu pengaturan
p53/miR-34a mengurangi keunggulan bertahan hidup dan memastikan apoptosis yang bergantung pada Bax dari sel karsinoma paru non-sel kecil. FEB Lett.
35. Lu, H.-F.; Chie, Y.-J.; Yang, M.-S.; Lee, C.-S.; Fu, J.-J.; Yang, J.-S.; Tan, T.-W.; Wu, S.-H.; Ma, Y.-S.; Ip, S.-W. Apigenin menginduksi apoptosis yang bergantung
pada caspase pada sel kanker paru-paru manusia A549 melalui jalur mitokondria yang dipicu Bax-dan Bcl-2. Int. J.
Oncol. 2010, 36, 1477–1484. [PubMed]
36. Wang, J.-P.; Hsieh, C.-H.; Liu, C.-Y.; Lin, K.-H.; Wu, P.-T.; Chen, K.-M.; Fang, K. Cedera mitokondria yang digerakkan oleh spesies oksigen reaktif menginduksi
apoptosis oleh teroksiron pada sel kanker paru-paru non-sel kecil manusia. Oncol. Lett. 2017, 14, 3503–3509. [Referensi Silang]
37. Nagase, H.; Visse, R.; Murphy, G. Struktur dan fungsi matrix metalloproteinases dan TIMPs. Kardiovaskular. Res. 2006, 69,
562–573. [Referensi Silang]
38. Xu, L.; Yang, H.; Yan, M.; Li, W. Matrix metalloproteinase 1 adalah biomarker prognostik yang buruk untuk pasien dengan hepatoseluler
karsinoma. Klinik. Exp. Kedokteran 2022, 1–19. [Referensi Silang]
39. Przybylowska, K.; Kluczna, A.; Zadrozny, M.; Krawczyk, T.; Kulig, A.; Rykala, J.; Kolacinska, A.; Morawiec, Z.; Drzewoski, J.; Blasiak, J. Polimorfisme daerah
promotor gen matriks metalloproteinase MMP-1 dan MMP-9 pada kanker payudara. Res Kanker Payudara . Merawat. 2006, 95, 65–72. [Referensi Silang]
[PubMed]
40. Choi, KT Karakteristik botani, efek farmakologis dan komponen obat dari Panax ginseng Korea CA Meyer. Acta Pharmacol. Dosa. 2008, 29, 1109–1118. [Referensi
Silang] [PubMed]
41. Piao, XM; Huo, Y.; Kang, JP; Mathiyalagan, R.; Zhang, H.; Yang, DU; Kim, M.; Yang, DC; Kang, SC; Wang, YP Keanekaragaman profil ginsenosida dihasilkan oleh
berbagai teknologi pemrosesan. Molekul 2020, 25, 4390. [Ref Silang] [PubMed]
42. Cerewet, SA; Qin, J.-J.; Wang, W.; Wang, M.-H.; Wang, H.; Zhang, R. Ginsenosides sebagai agen antikanker: Aktivitas in vitro dan in vivo , hubungan struktur-
aktivitas, dan mekanisme aksi molekuler. Depan. Pharmacol. 2012, 3, 25. [Referensi Silang] [PubMed]
43. De Oliveira Zanuso, B.; Dos Santos, ARdO; Miola, VFB; Campos, LMG; Tumpahan, CSG; Barbalho, SM Panax ginseng dan
gangguan terkait penuaan: Tinjauan sistematis. Exp. Gerontol. 2022, 161, 111731. [Ref Silang] [PubMed]
44.Lee , SM; Bae, B.-S.; Park, H.-W.; Ahn, N.-G.; Cho, B.-G.; Cho, Y.-L.; Kwak, Y.-S. Karakterisasi Ginseng Merah Korea (Panax
ginseng Meyer): Sejarah, metode persiapan, dan komposisi kimia. J. Ginseng. Res. 2015, 39, 384–391. [Referensi Silang]
45. Gai, Y.; Bu, Z.; Yu, X.; Qu, S.; Sui, D. Efek ginsenoside Rh1 pada cedera miokard dan fungsi jantung pada isoproterenol yang diinduksi
kardiotoksisitas pada tikus. Toksikol. Mekanisme Metode 2012, 22, 584–591. [Referensi Silang] [PubMed]
46. Chae, S.; Kang, KA; Chang, WY; Kim, MJ; Lee, SJ; Lee, YS; Kim, HS; Kim, DH; Hyun, JW Efek senyawa K, metabolit saponin
ginseng, dikombinasikan dengan radiasi sinar-ÿ pada sel kanker paru-paru manusia secara in vitro dan in vivo. J.Agri. Makanan Kimia.
2009, 57, 5777–5782. [PubMed]
47. Kim, S.; Kim, N.; Jeong, J.; Lee, S.; Kim, W.; Ko, S.-G.; Kim, B. Efek Anti-Kanker Panax Ginseng dan Metabolitnya: Dari Pengobatan Tradisional hingga Penemuan
Obat Modern. Proses 2021, 9, 1344. [Ref Silang]
48. Huynh, DTN; Jin, Y.; Myung, C.-S.; Heo, K.-S. Ginsenoside Rh1 menginduksi apoptosis sel MCF-7 dan kematian sel autofagik
Pensinyalan Akt yang dimediasi ROS. Kanker 2021, 13, 1892. [Ref Silang] [PubMed]
49. Yoon, JH; Choi, YJ; Lee, SG Ginsenoside Rh1 menekan ekspresi matriks metalloproteinase-1 melalui penghambatan aktivator protein-1 dan jalur pensinyalan
protein kinase yang diaktifkan-mitogen dalam sel karsinoma hepatoseluler manusia. eur. J. Pharmacol.
2012, 679, 24–33. [Referensi Silang]
50. Jung, J.-S.; Ahn, J.-H.; Le, TK; Kim, D.-H.; Kim, H.-S. Protopanaxatriol ginsenoside Rh1 menghambat ekspresi matrix metalloproteinases dan invasi/migrasi in vitro
sel astroglioma manusia. Neurokimia. Int. 2013, 63, 80–86. [Referensi Silang]
[PubMed]
Molekul 2022, 27, 8311 20 dari 22
51. Choi, Y.-J.; Yoon, J.-H.; Cha, SW; Lee, S.-G. Ginsenoside Rh1 menghambat invasi dan migrasi sel leukemia monositik akut THP-1 melalui inaktivasi jalur pensinyalan
MAPK. Fitoterapia 2011, 82, 911–919. [Referensi Silang] [PubMed]
52. Salmanli, M.; Yilmaz, GT; Tuzuner, TJCM; Biomedicine, Pi Investigasi aktivitas antimikroba dari berbagai agen antimikroba pada Streptococcus mutans Sortase A melalui
pendekatan computer-aided drug design (CADD). Komputer. Metode Program Biomed. 2021, 212, 106454. [Ref Silang] [PubMed]
53. Rajkishan, T.; Rachana, A.; Shruti, S.; Bhumi, P.; Patel, D. Perancangan Obat Berbantuan Komputer. Dalam Kemajuan dalam Bioinformatika; Springer: Cham, Swiss,
2021; hlm. 151–182.
54. Barzilai, J.; Borwein, JM Metode gradien ukuran langkah dua titik. IMA J. Nomor. Anal. 1988, 8, 141–148. [Referensi Silang]
55. Jeon, H.; Huynh, DTN; Baek, N.; Nguyen, TLL; Heo, K.-S. Ginsenoside-Rg2 memengaruhi pertumbuhan sel melalui pengaturan yang dimediasi ROS
Aktivasi AMPK dan siklus sel dalam sel MCF-7. Phytomedicine 2021, 85, 153549. [Referensi Silang]
56. Poroikov, VV; Filimonov, DA; Ihlenfeldt, W.-D.; Gloriozova, TA; Lagunin, AA; Borodina, YV; Stepanchikova, AV; Nicklaus, MC PASS prediksi spektrum aktivitas biologis
di browser database NCI terbuka yang disempurnakan. J.Chem. Inf. Komputer. Sains. 2003, 43, 228–236. [Referensi Silang]
57. Shen, M.; Yu,H.; Li, Y.; Li, P.; Pan, P.; Zhou, S.; Zhang, L.; Li, S.; Lee, SM-Y.; Hou, T. Penemuan inhibitor Rho-kinase oleh
penyaringan virtual berbasis dok. Mol. BioSyst. 2013, 9, 1511–1521. [Referensi Silang] [PubMed]
58. Shen, M.; Zhou, S.; Li, Y.; Pan, P.; Zhang, L.; Hou, T. Penemuan dan optimalisasi turunan triazina sebagai penghambat ROCK1: docking molekuler, simulasi dinamika
molekuler, dan perhitungan energi bebas. Mol. BioSyst. 2013, 9, 361–374. [Referensi Silang]
59. Kabsch, W.; Sander, C. Kamus struktur sekunder protein: Pengenalan pola berikatan hidrogen dan geometris
fitur. Biopolimer 1983, 22, 2577–2637. [Referensi Silang] [PubMed]
60. Jin, Y.; Huynh, DTN; Nguyen, TLL; Jeon, H.; Heo, K.-S. Efek terapeutik ginsenosides pada pertumbuhan dan metastasis kanker payudara. Lengkungan. Res Farmasi.
61. Tam, DNH; Truong, DH; Nguyen, TTH; Tran, L.; Nguyen, HD; eldin Shamandy, B.; Le, TMH; Tran, DK; Sayed, D.; Mizukami,
S. Ginsenoside Rh1: Tinjauan sistematis tentang sifat farmakologisnya. Planta Med. 2018, 84, 139–152. [Referensi Silang]
62. Mathiyalagan, R.; Wang, C.; Kim, YJ; Castro-Aceituno, V.; Ahn, S.; Subramaniyam, S.; Simu, SY; Jiménez-Pérez, ZE; Yang, DC; Jung, S.-K. Persiapan konjugat polietilen
glikol-ginsenosida Rh1 dan Rh2 dan kemanjurannya melawan kanker paru-paru dan peradangan. Molekul 2019, 24, 4367. [Ref Silang] [PubMed]
63. Quan, K.; Liu, Q.; Wan, J.-Y.; Zhao, Y.-J.; Guo, R.-Z.; Alolga, RN; Li, P.; Qi, L.-W. Persiapan cepat ginsenosida langka dengan transformasi asam dan hubungan struktur-
aktivitasnya melawan sel kanker. Sains. Rep. 2015, 5, 8598. [Ref Silang]
64. Zou, Z.; Chang, H.; Li, H.; Wang, SJA Induksi spesies oksigen reaktif: Pendekatan baru untuk terapi kanker. Apoptosis
65.Rao , PC; Begum, S.; Sahai, M.; Sriram, DS Penangkapan siklus sel yang diinduksi Coptisine pada fase G2 / M dan spesies oksigen reaktif yang bergantung pada
mitokondria yang dimediasi apoptosis pada sel A549 kanker paru-paru non-sel kecil. Bio Tumor. 2017, 39, 1010428317694565.
[Referensi Silang]
66. Zamzami, N.; Marchetti, P.; Castedo, M.; Decaudin, D.; Macho, A.; Hirsch, T.; Susin, SA; Kecil, PX; Mignotte, B.; Kromer, G.
Pengurangan berurutan dari potensi transmembran mitokondria dan pembentukan spesies oksigen reaktif pada kematian sel terprogram awal. J.Exp. Kedokteran
67. Guo, R.; Chen, X.; Nguyen, T.; Chai, J.; Gao, Y.; Wu, J.; Li, J.; Abdel-Rahman, MA; Chen, X.; Xu, X. Efek Anti-Tumor Smp24 yang Kuat pada Sel Adenokarsinoma A549
Paru Tergantung pada Induksi Disfungsi Mitokondria dan Akumulasi ROS.
Racun 2022, 14, 590. [Ref Silang]
68. Dai, C.-Q.; Luo, T.-T.; Luo, S.-C.; Wang, J.-Q.; Wang, S.-M.; Bai, Y.-H.; Yang, Y.-L.; Wang, Y.-Y. p53 dan disfungsi mitokondria:
Wawasan baru tentang penyakit neurodegeneratif. J.Bioenerg. Biomembran 2016, 48, 337–347. [Referensi Silang]
69. Li, N.; Zhan, X. Jaringan jalur disfungsi mitokondria dan dinamika mitokondria dalam patogenesis hipofisis
adenoma. Depan. Endokrinol. 2019, 10, 690. [Ref Silang] [PubMed]
70. Steichen, C.; Herve, JC; Hauet, T.; Bourmeyster, N. Rho GTPase dalam fisiologi dan penyakit ginjal. GTPase Kecil 2021, 1–21.
71. Clayton, NS; Ridley, AJ Menargetkan jaringan pensinyalan Rho GTPase pada kanker. Dev. Biol. 2020, 8, 222. [Ref Silang]
72. Lyu, X.; Xu, X.; Lagu, A.; Guo, J.; Zhang, Y.; Zhang, Y. Ginsenoside Rh1 menghambat migrasi dan invasi sel kanker kolorektal
in vitro dan pertumbuhan tumor in vivo. Oncol. Lett. 2019, 18, 4160–4166. [Referensi Silang]
73. Hu, C.; Zhou, H.; Liu, Y.; Huang, J.; Liu, W.; Zhang, Q.; Tang, Q.; Sheng, F.; Li, G.; Zhang, R. ROCK1 mempromosikan migrasi dan invasi sel kanker paru non-sel kecil
melalui jalur PTEN/PI3K/FAK. Int. J.Oncol. 2019, 55, 833–844. [Referensi Silang]
[PubMed]
74. Zhang, Z.; Nong, L.; Chen, M.; Gu, X.; Zhao, W.; Liu, M.; Cheng, W. Baicalein menekan mimikri vaskulogenik melalui penghambatan ekspresi RhoA / ROCK pada garis
sel kanker paru-paru A549. Acta Biochim. Biofisika. Dosa. 2020, 52, 1007–1015. [Referensi Silang] [PubMed]
75. Guo, Y.-h.; Kuruganti, R.; Gao, Y. Kemajuan terbaru dalam ginsenosides sebagai terapi potensial melawan kanker payudara. Kur. Atas. Kedokteran
kimia 2019, 19, 2334–2347. [Referensi Silang] [PubMed]
76. Deryugina, EI; Quigley, JP Matrix metalloproteinases dan metastasis tumor. Cancer Metastasis Rev. 2006, 25, 9–34. [Referensi Silang]
[PubMed]
77. Yang, L.; Zeng, W.; Li, D.; Zhou, R. Penghambatan proliferasi sel, migrasi dan invasi oleh DNAzyme yang menargetkan MMP-9
sel A549. Oncol. Rep. 2009, 22, 121–126.
Molekul 2022, 27, 8311 21 dari 22
78. Johnson, TM; Yu, Z.-X.; Ferrans, VJ; Lowenstein, RA; Finkel, T. Spesies oksigen reaktif adalah mediator hilir
apoptosis yang bergantung pada p53. Proses Natl. Acad. Sains. AS 1996, 93, 11848–11852. [Referensi Silang]
79. Liu, B.; Chen, Y.; Clair, DKS ROS, dan p53: Kemitraan serbaguna. Bebas. Radikal. Biol. Kedokteran 2008, 44, 1529–1535. [Referensi Silang]
[PubMed]
80. Aubrey, BJ; Kelly, GL; Janic, A.; Herold, MJ; Strasser, A. Bagaimana p53 menginduksi apoptosis dan bagaimana hubungannya dengan supresi tumor yang dimediasi p53?
Kematian Sel Berbeda. 2018, 25, 104–113. [Referensi Silang]
81. Li, W.; Zihan, X.; Yizhe, W.; Yanyang, L.; Zhixi, L.; Xi, Y. Trilobatin menginduksi apoptosis dan melemahkan fenotipe batang dari sel kanker paru-paru yang resisten terhadap
gefitinib melalui penekanan jalur NF-ÿB. Nutr. Kanker 2022, 74, 735–746. [Referensi Silang]
82. Li, Y.; Wang, Y.; Yu, X.; Yu, T.; Zheng, X.; Chu, Q. Radix tetrastigma menghambat kanker paru non-sel kecil melalui Bax/Bcl-2/Caspase
Jalur 9/Caspase-3. Nutr. Kanker 2022, 74, 320–332. [Referensi Silang] [PubMed]
83. Luo, M.; Li, YQ; Lu, YF; Wu, Y.; Liu, R.; Zheng, YR; Yin, M. Menjelajahi potensi penghambat RhoA untuk meningkatkan cedera tulang belakang yang dapat dipulihkan
melalui olahraga: Tinjauan sistematis dan meta-analisis. J.Chem. Neuroanat. 2021, 111, 101879. [Ref Silang]
[PubMed]
84. Shang, X.; Marchioni, F.; Sipes, N.; Evelyn, CR; Jerabek-Willemsen, M.; Duhr, S.; Seibel, W.; Wortman, M.; Zheng, Y. Desain rasional penghambat molekul kecil yang
menargetkan subfamili RhoA Rho GTPase. kimia Biol. 2012, 19, 699–710. [Referensi Silang]
85. Sterck, HD Prasyarat keturunan tercuram untuk pengoptimalan GMRES nonlinier. Nomor. Aplikasi Aljabar Linier. 2013, 20, 453–471.
[Referensi Silang]
86. Wolf, LK Digital brief. kimia Eng. Lengkungan Berita. 2009, 87, 48. [Referensi Silang]
87. Rappe, AK; Casewit, CJ; Colwell, KS; Dewi, WA; Skiff, WM UFF, medan gaya tabel periodik lengkap untuk mekanika molekuler
dan simulasi dinamika molekuler. Selai. kimia Soc. 1992, 114, 10024–10035. [Referensi Silang]
88. Lipinski, CA; Lombardo, F.; Dominy, BB; Feeney, PJJAddr Pendekatan eksperimental dan komputasi untuk memperkirakan kelarutan dan permeabilitas dalam pengaturan
penemuan dan pengembangan obat. Lanjut Pengiriman Obat. Wahyu 2012, 64, 4–17. [Referensi Silang]
89. Trott, O.; Olson, berita dan pembaruan AJ Software AutoDock Vina: Meningkatkan kecepatan dan akurasi docking dengan fungsi penilaian baru, pengoptimalan yang efisien,
dan multithreading. J.Komput. kimia 2010, 31, 455–461.
90. Daina, A.; Michelin, O.; Zoete, V. SwissTargetPrediction: Data yang diperbarui dan fitur baru untuk prediksi target protein yang efisien
dari molekul kecil. Asam Nukleat Res. 2019, 47, W357–W364. [Referensi Silang]
91. Schöning-Stierand, K.; Diedrich, K.; Ehrt, C.; Flachsenberg, F.; Graef, J.; Sieg, J.; Penner, P.; Poppinga, M.; Ungethum, A.; Rarey, M. ProteinsPlus: Kumpulan lengkap alat
pemodelan molekuler berbasis web. Asam Nukleat Res. 2022, 50, W611–W615.
[Referensi Silang]
92. Berman, HM; Battistuz, T.; Bhat, TN; Bluhm, WF; Bourne, PE; Burkhardt, K.; Feng, Z.; Gilliland, GL; Iype, L.; Jain, S.; et al.
Bank data protein. Acta Crystallogr. Sekte. D Biol. Crystallogr. 2002, 58, 899–907. [Referensi Silang] [PubMed]
93. Bernstein, FC; Koetzle, TF; Williams, GJB; Meyer, EF, Jr.; Brice, MD; Rodgers, JR; Kennard, O.; Shimanouchi, T.; Tasumi, M.
Bank data protein: File arsip berbasis komputer untuk struktur makromolekul. J.Mol. Biol. 1977, 112, 535–542. [Referensi Silang]
[PubMed]
94. Cosconati, S.; Forli, S.; Perryman, AL; Haris, R.; Penjualan barang, DS; Olson, AJ Pemutaran virtual dengan AutoDock: Teori dan
praktik. Opini Ahli. Penemuan Narkoba. 2010, 5, 597–607. [Referensi Silang]
95.Laskowski, RA; Hutchinson, EG; Michie, IKLAN; Wallace, AC; Jones, ML; Thornton, JM PDBsum: Database berbasis web dari
ringkasan dan analisis dari semua struktur PDB. Tren Biokimia. Sains. 1997, 22, 488–490. [Referensi Silang] [PubMed]
96. Karpagam, V.; Sathishkumar, N.; Sathiyamoorthy, S.; Rasappan, P.; Shila, S.; Kim, Y.-J.; Yang, D.-C. Identifikasi penghambat BACE1 dari saponin Panax ginseng—
Pendekatan Insilco. Komputer. Biol. Kedokteran 2013, 43, 1037–1044. [Referensi Silang] [PubMed]
97. Shrestha, S.; Natarajan, S.; Park, J.-H.; Lee, D.-Y.; Cho, J.-G.; Kim, G.-S.; Jeon, Y.-J.; Yeon, SW; Yang, D.-C.; Baek, N.-I. Penghambat CDK5 / p25 berbasis flavonoid
potensial neuroprotektif dari Rhus parviflora. Medis Bioorganik. kimia Lett. 2013, 23, 5150–5154.
98. Van Der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Tandai, AE; Berendsen, HJC GROMACS: Cepat, fleksibel, dan gratis. J.Komput.
kimia 2005, 26, 1701–1718. [Referensi Silang] [PubMed]
99. Schüttelkopf, AW; Van Aalten, DMF PRODRG: Alat untuk kristalografi throughput tinggi dari kompleks protein-ligan. Acta
Crystallogr. Sekte. D Biol. Crystallogr. 2004, 60, 1355–1363. [Referensi Silang] [PubMed]
100. Christen, M.; Hünenberger, PH; Bakowies, D.; Baron, R.; Burgi, R.; Geerke, DP; Heinz, TN; Kastenholz, MA; Krautler, V.; Oostenbrink, C.; et al. Perangkat lunak GROMOS
untuk simulasi biomolekuler: GROMOS05. J.Komput. kimia 2005, 26, 1719–1751.
101. Sathishkumar, N.; Sathiyamoorthy, S.; Ramya, M.; Yang, DU; Lee, HN; Yang, studi docking Molekuler DC tentang protein anti-apoptosis BCL-2, BCL-XL, dan MCL-1 dengan
ginsenosida dari Panax ginseng. J. Enzyme Inhib. Kedokteran kimia 2012, 27, 685–692.
102. Valdés-Tresanco, MS; Valdés-Tresanco, ME; Valiente, PA; Moreno, E. gmx_MMPBSA: Alat baru untuk menjalankan status bebas akhir
perhitungan energi dengan GROMACS. J.Chem. Komputasi Teori. 2021, 17, 6281–6291. [Referensi Silang] [PubMed]
103. Amadei, A.; Linssen, ABM; Berendsen, HJC Esensial dinamika protein. Struktur Protein. Fungsi. Informasi bio. 1993, 17, 412–425.
Molekul 2022, 27, 8311 22 dari 22
104. Turner, PJ XMGRACE, Versi 5.1.22. Tersedia online: http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/ (diakses pada 3 April 2022).
105. Rupa, EJ; Arunkumar, L.; Han, Y.; Kang, JP; Ahn, JC; Jung, SK; Kim, M.; Kim, JY; Yang, DC; Lee, GJ Dendropanax morbifera
nanopartikel ZnO yang dimediasi ekstrak sarat dengan indole-3-carbinol untuk peningkatan kemanjuran antikanker dalam garis sel
karsinoma paru-paru manusia A549. Materi 2020, 13, 3197. [Ref Silang] [PubMed]

Anti Lung Cancer A549 Activity of G-Rh1 in Silico and in Vitro

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Anti Lung Cancer A549 Activity of G-Rh1 in Silico and in Vitro

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Machine Translated by Google

Investigasi Aktivitas Antikanker G-Rh1 Menggunakan

Molekul 2022, 27, 8311. https://doi.org/10.3390/molecules27238311 https://www.mdpi.com/journal/molecules

Molekul 2022, 27, 8311 3 dari 22

Molekul 2022, 27, 8311 4 dari 22

2. Hasil dan Pembahasan

Tabel 1. Hasil ADMET ginsenoside Rh1 dengan sifat farmakokinetik.

Properti Nilai Prediksi

Berat molekul 638.8

Donor ikatan hidrogen 7

Akseptor ikatan hidrogen 14

PASS, yang memprediksi spektrum aktivitas biologis berdasarkan struktur kimianya

Molekul 2022, 27, 8311 5 dari 22

Tabel 3. Prediksi aktivitas biologis ginsenoside Rh1.

Kemopreventif 0,99 0,001

Stimulan caspase 3 0,99 0,001

Pengobatan demensia 0,98 0.000

Pengobatan demensia vaskular 0,98 0.000

Antitrombotik 0,98 0,001

penginduksi CYP3A 0,97 0,001

penginduksi CYP3A4 0,96 0,001

Antagonis apoptosis 0,96 0,001

Hepatoprottan 0,94 0,002

penginduksi CYP2C9 0,93 0,001

Protein Energi Pengikat Ikatan Hidrogen Hidrofobik

ROCK1 Deksametason ÿ8.4 ALA86, ASP216 GLY85, GLY218 2

GLY83, VAL90, ALA103,

Molekul 2022, 27, x UNTUK PEER REVIEW 8311 8 dari 22 8

Molekul 2022, 27, 8311 9 dari 22

Molekul 2022, 27, x UNTUK PEER REVIEW 9 dari 22

Tabel 5. Energi bebas ikatan yang dihitung (MM-PBSA).

Tabel 5. Energi bebas ikatan yang dihitung (MM-PBSA).

(kkal/mol) 61,8 ÿ30,80 57,51

Molekul 2022, 27, 8311 11 dari 22

Gambar 11. Lanjutan.

Molekul 2022, 27, 8311 13 dari 22

Matrix metalloproteinases (MMPs), termasuk MMP-1 dan MMP-9, adalah kelas

3. Bahan dan Metode

3.2. Eksperimen Komputasi

Molekul 2022, 27, 8311 14 dari 22

3.3. Prediksi Sifat Farmakokinetik ADMET

3.5. Molecular Docking

Molekul 2022, 27, 8311 15 dari 22

3.6. Simulasi Dinamika Molekuler

3.7. Analisis Komponen Utama

3.8. Budaya sel

Kanker paru-paru manusia (A549) ditumbuhkan dalam media yang mengandung 89

Molekul 2022, 27, 8311 16 dari 22

3.9. In Vitro Cytotoxicity dari Ginsenosides Rh1

3.10. Pengujian Spesies Oksigen Reaktif (ROS).

3.11. Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR)

Molekul 2022, 27, 8311 17 dari 22

Bahan Pelengkap : Informasi pendukung berikut dapat diunduh di : https://www.mdpi.com/

Pernyataan Dewan Peninjau Institusional: Tidak berlaku.

Pernyataan Informed Consent: Tidak berlaku.

Konflik Kepentingan: Penulis tidak memiliki konflik kepentingan.

Molekul 2022, 27, 8311 18 dari 22

Molekul 2022, 27, 8311 19 dari 22

Molekul 2022, 27, 8311 20 dari 22

Molekul 2022, 27, 8311 21 dari 22

Molekul 2022, 27, 8311 22 dari 22

Anda mungkin juga menyukai