Molecular Docking 30-08-2021

Native ligan : ligan asli bawaan dari ligan itu sendiri

Nyamuk anopheles punya protein PfLDH dan proteinnya’

Harus diketahui protein vital yang menyebabkan penyakit tsb

Protein apa sih yang bisa mematikan siklus hidupnya?(sel kanker)

Mana sih yang paling vital / urgent dalam siklus hidupnya?

Kok dipilih pfLDH? pfATP6? dll

Setiap protein memiliki kinerja masing2....

Misinya bagaimana si parasit tidak tumbuh lagi

Setelah didapatkan alasan pemilihan ligan, selanjutnya bagaimana sih interaksi ligan dengan
senyawa? Sisi akif nya dimana? Conners dkk melaporkan bahwa pfLDH memiliki skisi aktif pada
asam amino Arg171 dan interaksi yang digunakan adalah ikatan hidrogen, ga harus hidrogen,, bisa
ikatan lainnya.

Kebanyakan jurnal mmg mendapatkan ikatan hidrogen

Tahapan docking

1. Studi literatur
2. Masuk ke proses docking, terbagi 3:
a. Redocking (mendocking ulang),
1) Chimera : memisahkan protein dengan ligan, biasanya ada banyak ligan,, nah
tentukan ligan yang mau dipakai
2) Autodock:
3) DSV: Melihat interaksi native ligan dengan senyawa (ik. Hidrogen, van der waals,
dll)
b. Jembatan antara Redocking dg Docking
1) Penyamaan posisi antara ligan dengan protein, supaya bisa berinteraksi

c. Docking
1) Protein dengan senyawa sintesis

Gaussian: membuat senyawa yang akan di docking (kurkumin) kemudian di optimasi.tujuan nya
menyamakan hasil sintesis dengan kondisi ilmiahnya.

Supaya akurat untuk optimasi cari jurnal untuk metodenya (semi empiris dll)

Utamakan dilihat interaksi spesifik dulu baru kemudian energi

Ingat 3 poin: Asam amino spesifik, gugus spesifik, interaksi spesifik

Molecular Docking 30-08-2021

RMSD : perubahan posisi ligan awal dari posisi awal konformasi,

Nilai RMSD dibawah 2 itu bagus,,,namun yang terpenting itu interaksi spesifik