LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA KOMPUTASI

“ANALISIS DAN VALIDASI PENAMBATAN MOLEKUL

(MOLECULAR DOCKING)”

Disusun Oleh :
Gita Namira Masri
11181120
3fa3

Fakultas Farmasi
Universitas Bhakti Kencana
2021
I. TUJUAN
a. Mahasiswa mampu melakukan studi docking dan melakukan analisis
dengan tepat terhadap data yang dihasilkannya
b. Mahasiswa berpengalaman dalam melakukan studi docking dan
analisis data hasil docking

II. PRINSIP
Berdasarkan ketepatan posisi molekul obat dengan molekul target karena
pada setiap obat dapat memberikan efek biologis pada tubuh jika obat
tersebut terikat pada molekul targetnya dengan posisi yang tepat.

III. DASAR TEORI

Penambatan molekul (molecular docking) adalah metode
komputasi yang bertujuan meniru peristiwa interaksi suatu molekul
ligan dengan protein yang menjadi targetnya pada uji in-vitro
(Motiejunas & Wade, 2006). Di dalam penambatan molekul, molekul
ligan ditambatkan pada situs aktif atau situs tambat dari suatu
protein yang sedang diam (statik), dengan menyertakan molekul ko-
faktor dan / atau H2O di dalamnya atau tidak. Dari sini, diperoleh
data mengenai posisi dan orientasi ligan-ligan itu di dalam situs aktif
atau situs tambat tersebut. Dari data ini, dapat disimpulkan gugus-
gugus fungsional ligan yang penting untuk interaksinya, sehingga
tidak boleh dihilangkan, dan gugus-gugus fungsionalnya yang
dapat ditingkatkan kekuatan interaksinya. Informasi ini menjadi
petunjuk untuk modifikasi ligan tersebut. Dengan adanya petunjuk
tersebut, modifikasi ligan dan uji in-vitro turunan-turunannya dapat
berlangsung secara efisien.

Interaksi ligan dengan protein di atas terjadi hanya apabila

terdapat kecocokan (fit) bentuk dan volume di antara molekul ligan
dan situs aktif atau situs tambat protein tersebut (Motiejunas & Wade,
2006). Selain itu, gugus-gugus fungsional pada molekul ligan itu harus
berada pada posisi yang memadai dari asam-asam amino yang
menjadi pasangannya pada situs aktif atau situs tambat tersebut
(Schneider & Baringhaus, 2008) (Lihat Tabel).

Jadi, kecocokan di antara molekul ligan dan situs aktif atau situs
tambat proteinnya adalah demikian spesifik, bagaikan kecocokan
lubang kunci dengan anak kuncinya (lock-and-key) (Motiejunas &
Wade, 2006). Untuk menuju kecocokan ini, situs aktif atau situs
tambat mendesak (menginduksi) pengubahan konformasi ligan
(Foloppe & Chen, 2009; Motiejunas & Wade, 2006). Bersama dengan
pengubahan konformasi tersebut, dibebaskanlah sejumlah energi
 yang dinamakan energi Gibbs penambatan (∆Gbind) (Schneider &
Baringhaus, 2008). Pada penambatan molekul, energi terendah
yang dibebaskan oleh ligan dianggap sebagai ∆Gbind tersebut.

Pada saat kecocokan di atas tercapai, maka konformasi yang

dianut oleh molekul ligan dinamakan konformasi bioaktif (Schneider
& Baringhaus, 2008). Sedangkan, rangkaian posisi gugus fungsional
yang penting dari ligan pada konformasi bioaktif itu dinamakan
farmakofor (Alvarez & Shoichet, 2005).

IV. ALAT DAN BAHAN

alat
Seperangkat computer
akses internet yang memadai
bahan
Molekul protein target lengkap
dengan ligannya (protein yang
digunakan 4MS4/GABA)

website Protein Data Bank

(rcsb.org)

aplikasi Autodocks dan Discovery

studio
V. PROSEDUR
1. Preparasi protein dan ligan alami
a. Buka aplikasi DSV, kemudian buka molekul protein yang masih
utuh yang didonload dari PDB, protein yang digunakan adalah
5A8E
b. Klik Scripts → selection → select water molecules, kemudian
tekan delete pada keyboard, maka semua molekul air akan
hilang
c. Klik Scripts → selection → select ligand, kemudian tekan delete
pada keyboard, maka semua molekul ligand akan hilang dan
menyisakan molekulِ proteinِ saja,ِ kemudianِ saveِ asِ danِ beriِ
namaِ “protein”ِ denganِ save as type Protein data bank files
d. Close molekul protein yang telah dipisahkan tersebut, kemudian
buka Kembali molekul protein yang masih utuh. Lakukan
pembuangan molekul air dengan cara yang sama seperti
sebelumnya
e. Klik script → selection → select protein chain, kemudian tekan
delete pada keyboard, sehingga menyisakan molekul ligan
f. Lakukan penghapusan secara manual pada ligan yang tidak
dikehendaki,ِ kemudianِ saveِ asِ denganِ namaِ “ligan”ِ denganِ
save as type Protein data bank files
g. Close aplikasi DSV

2. Persiapan docking
a. Buka directory C pada computer anda, kemudian klik Program
Files (x86), kemudian klik folder The Scripts Research institute →
Autodocks → 4.2.6,
b. Copy paste kedua file tersebut ke dalam file kerja

3. Validasi Metode docking

a. Validasi metode docking dilakukan dengan cara mendockingkan
Kembali ligan alami dengan protein targetnya, hingga diperoleh
metode yang valid. Metode docking dinyatakan valid bisa hasil
redocking tersebut memberikan nilai RMSD kurang dari 2 Å. Buka
aplikasi Autodock
b. Klik file →Preferences → set, Pada kolom Startup Directory
kosongkan, kemudian klik set → ok → pilih folder kerja anda → set
→ dismiss
c. Klik file → readِ macromolecules,ِ pilihِ fileِ “protein”.
d. Tambahkan atom H pada molekul protein tersebut dengan cara
klik Edit → Hyrogens → add → ok,
VI. DATA PENGAMATAN
a. Preparasi protein dan ligan alami (Pemisahan protein dengan
ligan)
i. Hilangkan dulu molekul air pada struktur protein
Sebelum (Ada molekul air) Sesudah (Tidak ada molekul air)

Ket : titik-titik kuning adalah molekul

air

ii. Pemisahan ligan dari protein

iii. Pemisahan protein dari ligan

b. Persiapan docking
i. Preparasi Makromolekul
Sebelum penambahan atom H Sesudah penambahan atom H

ii. Preparasi Ligand

Gambar Keterangan
Input ligand

Detect root (lingkaran merah)

Choose torsion
(green = rotable, magenta =
non-rotatable, red =
unrotatable)
c. Validasi Metode docking
i. Menyiapkan auto grid

gambar keterangan
Set map type ligand

(gridbox)

ii. Parameter docking

gambar Keterangan
Genetic algorithm parameter (RMSD)
 iii. Analisis docking senyawa uji (ligan alami)

Gambar keterangan
visualisasi

Dock konformasi

Info konformasi

Source data : Alifianti-3fa3

VII. PEMBAHASAN
Pada praktikum kali kita melakukan analisis dan validasi penambatan
molekul (molekular docking). Perlu diketahui penambatan molekul
(molecular docking) adalah metode komputasi yang bertujuan meniru
peristiwa interaksi suatu molekul ligan dengan protein yang menjadi
targetnya pada uji in-vitro (Motiejunas & Wade, 2006). Ligan alami yang
dipilih untuk analisis dan validasi molecular docking dari makromolekul
GABA adalah 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose berikut adalah
struktur 2D dan rumus molekul dari ligan tersebut :

Gambar 7.1 Rumus molekul dan Struktur 2D ligan 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

Dalam melakukan analisis dan validasi molecular docking terdiri dari

beberapa tahap yaitu tahap preparasi protein/makromolekul & ligan
alami, persiapan docking dan validasi metode docking. Pada tahap
preparasi protein(makromolekul) & ligan alami dilakukan pemisahan
protein dengan ligan. Pemisahan ini bertujuan untuk mendapatkan struktur
protein target tanpa ligan alaminya, sehingga tersedia ruang untuk proses
docking. Sebelum dilakukan pemisahan antara protein dan ligan alami
dilakukan terlebih dahulu penghilangan molekul air (H2O) hal ini ditujukan
untuk menyisakan asam amino pada protein target sehingga saat proses
docking hanya senyawa uji dan asam amino saja yang berinteraksi.
Setelah protein dan ligan di preparasi dilanjutkan pada tahap persiapan
docking dengan melakukan preparasi makromolekul dan ligand alami
yang telah dipisah. Untuk preparasi makromolekul yang telah dipisah
dilakukan penambahan atom H pada makromolekul tersebut dengan
tujuan untuk menyesuaikan suasana docking agar mendekati suasana pH
di dalam tubuh. Sedangkan untuk ligan alami yang telah dipisah dilakukan
pemeriksaan rotasi dengan mengoreksi kebenaran pada rotasi ligan
dengan cara mendetect root dan melihat torsionnya dan berdasarkan
data torsion dari ligan yang kita miliki sudah sesuai strukturnya dimana
pada warna hijau merupakan bagian struktur ligan yang rotable, magenta
bagian non-rotatable, dan merah bagian yang unrotatable.
Selanjutnya adalah tahap validasi metode docking yang diawali
dengan penyiapan autogrid dengan men-set map type agar ligan
berada dalam gridbox sehingga nanti kita mendapatkan data gridbox dari
makromolekul. Selain itu, pengaturan gridbox atau set map type tersebut
bertujuan agar menjadi ruang untuk native ligand membentuk konformasi
ketika di-dockingkan dengan protein target. Berdasarkan data gridbox
makromolekul GABA dan ligan alami 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-
 glucopyranose didapatkan spesifikasi gridpoint pada titik koordinat
makromolekul x 20 point, y 16 point dan z 16 point. Serta minimum dan
maximum grid sebesar -24.502 dan -17.002. Pada tahap validasi metode
docking juga kita mendapatkan parameter docking yaitu nilai RMSD
dimana pengertian dari RMSD itu sendiri adalah pengukuran dua pose
dengan cara membandingkan posisi atom antara struktur eksperimental
terhadap struktur yang didocking atau yang diprediksi. Nilai RMSD (Root
Mean Square Deviation) diperoleh untuk menentukan apakh metode
docking yang digunakan valid atau tidak. Dimana metode docking yang
dapat dinyatakan valid adalah jika nilai RMSDnya kurang dari 2 Å sehingga
nantinya bisa digunakan untuk re-docking dengan senyawa uji sebagai
pengganti ligan alami dari makromolekul yang kita miliki. Berdasarkan
data, nilai RMSD yang didapat adalah sebesar 3.39 atau lebih dari 2 A
sehingga metode docking nya dinyatakan tidak valid.
Setelah dilakukan validasi metode lalu kita melakukan analisis
molecular docking. Berdasarkan hasil analisis tersebut didapatkan nilai
binding energy sebesar +28,61 dari pose terbaiknya yaitu ligan pose ke1.
Nilai binding energy yang semakin rendah menunjukan tingkat kestabilan
atau kekuatan ikatan antara senyawa uji dengan protein target semakin
baik, sehingga afinitasnya untuk berikatan semakin besar. Selain itu dari
hasil analisis docking diketahui pula konstanta inhibisi dari data tersebut
adalah unavailable atau tidak tersedia sehingga dapat dikatakan
aktivitas senyawa ligan tidak ada interaksi. Karena apabila nilai binding
energy dan nilai konstanta inhibisi senyawa uji lebih kecil dari ligan alami
maka dikatakan senyawa uji yang dilakukan lebih poten/stabil daripada
ligan alaminya. Sedangkan pada data tersebut nilai binding energy nya
besar dan konstanta inhibisinya unavailable sehingga kemungkinan
aktivitas interaksi antara makromolekul dengan ligan alaminya lemah atau
tidak ada interaksi.

VIII. KESIMPULAN
Berdasarkan data hasil praktikum dapat disimpulkan bahwa hasil studi
docking pada makromolekul GABA dan ligand alami 2-acetamido-2-
deoxy-beta-D-glucopyranose adalah sebagai berikut :
• Kemungkinan tidak adanya aktivitas interaksi atau adanya interaksi
lemah antara ligan alami dengan makromolekul karena nilai binding
energy nya besar dan konstanta inhibisinya unavailable
• Validasi metode docking tidak valid karena nilai RMSD diatas 2 A yaitu
sebesar 3.39
• Spesifikasi gridpoint pada titik koordinat makromolekul x 20 point, y 16
point dan z 16 point. Serta minimum dan maximum grid sebesar -24.502
dan -17.002
IX. DAFTAR PUSTAKA

• Purwaniati. 2020. Modul KIMIA KOMPUTASI. Bandung.

Universitas Bhakti Kencana
• Alvarez, J., & Shoichet, B. (Eds.). (2005). Virtual Screening in
Drug Discovery. Taylor and Francis.
• Foloppe, N., & Chen, I.-J. (2009). Conformational Sampling
and Energetics of Drug-like Molecules. Current Medicinal
Chemistry, 16, 3381;3413.
• Motiejunas, D., & Wade, R. (2006). Structural, Energetics, and
Dynamic Aspects of Ligand-Receptor Interactions. In J. B.
Taylor & D. J. Triggle (Eds.), Comprehensive Medicinal
Chemistry II Volume 4: Computer-Assisted Drug Design
(Vol. 4, pp. 193;214). Elsevier.
• O.Boyle, N., Banck, M., James, C., Morley, C., van der
Meersch, T., & Hutchison, G. R. (2011). Open Babel: An
Open Chemical Toolbox. Journal of Cheminformatics,
3(33).
• Schneider, G., & Baringhaus, K.-H. (2008). Molecular Design:
Concepts and Applications. WILEY-VCH.