Modul Modul 6 (Validasi Docking)

Nama Rizaldi Rahmatullah

Kelas FA2 / Matrikulasi
NPM 13171082

I. Tujuan praktikum
1) Melakukan pemisahan reseptor dengan ligan
2) Preparasi Makromolekul dan Ligan
3) Menyiapkan parameter autogrid
4) Menyiapkan parameter docking dan menjalankan autodock

II. Prosedur praktikum

A. Pemisahan Reseptor dengan Ligand
1. Buka file pdb 3R8G dengan Discovery Studio.
2. Klik Script kemudian pilih Selection, lalu pilih Select Ligand Edit dan
kemudian Invert Selection. Untuk menghapus kemudian pilih Edit dan
Delete.
3. Save ligand dengan cara klik File, Save as dan beri nama ligand. Save as
dan pilih format Protein Data Bank (.pdb).
4. Buka kembali file 3R8G dengan cara klik File Open kemudian buka file
3R8G. Kemudian hapus molekul air dengan cara klik Script, Selection,
dan hapus bagian-bagian berikut diantaranya Water Molecules, Select
Ligand Edit dan delete.
5. Save makromolekul dan gunakan format Protein Data Bank.
B. Preparasi Makromolekul & Ligand
1. Selanjutnya buka aplikasi autodock
2. Kemudian sesuaikan dengan directory sesuai alamat folder kerja
3. Selanjutnya lakukan Preparasi Makromolekul, klik File, Read Molecule
kemudian buka file protein. Edit, Hydrogens, Add All Hydrogens, pilih
noBondOrder, dan tekan yes OK
4. Lakukan Preparasi Ligand, pertama-tama klik Ligand, Input, Open, lalu
buka ligand ibuprofen dan pilih Detect root.
 5. Koreksi apakah rotasi dari ligand sudah tepat. Atom yang bisa berotasi
(misal: senyawa bentuk siklik seperti benzen, rigid).
C. Menyiapkan Parameter Autogrid
1. Pilih Grid, Macromolecule dan Choose
Lalu akan muncul kotak seperti gambar berikut, pilih Makromolekul,
Select Molecule kemudian Save as PDBQT
2. Pilih Grid, Set map types, choose ligand, Pilih Ligand dan Select Ligand
agar berada di dalam kotak.
3. Simpan dengan cara klik Grid, Output dan Save file dengan format GPF.
D. Menjalankan Autogrid
1. Cari Run dan pilih Run Autogrid
2. Pilih Program Pathname > Browse > Pilih Autogrid4.exe > Open
Parameter Filename > Browse > Pilih grid.gpf>Open
3. Setelah di launch akan timbul kotak dialog secara singkat menunjukkan
bahwa proses telah sukses.
E. Menyiapkan Parameter Docking
1. Docking > Macromolecule > Set rigid > Buka makromolekul target
(dalam bentuk pdbqt)
2. Docking > search parameters > Genetic Algorithm
Pada Maximum Number of evals, pilih short. (Bisa dipilih medium, atau
long) dan klik Accept
3. Jalankan proses autodock seperti menjalankan grid
4. maka akan tampil kotak seperti gambar di bawah. Hal ini menunjukkan
bahwa proses docking sedang berjalan. Tunggu hingga proses selesai
(tandanya hingga kotak dialog menghilang)
III. Hasil pengamatan

Gambar 1. Parameter Autogrid

Gambar 2. Run Autogrid

Gambar 3. Parameter ligan Dpf4

Gambar 4. Hasil Autogrid

Gambar 5. Tabel RMSD

IV. Pembahasan
Docking molekular merupakan komputasi untuk memprediksi suatu
hubungan apakah senyawa tersebut mempunya aktifitas sebelum diujikan. Pada
praktikum validasi docking kali ini digunakan senyawa sampel dengan nama
3R8G yang didapatkan dari situs protein data bank (pdb.org). Senyawa ini
memiliki ikatan antara protein dengan ligan alami nya yaitu ibuprofen yang
berkhasiat sebagai obat analgetik anti inflamasi. Pertama-tama dilakukan
preparasi terhadap senyawa 3R8G dengan menggunakan software Discovery
studio. Tujuan dari proses preparasi ini adalah untuk memisahkan antara rantai
ikatan atau chains dengan ibuprofen sebagai ligan alami. Validasi tersebut
dilakukan untuk mengetahui kemiripan konformasi antara ligan natif kristalografi
dengan ligan natif hasil optimasi docking.
Setelah proses preparasi dengan menggunakan discovery studio selesai maka
file yang didapat di simpan ulang dengan menggunakan format protein data bank
atau .pdb, hal ini dilakukan agar file tersebut dapat ditemukan dan dibaca
menggunakan program Autodock. Docking terhadap ligan natif dilakukan untuk
mencari konformasi 3D ligan natif terhadap reseptor dengan memperhatikan
koordinat pusat masa struktur dan besaran gridbox dari binding site pocket dalam
satuan angstrom (Vina) atau number of points (AutoDock). Konformasi hasil
docking yang diperoleh disejajarkan dengan konformasi ligan natif hasil
pengukuran kristalografi yang dinyatakan dalam nilai root mean square deviation
(RMSD). Dari hasil validasi menggunakan program autodock menunjukkan Hasil
yang menyatakan nilai RMSD untuk kesejajaran konformasi struktur pada run ke
1 hingga ke 10 masih berada di bawah 2, kecuali pada run ke-6 yang
menunjukkan hasil RMSD diatas 2 yaitu 3,64. Ini menunjukkan bahwa masih
dapat diterima, semakin mendekati nilai 0 maka nilai kesejajaran semakin baik .
V. Kesimpulan
Dari hasil validasi menggunakan program autodock menunjukkan Hasil yang
menyatakan nilai RMSD untuk kesejajaran konformasi struktur pada run ke 1
hingga ke 10 masih berada di bawah 2, kecuali pada run ke-6 yang menunjukkan
hasil RMSD diatas 2 yaitu 3,64. Ini menunjukkan bahwa hasil Validasi docking
baik dan dapat diteruskan ke langkah selanjutnya.
16000
y = 19.454x + 1229.9
14000 R² = 0.9328

12000

10000

8000 AUC
Linear (AUC)
6000

4000

2000

0
0 200 400 600 800

4500
4000
3500 y = 12.64x - 685
R² = 0.9655
3000
2500
Series1
2000
Linear (Series1)
1500
1000
500
0
0 100 200 300 400