LAPORAN RESMI

PRAKTIKUM KIMIA MEDISINAL

P2
DOCKING MOLEKULER

DISUSUN OLEH:
Nama : Khairunnisa
NIM : 1908010096
Gol. : B4

LABORATORIUM KIMIA ORGANIK DAN KOMPUTASI

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PURWOKERTO
2021
 PERCOBAAN 2
DOCKING MOLEKULER

A. TUJUAN

a. Mahasiswa mampu melakukan docking molekuler ligan uji terhadap suatu reseptor
b. Mahasiswa mampu melakukan interpretasi hasil docking molekuler

B. DASAR TEORI

Penambatan molekul (molecular docking) adalah metode komputasi yang

bertujuan meniru peristiwa interaksi suatu molekul ligan dengan protein yang
menjadi targetnya .Di dalam penambatan molekul, molekul ligan ditambatkan pada
situs aktif atau situs tambat dari suatu protein yang sedang diam (statik), dengan
menyertakan molekul ko-faktor dan / atau H2O di dalamnya atau tidak.

Penambatan molekul (molecular docking) adalah metode komputasi yang

bertujuan meniru peristiwa interaksi suatu molekul ligan dengan protein yang
menjadi targetnya pada uji in-vitro.Di dalam penambatan molekul, molekul ligan
ditambatkan pada situs aktif atau situs tambat dari suatu protein yang sedang diam
(statik), dengan menyertakan molekul kofaktor dan atau H2O di dalamnya atau tidak.
Dari sini, diperoleh data mengenai posisi dan orientasi ligan-ligan itu di dalam situs
aktif atau situs tambat tersebut. Dari data ini, dapat disimpulkan gugus-gugus
fungsional ligan yang penting untuk interaksinya, sehingga tidak boleh dihilangkan,
dan gugus-gugus fungsionalnya yang dapat ditingkatkan kekuatan interaksinya.
Informasi ini menjadi petunjuk untuk modifikasi ligan tersebut. Dengan adanya
petunjuk tersebut, modifikasi ligan dan uji in-vitro turunan-turunannya dapat
berlangsung secara efisien (Putra, 2014).

Rangkaian posisi gugus fungsional yang penting dari ligan pada konformasi
bioaktif itu dinamakan farmakofor.Kelebihan metode pemodelan molekul (molecular
docking) adalah dapat digunakan untuk memprediksi aktivitas suatu senyawa
sebelum dilakukan sintesis sehingga mengurangi penggunaan pelarut dan bahan
bahan kimia yang dapat mencemari lingkungan. Ada beberapa program komputer
yang dapat digunakan untuk molecular docking. Ada yang berbasis linux seperti
Autodock Vina, dan ada yang berbasis windows seperti Autodock. Autodock adalah
peralatan penambatan terautomatisasi . Autodock di desain untuk memprediksi
molekul kecil berikatan dengan reseptor .

Interaksi ligan dengan protein di atas terjadi hanya apabila terdapat kecocokan
(fit) bentuk dan volume di antara molekul ligan dan situs aktif atau situs tambat
protein tersebut. Selain itu, gugus-gugus fungsional pada molekul ligan itu harus
berada pada posisi yang memadai dari asam-asam amino yang menjadi pasangannya
pada situs aktif atau situs tambat tersebut(Alvarez & Shoichet, 2005)

Jadi, kecocokan di antara molekul ligan dan situs aktif atau situs tambat
proteinnya adalah demikian spesifik, bagaikan kecocokan lubang kunci dengan anak
kuncinya (lock-and-key). Untuk menuju kecocokan ini, situs aktif atau situs tambat
mendesak (menginduksi) pengubahan konformasi ligan.Bersama dengan pengubahan
konformasi tersebut, dibebaskanlah sejumlah energi yang dinamakan energi Gibbs
penambatan (∆Gbind). Pada penambatan molekul, energi terendah yang dibebaskan
oleh ligan dianggap sebagai ∆Gbind tersebut. (Schneider & Baringhaus, 2008)

Pada saat kecocokan di atas tercapai, maka konformasi yang dianut oleh
molekul ligan dinamakan konformasi bioaktif. Sedangkan, rangkaian posisi gugus
fungsional yang penting dari ligan pada konformasi bioaktif itu dinamakan
farmakofor (Alvarez & Shoichet, 2005) Docking sering digunakan untuk
memprediksi orientasi ikatan kandidat obat bermolekul kecil terhadap
targetproteinnya untuk memprediksi afinitas dan aktivitas molekul kecil. Maka
docking memainkan peran penting dalam desain obat secara rasional Interaksi ligan
dengan protein di atas terjadi hanya apabila terdapat kecocokan (fit) bentuk dan
volume di antara molekul ligan dan situs aktif atau situs tambat protein tersebut.
C. ALAT DAN BAHAN
- Seperangkat computer atau laptop
- Software Autodock
- Struktur PDB 5ZC9
- Struktur Silvestrol

D. CARA KERJA
a. Persiapan Struktur
Membuka program AutoDockTools

Mengatur folder kerja pada laptop. Pada menu bar pilih: “File” >“Preferences” >
“Set...”

Pada kotak dialog “Set User Preferences”, isilah “Startup Directory” dengan lokasi
folder yang sesuai, sebagai contoh: “D:/docking” kemudian “Set”. Lalu “Dismiss”
untuk menutup kotak dialog.

Selanjutnya untuk membuka file PDB, pada menu Bar, click “File” > “Read
Molecule” > select “5ZC9.pdb” > “Open”

Lalu hapus semua molekul air pada struktur kristal dengan cara: Klik “Edit” pada
menu bar, lalu “Delete Water”.

Kemudian menambahkan atom hydrogen pada struktur kristal dengan cara: Pada
Menu Bar

Klik “Edit” > “Hydrogens” > “Add”. Selanjutnya pilih “All Hydrogens”,
“noBondOrder”, “yes” lalu klik “OK”
b. Memisahkan Ligan dan Reseptor
Langkah untuk memisahkan reseptor dan ligan adalah sebagai berikut: Pada “Menu
DashBoard”, di kolom ‘S’, pilih “RCG600” (Rocaglamida) pada rantai B dengan
menge-klik simbol kotak, sehingga kotak berwarna kuning.

Apabila kotak sudah menjadi kuning dan struktur Rocaglamida dipenuhi tanda ‘X’
berwarna kuning, maka ligan sudah terpilih
Pada Menu Bar, klik “File” > “Save” > “Write PDB” dan beri nama “ligan.pdb”,
kemudian klik “OK”. Dengan demikian, struktur ligan sudah tersimpan secara
terpisah

Selanjutnya, pilih semua kotak kecuali RCG600 untuk menyimpan struktur

reseptor. Kemudian pada Menu Bar, click “File” > “Save” > “Write PDB” dan beri
Nama“reseptor.pdb” kemudian klik “OK”

Selanjutnya, hapus semua molekul pada window dengan meggunakan “Edit” >
“Delete” >“Delete All Molecules”.

c. Menyiapkan Input File

Buka file struktur ligan, yang telah disiapkan sebelumnya. Pada ADT4.2 widget,
klik “Ligand” > “Input” > “Open”.

Selanjutnya ubah “Files of type” dari “PDBQT files” menjadi “PDB files”.
Kemudian pilih “ligan.pdb”, klik “Open”. Simpan ligan ke dalam format pdbqt
dengan cara: “Ligand” > “Output” > “Save as PDBQT”. Beri nama “ligan.pdbqt”
dan Save”

Selanjutnya membuka reseptor dengan cara: “Grid” > “Macromolecule” > “Open”.
Ubah “Files of type” dari “PDBQT files” menjadi “all files”. Kemudian
pilih“reseptor.pdb”, click “Open”.

Setelah muncul Warning dan Klik “OK”, lalu beri nama “reseptor.pdbqt”, klik
“save”. Selanjutnya akan muncul tampilan seperti di bawah ini: Siapkan file
parameter untuk grid box. Pada ADT4.2 widget, click “Grid” > “Set Map

Types” > “Choose Ligand”. Pada “Windows Choose Ligand”, select “ligan”
kemudian click “Select Ligand”.
Kemudian mengeset pencarian ruang menggunakan grid box. Pada ADT4.2 widget,
click “Grid” > “Grid Box...” Pada pekerjaan ini sisi aktif dari reseptor berada pada
 daerah ligan itu berada. Sehingga kita dapat mengaturnya berdasarkan ligan yang
ada dengan cara center the box: click “Center” > “Center on Ligand”. Kemudian
diatur ukuran grid box (number of points) sehingga mencakup seluruh area pada
ligan.Pada “Window Grid Options” kemudian click “File” > “Close saving
current”Kemudian simpan grid parameter file dengan cara “Grid
Selanjutnya adalah menyiapkan parameter Docking yang akan dilakukan. Pada
ADT4.2 widget, click “Docking” > “Macromolecule” > “Set Rigid” kemudian di
pilih “reseptor.pdbqt” > “Open”. Selanjutnya memasukkan ligan untuk docking
dengan cara click “Docking”, then “Ligand” >“Choose...”. pilih “ligan” kemudian
“Select Ligand”.Pada AD4.2 widget, click “Docking” > “Search Parameters” >
“Genetic Algorithm...”

Click “Docking” > “Output” > “Lamarckian GA (4.2)...”> simpan file

“docking.dpf”

d. Menjalankan Perintah Docking

Memastikan program autogrid4.exe dan autodock4.exe ada dalam folder kerja kita.

Buka “Command Prompt” dan tulis “cd D:\docking” dan “D:” tekan “Enter”
sehingga tampilan Command Prompt

Selanjutnya ketik “autogrid4.exe –p grid.gpf –l grid.glg” lalu tekan “Enter” untuk

melakukan kalkulasi GridBox.

Kemudian lanjutkan dengan penambatan molekul: “autodock4.exe –p docking.dpf –

l docking.dlg” lalu tekan enter.
e. Visualisasi Hasil Docking
Pada AD4.2 widget, klik “Analyze” > “Dockings” > “docking.dlg”

Kemudian “Analyze”> “Conformations” > “Play” sehingga muncul tampilan: Pada

AD4.2 widget, klik “Analyze” > “Clusterings” > “Show” sehingga muncul tampilan
 Naufal nurrofiq
1908010067
1B/1
E. LEMBAR KERJA
Gambar struktur 2D ligan alami: Gambar struktur 2D ligan uji:

Protein (kode PDB) 5zc9

Uraikan jenis protein yang digunakan
Merupakan Struktur kristal kompleks
RNA analog-RocA-polypurine eIF4A1-
ATP manusia

Center Grid Box X: 32

Y: 34
Z: 28
Central Grid Point (42.023, 5.285,
43.699)
Validasi RMSD :
3.50
3.40
3.27
3.45
 3.43
3.37
2.51
1.34
1.78
3.09
Hasil docking ligan alami(energi) 1. -6.02 kcal/mol
2. -5.95 kcal/mol
3. -0.07 kcal/mol
4. -2.94 kcal/mol
5. +2.39 kcal/mol
6. -2.94 kcal/mol

Hasil docking ligan uji (energi) 1. -5.18 kcal/mol

2. -5.12 kcal/mol
3. -0.06 kcal/mol
4. -3.08 kcal/mol
5. +2.39 kcal/mol
6. -3.08 kcal/mol

Kesimpulan Hasil validasi RMSD ada yang

memenuhi syarat dibawah 2,5 amstrong.
F. PEMBAHASAN

Praktikum kedua yang berjudul “Docking Molekuler” mempunyai tujuan

yang sangat penting yaitu diharapkan nantinya adalah mahasiswa mampu melakukan
docking molekuler ligan uji terhadap suatu reseptor, tidak hanya itu mahasiswa juga
diharapkan mampu melakukan interpretasi hasil docking molekuler.

Molecular docking merupakan proses yang mencari ikatan yang mungkin dari
dua molekul yang berinteraksi berdasarkan kondisi topografi atau pertimbangan
energi, tujuannya adalah untuk mencocokan kedua molekul tersebut menjadi
konformasi yang interaksinya paling baik. Satu molekul (contohnya ligan) dibawa ke
daerah molekul yang lain (contohnya reseptor) dan dari kedua molekul tersebut
dihitung energi interaksinnya. Pada docking, energi yang interaksinya dihitung
dengan mengkalkulasi energi Van der Waals dan energi Couloumbic yang terlibat
antara seluruh atom dari kedua molekul.

Pada praktikum kali ini alat dan bahan yang digunakan adalah Seperangkat
computer atau laptop, Software Autodock, Struktur PDB 5ZC9, dan Struktur
Silvestrol. Pertama yaitu Autodock yang merupakan aplikasi docking yang cukup
powerful dan digunakan oleh banyak peneliti. Salah satu ketangguhan AutoDock
adalah keterlibatanya dalam penemuan dan pengembangan raltegavir, inhibitor HIV
integrasi yang pertama kali clinically-approved. Seperti halnya AutoDock Vina
adalah sebuah program open source untuk melakukan docking molekul. Selanjutnya
yang kedua adalah Struktur PDB 5ZC9 merupakan Struktur kristal kompleks RNA
analog-RocA-polypurine eIF4A1-ATP manusia. Untuk yang terakhir adalah struktur
silvestrol, Silvestrol adalah produk alami dari kelompok siklopenta benzofurane.

Setelah menyiapkan alat dan bahan, langkah selanjutnya adalah masuk ke cara
kerja. Langkah kerja yang pertama adalah Persiapan Struktur. Caranya yaitu
Membuka program AutoDockTools, mengatur folder kerja pada laptop. Pada menu
bar pilih: “File” >“Preferences” >“Set...”. Kmeudian pada kotak dialog “Set User
Preferences”, isilah “Startup Directory” dengan lokasi folder yang sesuai, sebagai
contoh: “D:/docking” kemudian “Set”. Lalu “Dismiss” untuk menutup kotak dialog.
Selanjutnya untuk membuka file PDB, pada menu Bar, click “File” > “Read
Molecule” > select “5ZC9.pdb” > “Open” Lalu hapus semua molekul air pada
struktur kristal dengan cara: Klik “Edit” pada menubar, lalu “Delete Water”.
Kemudian menambahkan atom hydrogen pada struktur kristal dengan cara: Pada
Menu Bar Klik “Edit” > “Hydrogens” > “Add”. Selanjutnya pilih “All
Hydrogens”,“noBondOrder”, “yes” lalu klik “OK”.
 Langkah kerja yang kedua adalah Memisahkan Ligan dan Reseptor. Langkah
untuk memisahkan reseptor dan ligan hal pertama yang kita lakukan yaitu pada
“Menu DashBoard”, di kolom ‘S’, pilih “RCG600” (Rocaglamida) pada rantai B
dengan menge-klik simbol kotak, sehingga kotak berwarna kuning. Apabila kotak
sudah menjadi kuning dan struktur Rocaglamida dipenuhi tanda ‘X’ berwarna
kuning, maka ligan sudah terpilih. Lalu lihat dan jika ada Menu Bar, klik “File” >
“Save” > “Write PDB” dan beri nama “ligan.pdb”, kemudian klik “OK”. Dengan
demikian, struktur ligan sudah tersimpan secara terpisah. Selanjutnya, pilih semua
kotak kecuali RCG600 untuk menyimpan struktur reseptor. Kemudian pada Menu
Bar, click “File” > “Save” > “Write PDB” dan beri Nama“reseptor.pdb” kemudian
klik “OK”. Kemudian , hapus semua molekul pada window dengan meggunakan
“Edit” > “Delete” >“Delete All Molecules”.

Langkah kerja yang ketiga adalah Menyiapkan Input File. Pertama yang harus
kita lakukan adalah membuka file struktur ligan, yang telah disiapkan sebelumnya.
Pada ADT4.2 widget, klik “Ligand” > “Input” > “Open”. Selanjutnya ubah “Files of
type” dari “PDBQT files” menjadi “PDB files”. Kemudian pilih “ligan.pdb”, klik
“Open”. Lalu Simpan ligan ke dalam format pdbqt dengan cara: “Ligand” > “Output”
> “Save as PDBQT”. Beri nama “ligan.pdbqt” dan “Save”. Selanjutnya membuka
reseptor dengan cara “Grid” > “Macromolecule” > “Open”. Ubah “Files of type” dari
“PDBQT files” menjadi “all files”. Kemudian pilih“reseptor.pdb”, click
“Open”.Setelah muncul Warning dan Klik “OK”, lalu beri nama “reseptor.pdbqt”,
klik “save”. Selanjutnya akan muncul tampilan langkah selanjtnya adalah
menyiapakan file parameter untuk grid box. Pada ADT4.2 widget, click “Grid” > “Set
Map Types” > “Choose Ligand”. Pada “Windows Choose Ligand”, select “ligan”
kemudian click “Select Ligand”. Kemudian mengeset pencarian ruang menggunakan
grid box. Pada ADT4.2 widget, click “Grid” > “Grid Box...” Pada pekerjaan ini sisi
aktif dari reseptor berada pada daerah ligan itu berada. Sehingga kita dapat
mengaturnya berdasarkan ligan yang ada dengan cara center the box: click “Center”
> “Center on Ligand”. Kemudian diatur ukuran grid box (number of points) sehingga
mencakup seluruh area pada ligan. Kemudian pada “Window Grid Options”
kemudian click “File” > “Close saving current” dan simpan grid parameter file
dengan cara “Grid. Selanjutnya adalah menyiapkan parameter Docking yang akan
dilakukan. Pada ADT4.2 widget, click “Docking” > “Macromolecule” > “Set Rigid”
kemudian di pilih “reseptor.pdbqt” > “Open”. Selanjutnya memasukkan ligan untuk
docking dengan cara click “Docking”, then “Ligand” >“Choose...”. pilih “ligan”
kemudian “Select Ligand”. Dimaana Pada AD4.2 widget, click “Docking” > “Search
Parameters” > “Genetic Algorithm...” Click “Docking” > “Output” > “Lamarckian
GA (4.2)...”> simpan file“docking.dpf”.

Selanjutnya langkah kerja yang keempat adalah Menjalankan Perintah

Docking Pastikan program autogrid4.exe dan autodock4.exe ada dalam folder kerja.
Lalu buka “Command Prompt” dan tulis “cd D:\docking” dan “D:” tekan “Enter”
sehingga tampilan Command Prompt. Selanjutnya ketik “autogrid4.exe –p grid.gpf –
l grid.glg” lalu tekan “Enter” untuk melakukan kalkulasi GridBox. Kemudian
dilanjutkan dengan penambatan molekul:“autodock4.exe –p docking.dpf –l
docking.dlg” lalu tekan enter. Untuk langkah kerja yang terakhir yaitu Visualisasi
Hasil Docking. Tahap ini yaitu ketika pada AD4.2 widget, klik “Analyze” >
“Dockings” > “docking.dlg” kemudian “Analyze”> “Conformations” > “Play”
sehingga muncul tampilan: Pada AD4.2 widget, klik “Analyze” > “Clusterings” >
“Show” sehingga muncul tampilan.

Hasil dari data praktikum yang ada yaitu yang pertama adalah (kode PDB)
5zc9. PDB adalah file basis data program dan dibuat pada kompilasi. File ini
menyimpan informasi debug dan status proyek yang memungkinkan penautan
tambahan konfigurasi debug program..Jenis protein yang digunakan yaitu ada di
manusia dan sintesis System eksresi dari bakteri E. Coli Resolusi 2.00 Å. Ada 3 ligan
yaitu ANP, RCG dan MG. Terdiri dari 2 rantai serta tidak bermutasi. Sedangkan
untuk Center Grid Box yang digunakan adalah X: 40, Y: 40, Z: 40. Grid box
merupakan tempat dimana ligan akan berinteraksi dengan residu asam amino pada
protein target. Penentuan grid box dilakukan untuk mengetahui titik koordinat pada
binding site dari suatu protein. Pengaturan grid box yang dilakukan adalah pengaturan
koordinat grid center dan pengaturan grid size (Rachmania dkk., 2016). Selanjutnya
yaitu Validasi. Validitas metode molecular docking diketahui dengan cara men-
dockingkan kembali (redocking) native ligand pada protein terget menggunakan
program Autodock. Proses validasi metode molecular docking yang pertama
dilakukan yaitu menambahkan atom hidrogen pada protein target yang sudah
memiliki pocket cavity. Penambahan hidrogen bertujuan untuk menyesuaikan
suasana docking agar mendekati suasana pH di dalam tubuh. Selain itu, penambahan
atom hidrogen memiliki tujuan untuk memunculkan kembali atom hidrogen pada
makromolekul sehingga ikatan hidrogen yang terbentuk dapat teramati.RMSD yang
diperoleh adalah : 1.02, 1.00, 1.00, 1.12, 1.05, 1.04, 0.98, 1.00, 1.04 dan 1.05. RMSD
adalah parameter yang digunakan untuk melihat kemiripan antara ligan hasil docking
dengan hasil kristalografi. Semakin kecil nilai RMSD berarti semakin mirip posisi
ligan hasil docking dengan ligan hasil kristalografi. Metode dikatakan valid apabila
nilai RMSD yang diperoleh ≤ 3Å sehingga dapat dilakukan docking senyawa uji
dengan protein target (Jain and Nicholls, 2008). Kemudian yaitu Hasil docking ligan
alami(energi) yaitu : -0.95, -9.01, -9.00, -8.99, -8.98, -8.93, -8.87, - 8.86, -8.83, -8.77.
Selanjutnya adalah hasil docking ligan uji (energi) yaitu : -9.05, - 11.44, -3.20, +2.39
dan -3.20. Sehingga dari data ini dapat kita simpulkan yaitu data validasi RMSD baik
karena kurang dari 3.

Preparasi protein dilakukan dengan memilih protein dalam bentuk aktif yang
berikatan dengan native ligand. Selanjutnya native ligand dipisahkan menggunakan
program Chimera.. Validitas metode molecular docking diketahui dengan cara
mendocking-kan kembali native ligand pada protein target yang telah mengalami
preparasi menggunakan program Autodock 4.2. Metode dikatakan valid apabila nilai
Root Mean Square Deviation (RMSD) yang diperoleh ≤ 3Å (Jain andNicholls, 2008).
Hal ini menandakan interpretasi data docking sesuai dengan parameter.
F.KESIMPULAN

1. Mahasiswa mampu melakukan docking molekuler ligan uji terhadap suatu

reseptor
2. Mahasiswa mampu melakukan interpretasi hasil docking molekuler
3. Docking adalah metode untuk memprediksi orientasi yang lebih diutamakan dari
suatu molekul ketika terikat satu sama lain untuk membentuk kompleks yang stabil
4. Pada praktikum kali ini alat dan bahan yang digunakan adalah Seperangkat
computer atau laptop, Software Autodock, Struktur PDB 5ZC9, dan Struktur
Silvestro
5. RMSD adalah parameter yang digunakan untuk melihat kemiripan antara ligan
hasil docking dengan hasil kristalografi
6. Hasil data yang didapat disimpulkan bahwa data validasi RMSD baik karena
kurang dari 3
G. DAFTAR PUSTAKA
Alvarez, J., & Shoichet, B. (Eds.). 2005. Virtual Screening in Drug
Discovery.Francis : Taylor and Francis

Putra et al.2014. “Ekstraksi Zat Warna Alam dari Bonggol Tanaman Pisang (Musa
Paradisiaca L.) dengan Metode Maserasi, Refluks dan Sokletasi.” Jurnal
Kimia. 8(1): 113

Schneider, G., & Baringhaus, K.H.2008. Molecular Design: Concepts and

Applications. WILE-VCH