LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA MEDISINAL

VIRTUAL SCREENING

Nama : Parid Kusmayadi

NPM : 201FF03175
Kelas : 2FA4

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS BHAKTI KENCANA BANDUNG
2020 – 2021
1. Tujuan
- Mampu melakukan virtual screening menggunakan parameter dari validasi metode.
- Mampu melakukan persiapan untuk melakukan virtual screening
2. Dasar Teori
Virtual Screening adalah suatu metode komputasi yang berguna dalam rangka
mengurangi jumlah senyawa kimia yang akan di identifikasi secara eksperimental dan dilakukan
dalam waktu yang cepat. Virtual screening digunakan untuk menyeleksi puluhan, ratusan, ribuan,
atau bahkan jutaan senyawa secara komputasi untuk menemukan beberapa senyawa yang paling
berpotensi mengikat protein target tertentu.
3. Alat dan Bahan
- Alat
Aplikasi DSV dan Pyrx
- Bahan
Laptop/perangkat lainnya
4. Prosedur Kerja
- Buat folder yang berisi protein (target kerja), ligan alami, senyawa turunan baru hasil
HKSA, dan senyawa acuan. Kemudian masuk ke aplikasi pyrx, lalu klik edit dan pilih
preferences. Kemudian pada kolom “workspace” diisi dengan nama folder tempat
menyimpan file virtual screening lalu klik “OK”. Selanjutnya klik “file” pilih “Load
molecule” pilih protein yang telah di preparasi .pdb, maka akan muncul seperti dibawah
ini
- Lalu klik kanan pada protein →autodock →make macromolecule.
- Klik kanan pada senyawa ligan alami →autodock → make ligand, kemudian
lakukan hal yang sama pada senyawa acuan dan senyawa turunan.

- Kemudian klik vina Wizard → 𝑘𝑙𝑖𝑘 𝑠𝑡𝑎𝑟t

- Klik “makromolekul” kemudian blok semua senyawa ligan setelah itu cek dibagian kotak
dialog bawah untuk memastikan senyawa sudah tercantum. Lalu klik forward sampai
memunculkan kotak grid box.
- Setelah proses running selesai, maka akan didapatkan list nilai binding affinitynya. Kemudian
data hasil screening diubah dalam bentuk excel.
- Memilih binding energy terendah dengan mengcopy mulai dari ATOM 1 sampai
ENDMDL kemudian paste ke dalam notepad baru dan lakukan hal yang sama pada
senyawa seterusnya.

- Selanjutnya membuka hasil ligan virtual menggunakan DSV dengan membuka file
ligan dan makromolekul, kemudian klik ligan alami pada hyrarki sampai berwarna
kuning.
- Copas ligan alami ke dalam protein

- Klik receptop - ligand interaction kemudian pilih show 2D diagram untuk melihat
interaksi 2 dimensi

- untuk melihat hasil 3 dimensi, klik pada bagian daerah “display receptor surface”
 5. Hasil Pengamatan
- Hasil binding affinity

ligand Binding Affinity

makromolekul_Untitled-2 -7,2
makromolekul_Untitled-2 -7,1
makromolekul_Untitled-2 -7
makromolekul_Untitled-2 -7
makromolekul_Untitled-2 -6,8
makromolekul_Untitled-2 -6,6
makromolekul_Untitled-2 -6,6
makromolekul_Untitled-2 -6,5
makromolekul_Untitled-2 -6,5
makromolekul_Untitled-3 -7,6
makromolekul_Untitled-3 -7,3
makromolekul_Untitled-3 -7,3
makromolekul_Untitled-3 -7,1
makromolekul_Untitled-3 -6,9
makromolekul_Untitled-3 -6,9
makromolekul_Untitled-3 -6,8
makromolekul_Untitled-3 -6,7
makromolekul_Untitled-3 -6,7
makromolekul_Untitled-4 -7,5
makromolekul_Untitled-4 -7,4
makromolekul_Untitled-4 -7,4
makromolekul_Untitled-4 -7,2
makromolekul_Untitled-4 -7,1
makromolekul_Untitled-4 -7,1
makromolekul_Untitled-4 -7,1
makromolekul_Untitled-4 -6,7
makromolekul_Untitled-4 -6,6
makromolekul_Untitled-5 -7,7
makromolekul_Untitled-5 -7,3
makromolekul_Untitled-5 -7,1
makromolekul_Untitled-5 -6,9
makromolekul_Untitled-5 -6,8
makromolekul_Untitled-5 -6,8
makromolekul_Untitled-5 -6,7
makromolekul_Untitled-5 -6,5
makromolekul_Untitled-5 -6,4
makromolekul_Untitled-6 -7,4
makromolekul_Untitled-6 -7,1
makromolekul_Untitled-6 -7,1
makromolekul_Untitled-6 -7,1
makromolekul_Untitled-6 -6,9
makromolekul_Untitled-6 -6,7
makromolekul_Untitled-6 -6,7
makromolekul_Untitled-6 -6,7
makromolekul_Untitled-6 -6,7
makromolekul_Untitled-7 -9,2
makromolekul_Untitled-7 -9,1
makromolekul_Untitled-7 -9
makromolekul_Untitled-7 -9
makromolekul_Untitled-7 -8,9
makromolekul_Untitled-7 -8,7
makromolekul_Untitled-7 -8,6
makromolekul_Untitled-7 -8,6
makromolekul_Untitled-7 -8,5
makromolekul_Untitled-8 -7,5
makromolekul_Untitled-8 -7,3
makromolekul_Untitled-8 -7,2
makromolekul_Untitled-8 -7
makromolekul_Untitled-8 -6,9
makromolekul_Untitled-8 -6,6
makromolekul_Untitled-8 -6,5
makromolekul_Untitled-8 -6,5
makromolekul_Untitled-8 -6,5
makromolekul_ligand -12,1
makromolekul_ligand -12
makromolekul_ligand -12
makromolekul_ligand -10,9
makromolekul_ligand -10,9
makromolekul_ligand -10,8
makromolekul_ligand -10,8
makromolekul_ligand -10,6
makromolekul_ligand -10,5
makromolekul_senyawaacuan -7,5
makromolekul_senyawaacuan -7,3
makromolekul_senyawaacuan -7,3
makromolekul_senyawaacuan -7,3
makromolekul_senyawaacuan -7,2
makromolekul_senyawaacuan -7,2
makromolekul_senyawaacuan -7,1
makromolekul_senyawaacuan -7,1
makromolekul_senyawaacuan -6,9
makromolekul_Senyawa9 -7,8
makromolekul_Senyawa9 -7,7
makromolekul_Senyawa9 -7,6
makromolekul_Senyawa9 -7,6
makromolekul_Senyawa9 -7,5
makromolekul_Senyawa9 -7
makromolekul_Senyawa9 -6,8
makromolekul_Senyawa9 -6,7
makromolekul_Senyawa9 -6,7
makromolekul_Senyawa10 -7,8
makromolekul_Senyawa10 -7,8
makromolekul_Senyawa10 -7,6
makromolekul_Senyawa10 -7,6
makromolekul_Senyawa10 -7,5
makromolekul_Senyawa10 -7,5
makromolekul_Senyawa10 -7,4
makromolekul_Senyawa10 -7,4
makromolekul_Senyawa10 -7,3
makromolekul_Senyawa11 -9,3
makromolekul_Senyawa11 -9,2
makromolekul_Senyawa11 -9,2
makromolekul_Senyawa11 -9,1
makromolekul_Senyawa11 -9
makromolekul_Senyawa11 -8,9
makromolekul_Senyawa11 -8,4
makromolekul_Senyawa11 -8,4
makromolekul_Senyawa11 -8,3
- Hasil binding affinity dilihat dari nilai terendah

- Hasil interaksi 2D
- Hasil interaksi 3D

Hydrophobicity

Cincin Aromatik
H – Bond
6. Pembahasan
Pada praktikum kali ini membahas tentang dilakukan metode virtual screen yang
dilakukan pada makromolekul dan ligan alami serta 10 senyawa turunan baru dan
senyawa acuan pada hasil HKSA sebelumnya sebagai senyawa uji dengan menggunakan
aplikasi DSV dan Pyrx.

Pada tahap yang pertama yaitu menggabungkan semua senyawa yang telah dipilih
ke dalam pyrx kemudian melakukan docking massal agar memudahkan running. Setelah
melakukan proses running, berdasarkan senyawa yang telah dirunning, ligan alami
memiliki nilai yang paling rendah yaitu pada makromolekul protein 5en4_ligan yang
artinya ligan alami memiliki aktivitas paling baik sama halnya ketika pada metode dalam
autodock. Pada suatu obat dalam melakukan interaksi harus memerlukan interaksi yang
baik yaitu interaksi intramolecular. Database Virtual screening digunakan secara umum
untuk memilih senyawa yang berpotensi aktif dari database senyawa yang tersedia.
Karena virtual screening tidak cukup akurat untuk mengidentifikasi hanya senyawa
aktif, akan mengurangi resiko apabila melihat database dengan senyawa yang sudah ada
daripada membuat senyawa baru. Virtual Screening merupakan proses mengurangi
database secara cepat dan sangat memungkinkan untuk bekerja secara efesien sampai
angka terkecil dari senyawa yang diduga lead compound yang digunakan sebagai proyek
pengembangan obat. Teknik ini telah dijelaskan di atas bentuk cascade dari perbedaan
fungsi filter yang mana dikendalikan oleh kecepatan mereka. Kecepatan filter ADMET
menggunakan 3D dan 3D filter farmakofor dan pada akhirnya dilakukan docking dan
metode penilaian.

7. Kesimpulan
hasil pada praktikum yaitu virtual skreening kali ini merupakan interaksi yang
dapat dilakukan dengan baik sebab terdapat interaksi intramolecular. Prescreen virtual
libraries dengan menggunakan pharmacophore techniques utamanya digunakan ketika
menggunakan representasi bentuk dari receptor site, pencarian pharmacophore bisa
menjadi prefilter yang sangat efektif.