LAPORAN PRAKTIKUM

KIMIA KOMPUTASI

Pengantar Metode Visualisasi menggunakan VMD

Disusun oleh :

Nama : Maria Gabriela Uba Kelang

NPM : 11151066

Kelas : 3FA2

Sekolah Tinggi Farmasi Bandung

Jalan Soekarno-Hatta No. 754 Cibiru-Bandung

2018

MARIA GABRIELA UBA KELANG 3FA2 1

Tujuan

1. Mahasiswa mampu membedakan protein dan ligan

2. Mahasiwa mampu melakukan visalisai protein dan ligan dengan menggunakan
aplikasi VMD
3. Mahasiswa mampu menampilkan struktur 3D dari ligand an protein.

Prosedur kerja
1. Unduh struktur 5N9L di situs Protein Data Bank (www.pdb.org)dengan kode PDB:
5N9L
2. Buka struktur 5N9L dengan cara Klik File -> New Molecul, Klik Browse dan pilih
file 5N9L.pdb yang telah diunduh.Klik Load.
3. Buka window Graphical Representations dengan cara menklik Graphics ->
Representations... pada Main Window
4. Tampilkan protein: Pada text box Selected Atoms, ubah “all” menjadi “protein”, lalu
tekan tombol Enter pada keyboard. Ubah Coloring Method menjadi “Secondary
Structure”.Ubah Drawing Method menjadi
“NewCartoon” untuk memvisualisasikan protein sebagai pita.
5. Amati protein pada 3D Display
6. Tampilkan ligan:Tambahkan representasi baru: klik tombol Create Rep.
7. Pilih tab Selections dan klik tombol Reset. Pada box Keyword, double klik
“resname”, kemudian pada box Value, double klik “8QH”Klik tombol Apply.
8. Kembali ke tab Draw style, kemudian ubah Coloring Method menjadi “Element”
dan ubah Drawing Method menjadi “Licorice”.
9. Amati ligan pada 3D Display.
10. Menampilkan bentuk permukaan protein dan ligan
11. Tambahkan representasi baru dengan menklik tombol Create Rep pada window
Graphical Representations. Pada text box Selected Atoms, hapus teks dan isi
dengan “protein”, lalu tekan tombol Enter pada keyboard.Ubah Coloring Method
menjadi “Color ID”, lalu pilih angka “12”. Ubah Drawing Method menjadi “Surf”.

MARIA GABRIELA UBA KELANG 3FA2 2

 12. Amati protein dan ligan pada 3D Display.
13. Permukaan protein divisualisasikan dengan warna yang diinginkan . ubah Jenis
permukaan protein Pada Material, pilih“Transparent”.
14. Untuk melihat hasil visualisasi ligan dengan cara Sembunyikan representasi
“NewCartoon” dengan double klik pada list representasi sehingga menjadi
berwarna merah, dan visualisasi bentuk pita akan hilang.
15. Untuk melihat hasil viasualisasi protein dengan cara mencoba beberapa jenis
material untuk menampilkan permukaan protein (“Diffuse”, “Glass”, “Translucent”,
dll.)

Data pengamatan

Data protein 5N9l yang terdapat pada protein data bank

Gambar 1

MARIA GABRIELA UBA KELANG 3FA2 3

Gambar 2

Gambar 3

MARIA GABRIELA UBA KELANG 3FA2 4

Gambar 4

Gambar 5

MARIA GABRIELA UBA KELANG 3FA2 5

 Gambar 6

Memasukan data protein 5N9L yang telah di download sebelumnya

Gambar 7

MARIA GABRIELA UBA KELANG 3FA2 6

Struktur protein 5N9L

Gambar 8

Graphical representation

Gambar 9 Gambar 10
Tampilan graphical representatioon 3D display protein 5N9L berupa pita

MARIA GABRIELA UBA KELANG 3FA2 7

Visualisasi protein

Gambar 11 Gambar 12

Visualisasi ligan

Gambar 13 gambar 14
Dimana ligannya tidak terlihat karena bentuknya yang kecil

MARIA GABRIELA UBA KELANG 3FA2 8

Gambar hasil visualisasi ligan saja

Gambar 15 gambar 16
ligan tidak terlihat karena bentuknya yang kecil

gambar hasil visualisasi protein

Gambar 17 gambar 18
Proteinnya berupa pita

MARIA GABRIELA UBA KELANG 3FA2 9

Pembahasan

Praktikum kali ini mengenai Pengantar Metode Visualisasi menggunakan VMD

dimana pada praktikum ini menggunakan aplikasi mvp. Untuk bisa melakukan praktikum
ini diperlukan adanya protein dan ligan. Protein adalah bagian dari sel dan merupakan
bagian terbesar di dalam tubuh setelah air. Dan ligan merupakan molekul sederhana
yang dalam senyawa kompleks bertindak sebagai donor pasangan elektron (basa
lewis).ligan akan memberikan pasangan elektronnya kepada atom pusat yang
menyediakan orbital kosong.interaksi antar ligan dan atom pusat menghasilkan ikatan
koordinasi.
Proses biologi dalam tubuh organisme selalu melibatkan protein dengan ikatan
yang bersifat ikatan spesifik.salah satu contoh ikatan yang spesifik tersebut adalah ikatan
antara protein dan ligan interaksi protein dengan ligan merupakan sebuah interaksi antar
molekkul yang membentuk makromolekul. Interaksi ini merupakan metode komunikasi
antar sel. Interaksi antara protein dengan ligan terjadi melalui 2 mekanisme. Yaitu,
Pertama, interaksi yang terbentuk karena adanya ikatan nonkovalen dan ikatan lemah.
Kedua, ikatan antar molekul yang berinteraksi sangat dekat,selektif dan spesifik. Interaksi
antara protein dengan ligan dan dikendalikan oleh pengaturan interaksi intermolekul yang
bersifat kompleks. Interaksi tersebut bergantung pada dua interaksi spesifik, yaitu
interaksi pada daerah dinding pocket atau disebut direct docking, dan interaksi yang
terjadi pada daerah yang bukan merupakan binding poket disebut blind docking
(kavraki,2007)
Pada praktikum ini protein yang saya gunakan yaitu 5N9L dan protein ini memiliki
tiga ligan yaitu 8QH, ACT dan GOL namun pada praktikum ini saya hanya menggunakan
ligan 8QH.langkah pertama yang dilakukan yaitu mendonwload protein data mengenai
protein 5N9L pada RCSD PDB.selanjutnya kita membuka aplikasi VMD. VMD ( visual
molecular Dynamics) merupakan aplikasi yang dirancang untuk memvisualisaikan dan
menganalisis sistem biopolymer (protein,asam nukleat,lipid,dan membran). Setelah
membuka aplikasi Vmd ini kita membuka atau memasukan afile protein 5N9L yang telah
didonwload sebelumnya.setelah ituakan muncul kolom dialog, lalu kita merubah
determinetype menjadi automatically selanjutnya klik load. Fungsi dari step ini adalah
untuk muncul gambar struktur gmbar protein di 3D display.selanjutnya kita memunculkan

MARIA GABRIELA UBA KELANG 3FA2 10

kolokm dialog grapic representation, graphical representations ini digunakan untuk
mengubah metode visualisasi senyawa yang ditampilkan di 3D display.selanjutnya
dilakukan visualisasi protein dengan cara merubah selectd atom menjadi selectd protein
lalu enter.selanjutnya pada kolom coloring method dirubah menjadi secondari struktur
dan pada kolom drawing method dirubah menjadi new corton maka pada kotak dialog
VMD display akan muncul gambar protein yang menyerupai kumpulan gelembung-
gelembung.
Selanjutnya dilakukan representasi untuk visualisasi ligan. Visualisasi adalah
suatu metode yang digunakan untuk memperjelas suatu analisis.dengan bantuan
visualisasi, maka deskripsi suatu analisis akan lebih mudah dilakukan karena bisa
langsung merujuk pada bagian -bagian tertentu dari gambar visual suatu object yang
dideskriptifkan tersebut. Klik create rep lalu klik tab selection klik resert
,keyword,resname, pada box value pada tab ini kita mengklik atau memilih ligan yag
sesuai dengan protein kita dimana kode ligan tersebut sudah tertera pada saat
mendonwload protein. Ada tiga ligan yang dimilliki oleh protein 5N9L. yaitu 8QH,ACT
dan GOL. Namun pada percobaan ini saya hanya menggunakan satu ligan yaitu 8QH.
Pada kotak dialog ini saya mengklik 8QH sebnayak dua kali selanjutnya klik apply.
Selanjutnya kembali ke draw style lalu rubah coloring method menjadi element dan pada
drawing method menjadi licoricle.selanjutnya kita dapat mengamati bentuk ligannya.
Namun pada praktikum ini saya tidak dapat melihat bentuk ligannya mungkin karena
bentuk ligan yang terlalu kecil tidak terlihat.
Selanjutnya klik crat rep,lalu coloring method, lalu coloring Id, lalu kita merubah
warna dari protein tersebut pada kolom drawing method dipilih surf, material,dan
transparant. Maka akan diperoleh gambar protein yang elbih transparat dan kita bisa
melihat bentuk ligannya, namun seperti yang trjadi bahwa ligannya tidak terlihat karena
bentuknya yang terlalu kecil sehingga tidak terlihat.

MARIA GABRIELA UBA KELANG 3FA2 11

Kesimpulan
Protein 5N9L ini memiliki tiga ligan yaitu 8QH,A CT dan GOL. Namun pada
praktikum ini ligan yang saya gunakan tidak terlihat pada protein hal ini mungkin saja
terjadi karena bnetuk ligan yang terlalu kecil. Ligan dan juga protein mempunyai sifat
seperti kunci dan gembok dimana ligan mampu mengisi ruang yang kosong pada protein
(reseptor) yang dimana bentuk reseptor tersebut harus sesuai dengan bentuk dari ligan
sehingga ketika keduanya bergabung dapat menghasilkan efek atau interaksiyang baik.

Daftar pustaka
Almatsier,s.2006.prinsip dasar ilmu gizi.jakarta:PT gramedia pustaka utama.
Cotton,F.Albert dan wilkinson, geoffrey.1989.kimia anorganik dasar.jakrta: Ui-press
Saridewi,intan .pengantar metode analisis menggunakan VMD.PDF
https://www.scribd.com

MARIA GABRIELA UBA KELANG 3FA2 12