PENGANTAR METODE VISUALISASI MENGGUNAKAN VMD

LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA MEDISINAL

Disusun Oleh
NAMA : ALFINA ERMA SYAFITRI
NPM : 191FF04001
KELAS : FA 1 MATRIKULASI

Fakultas Farmasi
Universitas Bhakti Kencana
Bandung
A. Judul praktikum
Pengantar Metode Visualisasi Menggunakan Vmd

B. Tujuan praktikum
1. Mahasiswa mampu membedakan protein dan ligan
2. Mahasiwa mampu melakukan visalisai protein dan ligan dengan menggunakan aplikasi
VMD
3. Mahasiswa mampu menampilkan struktur 3D dari ligand an protein.

C. Teori dasar
Visualisasi adalah salah satu metode yang sering digunakan untuk memperjelas suatu
analisis. Dengan bantuan visualisasi, maka deskripsi suatu analisis akan lebih mudah
dilakukan karena bisa langsung merujuk pada bagian-bagian tertentu dari gambar visual
suatu objek yang dideskripsikan tersebut.
VMD (Visual Molecular Dynamics) adalah salah program untuk visualisasi molekul.
Progam ini dapat membaca format standar PDB ataupun output yang dihasilkan oleh bebagai
program Dinamika Molekular seperti Amber, NAMD, Gromacs dan lain-lain.
VMD dapat diakses dari desktop dengan diakses melalui menu start menu Windows
dibawah menu University of Illinois, sehingga akan diperoleh tiga windoWS. Ketiga layar
tersebut adalah layar informasi, layar visualisasi (VMD 1.9 OpenGL Display) dan layar
Utama (VMD Main).
VMD dikembangkan sebagai alat utama untuk melihat dan menganalisis hasil simulasi
dinamika molekul. Hal ini juga mencakup perangkat untuk bekerja dengan data volumetrik,
urutan data, dan objek grafis. Adegan molekul dapat diekspor ke alat render eksternal seperti
POV-Ray, RenderMan, Tachyon, Virtual Reality Modeling Language (VRML), dan banyak
lainnya. Pengguna dapat menjalankan sendiri Tcl dan Python script mereka dalam VMD
karena termasuk Tcl dan Python interpreter. VMD berjalan pada Unix, Apple Mac OS X, dan
Microsoft Windows. VMD tersedia untuk pengguna non-komersial di bawah lisensi
distribusi khusus yang memungkinkan baik penggunaan program dan modifikasi kode.
D. Alat
 Komputer dan kelengkapannya
 Program computer VMD

E. Prosedur kerja
1. Unduh struktur 5IU4 di situs Protein Data Bank (www.pdb.org) dengan kode PDB: 5IU4
2. Buka struktur 5IU4 dengan cara Klik File -> New Molecul, Klik Browse dan pilih file
5IU4.pdb yang telah diunduh.Klik Load.
3. Buka window Graphical Representations dengan cara menklik Graphics ->
Representations... pada Main Window
4. Tampilkan protein: Pada text box Selected Atoms, ubah “all” menjadi “protein”, lalu
tekan tombol Enter pada keyboard. Ubah Coloring Method menjadi “Secondary
Structure”.Ubah Drawing Method menjadi “NewCartoon” untuk memvisualisasikan
protein sebagai pita.
5. Amati protein pada 3D Display
6. Tampilkan ligan:Tambahkan representasi baru: klik tombol Create Rep.
7. Pilih tab Selections dan klik tombol Reset. Pada box Keyword, double klik “resname”,
kemudian pada box Value, double klik “8QH”Klik tombol Apply.
8. Kembali ke tab Draw style, kemudian ubah Coloring Method menjadi “Element” dan
ubah Drawing Method menjadi “Licorice”.
9. Amati ligan pada 3D Display.
10. Menampilkan bentuk permukaan protein dan ligan
11. Tambahkan representasi baru dengan menklik tombol Create Rep pada window
Graphical Representations. Pada text box Selected Atoms, hapus teks dan isi dengan
“protein”, lalu tekan tombol Enter pada keyboard.Ubah Coloring Method menjadi “Color
ID”, lalu pilih angka “12”. Ubah Drawing Method menjadi “Surf”.
12. Amati protein dan ligan pada 3D Display.
13. Permukaan protein divisualisasikan dengan warna yang diinginkan . ubah Jenis
permukaan protein Pada Material, pilih“Transparent”.
 14. Untuk melihat hasil visualisasi ligan dengan cara Sembunyikan representasi
“NewCartoon” dengan double klik pada list representasi sehingga menjadi berwarna
merah, dan visualisasi bentuk pita akan hilang.
15. Untuk melihat hasil viasualisasi protein dengan cara mencoba beberapa jenis material
untuk menampilkan permukaan protein (“Diffuse”, “Glass”, “Translucent”, dll.)

F. Hasil pengamatan

Data Protein 5IU4 Yang Terdapat Pada Protein Data Bank

LIGAN ALAMI RCSB

Struktur Awal Protein

Struktur Protein Sekunder 5iu4

Visualisasi Ligan Alami

Visualisasi Protein Dan Ligan Alami

G. Pembahasan
pada praktikum kali ini yaitu pengantar metode visualisasi menggunakan VMD. dimana
pada praktikum kali ini menggunakan aplikasi mvp. Untuk bisa melakukan praktikum ini
diperlukan adanya protein dan ligan. Protein adalah bagian dari sel dan merupakan bagian
terbesar di dalam tubuh setelah air. Dan ligan merupakan molekul sederhana yang dalam
senyawa kompleks bertindak sebagai donor pasangan elektron (basa lewis).ligan akan
memberikan pasangan elektronnya kepada atom pusat yang menyediakan orbital
kosong.interaksi antar ligan dan atom pusat menghasilkan ikatan koordinasi.
Pada praktikum ini protein yang saya gunakan yaitu 5IU4 dan protein ini memiliki enam
ligan yaitu OLB, OLC, NA, OLA, ZMA, dan CLR. namun pada praktikum ini saya hanya
menggunakan ligan ZMA. Langkah pertama yang dilakukan yaitu mendonwload protein data
mengenai protein 5IU4 pada RCSD PDB.selanjutnya kita membuka aplikasi VMD
VMD ( visual molecular Dynamics) merupakan aplikasi yang dirancang untuk
memvisualisaikan dan menganalisis sistem biopolymer (protein,asam nukleat,lipid,dan
membran). Setelah membuka aplikasi Vmd ini kita membuka atau memasukan afile protein 5IU4
yang telah didonwload sebelumnya.setelah ituakan muncul kolom dialog, lalu kita merubah
determinetype menjadi automatically selanjutnya klik load. Fungsi dari step ini adalah untuk
muncul gambar struktur gmbar protein di 3D display.selanjutnya kita memunculkan kolokm
dialog grapic representation, graphical representations ini digunakan untuk mengubah metode
visualisasi senyawa yang ditampilkan di 3D display.selanjutnya dilakukan visualisasi protein
dengan cara merubah selectd atom menjadi selectd protein lalu enter.selanjutnya pada kolom
coloring method dirubah menjadi secondari struktur dan pada kolom drawing method dirubah
menjadi new corton maka pada kotak dialog VMD display akan muncul gambar protein yang
menyerupai kumpulan gelembung-gelembung.
Program visual ini, memiliki banyak paket visualisasi dan diperkuat dengan
scripting language dengan bahasa TCL dan phyton, tetapi yang utama adalah TCL, untuk
membantu mengeksplorasi tidak hanya struktur tetapi aspek fisik, seperti jari-jari girasi,
solvent accesible surface area (SASA), dll, dan juga aspek energi
seperti energi konformasi (bond, angle, dihedral, torsion), dan energi non-bonding (van der
Waals, electrostatic).
H. Kesimpulan
Protein 5IU4 ini memiliki enam ligan yaitu OLB, OLC, NA, OLA, ZMA, dan CLR.
Ligan dan juga protein mempunyai sifat seperti kunci dan gembok dimana ligan mampu
mengisi ruang yang kosong pada protein (reseptor) yang dimana bentuk reseptor tersebut
harus sesuai dengan bentuk dari ligan sehingga ketika keduanya bergabung dapat
menghasilkan efek atau interaksiyang baik.

I. Daftar pustaka
Boyce, C. B. C., and Milborrow, B. V., Nature, 208, 537 (1965)
Brady, J. E. 1999. Kimia Universitas Asas dan Struktur. Binarupa Aksara. Bandung.
Siswandono dan Soekardjo, B., (2000). Kimia Medisinal. Edisi 2. Surabaya: Airlangga
University Press.