LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA KOMPUTASI

MODUL VIII

“VIRTUAL SCREENING”

HENDRIK SEPTIADI

11161191

3 FA 4

SEKOLAH TINGGI FARMASI BANDUNG

LABORATORIUM KIMIA KOMPUTASI

2019
I. JUDUL : VIRTUAL SCREENING
II. TUJUAN :
 Mampu melakukan persiapan untuk melakukan virtual screening
 Mampu melakukan simulasi virtual screening menggunakan parameter dari
validasi metode
 Mampu melakukan prediksi ADME berbasis WEB.
III. Alat (Software) :
 App PyRx
 Autodock

IV. Prosedur dan Hasil Pengamatan

1. DATASETAKTIF
 Membuat folder baru “virtualscreening” didalamya terdapat datasetaktif,
datasetdecoy, dan protein*pdbqt

 Buka aplikasi PyRx, klik edit > Preference, atur autodock,autogrid, dan
workspace nya, maka akan tampil seperti ini

 Setelah itu klik file > Load Molecule > Protein

 Klik kanan pada protein > Autodock > Make Makromolekul

 Klik File > Lead Molecule > DatasetAktif 1-9 > Insert, kemudian klik kanan pada
datasetaktif 1>Autodock > Make Ligand. Lakukan hal yang sama sampai pada
dataset9 > Klik Start
 Klik vina wizard > autodock > pilih datasetaktif1-9 dan macromolecul (Protein) >
Forward . Atur grid box hingga ligan berada diantara grid box (berada pada
kotak)

 Klik forward setelah grid box diatur > tunggu sampai running datasetaktif selesai.
Apabila telah selesai runing, maka akan tampil tabel dan nilai binding afinty
seperti gambar dibawah ini : catat nilai binding afinity nya dari dataset1-9
2. DATASET DECKOY
 Buka aplikasi PyRx, klik edit > Preference, atur autodock,autogrid, dan
workspace nya, maka akan tampil seperti ini

 Setelah itu klik file > Load Molecule > Protein > Insert
 Klik kanan pada protein > Autodock > Make Macromolekul

 Klik File > Load Molecule > Datasetdeckoy1-9 > Insert

 Klik kanan pada datasetdeckoy1 >Autodock > Make Ligands. Lakukan prosedur
yang sama sampai datasetdeckoy9

 Klik vina wizard > autodock > pilih datasedeckoy1-9 dan macromolecul (Protein)
> Forward . Atur grid box hingga ligan berada diantara grid box (berada pada
kotak)
  Klik forward setelah grid box diatur > tunggu sampai running datasetaktif selesai.
Apabila telah selesai runing, maka akan tampil tabel dan nilai binding afinty
seperti gambar dibawah ini : catat nilai binding afinity nya dari dataset1-9

3. Menyusun nilai Binding Afinity dari hasil running dari data terbesar ke data terkecil,

 buka Notepad > masukan nilai Binding Afinty > save file “HasilVirtual”
 buka Screening explorer >Select > open data notepad “virtual Screening”

 Klik Generate Chart and Metrics, Maka tampil seperti ini

4. Kesimpulan

Dari data pengamatan diatas maka dapat disimpulkan bahwa metode sudah
memenuhi persyaratan validasi yang mana dilihat dari nilai ROC AUC lebih besar (>)
dari 0.5 yaitu 0.691