LAPORAN PRAKTIKUM

KIMIA KOMPUTASI
“HKSA”

NAMA

IMELDA MEGA UTAMI

NPM

11161030

GELOMBANG 2

3FA1

SEKOLAH TINGGI FARMASI BANDUNG

2019
1. TUJUAN
Tujuan Instruksional Umum :
Mahasiswa mampu memanfaatkan pengetahuannya mengenai optimasi geometri dan
prediksi parameter fisikokimia untuk mempersiapkan data – data yang diperlukan untuk
mencari persamaan HKSA.

Tujuan Instruksional Khusus :

a. Mahasiswa mampu mempersiapkan data – data yang diperlukan untuk mencari
persamaan HKSA
b. Mahasiswa mampu melakukan studi statistic awal (regresi linear) sebagai langkah
awal dalam mencari persamaan HKSA
c. Mahasiswa mampu mendesain senyawa turunan baru yang diprediksi memiliki
aktivitas yang lebih baik berdasarkan persamaan HKSA yang ada.

2. PROSEDUR
a. Prosedur HKSA-1
 Cara melakukan regresi pada SPSS
1) Masukkan data-data perhitungan descriptor dan juga nilai aktivitas biologi
pada SPSS
2) Analyze  Regression  Linear
3) Pada kolom
a) Pada Dependent masukkan nilai aktivitas biologi (cth log_IC50)
b) Dan pada Independent masukkan semua descriptor
c) Gunakan metode “backward”
d) Klik OK
4) Lihat pada “Model Summary” untuk mengetahui model hasil regresi linear
5) Pilih model yang melibatkan descriptor paling sedikit dan memenuhi syarat
statistika dalam HKSA

b. Prosedur HKSA-2
 Pemilihan/seleksi descriptor dan data
1) Dilakukan pengurangan jumlah descriptor dengan cara “kombinasi prediktor
secara manual” yg masih memenuhi persyaratan statistika nilai r sekitar 0,88
2) Eliminasi data yg jauh menyimpang untuk menigkatkan nilai r menjadi
minimal 0,9
a) Misalnya, setelah pengecekan ternyata ada nilai r nya <0,9
b) Buat plot antara LogIC50 prediksi (nilainya dihitung menggunakan
persamaan regresi yg melibatkan predictor yang dipilih) dengan LogIC50
ekperimen
c) Cek data mana yg paling jauh menyimpang dari garis linearnya
 d) Hilangkan data tsb supaya nilai r ≥0,9
3) Mendapatkan persamaan regresi untuk menghitung nilai LogIC50 prediksi
adalah dari “nilai koefisien” masing-masing descriptor
4) Buat persamaan logIC50 prediksi

 Validasi persamaan HKSA

1) Nilai “Fhitung” di peroleh dari hasil regresi SPSS (Tabel ANOVA)
2) Nilai “Ftabel” menggunakan rumus =FINV(0,05;df;(n-df-1))
3) Hitung nilai Fhitung/Ftabel dan cek sesuaikan dengan literature (syarat harus
>1)
4) Validasi dilakukan semua dengan cara mencari konstanta * koefisien untuk
table yaitu untuk mencari data no.1 maka no.1 dihilangkan regresikan, untuk
data no.2 maka data no.2 hilangkan, no.1 dimasukkan kembali regresikan,
dan seterusnya
5) Hitung nilai q2 (syarat harus >0,5) dengan rumus q2= 1- ∑(y-y’)2 / ∑(y-
yrata)2

 Desain senyawa baru (turunan)

1) Design dari senyawa induk yang sudah ada dang anti rantai sampingnya atau
dapat menggunakan plot craig atau skema toplis
2) Optimasi senyawa baru tersebut dengan metode Semi Empiric-AM1, caranya :
a) Klik calculation Gaussian calculation set up Job type ke freq+opt
b) Klik metodenya Semi Empiric-AM1
c) Klik link lalu pastikan check point file : default name
d) Klik submit lalu OK
e) File.chk hasil optimasi, analisis sifat fisikokimianya
f) Masukkan nilai-nilai sifat fisikokimia ke dalam persamaan HKSA-III yang
sudah valid
g) Simpulkan nilai IC50 prediksi dari senyawa baru
3. PEMBAHASAN
a. Training Set

b. Persamaan HKSA I
 LogIC50 = -2.989 + 0.13 Ethermal -4.704 HOMO + 8.563 LUMO + 0.003 HF +
0.076 MR - 0.916 Momen Dipole + 0.006 CMA

1 = CMA
2 = MR
3 = LUMO
4 = HOMO
5 = E Thermal
6 = Momen Dipole
7 = HF

c. Kombinasi 3,4,5 dan 6 Deskriptor dan Nilai R

Kombinasi 3 Kombinsi 4 Kombinasi 5 Kombinasi 6

Kombinasi Regresi Kombinasi Regresi Kombinasi Regresi Kombinasi Regresi
123 0 318 1234 0 619 12345 0 627 123456 0 907
124 0 607 1235 0 340 12346 0 901 123457 0 640
125 0 289 1236 0 556 12347 0 640 123467 0 912
126 0 462 1237 0 414 12356 0 571 123567 0 572
127 0 149 1245 0 340 12357 0 471 124567 0 870
234 0 611 1246 0 556 12367 0 567 134567 0 618
235 0 249 1247 0 640 12456 0 870 234567 0 935
236 0 552 1256 0 538 12457 0 640
237 0 332 1257 0 291 12467 0 870
345 0 556 1267 0 468 12567 0 552
346 0 601 1345 0 565 13456 0 399
347 0 554 1346 0 604 13457 0 569
456 0 614 1347 0 565 13467 0 616
457 0 560 1356 0 399 13567 0 408
567 0 316 1357 0 374 14567 0 615
1367 0 402 23456 0 901
1456 0 614 23457 0 627
1457 0 569 23467 0 895
1467 0 606 23567 0 563
1567 0 330 24567 0 870
2345 0 615 34567 0 618
2346 0 891
2347 0 627
2356 0 563
2357 0 346
2367 0 559
2456 0 869
2457 0 626
2467 0 870
2567 0 547
3456 0 614
3457 0 560
3467 0 616
3567 0 384
4567 0 615
1234 0 619
1235 0 340
1236 0 556
1237 0 414
1245 0 340
1246 0 556
1247 0 640
1256 0 538
1257 0 291
1267 0 468
1345 0 565
1346 0 604
1347 0 565
1356 0 399
1357 0 374
1367 0 402
1456 0 614
1457 0 569
1467 0 606
1567 0 330
2345 0 615
2346 0 891
2347 0 627
2356 0 563
 2357 0 346
2367 0 559
2456 0 869
2457 0 626
2467 0 870
2567 0 547
3456 0 614
3457 0 560
3467 0 616
3567 0 384
4567 0 615

Regresi Kombinasi terbaik dari masing - masing Kombinasi

Kombinasi 3 = 456 = 0.614
4 = 2346 = 0.891
5 = 12346 = 0.901
23456 = 0.901
6 = 234567 = 0.935
Dipilih yg kombinasi 5 = 12346 = 0.901

d. Kombinasi Terbaik persamaan HKSA II

Deskriptor

 HOMO
 LUMO
 MR
 Momen Dipole
 CMA

Plot IC50 Eksperimen & IC50 Perhitungan

SEBELUM :

LINIERITAS
y = 0.8134x - 0.1812
2
R² = 0.8113
1.5
1
LogIC50 Prediksi

0.5
0
-00,004 -00,003 -00,002 -00,001 -0.500,000 00,001 00,002 00,003
-1
-1.5
-2
-2.5
-3
LogIC50 Eksperimen
 SETELAH :

LINIERITAS
2 y = 0.7556x - 0.2338
1.5 R² = 0.9241
1
LogIC50 Prediksi
0.5
0
-00,004 -00,003 -00,002 -00,001-0.500,000 00,001 00,002 00,003
-1
-1.5
-2
-2.5
-3
LogIC50 Eksperimen

e. Persamaan HKSA III

Persamaan:
LogIC50= - 2,668 – 5,082 HOMO + 4,267 LUMO + 0,084 MR – 0,937 Momen
Dipol + 0,009 CMA
f. Validasi HKSA
1) Nilai R

2) Nilai Fhitung/Ftabel
F Hitung

Perhitungan:

Nilai q2: 0,776853

g. Senyawa baru
1) Struktur 2D dan Sifat Fisikokimia

2) Struktur 3D
 3) Energi Homo Lumo

4) Momen Dipole
7.7715

5) CMA
186.83

Log IC50 Senyawa Baru

Persamaan :
 Log IC50 = -2,688 – 5,082 HOMO + 4,267 LUMO + 0,084 MR – 0,937 MD
+ 0,009 CMA
 Log IC50 = -2,688 – (5,082 x (-0,34049)) + (4,267 x (-0,04279)) + (0,084 x
(56,54)) – (0,937 x 7,7715) + (0,009 x 186,83) = -1,9913
 Log IC50
-1,9913
 Log IC50 terkecil
-2,8239

KESIMPULAN :
Dapat disimpulkan bahwa dari hasil validasi, nilai R = 0,969 , F hasil =
7,904429909 dan nilai Q2 = 0,0776853. Maka, nilai R,F dan Q2 adalah Valid. Log
IC50 dari senyawa eksperimen adalah -2,8239 dan Log IC50 senyawa baru adalah -
1,9913. Jika Log IC50 senyawa baru (>) dari senyawa eksperimen maka senyawa baru
yang dibuat kurang baik.