MODUL 3

I. Judul : Pengantar Metode Visualisasi Menggunakan VMD

II. Tujuan
1. Mampu menampilkan struktur 3D protein dan DNA secara visual
2. Mampu menampilkan struktur 3D ligan (molekul kecil) yang berikatan
dengan makromolekul dan menganalisis ikatannya
III. Prinsip
Perangkat yang digunakan dalam Perangkat visualisasi struktur ini
menggunakan perangkat komputer dan software (perangkat lunak) yaitu
menggunakan Software Visual Molecular Dynamics (VMD)
IV. Dasar teori
Visual Molecular Dynamics (VMD) atau Dinamik Molekular
Visual adalah adalah model dan program komputer visualisasi
molekul. VMD dikembangkan sebagai alat utama untuk melihat dan
menganalisis hasil simulasi dinamika molekul. Hal ini juga mencakup
perangkat untuk bekerja dengan data volumetrik, urutan data, dan objek
grafis. Adegan molekul dapat diekspor ke alat render eksternal seperti
POV-Ray, RenderMan, Tachyon, Virtual Reality Modeling Language
(VRML), dan banyak lainnya. Pengguna dapat menjalankan sendiri Tcl dan
Python script mereka dalam VMD karena termasuk Tcl dan Python
interpreter. VMD berjalan pada Unix, Apple Mac OS X, dan Microsoft
Windows. VMD tersedia untuk pengguna non-komersial di bawah lisensi
distribusi khusus yang memungkinkan baik penggunaan program dan
modifikasi kode.
Pengertian struktur statis diberikan pada struktur molekul yang
diperoleh dari hasil penentuan struktur dengan metode difraksi sinar-X dan
NMR, atau hasil dari pembuatan sebuah model. Sedangkan struktur
dinamis merujuk pada struktur hasil simulasi dinamika molekul atau monte
carlo. Visualisasi adalah salah satu metode yang sering digunakan untuk

1
 memperjelas suatu analisis. Dengan bantuan visualisasi, maka deskripsi
suatu analisis akan lebih mudah dilakukan karena bisa langsung merujuk
pada bagian-bagian tertentu dari gambar visual suatu objek yang
dideskripsikan tersebut.
Visualisasi adalah salah satu metode yang sering digunakan untuk
memperjelas suatu analisis. Dengan bantuan visualisasi, maka deskripsi
suatu analisis akan lebih mudah dilakukan karena bisa langsung merujuk
pada bagian-bagian tertentu dari gambar visual suatu objek yang
dideskripsikan tersebut.
V. Alat dan Bahan
1. Komputer dan Kelengkapanya
2. Program computer VMD
VI. Prosedur Kerja
A. Komponen utama VMD
Pada percobaan kali ini akan digunakan VMD versi 1.3 atau 1.4 baik
versi windows atau Linux.
Bila program VMD dijalankan akan muncul tiga windows, yaitu
windows utama (Gambar 1), windows openGL (Gambar 2), dan
windows console (Gambar 3).

Gambar 1. Windows utama. Windows utama memiliki komponen-komponen kontrol

untuk visualisasi dan analisis.

2
 Gambar 2. Windows OpenGL. Windows ini berfungsi untuk mevisualkan struktur.

Gambar 3. Windows console. Windows ini dapat digunakan untuk melakukan

pengendalian visualisasi dan berbagai analisis berbasis teks.

B. Visualisasi Protein
1) Buka Windows Graphical Representations dengan cara
mengklik Graphics Representations... pada Main Windows.
2) Tampilkan protein : pada text box selected atoms, ubah “all”
menjadi “protein”, tekan tombol Enter pada keyboard
ubah coloring Method menjadi “Secondary Structure”.
3) Ubah drawing method menjadi “NewCartoon” untuk
memvisualisasikan protein sebagai pita.
4) Amati protein pada 3D Display.
5) Tampilkan ligan dengan cara tambahkan representasi baru
klik tombol Create Rep.

3
6) Pilih tab selection dan klik tombol reset. Pada box keyword,
double klik “resname”, kemudia pada box value, double
klik “73B” klik Apply.
7) Lalu, kembali ke tab Draw style, kemudian ubah Coloring
Method menjadi “Element” dan ubah Drawing Method menjadi
“Licorice”.
8) Amati ligan pada struktur 3D.
9) Langkah selanjutnya, menampilkan bentuk permukaan protein
dan ligan.
10) Tambahkan representasi baru dengan mengklik tombol Create
Rep pada windows Graphical Representations pada text box
selected
11) atom, hapus teks dan isi dengan “protein” lalu tekan tombol
enter pada keyboard ubah Coloring Method menjadi “Color ID”
lalu pilih angka 12 ubah Drawing Method menjadi “surf”.
12) Amati protein dan ligan pada 3D Display.
13) Permukaan protein divisualisasikan dengan warna yang
diinginkan, dengan cara ubah jenis permukaan protein pada
Material pilih “Transparent”.
14) Untuk melihat hasil visualisasi ligan dengan cara sembunyikan
repsentasi “NewCartoon” dengan double klik pada list
representasi sehingga menjadi berwarna merah, dan visualisasi
bentuk pita akan hilang`

4
VII. Hasil Percobaan
1. Struktur Protein di RCSB

Organisme:
Homo
Sapiens, ecoli

Metode
X-RAY
DIFFRACT
ION

Resolusi:
1,948 AO

Gambar 1
2. Ligan Alami di RCSB

2D diagram dan
Ligan Alami interactions

Gambar 2

5
3. Kompleks Struktur Awal Protein di VMD

Gambar 3
4. Struktur Protein Sekunder

Gambar 4

Tampilan
Grapichal
Representation

Gambar 5

3D display
protein ZMA
berupa pita

5. Ligan Alami

Gambar 6

6
6. Surface Protein dan Ligan Alami

Gambar 7

Gambar 8

7
VIII. Pembahasan

Praktikum kali ini mengenai Pengantar Metode Visualisasi

menggunakan VMD dimana pada praktikum ini menggunakan aplikasi
mvp. Untuk bisa melakukan praktikum ini diperlukan adanya protein dan
ligan. Protein adalah bagian dari sel dan merupakan bagian terbesar di
dalam tubuh setelah air. Dan ligan merupakan molekul sederhana yang
dalam senyawa kompleks bertindak sebagai donor pasangan elektron (basa
lewis).ligan akan memberikan pasangan elektronnya kepada atom pusat
yang menyediakan orbital kosong.interaksi antar ligan dan atom pusat
menghasilkan ikatan koordinasi.
Proses biologi dalam tubuh organisme selalu melibatkan protein
dengan ikatan yang bersifat ikatan spesifik.salah satu contoh ikatan yang
spesifik tersebut adalah ikatan antara protein dan ligan interaksi protein
dengan ligan merupakan sebuah interaksi antar molekkul yang membentuk
makromolekul. Interaksi ini merupakan metode komunikasi antar sel.
Interaksi antara protein dengan ligan terjadi melalui 2 mekanisme. Yaitu,
Pertama, interaksi yang terbentuk karena adanya ikatan nonkovalen dan
ikatan lemah. Kedua, ikatan antar molekul yang berinteraksi sangat
dekat,selektif dan spesifik. Interaksi antara protein dengan ligan dan
dikendalikan oleh pengaturan interaksi intermolekul yang bersifat
kompleks. Interaksi tersebut bergantung pada dua interaksi spesifik, yaitu
interaksi pada daerah dinding pocket atau disebut direct docking, dan
interaksi yang terjadi pada daerah yang bukan merupa kan binding
poket disebut blind docking (kavraki,2007)
Pada praktikum kali ini menggunakan makromolekul Parkinson
(A2A) memiliki 24 ligan yaitu 5NM2, 3PWH, 2YDO, 2YDV 3QAK,
3REY, 3RFM, 4UG2, 4UHR, 3EML, 5G53, 5NLX, 5NM4, 5UIG, 5WF6,
5WF5, 6GDG, 6GT3, 5MZJ, 5MZP, 5N2R, 5N2S, 6AQF, 3UZA, 3UZC.
namun, protein ligan yang saya gunakan pada praktikum kali ini hanya

8
ligan 5NM2. VMD (Visual Molecular Dynamics) merupakan aplikasi
yang dirancang untuk memvisualisasikan dan menganalisis system
biopolymer (protein, asam nukleat, lipid dan membrane).

Data yang di peroleh pada 5NM2 berupa:

1. Organisme: Escherichia coli, Homo sapiens

2. Method : X-RAY DIFFRACTION
3. Resolution: 1,948 A

Pada praktikum kali ini juga dilakukan representasi untuk

visualisasi protein dan ligan. Visualisasi adalah suatu metode yang
digunakan untuk memperjelas suatu analisis dengan bantuan visualisasi,
sehingga deskripsi suatu analisis akan lebih mudah dilakukan karena bisa
langsung merujuk pada bagian-bagian tertentu dari gambar visualisasi
suatu object yang dideskriptifkan tersebut.

9
IX. Kesimpulan

1. Protein 5NM2 memiliki 24 ligan yaitu 5NM2, 3PWH, 2YDO, 2YDV

3QAK, 3REY, 3RFM, 4UG2, 4UHR, 3EML, 5G53, 5NLX, 5NM4,
5UIG, 5WF6, 5WF5, 6GDG, 6GT3, 5MZJ, 5MZP, 5N2R, 5N2S, 6AQF,
3UZA, 3UZC.
2. Data yang diperoleh pada 5NM2 berupa organism dengan Escherichia
coli, homo sapiens, metode X-RAY DIFFRACTION dan resolution
1,948 A.

X. Daftar Pustaka
Saridewi,intan.pengantar analisis menggunakan VMD:PDF
Harmita., Harahap, Y., & Hayun. (2008). Buku Ajar Kimia Medisinal.
Depok: Departemen Farmasi FMIPA UI, 53.
Siswandono dan Soekardjo, B, 2000. Kimia Medisinal Edisi 2. Surabaya:
Airlangga University Press.

10