IBT 432 Aplikasi Bioinformatika

Praktek: Homology protein modelling

Universitas – Fakultas - Prodi

Universitas Esa Unggul – Ilmu-Ilmu Kesehatan - Bioteknologi

Semester - Tahun
5 - 2019

Nama mahasiswa – NIM: Nama – kode dosen:

Amanda Felicia G. A. (20170308003) Dr. Riza Arief Putranto, DEA - 7825
Cindy Fransisca (20170308002)
Selvi Erna Pratiwi (20170308012)
Tanggal laporan disubmit: Nilai:
7 Desember 2019
 LATAR BELAKANG

Prediksi struktur protein dapat dilakukan dengan tiga metode, yaitu prediksi ab-initio,
pengenalan lipatan (fold recognition), dan homology modeling. Perbedaan ketiga metode
ini terletak pada tingkat penggunaan informasi database sekuen dan struktur untuk
pembuatan model. Prediksi ab initio tidak menggunakan informasi database. Metode ini
memprediksi struktur protein hanya berdasarkan pada hukum fisika dan kimia. Prediksi
ab initio atau de novo dilakukan untuk memprediksi struktur protein yang tidak memiliki
persamaan struktur dengan Protein Data Bank (PDB). Pengenalan lipatan, sering kali
mengacu pada ”threading”, berkaitan dengan kasus dimana terdapat satu atau lebih
struktur protein yang mirip dengan sekuen target tetapi tidak mudah diidentifikasi.
Tantangan utamanya adalah bagaimana manemukan cetakan terbaik. Tetapi secara umum
sulit untuk membuat model yang akurat. Dengan perkembangan teknologi saat ini, model
yang paling akurat dapat diperoleh dengan cetakan tunggal yang memiliki tingkat
kesamaan sekuen yang tinggi terhadap protein target. Proses pembuatan model dari
cetakan mengacu kepada homology atau comparative modeling.

Homology modeling adalah pembuatan model struktur berdasarkan perbandingan sekuen

homolog antara protein target dengan protein lain yang sudah diketahui struktur tiga
dimensinya (sebagai induk atau cetakan). Dasar dari metode ini adalah kesamaan
pelipatan antara dua protein yang berkembang dari protein yang mempunyai keturunan
yang sama. Pelipatan lebih kekal selama melewati proses evolusi dibandingkan sekuen.
Kualitas model yang dihasilkan bergantung pada persamaan residu antar dua protein.
Untuk menghasilkan model yang baik, maka persamaan sekuen target cetakan harus lebih
besar dari 30%. Protein dengan persamaan residu yang relatif besar dapat menghasilkan
model dengan RMSD < 1 Å.

TUJUAN PRAKTIKUM

1. Mahasiswa memahami runtutan metode automated homology protein modelling

2. Mahasiswa mampu melakukan analisis homology protein modeling
3. Mahasiswa mampu memberikan penilaian terhadap kualitas modelling

METODOLOGI PRAKTIKUM

Lakukan analisis homology modeling untuk kedua residu protein serta lakukan asesmen
untuk keduanya. Asesmen didasarkan pada empat skor yaitu QMEAN, GMQE, Local
Quality Estimate dan Comparison score. Simpan Single Page Project Report untuk
dilampirkan pada laporan ini.

1. Analisis pada praktikum dilakukan pada sekuen berikut:

>blackpink
MVVKAVCVINGDAKGTVFFEQESSGTPVKVSGEVCGLAKGLHGFHVHEFGDNTNGCMSSG
PHFNPYGKEHGAPVDENRHLGDLGNIEATGDCPTKVNITDSKITLFGADSIIGRTVVVHADAD
DLGQGGHELSKSTGNAGARIGCGVIGIAKV

1
 2. Analisis untuk tugas dilakukan pada sekuen berikut:

>maleficent
STAGKVIKCKAAVLWEEKKPFSIEEVEVAPPKAHEVRIKMVATGICRSDDHVVSGTLVTPLP
VIAGHEAAGIVESIGEGVTTVRPGDKVIPLFTPQCGKCRVCKHPEGNFCLKNDLSMPRGTM
QDGTSRFTCRGKPIHHFLGTSTFSQYTVVDEISVAKIDAASPLEKVCLIGCGFSTGYGSAVKV
AKVTQGSTCAVFGLGGVGLSVIMGCKAAGAARIIGVDINKDKFAKAKEVGATECVNPQDY
KKPIQEVLTEMSNGGVDFSFEVIGRLDTMVTALSCCQEAYGVSVIVGVPPDSQNLSMNPML
LLSGRTWKGAIFGGFKSKDSVPKLVADFMAKKFALDPLITHVLPFEKINEGFDLLRSGESIRT
ILTF

HASIL PRAKTIKUM

Hasil yang diperoleh dari analisis homology protein modelling untuk protein blackpink
adalah sebagai berikut:

Parameter Hasil
Nama template LEGHEMOGLOBIN (NITROGEN
MONOXY)
Nama pdb file 1gdl.1.A
GMQE 0.79
Identity 50.67
Metode dan resolusi X-ray, 1.8Å
Oligostate monomer
Potensi ligand 1 x HEM, 1 x NO

Gambar 1. Model protein untuk blackpink

Hasil yang diperoleh dari analisis homology protein modelling untuk protein maleficent
adalah sebagai berikut:

Parameter Hasil
Nama template Alcohol dehydrogenase E chain
Nama pdb file 1ye3.1.A
GMQE 0.99
Identity 100.00%
Metode dan resolusi X-ray, 1.6Å
Oligostate Homo-dimer (matching prediction)
Potensi ligand 4 x ZN

4 x ZINC ION

2
 ZN.1: 4 residues within 4Å:
3 PLIP interactions:
ZN.2: 4 residues within 4Å:
4 PLIP interactions:
ZN.4: 4 residues within 4Å:
3 PLIP interactions:
ZN.5: 4 residues within 4Å:
4 PLIP interactions:

Gambar 2. Model protein untuk maleficent

Lampiran wajib: Single Page Project Report untuk protein maleficent (pdf).