LAPORAN PRKTIKUM RANCANGAN OBAT

PENAMBATAN MOLEKULER (MOLECULAR DOCKING)

Dosen Pengampu : Dwi Koko Pratoko,S.Farm., M.Sc., Apt.

Kelompok 5 :

1. Amalia Hafida (19040003)

2. Aura Ratu Jelita M.C (19040012)
3. Diah Fitri Wahyuni (19040026)
4. Dwi Murni Setyawati (19040033)
5. Fany Maya Putri A. (19040044)

PROGRAM STUDI S1 FARMASI

UNIVERSITAS dr. SOEBANDI JEMBER
YAYASAN PENDIDIKAN JEMBER INTERNATIONAL SCHOOL
TAHUN 2022
 PENAMBATAN MOLEKULER (MOLECULAR DOCKING)

1.1 Tujuan Percobaan

Melakukan penambatan molekul ligan ke protein
1.2 Dasar Teori
Rancangan obat diterapkan dalam upaya untuk mendapatkan obat baru, berdasarkan
penalaran yang rasional dengan semaksimal mungkin mengurangi factor coba-coba. Secara
tidal langsung hal ini akan dapat menghemat waktu, biaya, tenaga dan pikiran. Penalaran
yang rasional mengandung pengertian tidak merasionalkan data yang telah ada, teteapi
cenderung terletak pada hasil pengolahan data. Kesimpulan yang mengandung kekuatan
perkiraan jauh lebih berguna dari pada hanya berupa ringkasan dari sekumpulan pengamatan.
Perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi pada zaman ini dapat membantu
menjawab dan menjelaskan berbagai macam fenomena sains yang terjadi disekitar kita.
Begitupun dibidang farmasi, yang semakin berkembang dalam penemuan dan perancangan
obat baru yang lebih efikasinya dan meminimalisir efek samping yang terjadi. Diarea modern
ini, metode pengembangan obat-obatan sudah mulai masuk keranah ilmu kmputasi, dalam
memahami stuktur biologi molekuler dan penemuan obat berdasarkan strukur. Hal ini disebut
computer aided drug design (desain obat berbantu computer). Salah satu metode yang
digunakan adalah Molecular Docking.

Penambatan molekul (molecular Docking) adalah metode komputasi yang bertujuan

meniru peristiwa interaksi suatu molekul ligan dengan protein yang menjadi targetnya pada
uji inviro. Dalam proses pengembangan obat, untuk memperdiksi komplek struktur ligan
kecil dengan protein, yang disebut docking protein-ligan, secara luasdigunakan dalam
pemilihan virtual database besar dan dalam optimasi terbaik. Berdasarkan struktur protein,
struktur ligan dan fungsi penilaian. Tujuan docking adalah menemukan konfirmasi energi
ligan rendah disitus pengikatan protein yang sesuai dengan minimum penilaian fungsiglobal
(Purnomo,2013)

Docking digunakan untuk mengetahui bagaimana ligan berinteraksi dengan situs tambat
reseptonya sehingga dapat diprediksi aktifitasnya. Ligan biasanya berupa molekul kecil, atau
dapat juga berupa protein. Sedangkan reseptor berupa rangkaian susunan asam amino
protein, atau dapat pula berupa DNA atau RNA yang terdapat dalam sel tubuh. Docking
 adalah metode untuk mempredksi orientasi yang terbaik dari suaru molekul ketika satu sama
lain untuk membentuk kompleks yang stabil. Informasi tentang orientasi ini dapat digunakan
untuk memprediksi kekuatan hubungan atau afinitas antara dua molekul yang digunakan.
1.3 Alat dan Bahan
1) Perangkat kera : Komputer PC
2) System operasi : Windows
3) Perangkat Lunak : Molegro Virtual Docker
4) Data : File PDB
1.4 Cara Kerja
A. Mengimpor file
1. Pilih File Import Molecules 1XKK.pdb
MVD menunjang file dalam format PDB, Mol2, SDF, dan XML-based format,

MVDML.
2. Pilih file ligan yang akan di impor dan klik Open
 3. Akan muncul tampilan seperti ini. Kemudian unceklis untuk bagian water.

4. Klik Import. Protein dan ligan akan muncul pada Visualization Window

B. Memprediksi tempat pengikatan

1. Klik Preparation Detect Cavities
 2. Klik OK , lalu akan muncul tampilan seperti ini.

C. Menjalankan simulasi penambatan molekuler co-crystal ligand

1. Jika ligan yang tersedia berjumlah lebih dari satu, maka ligan aktif dapat
dipilih dengan mengklik kanan ligan pada jendela pertama, kemudian pilih
Set as Active Ligand
2. Pilih menu Docking Docking Wizard. Pilih ligan yang sesuai sebagai
Reference ligand

3. Lalu akan muncul , kemudian klik FMM_91(A)

4. Setelah itu klik NEXT Binding Site kemudian pilih Cavipertama

(Volume yang paling besar)
 6. Akan muncul tampilan seperti berikut

D. Menjalankan simulasi penambatan molekuler ligan uji

1. Menjalankan simulasi penambatan molekuler ligan uji
2. Ubah nama ligan dengan mengklik kanan ligan, lalu pilih Rename Ligand

3. Pilih ligan uji sebagai ligan aktif

 4. Atur posisi ligan uji dengan cara mengklik 3 atom pada ligan uji dan 3 atom pada
co-crystal ligand, lalu klik kanan dan pilih Align To this Molecule
5. Lakukan penambatan molekuler dengan tahapan yang sama dengan simulasi
penambatan molekuler co-crystal ligand

E. Menampilkan ikatan Hidrogen

1. Pilih ligan menjadi ligan aktif
2. Klik View Hydrogen Bond Interaction

3. Untuk mengembalikan tampilan, klik View Reset View

1.5 Data Pengamatan

Penambatan Molekuler menggunakan software Molegro Virtual Docker.
1. Hasil Percobaan Penambatan Molekuler :
Ligand 1XKK dan Doksorubisin sebagai ligand aktif

MolDock
No. Ligand Rerank Score RMSD
Score
1. 1XKK -199.7 -197.705 3.60352
2. Doksorubisin -88.629 -80.214 53.662
2 Hasil Percobaan Interaksi Ikatan Hidrogen :

No. Ligand Gugus Asam Amino

Berikatan dengan gugus N
N-Met 793
1. 1XKK Berikatan dengan gugus O
O-PO4 81
2. Doksorubisin - -

3 Hasil Percobaan Interaksi Ikatan Sterik :

No. Ligand Gugus Asam Amino

1. 1XKK Berikatan dengan gugus F F-Arg 776, Cl-Thr 790
Berikatan dengan gugus C C-Cys 797, C-Gln 791
Berikatan dengan gugus N N-Met 793
Berikatan dengan gugus Cl Cl-Leu 788
Berikatan dengan gugus O O-Asp 800
2. Doksorubisin - -
1.6 Pembahasan
Kimia merupakan cabang ilmu kimia yang menggunakan program computer
untuk menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya. Pemodelan kimia komputasi
dapat membantu para kimiawan untuk mendesain awal proses reaksi sintesis yang
diinginkan, mempelajari dan menjelajahi mekanisme yang terjadi.
Pada praktikum ini dilakukan penambatan moleculer docking dengan
menggunakan aplikasi Molegro (moleecular docking). Merupakan metode komputasi
yang bertujuan meniru peristiwa interaksi suatu molekul ligan dengan protein yang
menjadi targetnya pada uji invitro (Motiejunas & Wade,2006). Untuk memastikan bahwa
orientasiri docking dan untuk melihat ligan dan posisi yang di peroleh dengan
menggunakan program molegro virtual docking maka parameternya harus terlebih dahulu
divalidasi pada stuktur yang digunakan. Dalam praktikum ini menggunakan 1XKK pada
langka awalnya di preparation dan kemudian ditedectiv cavitys dan kemudian ligannya
berikatan pada cavitys berapa. Dalam ini kita dimendapatkan cavity dengan vol=209.92.
setelah itu docking.
Doksorubisin adalah adalah salah satu antibiotic golongan antrasiklin yang sering
digunakan sebagai terapi berbagai jenis kanker contohnya kanker payudara. Pada
 praktikum ini Penambatan Molekuler menggunakan software Molegro Virtual Docker.
Hasil Percobaan Penambatan Molekuler dengan Ligand 1XKK dan Doksorubisin sebagai
ligand aktif. Didapatkan nilai moldock score pada ligan 1XKK yaitu -199.7 untuk nilai
Rernak score yaitu -197.705 dan untuk nilai RMSD sebesar 3.60352. Sedangkan pada
ligan doksorubisin nilai moldock score yaitu -88.629, nilai Rernak score yaitu -80.214
dan untuk nilai RMSD sebesar 53.662. Nilai RMSD yang kecil menunjukkan bahwa
konformasi antara ligan dan protein yang terbentuk stabil, sedangkan nilai RMSD yang
besar (>2) menunjukkan kurang stabilnya kompleksyang terbentuk
Selanjutnya didapatkan hasil percobaan interaksi ikatan Hidrogen, pada ligan 1XKK
didapat 2 ikatan gugus yaitu, Berikatan dengan gugus N dan Berikatan dengan gugus O.
Sedangkan pada Doksurubisin tidak ada gugus yang berikatan. Kemudian Hasil
Percobaan Interaksi Ikatan Sterik didapatkan 5 ikatan pada ligan 1XKK yaitu berikatan
dengan gugus F (F-Arg 776, Cl-Thr 790), berikatan dengan gugus C (C-Cys 797, C-Gln
791) berikatan dengan gugus N (N-Met 793), berikatan dengan gugus Cl (Cl-Leu 788),
berikatan dengan gugus O (O-Asp 800). Sedangkan pada Doksorubisin interkasi ikatan
steriknya tidak ada.
Komputasi dengan docking akan memudahkan prediksi interaksi antar obat dengan
reseptor. Analisis metode docking adalah skoring yaitu proses menghitung kekuatan
ikatan ligan dengan reseptor. Semakin rendah skor yang diperoleh kemungkinan semakin
kompatibel ikatannya antara ligan dengan reseptor (Mathew and Raj, 2009)

1.7 Kesimpulan
Komputasi dengan docking akan memudahkan prediksi interaksi antar obat
dengan reseptor. Analisis metode docking adalah skoring yaitu proses menghitung
kekuatan ikatan ligan dengan reseptor. Semakin rendah skor yang diperoleh
kemungkinan semakin kompatibel ikatannya antara ligan dengan reseptor.
.Nilai RMSD yang kecil menunjukkan bahwa konformasi antara ligan dan protein
yang terbentuk stabil, sedangkan nilai RMSD yang besar (>2) menunjukkan kurang
stabilnya kompleksyang terbentuk
1.8 Lampiran
1. Hasil Percobaan Penambatan Molekuler :
 Ligand 1XKK dan Doksorubisin sebagai ligand aktif
1XKK

Doksorubisin

2. Hasil Percobaan Interaksi Ikatan Hidrogen

1XKK
 Doksorubisin

3. Hasil Percobaan Interaksi Ikatan Sterik :

 DAFTAR PUSTAKA

Motiejunas, D., Wade, R., (2006), Structural, Energetics, and Dynamic Aspect of Ligand-
Receptor Interaction, Comprehensive medicinal chemistry, elsevier, Oxford

Pujiasih, Endah. 2017. Studi Molecular Docking Senyawa Allicin pada BawangPutih (Allium
sativumL.) Sebagai Antihipertensi. Skripsi. Sekolah TinggiFarmasi Muhammadiyah
Tangerang

Purnomo, Hari. 2013. Kimia Komputasi: Uji In Silico Senyawa Antikanker.Yogyakarta: Pustaka
Pelajar

Suryasaputra, Dadan. 2012. Prediksi Toksisitas Senyawa Photosensitizer Menggunakan Toxtree

dan Topkat. Tesis. Universitas Jenderal Ahmad Yani
 TUGAS PRAKTIKUM RANCANGAN OBAT

PENAMBATAN MOLECULER DOCKING

Disusun oleh :

Aura Ratu Jelita M.C (19040012)

19 A Farmasi

Dosen Pengampu :
DWI KOKO PRATOKO,S.Farm., M.Sc., Apt.

PROGRAM STUDI S1 FARMASI

UNIVERSITAS dr. SOEBANDI JEMBER
YAYASAN PENDIDIKAN JEMBER INTERNATIONAL SCHOOL
TAHUN 2021
1. Screenshoot Parameter 4PH9

Screenshoot parameter Aminophylline

 Hasil Percobaan Penambatan Molekuler :
Ligand 4PH9 dan omeprazole sebagai ligand aktif

MolDock
No. Ligand Rerank Score RMSD
Score
1. 4PH9 -93.9207 -78.5728 0.684305
2. Aminophylline -71.3337 -65.9537 -

2. Screenshoot Hydrogen Bonds

Hasil Percobaan Interaksi Ikatan Hidrogen :

No. Ligand Gugus Asam Amino

1. 4PH9 Berikatan dengan gugus O O-Arg 121, O-Tyr 356

2. Aminophylline - -

3. Screenshoot Elektrostatik
 Hasil percobaan Interaksi Elektrosttik

No. Ligand Gugus Asam Amino

1. 4PH9 Berikatan dengan gugus O O-Arg 121

2. Aminophylline - -

4. Screenshoot Ikatan Sterik

Hasil Percobaan Interaksi Ikatan Sterik

No. Ligand Gugus Asam Amino

1. 4PH9 Berikatan dengan gugus O O-Arg 121, O-Tyr 356

2. Aminophylline - -
 LAPORAN PRKTIKUM RANCANGAN OBAT

PENAMBATAN MOLEKULER (MOLECULAR DOCKING)

Dosen Pengampu : Dwi Koko Pratoko,S.Farm., M.Sc., Apt.

Disusun Oleh :

Diah Fitri Wahyuni 19040026

19A

PROGRAM STUDI S1 FARMASI

UNIVERSITAS dr. SOEBANDI JEMBER
YAYASAN PENDIDIKAN JEMBER INTERNATIONAL SCHOOL
TAHUN 2022
1. Screenshoot Parameter 4PH9

Hasil Percobaan Penambatan Molekuler :

Ligand 4PH9 dan obat saluran cerna sebagai ligand aktif

MolDock
No. Ligand Rerank Score RMSD
Score
1. 4PH9 -92.6674 -77.3154 1.59908
2. Ranitidine -125.475 -97.2483 37.6337

Dapat disimpulkan bahwa moldock score yang diperoleh dari negative ligan
ibuprofen yaitu -92.6674 sedangkan ranitidine moldock score yaitu -125.475
sehingga ditinjau dari nilai moldock score/scoring function/energy ranitidine lebih
 besar jika dibandingkan dengan ibu profe. Maka ranitidine memiliki avinitas lebih
tinggi dari pada ibu profen yang artinya ranitidine lebih stabil dan berpotensi
memiliki aktivitas sebagai anti antianalgesik.
2. Screenshoot Hydrogen Bonds

Hasil Percobaan Interaksi Ikatan Hidrogen :

No. Ligand Gugus Asam Amino

1. 4PH9 Berikatan dengan gugus O O-Arg 121, O-Tyr 356

2. Ranitidine - -
3. Screenshoot Elektrostatik

Hasil percobaan Interaksi Elektrostarik

No. Ligand Gugus Asam Amino

1. 4PH9 Berikatan dengan gugus O O-Arg 121

2. Ranitidine - -

4. Screenshoot Ikatan Sterik

 Hasil Percobaan Interaksi Ikatan Sterik

No. Ligand Gugus Asam Amino

1. 4PH9 Berikatan dengan gugus O O-Arg 121, O-Tyr 356

2. Ranitidin - -
 LAPORAN PRKTIKUM RANCANGAN OBAT

PENAMBATAN MOLEKULER (MOLECULAR DOCKING)

Dosen Pengampu : Dwi Koko Pratoko,S.Farm., M.Sc., Apt.

Dwi Murni Setyawati (19040033)

19A

PROGRAM STUDI S1 FARMASI

UNIVERSITAS dr. SOEBANDI JEMBER
YAYASAN PENDIDIKAN JEMBER INTERNATIONAL SCHOOL
 TAHUN 2021

1. Screenshoot Parameter 4PH9 dan Loperamid

 Hasil Percobaan Penambatan Molekuler :
Ligand 4PH9 dan obat saluran cerna sebagai ligand aktif

MolDock
No. Ligand Rerank Score RMSD
Score
1. 4PH9 -94.5826 -77.7973 0.708708
2. Loperamid -94.9052 -78.7219 0.677453

2. Screenshoot Hydrogen Bonds 4PH9 dan Loperamid

 Hasil Percobaan Interaksi Ikatan Hidrogen :

No. Ligand Gugus Asam Amino

1. 4PH9 Berikatan dengan gugus O O-Arg 121, O-Tyr 356

2. Loperamid - -

3. Screenshoot Elektrostatik 4PH9 dan Loperamid

 Hasil percobaan Interaksi Elektrostarik

No. Ligand Gugus Asam Amino

1. 4PH9 Berikatan dengan gugus O O-Arg 121

2. Loperamid - -
4. Screenshoot Ikatan Sterik 4PH9 dan Loperamid

Hasil Percobaan Interaksi Ikatan Sterik

No. Ligand Gugus Asam Amino

1. 4PH9 Berikatan dengan gugus O O-Arg 121, O-Tyr 356

2. Loperamid - -