PREDIKSI AKTIVITAS DANTRON (1,8-Dihidroxyantraquinone) TERHADAP PENGHAMBATAN ENZIM

TYROSINASE DENGAN LIGAN PEMBANDING HYDROQUINONE SECARA INSILICO MENGGUNAKAN

APLIKASI MOLEGRO VIRTUAL DOCKING

Oleh : Nur Aji

Dosen Pengampu Mata Kuliah Bioinformatika : Prof. Dr. Siswandono, M.S., Apt.
Program Doktor Fakultas Farmasi Universitas Pancasila, Jakarta

1. Tentukan enzim target dan ligan pembanding yang akan digunakan. Enzim saya gunakan
adalah tyrosinase, enzim ini berperan dalam pembentukan pigmen melanin dalam kulit.
Ligan pembanding yang digunakan adalah hydroqinon dimana ligan ini sudah diketahui
aktivitas terhadap penghambatan enzim tyrosinase.
2. Enzim dan ligan pembanding dapat didownload pada situs web PDB (Protein Data Bank)
https://www.rcsb.org/ enzim tyrosinase yg digunakan memiliki kode 5I3A dengan format
.PDB file.

3. Kemudian tentukan ligan uji yang akan diprediksi. Senyawa ligan uji yang digunakan kali ini
adalah dantron (1,8-hidroksiantraquinone). Senyawa ligan dapat digambar pada aplikasi
ChemDraw atau download pada www.chemspider.com.
a. Menggambar senyawa ligan uji Dnatron dengan ChemDraw
 b. Download struktur ligan uji Dantron pada www.chemspider.com

4. Buka file PDB yang telah didownload, secara otomatis program molegro akan terbuka.

5. Setelah aplikasi terbuka maka akan muncul kotak dialog seperti yang tertera di bawah.
Kemudian pilih protein/ enzim tyrosinase (5I3A) dan ligan pembanding hidrokinon (HQE)
yang akan digunakan dengan cara beri tanda teklis pada ligan pembanding dan enzim.
Kemudian hapus tanda ceklis pada Cofactor dan Water.
6. Klik preparation dan pilih Always

7. Setelah itu akan tampil seperti gambar dibawah ini :

8. Untuk menentukan interaksi ligan pembanding dengan enzim, maka klik ligan map seperti
pada gambar dibawah ini. Kemudian pilih show interaction, tandai /ceklis hydrogen bond
dan stearic interaction setelah itu kita akan meliaht interaksi antara ligan dengan asam
amino dari enzim. Interaksi ini bisa kita sebut sebagai gugus farmakofor.
9. Agar dapat dilihat lebih jelas interaksi ligan dengan asam amino dari enzim klik hide
residual, maka akan tampak seperti pada gambar di bawah ini :

Dari gambar di atas ligan pembanding hidroquinone memiliki ikatan hidrogen dengan asam
amino : Valin 218, histidin 42, dan aspargin 205. Dan hidroquinon juga memiliki interaksi
stearik dengan asam amino Histidin 208, histidin 60, Histidin 204 dan histidin 42.
10. Tahap selanjutnya yaitu import senyawa ligan yang akan kita uji yaitu dantron (1,8-
dihidroksiquinone) dalam format “.mol” atau “.mol2” yang diperoleh dengan menggambar
manual menggunakan ChemDraw atau dapat didownload pada web ChemSpider.
Pengerjaan dapat dilihat seperti pada gambar di bawah ini :
11. Setelah dipilih file ligan kemudian akan muncul kotak dialog seperti berikut, ceklis ligan yang
akan digunakan.

12. Kemudian pilih preparation lalu ubah Assign All Below menjadi berstatus Always, lalu klik
Import.

13. Untuk melihat secara jelas ligan yang sudah diimport klik kanan ligan “dantron” kemudian
pilih fit to screen.
14. Maka akan terlihat struktur yang akan kita uji yaitu “dantron” seperti gambar di bawah ini :

15. Setelah ligan uji sudah diimport dan gugus farmakofor dari senyawa hidroquinon sudah
diketahui, selanjutnya tentukan cavity dari enzim dan ligan pembanding (hydroquinone).
Cavity merupakan interaksi ruang antara ligan dengan enzim. Pilih pada menu preparation
kemudian pilih detect cavity.

16. Setelah itu akan muncul kotak dialog seperti dibawah ini. Isi max number of cavities dengan
angka 5 atau lebih.

17. Setelah itu akan muncul 5 cavity, pilih cavity yang memiliki interaksi dengan ligan
pembanding. Cavity yang tidak memiliki interaksi dengan ligan pembanding kemudian
dihilangkan dengan cara mengahapus tanda ceklis pada cavity satu persatu.
18. Untuk melihat kecocokan cavity dari ligan pembanding dengan ligan uji. Maka kita lakukan
align/ paduan antara ligan uji dan pembanding (sementara hilangkan dulu tapilan semua
cavity). Disini yang coba saya lakukan adalah mencocokan gugus keto dari ligan uji (Dantron)
dengan gugus hidroksil dari hidroquinone, dengan cara pilih masing-masing tiga titik atom
karbon yang memiliki gugus keto (ligan dantron) dan hidroksil (dari hodroquinone).
a. Dantron b. hodroquinone

19. Klik kanan pada senyawa ligan pembanding (hydroquinone) kemudian pilih Align to this
molecul, seperti yang tertera pada gambar dibawah ini.

20. Setelah itu ligan dantron akan menempel pada ligan hidroquinone, sesuai pada tiga atom
karbon yang sebelumnya sudah ditentukan.
21. Selanjutnya hilangkan tampilan ligan pembanding (hydroquinone) dengan cara menghapus
tanda ceklis pada item ligans. Kemudian munculkan kembali cavity yang sebelumnya
berinteraksi dengan ligan pembanding. Maka kita akan melihat cavity dengan ligan uji yang
tumpang tindih atau berinteraksi, seperti yang terlihat pada gambar di bawah ini.

22. Sebelum melakukan Docking aktifkan ligan uji (Dantron) dengan cara klik kanan kemudian
pilih Set as Active Ligand.

23. Kemudian lanjutkan ke tahap docking pilih menu Docking kemudian pilih Docking Wizard.
24. Selanjutnya akan muncul kotak dialog seperti yang tertera pada gambar dibawah ini. Pilih
ligan uji Dantron dan hilangkan tanda ceklis pada ligan pembanding (hydroquinone). Juga di
isi pada bagian kotak dialog paling bawah yang bertuliskan Reference ligand (for RMSD
calculation) disi dengan ligan uji yang digunakan yaitu dantron. Klik Next sampai muncul
tanda Start.
a. b.

a. b.
25. Setelah itu akan muncul tampilan proses seperti dibawah ini. Tunggu sampai proses
mencapai 100%. Setelah selesai pilih Proses (all), dari data tersebut pilih Dantron dengan
nilai MRSD paling kecil.
Biasanya nilai RMSD digunakan untuk memvalidasi protokol docking. Validasi protokol
docking berarti perlu mempertimbangkan protein kompleks kristalografi dengan ligan di
dalamnya dan melakukan docking pada kompleks yang sama. Maka perlu memeriksa nilai
RMSD. Jika protokol docking dapat menghasilkan pose yang serupa dari ligan pembanding
dengan konfigurasi dari ligan uji yang sama dalam struktur kristal protein kompleks maka itu
berarti docking telah divalidasi. Semakin kecil nilai RMSD maka semakin tinggi keakuratan
docking. Nilai RMSD kurang dari 2 Angstrom maka nilai docking layak untuk
dipertimbangkan. Nilai RMSD lebih tinggi dari 3 Angstom (3,4,5,6, .....) maka hasil doking
kemungkinan tidak bisa diterima.
26. Untuk menapilkan hasil docking pilih menu File kemudian pilih Import Docking Result
(*mvdresuls).....

27. Cari folder MVD Data, Kemudian buka Docking Output lalu Open

28. Pilih Dantron [01] dengan nilai MRSD yang paling kecil yaitu [01]Dantron yang memiliki nilai
RMSD 3,329 Angstrom.
29. Setelah itu [01]Dantron akan tampil dalam workspace poses. Untuk memindahkan
[01]Dantron menjadi ligan maka klik kanan [01]Dantron pada pose kemudian pilih Convert
Pose to Ligan

30. Untuk melihat energi dan interaksi ligan dengan enzim klik kanan [01]Dantron kemudian
pilih Set Active Ligan

31. Kemudian pada toolbar pilih ligan map ubah ligan/pose seperti gambar yang dilingkari
merah menjadi [01]Dantron. Untuk melihat ikatan hidrogen dan Stearic interaction maka
pilih Show Interaction (lingkaran biru).
32. Dari gambar dibawah ini [01]Dantron ternyata memiliki ikatan hidrogen terhadap enzim
pada gugus hidroksil dengan histidin 60, sedangkan gugus keto membentuk Stearic
Interaction dengan asama amino valin 217, valin 218 dan glisin 216. Kemudian untuk
melihat energi interaksi atau energi ikatan hidrogen antara ligan dengan reseptor maka pilih
Show L.E. Inspector kemudian bandingkan dengan ligan pembanding (hydroquinone).

33. Berikut ini adalah perbandingan energi yang terbentuk dari interaksi stearik atau ikatan
hidrogen dari ligan uji ([01]Dantron) dan ligan pembanding (Hidroquinone).

Energy overview: Rerank Score Rerank Score

Descriptors [01]Dantron HQE (Hydroquinone)
Total Energy -44.388 -36.148
External Ligand interactions -70.783 -41.330
Protein - Ligand interactions -70.783 -41.330
Steric (by PLP) -65.892 -33.266
Steric (by LJ12-6) 0,532638889 -4.002
Hydrogen bonds -5.658 -4.062
Internal Ligand interactions 26.394 5.182
Steric (by PLP) 6.768 1.223
Steric (by LJ12-6) 19.626 3.958
34. Untuk melihat perbandingan energi interaksi atau ikatan hidrogen maka digunakan Rerank
Score. Pada tabel diatas nilai total energi paling rendah adalah [01]Dantron yaitu -44,388
dibandingkan dengan Hidroquinone yaitu -36,148.
35. Kesimpulannya Dantron diprediksi memiliki aktivitas penghambatan terhadap tyrosinase
dalam proses pigmentasi karena memiliki ikatan atau interaksi yang stabil terhadap
Tyrosinase dibandingkan dengan Hidroquinone. Senyawa dantron merupakan senyawa
marker dari akar kelembak (Rheum officinale L.).