4. Nested PCR
Nested PCR merupakan modifikasi dari teknik PCR untuk meningkatkan
spesifisitas untuk memperoleh produk yang spesifik.
Modifikasi dilakukan dalam penggunaan primer saat reaksi. Pada teknik
konvensional hanya digunakan 1 pasang primer, namun pada nested
PCR menggunakan 2 pasang primer berbeda (A dan B) serta melibatkan 2
tahap reaksi amplifikasi.
Reaksi pertama, sepasang primer pertama (A) akan mengamplifikasi DNA
template diluar dari fragmen target dalam jumlah yang besar.
Produk amplifikasi reaksi pertama digunakan sebagai template baru pada
reaksi kedua yang diamplifikasi oleh sepasang primer kedua (B) pada bagian
spesifik pada DNA target.
Penggunaan 2 pasang primer oligonukleotida dapat meningkatkan siklus dan
sensitifitas reaksi PCR, serta efisien untuk mengamplifikasi DNA target dari
template DNA yang panjang.
5. Multiplex PCR
Multiplex PCR digunakan untuk mengamplifikasi banyak target fragmen DNA
dalam satu kali reaksi PCR.
Kuncinya adalah penggunaan primer dalam jumlah banyak yang telah
dioptimasi berdasarkan suhu terbaik dari masing-masing primer.
Metode ini biasanya diaplikasikan dalam banyak studi genotiping, mutasi, dan
analisis polimorfisme, analisis STR (Short Tandem Repeat) mikrosatelit,
deteksi patogen dan GMO (Genetically Modified Organisms). Di laboratorium
dapat digunakan sebagai dasar membedakan terhadap jenis-jenis bakteri
penyebab penyakit yang sama.
Sumber :
Green, M.R. dan Sambrook, J. 2019. Nested Polymerase Chain Reaction (PCR). Cold
Spring Harbour Protocol 2019(2); pdb.prot095182. DOI: 10.1101/pdb/prot095182.
Madigan, M.T., Martinko, J.M., Bender, K.S., Buckley, D.H and Stahl, D.A. 2015.
Brock Biology of Microorganism 14 th edition. Pearson Education, US.
Solanki, G. 2012. Polymerase Chain Reaction. International Journal of
Pharmacological research, Vol 2 (3). DOI: 10.7439/ijpr.v2i3.514.