NAMA : HABIBA ROSITA

NIM : G70119129
KELAS :C
SUMMARY PCR
(Jenis-jenis PCR, komponen tiap metode dan mekanisme kerjanya)

A. Definisi PCR
PCR (Polymerase Chain Reaction) adalah suatu metode pemeriksaan yang prinsip kerjanya
memperbanyak (amplification) DNA invitro secara enzimatis. Tehnik PCR telah
dikembangkan untuk diagnosis berbagai penyakit infeksi, seperti Hepatitis, HIV, Human
Papillomavirus, dan untuk mendeteksi M. Tuberculosis

PCR merupakan singkatan dari Polymerase Chain Reaction, sebuah teknik biologi
molekuler untuk memperbanyak salinan suatu daerah rantai DNA yang spesifik. Biasanya
DNA ini merupakan yang ingin diteliti atau diketahui oleh pelaku eksperimen. Contohnya
seperti peneliti ingin mengetahui fungsi dari sebuah gen, atau seorang peneliti forensik
ingin menggunakan penanda genetik untuk mencocokkan dengan DNA target pelaku
criminal

B. Mekanisme kerja
Mekanisme PCR adalah memperbanyak DNA didalam tubuh yang dikenal dengan sebutan
replikasi DNA. Karena setiap sel di tubuh manusia harus terus diperbaharui dan terus
tumbuh dan berkembang sesuai pertambahan usia. Maka dari itu, DNA di dalam tubuh juga
harus ikut diperbanyak karena setiap sel tubuh kita membutuhkan unit DNA. Seperti dalam
proses replikasi DNA pada organisme hidup, teknik PCR juga membutuhkan sebuah
Enzim DNA polymerase yang bertugas untuk membuat kopian strand DNA baru dengan
menggunakan stand DNA yang sudah ada sebagai template. DNA polimerase yang
biasanya digunakan pada teknik proses PCR disebut dengan Taq polymerase, yaitu enzim
DNA polimerase stabil yang berhasil diisolasi dari bakteri termofilik ekstrem Thermus
aquaticus yang hidup pada dinding geyser vulkanik. Sifatnya yang thermostabil membuat
Taq polymerase ideal untuk digunakan pada tahap pemisahan (denaturasi) template DNA.
 Selain Taq polymerase, adanya Primer juga dibutuhkan, sekuen nukleotida pendek yang
dapat menginisiasi starting point dari sintesis DNA. Dalam reaksi berantai (Polimerase
Chain Reaction) PCR, pelaku eksperimen sudah menentukan sebelumnya daerah DNA
mana yang akan dikopi dan diamplifikasi dengan memilih urutan primer mana yang akan
digunakan. Primer PCR berupa single stranded DNA dan panjangnya berukuran sekitar 20
nukleotida. Pada prinsip kerja PCR, digunakan sebanyak 2 primer yang didesain mengapit
daerah DNA yang ingin diperbanyak. Setelah primer berikatan dengan DNA templat, untai
tunggal DNA akan diperpanjang oleh enzim DNA polimerase dan daerah yang diapit akan
terkopi. Kunci dalam pelaksanaan reaksi PCR membutuhkan Taq Polymerase, Primer,
DNA templat dan nukleotida (blok pembangun DNA). Keseluruhan bahan digabung dalam
sebuah tube, bersama kofaktor yang dibutuhkan oleh enzim, dan melewati siklus
pemanasan dan pendingan berulang yang memungkinkan terjadinya amplifikasi DNA.
Langkah kerja PCR melewati 3 tahap berikut:
1. Denaturation / denaturasi (96°C): Pada proses denaturasi, panas mempengaruhi strand
DNA akan terpisah menjadi DNA beruntai tunggal (single-stranded).
2. Annealing / penempelan (55-65°C): Pada tahap penempelan ini, suhu annealing primer
akan menempel dan berikatan pada daerah komplementer pada sekuen single-stranded
DNA.
3. Extension / elongasi (72°C): Pada suhu ini Taq polymerase melakukan pemanjangan
membentuk strand DNA baru.

C. Komponen tipe metode

1. DNA sampel : DNA sampel yang akan digandakan.
2. Primers : Awal mula proses PCR (amplifikasi)
3. Nukleotida : Basa-basa nitrogen dengan pasangannya masing-masing. Untuk dibuat
cetakan baru.
4. Taq polymerase : Enzim yang digunakan untuk proses amplifikasi pada PCR
5. Mix buffer : Contoh dari mix buffer salah satunya adalah aquadest.
6. PCR tube : Dikerjakan dalam mesin.

D. Jenis-jenis PCR
1. Multiplex PCR
Multiplex PCR menggunakan beberapa pasang primer yang spesifik untuk target yang
berbeda pada suatu amplifikasi DNA yang sama. Koamplifikasi ini mempunyai
beberapa tujuan, yaitu dapat mendeteksi adanya kelainan pada sekwens DNA yang
panjang, dapat menguji segmen dari target genom yang tidak terkait, sebagai kontrol
internal, dan untuk uji multi patogen dari spesimen tunggal, dengan biaya lebih murah.
Sebagai contoh dari multiplex PCR adalah deteksi gen yang spesifik terhadap toksin
Staphylococcus aureus dan Clostridium difficile dan koamplifikasi kontrol internal
secara kompetitif.
2. RFLPPCR (Restriction Fragment Length Polymorphism)
Restriction fragment length polymorphism merupakan jenis PCR yang mendeteksi
mutasi yang terdapat pada genom DNA. Teknik ini mampu mengamplifikasi DNA
termasuk urutan yang termutasi dengan menggunakan apitan primer dan diikuti enzim
restriksi terhadap produk PCR.
3. Long Distance PCR
Long distance PCR merupakan jenis PCR yang berguna untuk mengamplifikasi dan
mendeteksi produk PCR dengan ukuran 50 kb atau lebih.
4. AP-PCR Genom (Arbitrarily Primed-PCR)
AP-PCR Genom (Arbitrarily Primed-PCR) merupakan jenis PCR yang dapat
digunakan untuk mendeteksi polimorfisme sehubungan dengan pemetaan gen,
filogenetik dan populasi biologi.
5. Detekri Target RNA
Deteksi Target RNA merupakan PCR yang digunakan untuk mendeteksi ekspresi gen
yang berbeda dan dapat langsung diklon dengan mengisolasi produk amplifikasi.
Template RNA dapat dideteksi dengan PCR jika ekstrak RNA terlebih dahulu diubah
menjadi c-DNA dengan menggunakan enzim reverse transcriptase.
6. RT-PCR (Reverse TranscriptionPCR/Transkripsi balik)
RT-PCR (reverse transcriptionPCR/transkripsi balik) berguna untuk mendeteksi dan
mengamplifikasi RNA
7. QC-PCR (Quantitative Comparative-PCR)
 QC-PCR (quantitative comparative-PCR), menggunakan tambahan eksogen internal.
Tambahan tersebut terdiri dari fragmen DNA yang pada ke-2 sisinya terdapat urutan
DNA target dan urutan primer spesifik.
8. Nested amplification
Nested amplification. Salah satu modifikasi PCR yang popular adalah PCR yang
menggunakan nested sets primer dan dikenal sebagai nested amplification. Dalam
suatu protokol nested amplification, pada putaran pertama amplifikasi digunakan
sepasang primer dan amplifikasi dilakukan sebanyak 15-30 siklus.