https://genecraftlabs.

com/id/prinsip-kerja-pcr-serta-penjelasannya/

PCR merupakan singkatan dari Polymerase Chain Reaction, sebuah teknik biologi molekuler
untuk memperbanyak salinan suatu daerah rantai DNA yang spesifik. Biasanya DNA ini
merupakan yang ingin diteliti atau diketahui oleh pelaku eksperimen. Contohnya seperti peneliti
ingin mengetahui fungsi dari sebuah gen, atau seorang peneliti forensik ingin menggunakan
penanda genetik untuk mencocokkan dengan DNA target pelaku kriminal. Goal dari proses PCR
ini adalah untuk mencukupkan DNA target tertentu agar dapat dilihat dan dianalisis oleh peneliti.
Karena seperti yang kita tahu, DNA merupakan nukleotida yang berukuran sangat kecil dan tidak
dapat dilihat oleh kasat mata. Untuk mengetahui bagaimana Prinsip Kerja PCR, simak lebih
lanjut di bawah ini.

Nah, bagaimana Prinsip kerjanya?

Apakah kamu tahu bahwa prinsip kerja Polymerase Chain Reaction PCR mencontoh bagaimana
DNA di dalam tubuh manusia dapat diperbanyak? Ternyata DNA di dalam tubuh kita juga
diperbanyak, lho, fenomena ini dikenal dengan sebutan replikasi DNA. karena setiap sel di tubuh
manusia harus terus diperbaharui dan terus tumbuh dan berkembang sesuai pertambahan usia.
Maka dari itu, DNA di dalam tubuh juga harus ikut diperbanyak karena setiap sel tubuh kita
membutuhkan unit DNA.

Seperti dalam proses replikasi DNA pada organisme hidup, teknik PCR juga membutuhkan
sebuah Enzim DNA polymerase yang bertugas untuk membuat kopian strand DNA baru dengan
menggunakan stand DNA yang sudah ada sebagai template. DNA polimerase yang biasanya
digunakan pada teknik proses PCR disebut dengan Taq polymerase, yaitu enzim DNA
polimerase stabil yang berhasil diisolasi dari bakteri termofilik ekstrem Thermus aquaticus yang
hidup pada dinding geyser vulkanik. Sifatnya yang thermostabil membuat Taq polymerase ideal
untuk digunakan pada tahap pemisahan (denaturasi) template DNA.

Baca Juga : Fungsi Aplikasi PCR Selain Diagnosa Penyakit

Selain Taq polymerase, adanya Primer juga dibutuhkan, sekuen nukleotida pendek yang dapat
menginisiasi starting point dari sintesis DNA. Dalam reaksi berantai (Polimerase Chain
Reaction) PCR, pelaku eksperimen sudah menentukan sebelumnya daerah DNA mana yang akan
dikopi dan diamplifikasi dengan memilih urutan primer mana yang akan digunakan. Primer PCR
berupa single stranded DNA dan panjangnya berukuran sekitar 20 nukleotida. Pada prinsip kerja
PCR, digunakan sebanyak 2 primer yang didesain mengapit daerah DNA yang ingin
diperbanyak.
Setelah primer berikatan dengan DNA templat, untai tunggal DNA akan diperpanjang oleh
enzim DNA polimerase dan daerah yang diapit akan terkopi.

Cara Kerja PCR

Kunci dalam pelaksanaan reaksi PCR membutuhkan Taq Polymerase, Primer, DNA templat dan
nukleotida (blok pembangun DNA). Keseluruhan bahan digabung dalam sebuah tube, bersama
kofaktor yang dibutuhkan oleh enzim, dan melewati siklus pemanasan dan pendingan berulang
yang memungkinkan terjadinya amplifikasi DNA.

Langkah kerja PCR melewati 3 tahap berikut:

 1. Denaturation / denaturasi (96°C): Pada proses denaturasi, panas mempengaruhi strand
DNA akan terpisah menjadi DNA beruntai tunggal (single-stranded).
2. Annealing / penempelan (55-65°C): Pada tahap penempelan ini, suhu annealing primer
akan menempel dan berikatan pada daerah komplementer pada sekuen single-stranded
DNA.
3. Extension / elongasi (72°C): Pada suhu ini Taq polymerase melakukan pemanjangan
membentuk strand DNA baru.

Siklus ini berulang 25-35 kali dalam reaksi PCR, dimana membutuhkan waktu sekitar 2-4 jam
bergantung pada Panjang DNA yang ingin dikopi. Jika reaksinya efisien, wilayah target dapat
berubah dari hanya satu atau beberapa salinan menjadi milyaran. Karena ada banyak salinan atau
untai ganda primer dan banyak molekul Taq polymerase yang mengambang di sekitar reaksi,
sehingga jumlah molekul DNA kira-kira bisa berlipat ganda dalam setiap putaran siklus. Pola
pertumbuhan eksponensial ini ditunjukkan pada gambar di bawah ini.
Hasil dari reaksi PCR dapat divisualisasi menggunakan Gel Electrophoresis. Prinsip dari gel
electrophoresis yaitu pemanfaatan kutub positif dan negatif elektroda untuk menarik fragmen
DNA didalam matriks gel berarus listrik sehingga fragmen DNA terpisah berdasarkan
ukurannya. Sebagai standar digunakan DNA ladder untuk mengukur ukuran suatu fragment
DNA hasil PCR. Fragmen DNA dengan panjang yang sama membentuk ‘pita’ pada gel, yang
dapat dilihat dengan mat ajika gel diwarnai dengan pewarna pengikat DNA. Sebagai contoh,
reaksi PCR yang menghasilkan fragmen 400 base pair (bp) terlihat seperti pada gel.

Polymerase Chain Reaction PCR berkerja dengan visualisasi menggunakan gel elektroforesis
menggunakan mesin PCR konvensional. Dengan teknik ini, hasil PCR hanya dapat dilihat
diakhir setelah proses selesai menggunakan gel elektroforesis (kualitatif) dan tidak dapat
dikuantifikasi. Dengan perkembangan teknologi, kini hasil PCR dapat dilihat secara langsung
dan dapat terkuantifikasi menggunakan mesin Real-time PCR. Real-time PCR disebut juga
dengan quantitative PCR (qPCR) karena hasil PCR dapat analisis secara kuantitatif.

Bagaimana prinsip kerja Real-time PCR?

Prinsip kerja real-time PCR (qPCR) sama dengan PCR konvensional. Namun untuk melihat
proses amplifikasi secara nyata ‘real-time’, perlu penambahan probe fluorescence (penanda)
pada target sampel PCR sehingga cahaya fluorescence dapat tertangkap oleh detektor yang
terdapat pada mesin real-time PCR. Oleh karena itu, jika jumlah salinan gen meningkat selama
reaksi, fluoresensi juga akan meningkat yang mana menunjukkan kemajuan pada reaksi PCR.
Hasil reaksi PCR menggunakan mesin real-time PCR, dilihat berupa kurva eksponensial pada
software komputer dimana kurva Y menunjukkan jumlah cahaya fluorescence yang tertangkap,
sedangkan kurva X menunjukkan jumlah siklus PCR yang berlangsung.

Bagaimana untuk sampel RNA?

RNA adalah materi genetik nukleotida beruntai tunggal (single-stranded RNA), sehingga untuk
dapat memenuhi proses 1 denaturasi di mesin PCR, RNA perlu dikondisikan menjadi RNA
beruntai ganda yang disebut complementary DNA (cDNA). Proses pembuatan cDNA dari RNA
memerlukan sebuah enzim yang bernama Reverse Transcriptase. Dalam pengerjaannya enzim
Reverse Transcriptase ditambahkan kedalam tube bersama bahan PCR lainnya. Proses
pengerjaan PCR yang menggunakan sampel RNA ini disebut juga dengan Reverse
Transcription PCR (RT-PCR). Namun saat ini jarang sekali peneliti melakukan pengerjaan
sampel RNA menggunakan mesin PCR konvensional. Umumnya peneliti RNA menggunakan
mesin real-time PCR untuk mengamplifikasi sampel RNA, karena waktu yang dibutuhkan lebih
singkat karena proses reverse transcription dan amplifikasi dapat dilaksanakan dalam satu
rangkaian sekaligus. Selain itu penggunaan mesin real-time memungkinkan hasil amplifikasi
terlihat secara langsung dan dapat terkuantifikasi. Proses amplifikasi RNA menggunakan mesin
real-time PCR disebut juga dengan RT-qPCR.
Genecraft Labs sebagai salah satu distributor alat laboratorium, bioteknologi terbesar dan
terpercaya di Indonesia memiliki beberapa pilihan instrumen mesin PCR yang dapat memenuhi
kebutuhan penelitian anda, antara lain:

Mesin PCR konvensional:

 SENSOQUEST Labcycler 48 – Gradient Thermocycler (PCR)

 SENSOQUEST Labcycler Thermocycler

Mesin Real-time PCR:

 QIAGEN Rotor-Gene Q
 QIAGEN QIAquant 96