RT-PCR

KELOMPOK 5 :
Angelia E. Andries [18101102011]
Debora B.N. Panelewen [18101102025]
Christiana A.N. Corneles [18101102036]
 TOPIK
BAHASAN
 Pengertian PCR dan komponen PCR
01
Menjelaskan pengertian PCR dan komponen PCR

Proses PCR
02 Menjelaskan proses PCR

Jenis-jenis PCR
03 Menjelaskan jenis-jenis PCR
 Real time
04 Menjelaskan Real time

Perbedaan proses PCR konvensional dan qPCR

05 Menjelaskan perbedaan proses PCR konvensional dan
qPCR.

Aplikasi dan penggunaan qPCR

06 Menjelaskan tentang aplikasi dan penggunaan qPCR
 Perbandingan prosedur antara PCR
07 konvensional dan PCR real time atau rt-pcr

Menjelaskan tentang perbandingan prosedur antara PCR

konvensional real time atau rt-PCR
 -PENGERTIAN PCR-

PCR (Polymerase Chain Reaction) atau reaksi berantai polymerase adalah

metode enzimatis untuk melipatgandakan (amplification) secara
eksponensial atau suatu sekuen nukleotida tertentu secara in vitro.
Teknologi ini dikenal dengan tingkat sensitifitas yang cukup tinggi karena
hanya membutuhkan secuplik sampel DNA saja untuk mendapatkan
jutaan kopi DNA baru.
 -KOMPONEN PCR-
Sepasang primer

dNTPs (Deoxynucleotide triphosphates)

Suatu oligonukleotida pendek dengan urutan nukleotida yang

komplementer dengan urutan nukleotida DNA templat

Magnesium klorida (MgCl2)

Buffer PCR

Enzim polimerasi DNA

 -PROSES PCR-
01 03
Pra-denaturasi DNA templat 02 Penempelan primer pada templat
Denaturasi DNA templat (annealing)

04 05
Pemanjangan primer (extension) Pemantapan (post-extension)

Tahap 2 sampai tahap 4 merupakan tahapan berulang (siklus), dimana pada

setiap siklus terjadi duplikasi jumlah DNA.
 JENIS – JENIS PCR

01 02 03
Inverse-PCR
Restriction Fragment Length Nested-PCR
Polymorphism (RFLP)

04 05 06
Quantitative-PCR Reverse Transcriptase (RT- Random Amplified
PCR) Polymorphic DNA
(RAPD)
 —Real Time

Real time PCR atau quantitative real time PCR (qPCR) merupakan salah satu metode PCR yang
kini sudah banyak diaplikasikan dalam biologi molekuler. Pada metode qPCR PCR real time,
jumlah DNA yang diamplifikasi dapat dideteksi dan diukur di setiap siklus proses PCR.
05 Perbedaan proses PCR konvensional dan
qPCR
 Perbedaan proses PCR konvensional dan qPCR

Konsep PCR pada qPCR berdasar pada kemampuan DNA polymerase untuk mensintesis
DNA dari template yang tersedia. Yang membedakan adalah bagaimana data hasil
amplifikasi dapat dianalisis oleh peneliti. Sebagai contoh, pada PCR konvensional setelah
proses termal (denaturasi, annealing/penempelan, dan elongasi) selesai, biasanya produk
PCR akan diproses lebih lanjut menggunakan gel elektroforesis dan kemudian akan muncul
band produk yang dapat dibandingkan dengan band kontrol atau standar.
 qPCR, peneliti dapat mengobservasi proses akumulasi produk PCR bersamaan dengan
terjadinya proses amplifikasi sehingga ketika alat selesai bekerja, data hasil amplifikasi
dapat langsung dianalisis. Hal ini tentunya mempersingkat waktu eksperimen dan
mengurangi kemungkinan terjadinya kontaminasi karena meniadakan proses gel
elektroforesis. Fluoresens yang terdapat pada reagent PCR juga memungkinkan keseluruhan
proses amplifikasi terbaca, berbeda dengan jenis endpoint PCR dimana hanya hasil akhir
amplifikasi saja yang dapat diketahui.
Aplikasi dan Penggunaan qPCR
2 Jenis qPCR yang sering digunakan dalam penelitian biologi molekuluer
yaitu :

1. Absolut, Kuantifikasi absolut mengacu pada jenis analisis dimana peneliti

ingin mengetahui kuantitas atau banyaknya gen yang diteliti dalam sampel.
Contoh mencari tahu berapa copy number gen parasit yang terdapat di
sampel. Untuk mendapatkan jumlah absolut yakni membuat kurva standar
menggunakan sampel yang sudah diketahui jumlahnya terlebih dahulu lalu
kurva standar ini akan digunakan sebagai acuan untuk menghitung jumlah
gen dalam sampel.
2. Kuantifikasi relative, digunakan untuk menganalisis perbedaan fold pada
ekspresi gen tertentu antara kelompok perlakuan yang berbeda. Misalnya
mengetahui apakah ada perbedaan ekspresi gen yang berperan dalam
sintesis lemak pada kelompok yang rajin sarapan dan yang tidak pernah
sarapan. Jenis qPCR ini membutuhkan kontrol endogen atau
reference/housekeeping gene. Analisis data pada kuantifikasi relatif akan
bergantung dari CT value yang dihasilkan oleh reference gene dan gen
target.
Referensi : https://ptgenetika.com/real-time-pcr/
07
Perbandingan prosedur antara PCR
konvensional dan PCR real time atau rt-
pcr
 DAFTAR PUSTAKA
● Budiarto, B. R. 2015. POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) : PERKEMBANGAN DAN PERANNYA
DALAM DIAGNOSTIK KESEHATAN. BioTrends. 6 (2) : 29-38. [Diakses pada 25 Mei 2021)
● Dyah Ayu Hewajuli dan Dharmayanti NLPI. 2014. Perkembangan Teknologi Reverse. [Diakses pada 25 Mei
2021]
● Handoyo, D., dan Rudiretna, A. 2001. PRINSIP UMUM DAN PELAKSANAAN POLYMERASE CHAIN
REACTION (PCR) [General Principles and Implementation of Polymerase Chain Reaction]. Unitas. 9 (1) : 17-
29. [Diakses pada 25 Mei 2021].
● Tamam, Mh. B. 2020. Pengertian dan Prinsip Kerja Polymerase Chain Reaction (PCR). [Diakses pada 25 Mei
2021]
● Transcriptase-Polymerase Chain Reaction dalam Mengidentifikasi Genom Avian Influenza dan Newcastle
Diseases. Wartazoa Vol. 24 (1) hal 16-29. [Diakses pada 25 Mei 2021]
● https://generasibiologi.com/2010/06/polymerase-chain-reaction.html [Diakses pada 25 Mei 2021]
● https://ptgenetika.com/real-time-pcr/ [Diakses pada 25 Mei 2021]
TERIMA KASIH