BIOTEKNOLOGI

PENGGUNAAN MESIN
POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)

Present By :
Meli Marlina : (2310246871)
Delma Saputri : (2310246870)
 PENDAHULUAN

LATAR BELAKANG RUMUSAN MASALAH

TUJUAN. MANFAAT

Next
 PEMBAHASAN
DEFINISI
KOMPONEN PCR
TAHAPAN PCR
ALAT DAN BAHAN DALAM PCR

MANFAAT TEKNIK PCR

APLIKASI TEKNIK PCR

PROSEDUR ANALISIS PCR

Menu Next
PENUTUP

KESIMPULAN

SARAN

Next
LATAR BELAKANG

suatu metode in vitro untuk

menghasilkan sejumlah fragmen
DNA spesifik dengan panjang dan
jumlah skuens yang telah

PCR ditentukan dari jumlah kecil

template kompleks

Menu
 RUMUSAN MASALAH

1. Apa yang dimaksud dengan Polymerase

Chain Reaction (PCR)?
2. Apakah komponen-komponen yang
dibutuhkan dalam proses Polymerase
Chain Reaction (PCR)?
3. Apa saja tahapan-tahapan Polymerase
Chain Reaction (PCR)?
4. Alat dan bahan apa saja yang dibutuhkan
dalam Polymerase Chain Reaction
(PCR)?
5. Bagaimana aplikasi dari teknik
Polymerase Chain Reaction (PCR)?
6. Apa saja manfaat dari Polymerase Chain
Reaction (PCR)?
7. Bagaimana prosedur analisis Polymerase
Chain Reaction (PCR)?

Menu
TUJUAN
1) mengetahui apa yang dimaksud dengan Polymerase Chain Reaction
(PCR).
2) mengetahui apa saja komponen-komponen Polymerase Chain Reaction
(PCR).
3) mengetahui tahapan-tahapan Polymerase Chain Reaction (PCR).
4) mengetahui alat dan bahan apa saja yang dibutuhkan dalam Polymerase
Chain Reaction (PCR).
5) mengetahui aplikasi dari teknik dari Polymerase Chain Reaction (PCR).
6) mengetahui manfaat dari Polymerase Chain Reaction (PCR).
7) mengetahui prosedur analisi dari Polymerase Chain Reaction (PCR).

Menu
MANFAAT
Diperoleh pengetahuan tentang proses
Polymerase Chain Reaction (PCR) serta
manfaat dari PCR bagi mahasiswa

Menu
 DEFINISI

Polymerase Chain Reaction (PCR)

PCR merupakan suatu proses sintesis enzimatik untuk

melipat gandakan suatu sekuens nukleotida tertentu
secara in vitro

PCR merupakan suatu teknik atau metode perbanyakan

(replikasi) DNA secara enzimatik tanpa menggunakan
organisme

Menu
 Komponen Polymerase Chain Reaction (PCR)

DNA Templete

Primer

Deoxynucleoside
Triphosphates (dNTPs)

Enzim DNA Polimerase C E R T I F I C AT E

Larutan Penyangga
(buffer) Menu
Tahapan-tahapan Polymerase Chain Reaction (PCR)

Denaturasi

Gambar 1. Untai DNA mengalami denaturasi Next

Penempelan Primer

Gambar 2. Penempelan primer dengan untai DNA yang telah terdenaturasi

Next
Reaksi Polimerisasi (extension)

Gambar 3. Perpanjangan DNA secara semi-konservatif

Gambar 4. Proses Amplikasi Secara Eksponensial .

Next
Selain ketiga proses tersebut, secara umum PCR
didahului dan diakhiri oleh tahapan berikut:

Pra-Denaturasi

Dilakukan selama 1-9 menit di awal reaksi untuk

memastikan kesempurnaan denaturasi dan mengaktifasi
DNA Polymerase (jenis hot-start alias baru aktif kalau
dipanaskan terlebih dahulu).

Final Elongasi

Biasanya dilakukan pada suhu optimum enzim (70-72oC)

selama 5-15 menit untuk memastikan bahwa setiap utas
tunggal yang tersisa sudah diperpanjang secara
sempurna.

Menu
Peralatan khusus yang yang dibutuhkan dalam pelaksanaan PCR

1) Mighty-small II SE-250 vertical gel

electrophoresis unit (Hoefer)
2) Perkin-Elmer/Cetus Thermal Cycler
3) Sterile Thin-wall 0.5 ml Thermocycler
microfuge tubes: (TC-5, Midwest
Scientific)

Next
Reagen khusus yang dibutuhkan dalam pelaksanaan
proses PCR secara in vitro antara lain :

1) Pasangan primer oligonukleotida sintetik mengapit urutan yang akan

diamplifikasi
2) Buffer PCR 5X (250 mM KCl, 50 mM Tris-HCl pH 8,3, 7,5 mM MgCl2)
3) Campuran dari empat dNTP (dGTP, dATP, dTTP, dCTP) masing-masing
sebesar 2,5 mM (ultra murni DNTP set, Pharmacia # 27-2035-01). DNTP
campuran dibuat dengan volume 10 mM larutan dari masing-masing empat
dNTP terpisah yang digabung.
4) Taq DNA Polymerase (AmpliTaqTM, Perkin-Elmer/Cetus)
5) Minyak mineral ringan
6) Akrilamida (grade elektroforesis)
7) N, N’-Methylenebisacrylamide (grade elektroforesis, Ultra-Pure/BRL, #
5516UB)
8) Amonium persulfat (Ultra-Pure/BRL, # 5523UA)
9) TEMED (N, N, N’N ‘Tetramethylethylenediamine, Ultra-Murni / BRL, #
5524UB)

Menu
Manfaat Teknik Polymerase Chain Reaction (PCR)

Sebagai amplifikasi urutan nukleotida.

Sebagai penentu dalam menentukan kondisi

urutan nukleotida suatu DNA yang mengalami
mutasi

Bidang kedokteran forensik

Untuk Melacak asal-usul sesorang dengan

membandingkan “finger print”

Menu
 Aplikasi Teknik PCR
Isolasi Gen

DNA Sequencing Forensik

Diagnosa Penyakit Menu

 Prosedur Analisis PCR
Menyiapkan larutan stok yang terdiri atas: Kit PCR, free
water atau aquabidest (tergantung protokol pada kit yang
digunakan), dan primer. Volume dan konsentrasi akhir
yang diperlukan untuk setiap komponen biasanya telah
tercantum pada protokol kit PCR

Contoh pembuatan larutan stok tercantum pada tabel 1.

Jumlah
Volume Per sampel Volume Konsentrasi
No. Komponen
Sampel Stok akhir
(tube)

1 Kit PCR 5 µl 10 50 µl

2 Forward primer 0,5 µl 10 5 µl 10 µM

3 Reverse primer 0,5 µl 10 5 µl 10 µM

4 DNA Template 1 µl 10 ng

5 Aquabidest 3 µl 10 30 µl

Volume Total 10 µl 90 µl

Menu Next
 Menambahkan DNA template. DNA template ditambahkan ke dalam
mikrosentrifuge tube 0,2 ml. Proses pembuatan larutan stok,
pembagian stok ke dalam mikrosentrifuge tube 0,2 ml, dan
penambahan DNA template dilakukan dalam keadaan dingin
menggunakan ice box yang telah berisi es batu.
 Spin down. Tube yang telah berisi komponen PCR disentrifugasi
agar larutan tercampur rata. Kecepatan sentrifugasi 3000 rpm
selama 1 menit cukup untuk proses spin down dan membuat larutan
menjadi homogen
 Setting kondisi dan proses PCR. Semua tube dimasukkan ke dalam
mesin PCR, kemudian di-setting pada kondisi yang diinginkan.

Menu
TERIMAKASIH