PRAKTIKUM

AMPLIFIKASI DNA
Nurfitri Arfani, S.Si., M.Si
Email: nurfitri.arfani93@gmail.com
 TUJUAN

Untuk mengamplifikasi
DNA dari bakteri
 TEORI
 Amplifikasi merupakan proses memperbanyak
DNA spesifik dalam jumlah waktu yang singkat
dengan teknik PCR.
 PCR (Polymerase Chain Reaction) adalah teknik
atau metode enzimatis untuk amplifikasi DNA
yang pertama kali dikembangkan oleh Kary B.
Mullis.
 Komponen PCR terdiri atas: DNA template,
primer, dNTP, enzim Taq polymerase, MgCl2,
dan buffer.
 Siklus PCR:
 Pre Denaturasi
 Denaturasi
 Annealing
 Estension
 Post ekstension
PROSEDUR KERJA
Alat dan Bahan
 Alat        
- centrifuge mini
- mikropipet
- tip 10 µL
- thermal cycler
- tube PCR 0,2 mL
 Bahan    
- DNA template (dari DNA bakteri)
- primer F dan R ((27F (5’-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG3’), dan
1492R (5’GGTTACCTTGTTACGACTT-3’))
- enzim, buffer, dan dNTP, MgCl2 (biasanya sudah terdapat
dalam satu kit yang diorder.
- ddH2O
 Cara Kerja
1. Alat dan bahan yang digunakan harus
dalam keadaan steril.
2. Gunakan Laminar Air Flow untuk
mencegah kontaminasi
3. Siapkan tube PCR dan masukkan
komponen PCR mix kedalam tube dengan
komposisi sebagai berikut.
No Komponen PCR Volume
1 ddH2O 9 µL
2 PCR Mix 12,5 µL
3 Primer F 0,5 µL
4 Primer R 0,5 µL
5 DNA template 2,5 µL
Total 25 µL
4. Suspensi dispindwon untuk menghomogenkan
komposisi larutan tersebut lalu
5. Masukkan tabung PCR kedalam mesin dan
kemudian dirunning sesuai dengan program
PCR.
Program PCR
LINK PROSES AMPLIFIKASI DNA
 https://www.youtube.com/watch?v=9n2Zx9
N3kJI
HASIL PENGAMATAN

Gambar 1. Hasil pengamatan produk PCR

 ELEKTROFORESIS
 DNA yang telah diamplfikasi, dianalisa dengan
menggunakan elektroforesis gel agarosa.
 Elektroforesis adalah suatu metode pemisahan
senyawa kimia yang didasarkan pada laju
pergerakan molekul dalam aliran listrik.
 Dalam elektroforesis, gel diletakkan dalam sumur
(well) yang terdapat pada gel.
 Molekul sampel akan bergerak didalam matriks
gel ke arah salah satu kutub listrik sesuai dengan
muatannya.
 Asam nukleat dan protein akan bergerak menuju
kutub positif (arah medan listrik).
 TUJUAN

Untuk mengetahui keberhasilan

amplifikasi DNA atau mengetahui
ada tidaknya DNA dalam produk PCR
kita.
PROSEDUR KERJA
Alat dan Bahan
 Alat        
- mikropipet
- tip 10 µL
- cetakan gel
- comb (sisiran gel)
- tube PCR
 Bahan    
- produk PCR
- gel agarosa
- EtBr
- loading dye
- larutan TBE
- marker DNA
 Cara Kerja
1. Buat agarose dalam gelas erlenmeyer sebanyak 100
mL larutan TBE.
2. Tambahkan 2 gr bubuk agarose.
3. Panaskan dalam microwave
4. Dingin anginkan, lalu kemudian tambahkan EtBr 0,5
µL.
5. Tuang dalam pencetak agar yang menggunakan sisir
sebagai wellnya.
6. Diamkan selama 1 jam, buka perlahan sisirnya
sehingga terbentuk well.
7. Masukkan gel yang telah padat dalam chamber
elektroforesis.
8. Masukkan larutan TBE.
9. Campurkan produk PCR sebanyak 10 µL dengan 1 µL
loading dye dengan pipetting.
10. Masukkan Marker dan sampel dalam well.

11. Bila semua sampel sudah masuk dalam well, running elektroforesis
dengan menyalakan aliran listriknya dari negatif ke positif.

12. Tunggu sampai 40-60 menit hingga warna loading dye yang biru
berpindah ke tengah agar.
13. Matikan aliran listrik dan foto di gelDoc.
LINK ELEKTROFORESIS HASIL
AMPLIFIKASI DNA

https://www.youtube.com/watch?v=LYdb5s9
zIM8
HASIL PENGAMATAN

Gambar 2. Hasil pengamatan elektroforesis hasil amplifikasi DNA

 FORMAT LAPORAN
 Sampul
 BAB I PENDAHULUAN (maks. 2 lembar)
- Latar Belakang
- Rumusan Masalah
- Tujuan
 BAB II TINJAUAN PUSTAKA (min. 3 lembar, maks. 5 lembar)
 BAB III METODE PERCOBAAN
 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
- Hasil (Data yang telah ditampilkan sebelumnya)
- Pembahasan (min. 3 lembar, maks. 5 lembar)
 BAB V PENUTUP
- Kesimpulan
- Saran
 DAFTAR PUSTAKA (buku, google books, jurnal international (1), dan jurnal
pendukung lainnya min.3)
*File dalam bentuk Word, A4, margin 4,4,3,3, spasi 1,5, times new roman 12
NEXT PRAKTIKUM:
DESAIN PRIMER

Thank You..

Wassalamu alaikum warahmatullahi

wabarakatuh 