LABORATORIUM BIOTEKONOLOGI

PRAKTIKUM BIOTEKONOLOGI FARMASI

JURUSAN FARMASI

PERCOBAAN II
“ANALISIS DNA”

DISUSUN OLEH :
KELAS B

JURUSAN FARMASI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS TADULAKO
PALU
2021
 BAB I
PENDAHULUAN

I.1 Latar Belakang

Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan polinukleotida untai ganda yang
memiliki karakteristik komponen penyusun antara lain gula deoksiribosa,
gugus fosfat dan basa nitrogen (adenin, guanin, timin dan sitosin). Untai
DNA tersusun dari rangkaian nukleotida yang terhubung melalui ikatan
fosfodiester yang terbentuk diantara gula pentosa dan gugus fosfat.
Sedangkan, untai ganda DNA terhubung melalui ikatan hidrogen yang
terbentuk diantara pasangan basa nitrogen. Pasangan basa nitrogen pada
DNA meliputi adenin dan timin (dua ikatan hidrogen) serta guanin dan
sitosin (tiga ikatan hidrogen). Satu putaran lengkap untai DNA terdiri dari
sepuluh bp (base pairs/ pasangan basa) sepanjang 34Å atau setara dengan
3,4 nm (Nur’ aini. S, et al, 2019).

Prosedur analisis berbasis DNA yang berkembang sampai saat ini meliputi
isolasi DNA, elektroforesis, dan PCR (Polymerase Chain Reaction). Isolasi
DNA adalah mengambil DNA dari sampel berbagai organisme, misal dari
daun tumbuhan, sel bakteri, darah atau otot hewan, rambut, dan kuku.
Elektroforesis adalah memigrasikan partikel bermuatan, seperti asam
nukleat (DNA dan RNA) dan protein, pada matriks berpori (gel agarose dan
poliakrilamid) dibawah pengaruh medan listrik. Polymerase chain reaction
adalah reaksi berantai menggunakan enzim polimerase. Analisis berbasis
DNA merupakan salah satu cara yang akhir-akhir ini sering dilakukan orang
untuk menyelesaikan masalah yang timbul dimasyarakat (Roslim. D, et al,
2018).

Aplikasi dalam bidang farmasi yaitu seorang farmasis dapat mengetahui

Teknik dan metode yang benar dalam menganalisis DNA menggunakan
PCR yang nantinya dapat dimanfaatkan dalam bidang kesehatan seperti
mengidentifikasi patogen berbahaya atau virus. Hal inilah yang
melatarbelakangi dilakukannya percobaan ini
I.2 Maksud dan tujuan
I.2.1 Maksud percobaan
1. Memahami teknik dan metode yang benar dalam menganalisis
DNA.
2. Memahami cara membuat atau menyiapkan bahan dan
penggunaan alat pada proses analisis DNA.

I.2.2 Tujuan percobaan

1. Mengetahui teknik dan metode yang benar dalam menganalisis
DNA.
2. Mengetahui cara membuat atau menyiapkan bahan dan
penggunaan alat pada proses analisis DNA.

I.3 Manfaat Percobaan

Manfaat dari percobaan ini yaitu memahami dan mengetahui teknik dan
metode yang benar dalam menganalisis DNA serta cara membuat atau
menyiapkan bahan dan penggunaan alat pada proses analisis DNA.

I.4 Prinsip percobaan

Prinsip pada percobaan ini yaitu melakukan analisis DNA yakni
penggandaan DNA atau aplikasi DNA dengan metode PCR dan
elektroforesis dan hasilnya dapat dilihat dengan menggunakan UV
transminator.
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

II.1 Dasar Teori

PCR merupakan suatu metode in Vitro dalam sintesis DNA prinsip dasar
metode ini adalah perbanyakan fragmen DNA menggunakan enzim
polymerase pada temperatur yang tinggi yang dilakukan secara berulang.
Pada proses PCR dibutuhkan oligonukleotida pendek (primer DNA) yang
berperan dalam mengamati proses ini. Primer akan menempel atau hybrid
pada untai tunggal DNA saat temperatur diturunkan setelah terjadi
pemisahan untai ganda DNA. Produk hasil PCR dapat diamati
menggunakan teknik elektroforesis agarose (Puspitaningrum, et al. 2018).

Menurut (Ethica, 2019), PCR membutuhkan komponen-komponen sebagai

berikut: 1). Tempat atau DNA cetakan, dapat berupa DNA untai
ganda/double strand dalam (dsDNA) yang telah diisolasi dari sampel
melalui proses isolasi DNA. 2). Enzim DNA polymerase umumnya berupa
enzim taq polymerase termostabil yang tidak cepat berubah sifat pada suhu
tinggi (98°) dan dapat berfungsi pada suhu optimal sekitar 70°C. 3). Primer
oligonukleotida sequen pendek untai tunggal DNA (seringkali 20-30
pasangan basa) yang komplemen dengan ujung 3 untai sense dan anti-sense
dari sekuen DNA target. 4). Deosinukleotida trifosfat, satuan tunggal dari
basis A, T, G dan C yang menyediakan energi untuk polymerase sekaligus
merupakan unit pembangun untuk sintesis DNA. 5). Sistem buffer, berupa
magnesium dan kalium untuk memberikan kondisi optimal dalam proses
denaturasi dan renaturasi DNA juga penting untuk mengaktifkan dan
menstabilkan enzim polymerase.

Primer merupakan salah satu bahan esensial yang diperlukan dalam

polymerase chain reaction (PCR). Primer yang digunakan dalam amplifikasi
umumnya terdiri dari dua jenis, yakni forward primer dan reverse primer.
Forward primer bergerak dari arah 5’-3’untai DNA template. Sementara
reverse primer bergerak dengan arah 3’-5’ untai DNA template. Posisi
forward primer dan reverse primer diupayakan berdekatan dengan start dan
stop kodon serta mengarah ke situs pemotongan enzim restriksi (Azis,
2019).

Menurut (Alaydrus, 2021), reaksi pelipatgandaan suatu fragmen DNA

dimulai dengan melakukan : 1). Denaturasi, DNA template (cetakan)
sehingga rantai DNA yang berantai ganda (double strand) akan terpisah
menjadi rantai tunggal (single strand) menggunakan panas (93°-95°) selama
1-2 menit. 2). Anneling (penempelan primer), kemudian suhu diturunkan
menjadi 65° C sehingga primer akan “menempel” (annealing) pada cetakan
yang telah terpisah menjadi rantai tunggal. Primer akan membentuk
jembatan hidrogen dengan cetakan pada daerah sekuen yang komplementer
dengan sekuen primer. 3). Extension (pemanjangan primer), setelah
dilakukan anneling oligonukleotida primer dengan DNA cetakan, suhu
inkubasi dinaikkan menjadi 72°C selama 1,5 menit. Pada suhu ini DNA
polymerase akan melakukan proses polymerase rantai DNA yang baru
berdasarkan informasi yang ada pada DNA cetakan.

Produk PCR yang dihasilkan kemudian dielektroforesis. Hasil elektrolisis

ini dianalisa dengan membandingkan ketebalan band secara visual. Band
yang optimal yang dimaksud adalah band yang tebal, tunggal/slide dan
sesuai ukuran target. Prinsip dari teknik PCR adalah memperbanyak bagian
spesifik Dengan enzim DNA polymerase yang diinisiasi oleh pelekatan
primer dengan menghubungkan deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP)
dalam reaksi termal. Komponen-komponen protein yang diperlukan pada
proses PCR adalah template DNA : dNTOs (deoksiribonukleotida trifosfat),
buffer PCR, magnesium klorida (MgCl2) dan enzim polimerasi DNA.
Penentu keberhasilan suatu proses PCR. Primer berfungsi sebagai pembatas
fragmen DNA target yang akan diamplikasi sekaligus menyediakan gugus
hidroksi (-OH) pada ujung 3’ yang diperlukan untuk proses resistensi DNA
(Yuenleni, 2019).
II.2 Uraian Bahan
1. Aquabides (FI, Edisi III, 1979 : 97)
Nama Resmi : AQUA PRO INJECTION
Nama Lain : Ait untuk injeksi/ Aquadest
RM/BM : H2O/ 18,02
Rumus Stuktur :

(PubChem, 2022)
Pemerian : Cairan jernih, tidak berbau, tidak berwarna, tidak
berasa.
Kelarutan :-
Khasiat : Zat tambahan
Kegunaan : Pelarut
Penyimpanan : Dalam wadah tertutup baik
Persyaratan Kadar : -
2. Agarosa (Badrigya, et al. 2020)
Komposisi :
- Agarosa
- TBE OJ2
Cara Pembuatan
Agarosa dibuat dengan menimbang sejumlah agarosa yang
dicampurkan dengan TBE 3x, kemudian dipanaskan hingga diperoleh
larutan homogen.
3. Buffer TAE (Sinaga, et al. 2017)
Komposisi :
- Tris Hcl
- Asam asetat glasial
- EDTA pH 8
Cara Pembuatan :
Di campurkan 2,4 ml Tris Hcl untuk pH8 7.4, 5.7 asam asetat glasial,
10 ml EDTA 0.5 m pH 8.0 dan Aquadest hingga volume larutan
menjadi 100 ml.
II.3 Uraian Sampel
1. Escherichia coli (Murwani, et al. 2017)
Kingdom : Bacteria
Phylum : Proteobacteria
Class : Gammaproteobacteria
Order : Enterobacteriales
Family : Enterobactericiae
Genus : Escherichia
Species : Escherichia coli
II.4 Prosedur Kerja (Tim dosen, 2022)
A. Pembuatan mastermix PCR (Berdasarkan protokol standar dari Red mix
yang digunakan)
1. Siapkan semua bahan yang dibutuhkan, cairkan dan tetap jaga pada
suhu dingin.
2. Buat formula mastermix seperti pada tabel atau sesuai dengan
kebutuhan

3. Masukkan semua komponen mastermix kedalam PCR tube dengan

urutan yang berwarna dan lebih besar volumenya terlebih dahulu,
lalu vortex sehingga menjadi homogen, spin down
untukmemastikan semua cairan berada dibagian bawah tube.

B. Running PCR
1. Hidupkan alat PCR (usahakan menggunakan UPS)
2. Atur parameter running PCR seperti contoh berikut : (Berdasarkan
primer yang digunakan)

3. Analisa produk PCR dengan proses elektroforesis gel agarose 1% -

2%, kemudian difoto menggunakan gel documentation system
C. Pembuatan Agarose Gel Elektroforesis
1. Buatlah buffer TAE 1X dari pengenceran bunffer TAE 10X
menggunakan akuabides/ddH2O steril
2. Buatlah 2% agarose gel dalam 30 ml buffer TAE 1X, kemudian
panaskan dalam microwave/pemanas/hot plate dan stirrer sampai
larutan menjadi bening dan mendidih, hangatkan kemudian
tambahkan GelRed 3 µL.
3. Biarkan hingga hangat kemudian tuang gel pada gel caster dan
sisipkan comb untuk membuat well (lubang/sumur), biarkan hingga
memadat. Kemudian angkat comb perlahan – lahan usahakan tidak
terbentuk gelembung pada sumuran gel.
4. Letakkan gel pada chamber elektroforesis dengan posisi well pada
muatan (-) negative (warna hitam)
5. Tuangkan buffer TAE 1X sehingga gel terendam dalam chamber
elektroforesis (tidak melebihi garis batas maksimum buffer)

D. Loading sampel dan Running Elektroforesis

1. Pipet 10 µL sampel kedalam well
Catatan :
Sampel dapat dicampurkan dengan loading dye dengan
perbandingan 1 : 4 (namun jika menggunakan red mix HS tidak
perlu menggunakan loading dye, karna sudah terkandung didalam
red mix)
2. Salah satu well dimasukkan dengan DNA Ladder sebanyak 6 µL
3. Atur voltase PowerPac pada 100 volt (V constant), lalu atur waktu
selama 30 – 45 menit
4. Klik tombol “Run” pada PowerPac
5. Setelah selesai matikan alat kemudian pindahkan gel agarose
kedalam UV Transluminator
6. Kemudian dinyalakan dan didokumentasikan menggunakan kamera
Hp.
 BAB III
METODOLOGI PERCOBAAN

III.1 Alat dan Bahan

III.1.1 Alat
1. Erlenmeyer 100 ml
2. Gelas ukur 100 ml
3. Gel documentation system
4. Mesin PCR
5. Microwave
6. Mikropipet
7. PCR tube
8. Sendok tanduk
9. Spin down

III.1.2 Bahan
1. Agarose
2. DNA ladder
3. DNA staining
4. Loading Dye
5. Nuclease free water
6. Primer forward dan reverse
7. TAE Buffer 10
8. Tip
9. Handscoon

III.1.3 Sampel
1. DNA Template
III.2 Cara Kerja
a. Cara kerja pembuatan mastermix PCR
1. Disiapkan alat dan bahan
2. Disiapkan mikrotube lalu diberi label
3. Ditambahkan nucleas free water sebanyak 1,2 mikroliter
4. Ditambahkan sebanyak 1 mikroliter primer F dan primer R
5. Ditambahkan sebanyak 6,25 master mix
6. Ditambahkan sebanyak 3 mikroliter DNA, kemudian di vortex dan
spin down

b. Cara kerja pembuatan agarose

1. Disiapkan alat dan bahan
2. Ditimbang agarose dan masukan kedalam erlenmeyer
3. Ditambahkan Buffer TAE 1x
4. Dipanaskan di hotplate
5. Dituang dan disisipkan comb di gel caster
6. Ditunggu hingga dingin
7. Dikeluarkan comb

c. Cara kerja running elektroforesis

1. Disiapkan alat dan bahan
2. Di tempatkan gel agarose dalam chamber elektroforesis
3. Ditambahkan Buffer TAE 1x sampai gel terendam
4. Dipipet sampel dan masukan dalam well
5. Dipipet DNA leddder dan masukan dalam well
6. Di run
7. Di visualisasi
III.3 Skema Kera
a. Pembuatan Mastermix PCR

Alat dan Bahan

Mikrotube

+ 1,2 µL
Nucleas free water

+ 1 µL
Primer F

+ 1 µL

Primer R

+ 6,25 µL
Mastermix

+ 3 µL
DNA

- Di vortex
- Spindown
PCR
b. Pembuatan Agarose

Alat dan Bahan

Agarose

- Timbang 0,6 g agarose

- Masukkan

Erlenmeyer

- Ditambahkan
Buffer TAE

- Panaskan

Hot plate

- Tunggu sampai hangat kuku

- Gel red
- Dituang

Gel caster

- Sisipkan comb
- Tunggu dingin
- Keluarkan comb

Buffer TAE
c. Running Elektroforesis

Alat dan Bahan

Gel Agarose

- Ditempatkan dalam
chamber elektroforesis
- Ditambahkan
Buffer TAE 1x

- Sampai gel terendam

Sampel

- Pipet 2 µL
- Masukkan dalam well

DNA ladder

- Pipet 2 µL
- Masukkan dalam well

Power PAGE

- Atur Voltase 100 volt

- Atur waktu 60 menit

Run

Visualisasi
 BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN

IV.1 Hasil Pengamatan

Gambar Keterangan
- Sampel pada kode 1,2,4
menghasilkan pita DNA

- Sampel pada kode 3

tidak menghasilkan pita
DNA

IV.2.1 Cara pembuatan agarose

2% agarose 30ml Buffer TAE 1x

= 0,6 g

IV.2.1 Cara pengenceran Buffer TAE

CI . V1 = C2 . V2

10 . V1 = 1 . 100

V1 =

= 10 ml

Aquadest = 200 – 10 ml

= 190 ml

IV.2 Analisis Data

a. Cara pembuatan agarose
2% agarose 30ml Buffer TAE 1x
=

= 0,6 g
b. Cara pengenceran Buffer TAE
CI . V1 = C2 . V2
10 . V1 = 1 . 100
V1 = 100/1
= 10 ml
Aquadest = 200 – 10 ml
= 190 ml
IV.3 Pembahasan
Polymerase chain reaction (PCR) adalah suatu teknik sintesis dan
amplifikasi DNA teknik PCR dapat digunakan untuk mengaplikasikan
segmen DNA dalam jumlah jutaan kali hanya dalam beberapa jam
(Setiawati dan zubaidah.S, 2021).

Tujuan dari percobaan ini yaitu untuk mengetahui teknik dan metode yang
benar dalam menganalisis DNA, menganalisis cara membuat atau
menyiapkan bahan dan penggunaan alat pada proses analisis DNA.

Prinsip percobaan ini yaitu dengan menganalisis DNA menggunakan

metode PCR dan elektroforesis yang mana untuk metode PCR terdiri dari
beberapa siklus yaitu predenaturasi,denaturasi,aneling ekstensi/elongation
pengulangan final ekstensi dan inkubasi sedangkan untuk elektroforesis
dapat dilihat hasilnya dengan menggunakan UV transminator.

Cara kerja pembuatan master mix yaitu disiapkan alat dan bahan terlebih
dahulu kemudian disiapkan mikrotube lalu diberi label.Kemudian dihitung
masing-masing bahan langkah pertama dimasukkan teknik sebanyak 6,25
mikroliter (sesuai perhitungan 1/4 reaksi) menggunakan mikropipet setelah
itu ditambah primer F sebanyak 1 mikro liter ditambah primer R sebanyak 1
mikro liter lalu ditambahkan nukleus freewater sebanyak 1,25 mikroliter
setelah itu ditambahkan sampel DNA sebanyak 3 mikrometer kemudian di
vortex dan di spin down lalu di PCR selama 1 jam 45 menit setelah itu
dilihat hasil dan didokumentasikan.

Cara kerja pembuatan agarose yaitu disiapkan alat dan bahan, ditimbang
agarose 0,6 gram lalu dimasukkan ke dalam erlenmeyer, kemudian
ditambahkan buffer TAE 1X sebanyak 10 ml lalu dipanaskan di hot plate
kemudian dituang ke gel Caster lalu disiapkan, ditunggu hingga dingin
kemudian keluarkan comb dan hasil agarose gel.
Cara melakukan running electroforesis yaitu pertama disiapkan alat dan
bahan, dimasukkan gel agar ke tempat Chamber elektroforesis. Lalu
ditambahkan buffer TAE 1X hingga gel terendam, dimasukkan sampel ke
dalam wall, lalu DNA leader di PCR dan dimasukkan ke dalam wall
kemudian diatur voltase dan waktu run dan divisualisasi.

Alasan disiapkan alat dan bahan sebelum melakukan sesuatu penelitian

yaitu agar alat dan bahan yang digunakan telah tersedia dan menghindari
pengambilan alat dan bahan yang tidak ada hubungannya dengan kegiatan
yang dilakukan titik selain itu, bertujuan agar setiap alat yang dioperasikan
dalam keadaan yang baik yaitu siap untuk dipakai, bersih, berfungsi dengan
baik dan terkalibrasi (Raharjo, 2017).

Alasan penggunaan gel red adalah sebagai pewarna DNA pada gel agarose
dielektroforesis untuk mempermudah atau memvisualisasikan hasil dari
PCR dengan baik (Artha.D, 2017).

Alasan tidak menggunakan loading die, karena loading die blue juice
berfungsi sebagai pewarna untuk membantu mengisi molekul DNA pada gel
dan sebagai pemberi agar molekul DNA tidak keluar dari sumur (Islami, et
al. 2017).

Alasan sampel DNA di vortex terlebih dahulu untuk menghomogen kan

komponen di dalamnya dengan agarose digunakan untuk mendeteksi
kompleks antigen untuk analisis DNA (Mirza, et al. 2022).

Alasan ditambahkan buffer TAE 1x pada agarose untuk meneruskan arus

listrik sehingga diterima oleh Fragmen DNA yang berada pada gel agarose.
Alasan menggunakan magnetik Stirer untuk menghomogenkan agarose
dengan bufer TAE 1x saat dipanaskan dan di atur volt dan waktu pada alat
pcr sebesar 100 volt selama 45 menit untuk proses amplifikasi DNA karena
pada waktu dan kekuatan distrik tersebut DNA akan digunakan secara
konstan (Artha, 2017).

Flouresensi adalah luminescence yang terjadi di mana energi dipasok oleh

radiasi elektromagnetik biasanya sinar ultraviolet. Sumber energi
mengeluarkan elektron dari atom dari keadaan energi yang lebih rendah ke
keadaan energi yang tinggi, kemudian elektron melepaskan energi dalam
bentuk cahaya ketika jatuh kembali ke keadaan energi yang lebih rendah
(Helmenstine.2019).

Proses PCR melibatkan beberapa tahap yaitu : 1) Pradenaturasi DNA

template ; 2) Denaturasi DNA template ; 3) penempatan primer pada
template (anealling) ; 4) pemanjangan primer (extencion) dan 5)
Pemantapan (post- extencion). Tahap 2 dan tahap 4 merupakan tahapan
berulang (siklus) dimana pada tahap siklus terjadi duplikasi jumlah DNA
(Handoyo, 2019).

Didalam proses PCR primer berfungsi sebagai pemberantas fragmen DNA

target yang akan diamplifikasi dan sekaligus menyediakan hidroksi (-OH)
pada ujung 3’ yang diperlukan untuk proses eksistensi DNA (Handoyo,
2019).

Elektroforesis merupakan suatu metode pemisahan yang memanfaatkan

medan listrik yang dihasilkan dari elekroda. Elektroda untuk memisahkan
senyawa senyawa yg memiliki muatan berupa kahon (Handoyo, 2019).

Terdapat siklus utama yang terjadi dari siklus reaksi pelipatan ganda suatu
fragmen DNA di dalam konsep PCR yaitu denaturasi, annealing dan
extension. Denaturasi merupakan reaksi pelipatgandaan Suatu fragmen
DNA, dimana dengan adanya proses pemanasan sehingga DNA yang
berantai ganda menjadi satu tunggal DNA. Denaturasi dilakukan pada suhu
panas yaitu 95°C (30 detik) abu 97°C (15 detik). Annealing merupakan
tahapan terjadinya penempelan primer yang berupa oligonukleotida dengan
sekuen yang sama/identik dengan salah satu DNA cetakan. Extension
merupakan tahapan yang melibatkan enzim polimerase dalam pemasangan
primer. Durasi tahap reaksi PCR pada extension biasanya 1 menit atau
tergantung dari panjang oligonukleotida (Haryadi, 2022).

Gel red adalah pewarna asam nukleat interaksi yang digunakan dalam
genetika Molekuler untuk Elektroforesis DNA gel agarose. Gel red akan
mengikat basa nitrogen DNA ketika diberi sinar UV pada mesin Illuminator.
Gel red yang mengikat DNA bisa berubah jadi warna merah. Gel red juga
ditambahkan sebelum DNA dimasukkan dalam well (Widayat. et al, 2019).

Prinsip dan teknik PCR adalah memperbanyak bagian spesifik dengan DNA
polymerase yang diinisiasikan oleh pelekatan primer dengan menggunakan
deoksinukleotida trifosfat (dNTP) dalam reaksi termal. Komponen yang
diperlukan pada proses PCR adalah template DNA; sepasang primer, yaitu
suatu oligonukleotida pendek yang mempunyai urutan nukleotida yang
komplementer dengan urutan nukleotida template (Desy, 2018).

Alat kerja umum untuk PCR adalah dengan persiapan master mix,
penambahan template DNA, pengaturan DNA kondisi siklus kemudian
pemrosesan pasca PCR (Abadi M, 2022).

Beberapa faktor yang dapat menjadi penyebab kegagalan amplifikasi PCR

antara lain yaitu konsentrasi dan kualitas DNA yang murni dan terbebas dari
kontaminan satu anealing dan kedua primer, kualitas primer puncak PCR
dan kandungan dNTP pada reagen (Safitri, et al, 2019).

Pada primer yang telah di desain memiliki stabilitas 1,9 Kcal pada pimer
forward dan 1,6 Kcal pada primer reverse. Stabilitas tersebut masih berada
pada rentang stabilitas primer yang baik. Melting temperature (Tan) untuk
primer forward dan reverse secara umum serupa (dalam rentang 2-4˚C) dan
diatas 60˚C untuk menghasilkan produk PCR yang baik (Pradayanti, et al,
2019).

Primer yang digunakan dalam proses PCR harus dapat membatasi daerah
yang akan diamplifikasi. Primer berfungsi sebagai pemberantas fragmen
DNA target yang akan diamplifikasi (Pradayanti, et al, 2019).

Master mix digunakan dalam tahap amplifikasi DNA. Master mix

digunakan untuk mengurangi pengecetan dan zat kontaminan serta
mencegah kemungkinan kesalahan dalam pancara panas menjadikannya
ideal untuk aplikasi trought punch tinggi (Renarianti, 2018).

Prinsip kerja Elektroforesis gel dimulai saat makromolekul yang bermuatan

listrik ditempatkan pada medan berisi tenaga listrik. Molekul- molekul
tersebut akan bermigrasi menuju kutub positif atau negatif berdasarkan
muatan yang terkandung didalamnya (Setiawan, 2018).

Mikropipet bekerja berdasarkan prinsip dengan perpindahan udara yang

beroperasi dengan perpindahan udara yang digerakkan oleh piston. Saat
piston ditekan ke bawah, udara di dalam selongsong mikropipet akan keluar
karena gaya yang menyebabkan cairan yang ada di ujung mikropipet juga
dikeluarkan. Ketika piston bergerak ke atas, ruang hampa dibuat di ruang
yang dibiarkan kosong oleh piston. Hal ini menyebabkan udara dari ujung
naik untuk mengisi ruang kosong, dan udara ujung kemudian digantikan
oleh cairan, yang ditarik ke ujung (Andaru, 2019).

Sampel yang dapat di analisis dengan metode PCR yaitu tes COVID-19. Tes
PCR ini mendeteksi keberadaan DNA dan RNA di dalam tubuh yang dapat
membantu untuk diagnosis suatu penyakit. Berikut beberapa penyakit yang
dapat di diagnosis dengan menggunakan PCR test yaitu : HIV atau Human ,
Immunodeficiency virus, Hepatistis B dan C, CMV atau Cytomegalovirus,
Infeksi virus HPV atau Human Papillomavirus, Gangguan kencing nanah
atau Gonore, penyakit seksual klamidia, infeksi bakteri atau penyakit Lyme,
Batuk rejan (Putra, 2020).

Hasil pengamatan pada percobaan ini adalah didapatkan pita DNA pada
sampel kode 1,2,3 dan pada sampai 3 tidak ditemukan DNA berdasarkan
(Damayanti, 2018) menyebutkan bahwa kegagalan Amplifikasi dapat
disebabkan karena rendahnya kualitas maupun kuantitas DNA template. Hal
inilah yang menjadi salah satu faktor kegagalan sampel 3.

Aplikasi dalam bidang farmasi yaitu seorang farmasis dapat memahami dan
mengetahui bagaimana prinsip kerja dari PCR serta cara menggunakannya
sehingga nantinya dengan adanya prinsip dan teknik isolasi DNA ini
seorang farmasis dapat menciptakan suatu produk seperti vaksin.
 BAB V
PENUTUP

V.I Kesimpulan
Berdasarkan percobaan dapat disimpulkan :
1. Analisis DNA merupakan sebuah proses yang sangat kompleks.
Analisis DNA mulai dari tahapan persiapan ekstraksi/isolate DNA,
amplifikasi DNA hingga tahapan elektroforesis.
2. Analisis DNA dilakukan dengan 3 tahapan meliputi, pembuatan
mastermix PCR, pembuatan gel agarose, dan melakukan running
elektroforesis untuk melakukan visualisasi DNA.
3. Pada analisis DNA kali ini didapatkan hasil bahan sampel 1,2,4
menghasilkan pita DNA sedangkan sampel 3 tidak menghasilkan pita
DNA

V.II Saran
Adapun saran pada percobaan ini yaitu sebaiknya praktikan lebih
memperhatikan pada saat asisten menjelaskan dan memberikan arahan
prosedur kerjanya, agar dapat meminimalisir kesalahan yang terjadi.
 DAFTAR PUSTAKA

Abadi, M.F. (2022). Cara Kerja Alat Laboratorium. Yogyakarta ; Deepublish

Alaydrus. (2021). Deteksi Neisseria Gonorrhoeae Pada Urin Laki-Laki

Asimptomatik. Bantul ; penerbit KBM Indonesia

Andaru. (2019). Alat-Alat Laboratorium. Jakarta: Andaru Persada Mandiri

Artha, D. (2017). Penggunaan Gel Red Pada Elektroforesis. Artikel Gelatik. Vol
6, No 1

Aziz. (2019). Dentifikasi Kandidat Marka mhci Pada Ikan Lele (clarias sp.)
Tahan infeksi aeromonas hydrophila. Surabaya ; Universitas Borneo

Damayanti. (2018). Prinsip Kerja Sama Dalam Berdiskusi Siswa Kelas VII. Jurnal
UIN Palembang

Departemen Kesehatan Republik Indonesia. (2020). Farmakope Indonesia edisi

VI. Jakarta ; DEPKES RI

Desy. (2018). Prinsip Kerja PCR. UNIDA Gontor Artikel

Ethica. (2020). Pengantar Bioinformatika Untuk Mahasiswa Laboratorium Medis.

Sleman ; deepublish publisher

Handoyo. (2019). Polymerase Chain Reaction (PCR) Perkembangan dan

Perannya Dalam Diagnostik Kesehatan. Biotrends vol 6

Haryadi. (2022). Perbandingan Metode Lisis Jaringan Hewan dalam Proses

Isolasi DNA Genom pada Organ Liver Tikus Putih (Rattus norvegicus).
Jember ; Univeritas Jember

Helmenstine. (2019). Fakta Green Fliorescent Protein-Eferrit. Artikel Biokimia

Farmasi
Islami. (2017). Petunjuk Praktikum Biologi Sediaan Molekuler. Yogyakarta ;
Universitas Negeri Yogyakarta

Miza, et al. (2020). Vortex Mixer Live Rpm Dilengkapi Sensor Pendeteksi Tabung.
Surabaya ; Politeknik Kesehatan Surabaya

Nur’aini. S, et al. (2019). Pengenalan Deoxyribonucleic Acid (DNA) Dengan

Marker-Based Augmented Reality. Walisongo Journal Of Information
Technology. Volume 1, No. 2

Paharjo. (2017). Pengolahan Alat Dan Bahan Di Laboratorium Kimia. Journal

Kimia Sains Dan Aplikasi.

Pradayanti, et al. (2019). Perancangan Primer Spesifik Subspesies Berbasis Gen

Endoglukanase untuk Deteksi Ralstonia syzygii subsp. Syzygii. Jurnal
Perlindungan Tanaman Indonesia

Puspitaningrum, et al. (2019). Genetika Molekuler Dan Aplikasinya. Yogyakarta ;

Deepublish

Putra. (2020). PCR Test untuk Mendeteksi Virus dan Bakteri. Artikel Kesehatan

Renarianti. (2018). Metode Deteksi Nested. Jakarta

Roslim. D, et al. (2018). Pelatihan Prosedur Laboratorium Analisis DNA. Jurnal

Pengabdian Untukmu Negeri. Volume. 2, No. 2

Setiawan. (2018). Genetika Molekuler. Yogyakarta: Deepublish

Setyawati. (2021). Optimasi Amplifikasi DNA Menggunakan Metode Pcr Pada

Ikan Karang Anggota Famili Untuk Identifikasi Secara Molekuler. Jurnal
Biologi 19 (2) : 1 – 5

Yuenleni, et al. (2019). Langkah-langkah optimasi PCR. Indonesion Journal Of

Laboratory