LAPORAN

INSTRUMEN LABORATORIUM MEDIK II

PCR(Polymerase Chain Reaction)

DISUSUN OLEH
NAMA : ANDI AGUNAWAN FAUZAN ANWAR
NIM : B1D122193
KELAS : E TLM
NAMA DOSEN : RISKY NURUL FADILA RN, S. Si., M. Kes

PROODI D-IV TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIS FAKULTAS

TEKNOLOGI KESEHATAN UNIVERSITAS MEGAREZKY MAKASSAR
2023/2024
 BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar belakang

Reaksi Rantai Polimerase (PCR) adalah teknik molekuler

yang revolusioner dalam bidang biologi molekuler. Metode ini
dikembangkan oleh Kary Mullis pada tahun 1983 dan sejak itu
menjadi salah satu alat yang paling penting dalam penelitian
genetika, diagnostik medis, dan berbagai bidang ilmu lainnya. PCR
memungkinkan penggandaan DNA secara in vitro dengan cepat
dan spesifik. Dalam reaksi ini, DNA target diperbanyak secara
eksponensial melalui serangkaian siklus panas yang diulang-ulang.
Siklus-siklus ini melibatkan tiga tahap utama: denaturasi, annealing,
dan perpanjangan. Tahap denaturasi melibatkan pemanasan
sampel DNA pada suhu tinggi, biasanya sekitar 94-98 derajat
Celsius. Pada suhu ini, ikatan hidrogen antara untai ganda DNA
terputus, menyebabkan untai DNA terpisah. Setelah tahap
denaturasi, suhu diturunkan untuk tahap annealing. Pada suhu ini,
primer DNA, yang merupakan singkatan dari urutan nukleotida
pendek yang spesifik untuk wilayah target, berikatan dengan untai
DNA target yang komplementer. Primer berfungsi sebagai awalan
untuk enzim DNA polimerase.

Tahap perpanjangan melibatkan pemanasan campuran

reaksi pada suhu optimal untuk DNA polimerase yang digunakan.
Enzim ini menambahkan nukleotida baru ke untai DNA target yang
sedang diperbanyak, berdasarkan urutan primer yang terikat.
Hasilnya adalah dua untai DNA baru yang identik dengan untai
target asli. Siklus-siklus panas ini diulang beberapa kali, biasanya
antara 25-35 kali, tergantung pada berapa banyak penggandaan
DNA yang diinginkan. Seiring berjalannya siklus-siklus tersebut,
jumlah DNA target meningkat secara eksponensial, menciptakan
banyak salinan DNA yang cukup untuk dianalisis.

PCR memiliki banyak aplikasi yang luas dalam berbagai

bidang. Dalam penelitian genetika, PCR digunakan untuk
mengamplifikasi DNA untuk analisis sekuensing, analisis
polimorfisme, identifikasi patogen, dan banyak lagi. Dalam

1
 diagnostik medis, PCR digunakan untuk mendeteksi penyakit
infeksi, kanker, dan penyakit genetik. Demikianlah pendahuluan
singkat mengenai PCR. Metode ini telah membuka banyak pintu
untuk penelitian dan diagnostik di bidang biologi molekuler. Dengan
kemampuannya untuk menggandakan DNA secara efisien dan
spesifik, PCR tetap menjadi salah satu teknik yang paling penting
dalam ilmu hayati saat ini.

B. Rumusan Masalah

1. Bagaimana cara penggunaan dan perawatan pada alat

PCR(Polymerase Chain Reaction)?

C. Tujuan

1. Untuk mengetahui cara penggunaan dan perawatan

PCR(Polymerase Chain Reaction)

2
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
Pada tahun 1971 sebuah paper dalam Journal of Molecular
Biology oleh Kleppe dan rekan penelitinya menggambarkan suatu metode
menggunakan teknik enzimatik untuk mereplikasi DNA templat yang
berukuran pendek dengan bantuan suatu primer DNA yang dilakukan
secara in vitro (Kleppe et al., 1971). Akan tetapi gagasan awal akan
prinsip dasar PCR ini tidak mendapatkan banyak perhatian. Penemuan
teknik Polymerase Chain Reaction umumnya dipercayai terjadi pada
tahun 1983 dan dikenal atas nama Kary Mullis (Saiki et al., 1985; Mullis et
al., 1986; Saiki et al.1986; Rabinow, 1996). Beliau dianugerahi hadiah
Nobel bidang kimia pada 1993 karena penemuannya tersebut.

Pada saat mengembangkan PCR pada tahun 1983, Mullis saat itu
bekerja pada Cetus Corporation, salah satu dari perusahaan bioteknologi
pertama di Emeryville, California. Di sana ia bertanggung jawab untuk
mengembangkan teknik sintesis DNA rantai pendek. Mullis menceritakan
bahwa ia membayangkan tentang teknik PCR saat sedang
mengemudikan mobilnya pada suatu malam di sepanjang Pacific Coast
Highway (Mullis, 1998). Di dalam pikirannya Mullis membayangkan
tentang kemungkinan adanya suatu cara yang baru untuk menganalisis
perubahan (mutasi) dalam DNA ketika tiba-tiba ia terpikir akan sebuah
metode untuk mengamplifikasi setiap bagian dari DNA melalui duplikasi
yang dilakukan berulang-ulang menggunakan enzim DNA
polymerase.DNA polymerase merupakan produk alami pada setiap
organisme hidup. Dalam sel enzim ini berfungsi untuk menduplikasi DNA
ketika sel membelah dalam proses mitosis dan meiosis. Polymerase
bekerja dengan menempel pada untai DNA tunggal dan menghasilkan
untai komplementernya. Pada tahun 1980, pada saat sebelum
menggunakan enzim tersebut secara in vitro (dalam lingkungan terkontrol
di luar organisme).( kusnaidi.2020).

3
 Reaksi berantai polymerase (Polymerase Chain Reaction, PCR)
adalah suatu metode enzimatis untuk amplifikasi DNA dengan cara in
vitro. PCR ini pertama kali dikembangkan pada tahun 1985 oleh Kary B.
Mullis. Amplifikas DNA pada PCR dapat dicapai bila menggunakan primer
oligonukleotida yang disebut amplimers. Primer DNA suatu sekuens
oligonukleotida pendek yang berfungsi mengawali sintesis rantai DNA.
PCR memungkinkan dilakukannya pelipatgandaan suatu fragmen DNA.
Umumnya primer yang digunakan pada PCR terdiri dari 20-30 nukleotida.
DNA template (cetakan) yaitu fragmen DNA yang akan dilipatgandakan
dan berasal dari patogen yang terdapat dalam spesimen klinik. Enzim
DNA polimerase merupakan enzim termostabil Taq dari bakteri termofilik
Thermus aquaticus. Deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP) menempel pada
ujung 3’ primer ketika proses pemanjangan dan ion magnesium
menstimulasi aktivasi polymerase.(Yusuf.2013).
A .Pada proses PCR diperlukan beberapa komponen utama yaitu ;
a. DNA cetakan, yaitu fragmen DNA yang akan dilipatgandakan.
DNA cetakan yang digunakan sebaiknya berkisar antara 105–
106 molekul. Dua hal penting tentang cetakan adalah
kemurnian dan kuantitas.
b. Oligonukleotida primer, yaitu suatu sekuen oligonukleotida
pendek (18 –28 basa nukleotida) yang digunakan untuk
mengawali sintesis rantai DNA. Dan mempunyai kandungan G +
C sebesar 50 – 60%.

c. Deoksiribonukelotida trifosfat (dNTP), terdiri dari dATP, dCTP,

dGTP, dTTP.dNTP mengikat ion Mg2+ sehingga dapat
mengubah konsentrasi efektif ion. Ini yang diperlukan untuk
reaksi polimerasi.
d. Enzim DNA Polimerase, yaitu enzim yang melakukan katalisis
reaksi sintesis rantai DNA. Enzim ini diperoleh dari Eubacterium
yang disebut Thermus aquaticus, spesies ini diisolasi dari taman
Yellowstone pada tahun 1969. Enzim polimerase taq tahan
terhadap pemanasan berulang-ulang yang akan membantu
melepaskan ikatan primer yang tidak tepat dan meluruskan
wilayah yang mempunyai struktur sekunder.
e. Komponen pendukung lain adalah senyawa buffer. Larutan
buffer PCR umumnya mengandung 10 – 50mM Tris-HCl pH 8,3-
8,8 (suhu 20o C); 50 mM KCl; 0,1% gelatin atau BSA (Bovine
Serum Albumin); Tween 20 sebanyak 0,01% atau dapat diganti

4
 dengan Triton X-100 sebanyak 0,1%; disamping itu perlu
ditambahkan 1,5 mM MgCl2. Pada proses PCR menggunakan
menggunakan alat termosiklus. Sebuah mesin yang memiliki
kemampuan untuk memanaskan sekaligus mendinginkan
tabung reaksi dan mengatur temperatur untuk tiap tahapan
reaksi.(Yusuf,2013).

Adapun cara kerja alat PCR (Polymerase Chain Reaction) yaitu ;

1. Hubungkan colokkan PCR Machine pada stop kontak

2. Tekan tombol ON / OFF disisi belakang alat .
3. Mesin PCR ini memiliki layar sentuh, untuk mengoperasikannya
dapat menggunakan jari atau touch-pen yang telah tersedia.
4. Untuk membuat program baru, sentuh file new program.
5. ketik nama file enter.
6. pada STEP atur tahapan proses amplifikasi DNA sesuai dengan
yang diinginkan save.
7. Kemudian pilih tempat penyimpanan.
8. Close.
9. Buka penutup Mesin PCR.
10. Masukkan Tube PCR.
11. Tutup .
12. Kemudian jalankan program yang sudah disetting tadi dengan
cara:
file edit pilih file .yang akan dijalankan run start.
13. Setelah selesai, untuk mengakhiri program dilakukan dengan cara
sentuh Stop now close.
14. Buka penutup Mesin PCR, ambil tube PCR.
15. Cabut steker dari stop kontak Semi otomatis .(sunandri,2020).

5
B. Ada tiga tahapan penting dalam proses PCR yang selalu terulang
dalam
30-40 siklus dan berlangsung dengan cepat ;
1. Denaturasi
Di dalam proses PCR, denaturasi awal dilakukan sebelum
enzim taq polimerase ditambahkan ke dalam tabung reaksi.
Denaturasi DNA merupakan proses pembukaan DNA untai
ganda menjadi DNA untai tunggal. Ini biasanya berlangsung
sekitar 3 menit, untuk meyakinkan bahwa molekul DNA
terdenaturasi menjadi DNA untai tunggal. Denaturasi yang tidak
lengkap mengakibatkan DNA mengalami renaturasi
(membentuk DNA untai ganda lagi) secara cepat, dan ini
mengakibatkan gagalnya proses PCR. Adapun waktu
denaturasi yang terlalu lama dapat mengurangi aktifitas enzim
Taq polymerase. Aktifitas.

2. Annealing(penempelan primer)
Kriteria yang umum digunakan untuk merancang primer
yang baik adalah bahwa primer sebaiknya berukuran 18 – 25
basa, mengandung 50 – 60 % G+C dan untuk kedua primer
tersebut sebaiknya sama. Sekuens DNA dalam masing-masing
primer itu sendiri juga sebaiknya tidak saling berkomplemen,
karena hal ini akan mengakibatkan terbentuknya struktur
sekunder pada primer tersebut dan mengurangi efisiensi
PCR.Waktu annealing yang biasa digunakan dalam PCR adalah
30 – 45 detik. Semakin panjang ukuran primer, semakin tinggi
temperaturnya. Kisaran temperatur penempelan yang
digunakan adalah antara 36oC sampai dengan 72oC, namun
suhu yang biasa dilakukan itu adalah antara 50 – 60oC.enzim
tersebut mempunyai waktu paruh lebih dari 2 jam, 40 menit, 5
menit masing-masing pada suhu 92,5; 95 dan 97,5oC.
3. Pemanjangan Primer (Extention)
Selama tahap ini Taq polymerase memulai aktivitasnya
memperpanjang DNA primer dari ujung 3’. Kecepatan
penyusunan nukleotida oleh enzim tersebut pada suhu 72oC
diperkirakan 35 – 100 nukleotida/detik, bergantung pada buffer,
pH, konsentrasi garam dan molekul DNA target. Dengan
demikian untuk produk PCR dengan panjang 2000 pasang

6
 basa, waktu 1 menit sudah lebih dari cukup untuk tahap
perpanjangan primer ini. Biasanya di akhir siklus PCR waktu
yang digunakan untuk tahap ini diperpanjang sampai 5 menit
sehingga seluruh produk PCR diharapkan terbentuk DNA untai
ganda. (Yusuf.2013).
C. Kelebihan dan Kekurangan PCR(Polymerase Chain Reaction)

a. Kelebihan PCR(Polymerase Chain Reaction)

1. Merupakan suatu metode PCR langkah-tunggal yang
mampu memperkaya alel minoritas.
2.Tidak memerlukan pereaksi tambahan atau mesin
khusus.Karenaitu, biaya tidak bertambah.
3.Lebih baik daripada PCR konvensional untuk deteksi mutasi pada
sampel campuran.
4 .Tidak menigkatkan waktu percobaan secara signifikan
dibandingkan dengan PCR konvensional.
b.Kekurangan dari PCR(Polymerase Chain Reaction)
1. Suhu kritis (Tc) yang optimal harus diukur dan ditentukan.untuk

setiap amplikon. Hal ini menambahkan langkah ekstra

dibandingkan prosedur konvensional berbasis PCR.

2. Diperlukan kontrol suhu denaturasi yang akurat sampai

+0,3°C (0,54°F) selama proses PCR.
3. Terdapat kemungkinan bahwa suhu kritis (Tc) yang
membedakan antara sekuens DNA mutan dan wildtype yang
cocok tidak tersedia.
4. Terbatas untuk menganalisis sekuens yang lebih kecil dari 200
bp
5. Rentan terhadap kesalahan yang disebabkan oleh polymerase.
6. Terdapat variasi kekuatan amplifikasi yang tergantung pada
posisi DNA dan substitusi nukleotida.
7. Tidak ada jaminan bahwa semua mutasi minoritas akan
teramplifikasi.(kusnaidi.2020).

7
D. Fungsi PCR (Polymerase Chain Reaction)

Selain menghasilkan fragmen DNA untai ganda yang berujung

tumpul, terdapat dua kemampuan PCR yang memberikan kontribusi
yang besar dalam pemanfaatan PCR. Pertama, posisi annealing
primer menentukan batas dari fragmen yang diamplifikasi sehingga
kebutuhan akan pengetahuan tentang sisi pengenalan enzim restriksi
pada kloning molekuler tidak diperlukan dalam PCR. Karena hanya
sedikit, bahkan kadang- kadang tidak ada sisi pengenalan enzim
restriksi pada sekuens DNA, adanya PCR sangat meningkatkan
fleksibilitas dalam pemilihan ukuran fragmen dan komposisinya. Yang
kedua, tidaklah perlu nukleotida-nukleotida penyusun primer PCR
untuk seluruhnya benar-benar komplementer terhadap DNA templat.
Beberapa nukleotida dapat ditambahkan pada ujung 5' dari primer
untuk mengawali proses annealing. Selanjutnya, dapat dilakukan
penambahan situs pengenalan enzim restriksi, situs mutasi atau
sekuens lain yang bermanfaat pada DNA yang diamplifikasi. Kelebihan
teknik ini memungkinkan PCR digunakan sebagai metode untuk
kloning DNA secara cepat (Chien et al., 1976; Saiki et al., 1985;
Sambrook dan Russel, 2001).(Kusnadi.2020).

BAB III
MOTODE PRAKTIKUM

A. Waktu dan Tempat

1. Waktu
Adapun waktu yang dilakukan pada praktikum kali ini:
Hari : Rabu
Tanggal : 14 Juni 2023
Pukul : 10:30-12:10
2. Tempat

8
 Adapun tempat dilaksanakan praktikum kali ini:
Laboratorium Molekuler gedung D lantai @ D-IV Teknologi
laboratorium medis Universitas Megarezky makassar.

B. Alat dan Bahan

Adapun alat dan yang digunakan pada praktikum kali ini:

1. PCR(Polymerase Chain Reaction)

C. Cara Kerja

Adapun cara kerja alat PCR (Polymerase Chain Reaction) yaitu ;

1. Hubungkan colokkan PCR Machine pada stop kontak

2. Tekan tombol ON / OFF disisi belakang alat .
3. Mesin PCR ini memiliki layar sentuh, untuk mengoperasikannya
dapat menggunakan jari atau touch-pen yang telah tersedia.
4. Untuk membuat program baru, sentuh file new program.
5. ketik nama file enter.
6. pada STEP atur tahapan proses amplifikasi DNA sesuai dengan
yang diinginkan save.
7. Kemudian pilih tempat penyimpanan.
8. Close.
9. Buka penutup Mesin PCR.
10. Masukkan Tube PCR.
11. Tutup .
12. Kemudian jalankan program yang sudah disetting tadi dengan
cara:
file edit pilih file .yang akan dijalankan run start.
13. Setelah selesai, untuk mengakhiri program dilakukan dengan cara

9
 sentuh Stop now close.
14. Buka penutup Mesin PCR, ambil tube PCR.
15. Cabut steker dari stop kontak Semi otomatis .(Sunardi,2020).
D. Prinsip Kerja
PCR (Polymerase Chain Reaction) adalah teknik yang digunakan
untuk mengamplifikasi atau menggandakan secara signifikan fragmen
DNA tertentu secara in vitro. Teknik ini dikembangkan oleh Kary Mullis
pada tahun 1983 dan sejak itu telah menjadi salah satu alat yang
paling penting dalam biologi molekuler dan berbagai aplikasi di bidang
penelitian, diagnostik, dan forensik.

Prinsip kerja PCR melibatkan beberapa tahapan penting, yang

terdiri dari tiga siklus: Denaturasi, Perpanjangan (Elongasi), dan
Penggabungan (Annealing). Berikut adalah penjelasan rinci tentang
setiap tahap:

1. Denaturasi (Denaturation): Tahap ini melibatkan pemanasan

campuran reaksi PCR pada suhu tinggi, sekitar 94-98°C. Pada
suhu ini, ikatan hidrogen antara pasangan basa DNA terputus,
menyebabkan untai ganda DNA terpisah menjadi dua untai tunggal.

2. Perpanjangan (Elongation): Setelah tahap denaturasi, suhu

diturunkan menjadi sekitar 72°C. Pada suhu ini, DNA polimerase,
enzim yang bertanggung jawab untuk sintesis DNA, melengkapi
untai DNA tunggal yang telah terpisah dengan menambahkan
nukleotida yang komplementer pada untai DNA mati (template).
DNA polimerase membaca untai DNA template dan menambahkan
nukleotida baru ke ujung bebas primer DNA yang terikat pada untai
template. Hasilnya adalah pembentukan dua untai DNA baru yang
komplementer.

3. Penggabungan (Annealing): Setelah tahap perpanjangan, suhu

diturunkan menjadi sekitar 50-65°C. Pada suhu ini, primer DNA
sintetik yang mengikat daerah target spesifik pada untai DNA

10
 template akan terikat secara spesifik pada untai DNA template
melalui ikatan basa komplementer. Primer DNA berfungsi sebagai
inisiasi sintesis DNA oleh DNA polimerase.

Setelah siklus pertama selesai, siklus PCR berikutnya akan

dimulai kembali dengan tahap denaturasi. Proses ini diulang dalam
siklus-siklus berulang, biasanya antara 25 hingga 35 siklus, yang
memungkinkan amplifikasi eksponensial fragmen DNA target yang
spesifik.

PCR juga melibatkan penggunaan reagen dan komponen

penting lainnya seperti DNA polimerase (biasanya Taq DNA
polimerase yang stabil terhadap panas), nukleotida (dATP, dCTP,
dGTP, dan dTTP), buffer PCR, dan primer DNA (pendek dan
spesifik untuk daerah target DNA yang ingin diamplifikasi).

Dengan menggunakan siklus PCR yang berulang, jumlah

fragmen DNA yang dihasilkan secara eksponensial akan meningkat
secara signifikan. Setelah proses PCR selesai, hasil amplifikasi
DNA dapat dianalisis dengan berbagai metode, seperti
elektroforesis gel agarosa atau sekuensing DNA, tergantung pada
tujuan akhir dari eksperimen atau aplikasi tertentu.Dengan
demikian, prinsip kerja PCR memungkinkan amplifikasi.

BAB IV
HASIL

Adapun hasil yang didapatka dari pemeriksaan lengkap dengan

menggunakan alat PCR adalah sebagai berikut:

11
12
 BAB V
PENUTUPAN

A. Kesimpulan
Adapun kesimpulan yang dapat disimpulkan pada praktikum
kali ini yaitu dengan melakukan praktikum ini kita dapat mengetahui
cara penggunaan dan perawatan alat PCR (Polymerase Chain
Reaction) dengan baik dan benar.
PCR (Polymerase Chain Reaction) di gunakan untuk
mendeteksi penyakit infeksi, kanker, dan penyakit genetik.. Metode
ini telah membuka banyak pintu untuk penelitian dan diagnostik di
bidang biologi molekuler. Dengan kemampuannya untuk
menggandakan DNA secara efisien dan spesifik, PCR tetap
menjadi salah satu teknik yang paling penting dalam ilmu hayati
saat ini..
B. Saran
Semoga laporan ini dapat berguna bagi
mahasiswa/mahasiswi khususnya prodi teknologi laboratorium
medis agar dapat diiplementasikan di dunia kerja.
PCR (Polymerase Chain Reaction) harus dirawat dengan
baik sesuai prosedur yang berlaku dan diklabirasi satu tahun sekali
dan tidak digunakan setiap hari agar alat ini tidak mudah rusak.

13
 DAFTAR PUSTAKA

Zuhriana K.Yusuf.2013.Polymerase Chain Reaction (PCR).Jurnal

Indonesia .Vol 5.No 6. Staf Pengajar Jurusan Kesehatan
Masyarakat FIKK Universitas Negeri Gorontalo.

Sri Sunardi dan Bambang Priadi.2020.Cara Kerja Tes Pcr Dalam

Mendeteksi Virus dan Bakteri.Balai Riset Perikanan Budidaya Air
Tawar dan Penyuluhan Perikanan.Vol 2.No 1.Bogor.

Joni Kusnadi, Esti Laras Arumingtyas.2020.Polymerase Chain Reaction

(PCR) Tehnik dan Fungsi.Malang.Universitas Brawijaya Press.Hal
153.

14