PENDAHULUAN
A. Latar belakang
Ilmu pengetahuan dan teknologi dewasa ini berkembang semakin pesat. Salah
satu perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi yang sering diterapkan adalah
bioteknologi. Bioteknologi merupakan pemanfaatan berbagai prinsip ilmiah dan
rekayasa terhadap organisme, sistem, atau proses biologis untuk menghasilkan atau
meningkatkan potensi organisme maupun menghasilkan produk dan jasa bagi
kepentingan hidup manusia.pada prinsipnya bioteknologi dibagi menjadi dua bagian
yaitu sederhana yang meliputi: mikroba , proses biokimia, dan proses geneti yang
alami. Sedangkan modern meliputi: manipulsi atau rekayasa genetika.
Dalam perkembangan bioteknologi modern salah satu penguji penting yang
digunakan adalah dengan metode PCR. Polymerase Chain Reaction atau yang lebih
dikenal dengan istilah PCR adalah suatu metode in vitro untuk menghasilkan
sejumlah fragmen DNA spesifik dengan panjang dan jumlah skuens yang telah
ditentukan dari jumlah kecil template kompleks.
Mengingat karena pentingnya penggunaan PCR di zaman ini maka dalam
makalah ini akan dibahas secara terperinci mengenai keseluruhan dari PCR.
B. Rumusan Masalah
1. Apa yang dimaksud dengan Polymerase Chain Reaction (PCR)?
2. Apa saja alat danbahan yang dibutuhkan dalam Polymerase Chain Reaction
(PCR)?
3. Bagaimana cara kerja dari Polymerase Chain Reaction (PCR)?
4. Apakah komponen-komponen yang dibutuhkan dalam proses Polymerase
Chain Reaction (PCR)?
5. Apa saja jenis dari Polymerase Chain Reaction (PCR)?
6. Apa saja manfaat dari Polymerase Chain Reaction (PCR)?
7. Apa apa saja variasi dari PCR ?
1
C. Tujuan
Adapun tujuan yang ingin dicapai dalam makalah ini diantaranya meliputi:
1. Untuk mengetahui apa yang dimaksud dengan Polymerase Chain Reaction
(PCR)s
2. Untuk mengetahui apa saja alat tambahan yang dibutuhkan dalam Polymerase
Chain Reaction (PCR)
3. Untuk mengetahui bagaimana cara kerja dari Polymerase Chain Reaction
(PCR)
4. Untuk mengetahui apa saja komponen-komponen yang dibutuhkan dalam
proses Polymerase Chain Reaction (PCR)
5. Untuk mengetahui apa saja jenis dari Polymerase Chain Reaction (PCR)
6. Untuk mengetahui apa saja manfaat dari Polymerase Chain Reaction (PCR)
7. Untuk mengetahui variasi dari PCR
2
BAB II
PEMBAHASAN
PCR adalah reaksi polimerase berantai, yaitu reaksi yang melibatkan enzim
polimerase yang dilakukan secara berulang-ulang. Yang diulang-ulang adalah proses
pemisahan untai ganda DNA menjadi untai tunggal, hibridisasi primer untuk mengawali
replikasi DNA dilanjutkan dengan proses penambahan basa pada cetakan DNA oleh enzim
polimerase, untuk melakukan kegiatan ini dibutuhkan tabung PCR yang bersifat reponsif
dengan perubahan suhu dan mesin thermal cycler, suatu mesin yang mampu menaikkan dan
menurunkan suhu dengan cepat, dan bahan-bahan untuk membuat reaksi PCR. Polimerase
Berantai atau dikenal sebagai Polymerase Chain Reaction (PCR), merupakan suatu proses
sintesis enzimatik untuk melipatgandakan suatu sekuens nukleotida tertentu secara in
vitro.PCR ini pertama kali dikembangkan pada tahun 1985 oleh Kary B. Mullis. Amplifikas
DNA pada PCR dapat dicapai bila menggunakan primer oligonukleotida yang disebut
amplimers. Primer DNA suatu sekuens oligonukleotida pendek yang berfungsi mengawali
sintesis rantai DNA. PCR memungkinkan dilakukannya pelipatgandaan suatu fragmen DNA.
Umumnya primer yang digunakan pada PCR terdiri dari 20-30 nukleotida. Kunci utama
pengembangan PCR adalah menemukan bagaimana cara amplifikasi hanya pada urutan DNA
target dan meminimalkan amplifikasi urutan non-target (Fatchiyah, 2006 dalam Sandra, R.N.,
2011).
DNA template (cetakan) yaitu fragmen DNA yang akan dilipatgandakan dan berasal
dari patogen yang terdapat dalam spesimen klinik. Enzim DNA polimerase merupakan enzim
termostabil Taq dari bakteri termofilik Thermus aquaticus. Deoksiribonukleotida trifosfat
(dNTP) menempel pada ujung 3’ primer ketika proses pemanjangan dan ion magnesium
menstimulasi aktivasi polimerase.
2.2 Alat dan bahan yang dibutuhkan dalam Polymerase Chain Reaction (PCR)
Reagen khusus yang dibutuhkan dalam pelaksanaan proses PCR secara in vitro antara
lain (Mahmuddin (2010)):
1. Pasangan primer oligonukleotida sintetik mengapit urutan yang akan diamplifikasi
2. Buffer PCR 5X (250 mM KCl, 50 mM Tris-HCl pH 8,3, 7,5 mM MgCl2)
3
4
3. Campuran dari empat dNTP (dGTP, dATP, dTTP, dCTP) masing-masing sebesar
2,5 mM (ultra murni DNTP set, Pharmacia # 27-2035-01). DNTP campuran
dibuat dengan volume 10 mM larutan dari masing-masing empat dNTP terpisah
yang digabung.
4. Taq DNA Polymerase (AmpliTaqTM, Perkin-Elmer/Cetus)
5. Minyak mineral ringan
6. Akrilamida (grade elektroforesis)
7. N, N’-Methylenebisacrylamide (grade elektroforesis, Ultra-Pure/BRL, # 5516UB)
8. Amonium persulfat (Ultra-Pure/BRL, # 5523UA)
9. TEMED (N, N, N’N ‘Tetramethylethylenediamine, Ultra-Murni / BRL, #
5524UB)
Ada pun peralatan khusus lainnya yang dibutuhkan dalam pelaksanaan PCR antara
lain:
1. Mighty-small II SE-250 vertical gel electrophoresis unit (Hoefer)
2. Perkin-Elmer/Cetus Thermal Cycler
3. Sterile Thin-wall 0.5 ml Thermocycler microfuge tubes: (TC-5,
Midwest Scientific)
1. DENATURASI
Di dalam proses PCR, denaturasi awal dilakukan sebelum enzim taq
polimerase ditambahkan ke dalam tabung reaksi. Denaturasi DNA merupakan
proses pembukaan DNA untai ganda menjadi DNA untai tunggal. Ini biasanya
berlangsung sekitar 3 menit, untuk meyakinkan bahwa molekul DNA
terdenaturasi menjadi DNA untai tunggal. Denaturasi yang tidak lengkap
mengakibatkan DNA mengalami renaturasi (membentuk DNA untai ganda lagi)
secara cepat, dan ini mengakibatkan gagalnya proses PCR. Adapun waktu
denaturasi yang terlalu lama dapat mengurangi aktifitas enzim Taq polymerase.
Aktifitas enzim tersebut mempunyai waktu paruh lebih dari 2 jam, 40 menit, 5
menit masing-masing pada suhu 92,5; 95 dan 97,5oC.
5
2. ANNEALING (PENEMPELAN PRIMER)
Kriteria yang umum digunakan untuk merancang primer yang baik adalah
bahwa primer sebaiknya berukuran 18 – 25 basa, mengandung 50 – 60 % G+C
dan untuk kedua primer tersebut sebaiknya sama. Sekuens DNA dalam masing-
masing primer itu sendiri juga sebaiknya tidak saling berkomplemen, karena hal
ini akan mengakibatkan terbentuknya struktur sekunder pada primer tersebut dan
mengurangi efisiensi PCR.
Waktu annealing yang biasa digunakan dalam PCR adalah 30 – 45 detik. Semakin
panjang ukuran primer, semakin tinggi temperaturnya. Kisaran temperatur
penempelan yang digunakan adalah antara 36oC sampai dengan 72oC, namun
suhu yang biasa dilakukan itu adalah antara 50 – 60oC.
6
Keterangan mengenai gambar di atas :
(1) Denaturasi pada suhu 90o – 95oC;
(2) Annealing pada suhu 37o – 65oC;
(3) Elongasi pada suhu 72oC ;
(4) Siklus pertama selesai
Reaksi-reaksi tersebut di atas diulangi lagi dari 25 – 30 kali (siklus) sehingga pada
akhir siklus akan diperoleh molekul-molekul DNA rantai ganda yang baru yang merupakan
hasil polimerasi dalam jumlah yang jauh lebih banyak dibandingkan dengan jumlah DNA
cetakan yang digunakan. Banyaknya siklus amplifikasi tergantung pada konsentrasi DNA
target dalam campuran reaksi.
Produk PCR dapat diidentifikasi melalui ukurannya dengan menggunakan
elektroforesis gel agarosa. Metode ini terdiri atas menginjeksi DNA ke dalam gel agarosa dan
menyatukan gel tersebut dengan listrik. Hasilnya untai DNA kecil pindah dengan cepat dan
untai yang besar diantara gel menunjukkan hasil positif.
Selain ketiga produk tersebut, umum PCR didahului dan diakhiri oleh tahapan berikut:
a) Pra-Denaturasi
Dilakukan selama 1-9 menit di awal reaksi untuk memastikan kesempurnaan
denaturasi dan mengaktifasi DNA Polymerase (jenis hot-start alias baru aktif kalau
dipanaskan terlebih dahulu).
b) Final Elongasi
Biasanya dilakukan pada suhu optimum enzim (70-72oC) selama 5-15 menit
untuk memastikan bahwa setiap utas tunggal yang tersisa sudah diperpanjang secara
sempurna. Proses ini dilakukan setelah siklus PCR terakhir.
7
Siklus Polymerase Chain Reactions (PCR)
a. DNA cetakan
yaitu fragmen DNA yang akan dilipatgandakan. DNA cetakan yang
digunakan sebaiknya berkisar antara 105 – 106 molekul. Dua hal penting tentang
cetakan adalah kemurnian dan kuantitas.
b. Oligonukleotida primer
yaitu suatu sekuen oligonukleotida pendek (18 – 28 basa nukleotida) yang
digunakan untuk mengawali sintesis rantai DNA. Dan mempunyai kandungan G + C
sebesar 50 – 60%.
8
d. Enzim DNA Polimerase,
yaitu enzim yang melakukan katalisis reaksi sintesis rantai DNA. Enzim ini
diperoleh dari Eubacterium yang disebut Thermus aquaticus, spesies ini diisolasi dari
taman Yellowstone pada tahun 1969. Enzim polimerase taq tahan terhadap pemanasan
berulang-ulang yang akan membantu melepaskan ikatan primer yang tidak tepat dan
meluruskan wilayah yang mempunyai struktur sekunder.
Dengan kemajuan teknologi teknik PCR dapat dimodifikasi kedalam beberapa jenis
diantaranya:
1. Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP);
metode ini digunakan untuk membedakan organisme berdasarkan analisis model
derifat dari perbedaan DNA.
Prinsip kerja dari metode ini adalah menggunakan enzim khusus yaitu restriction
endonuclease recognition ( enzim restriksi) yang akan memotong DNA pada
sekuens yang spesifik dimana hasil pemotongan tersebut kemudian dianalisa.
Sekuens RFLP ini berbeda pada tiap individu sehingga enzim restriksi akan
memotong pada daerah yang berbeda maka akan membentuk fragmen. Contoh
dari metode ini adalah misalnya dalam kasus pembunuhan barang bukti, yang
terkumpul dan telah dianalisa akan dicocokkan dengan sampel dari kerabatnya.
Orang ini masih disebut terduga, jika hasilnya cocok dan terdapat kesamaan
fragmen hingga 100% maka orang ini disebut sebagai tersangka.
2. Inverse-PCR,
metode ini digunakan ketika hanya satu sekuen internal yang diketahui.
Template didigesti dengan enzim restriksi yang memotong bagian luar daerah
yang akan diamplifikasi, fragmen restriksi yang dihasilkan ditempelkan dengan
ligasi dan diamplifikasi dengan menggunakan sekuen primer yang memiliki titik
9
ujung yang memiliki jarak yang jauh satu sama lain dengan segmen eksternal
yang telah tergabung. Metode ini khusus digunakan untuk mengidentifikasi
”sekuen antara” dari beragam gen.
10
3. Nested-PCR,
proses ini memungkinkan untuk mengurangi kontaminasi pada produk selama
amplifikasi dari penyatuan primer yang tidak diperlukan. Dua set primer
digunakan untuk mendukung metode ini, set kedua mengamplifikasi target kedua
selama proses pertama berlangsung. Sekuens DNA target dari satu set primer yang
disebut primer inner disimpan di antara sekuens target set kedua dari primer yang
disebut sebagai outer primer. Pada prakteknya, reaksi pertama dari PCR
menggunakan outer primer, lalu reaksi PCR kedua dilakukan dengan inner primer
atau nested primer menggunakan hasil dari produk reaksi yang pertama sebagai
target amplifikasi. Nested primer akan menyatu dengan produk PCR yang pertama
dan menghasilkan produk yang lebih pendek daripada produk yang pertama.
4. Quantitative-PCR;
digunakan untuk pengukuran berulang dari hasil produk PCR. Metode ini
secara tidak langsung digunakan untuk mengukur kuantitas, dimulai dari jumlah
DNA, cDNA, atau RNA. Hasil dari metode ini juga menampilkan copy dari
sampel
11
6. Random Amplified Polymorphic DNA ( RAPD )
bertujuan untuk mendeteksi polimorfisme pada tingkat DNA. Metode ini
dikembangkan oleh Welsh and Mc Clelland (1990) dengan cara
mengkombinasikan teknik PCR menggunakan primer – primer dengan sequens
acak untuk keperluan amplifikasi lokus acak dari genom, dimana ampilifikasi
PCR berhubungan langsung dengan jumlah dan orientasi sekuen yang
komplementer terhadap primer dalam genom. Primer yang digunakan pada
metode ini RAPD berkaitan dengan suhu penempelan primer dalam reaksi
ampifikasi. Contoh penggunaan dari metode ini misalnya pembuatan peta genetic,
teknologi pangan,
12
2.6 Manfaat dari Polymerase Chain Reaction (PCR)
1. solasi Gen.
Kita tahu bahwa DNA makhluk hidup memiliki ukuran yang sangat besar,
DNA manusia saja panjangnya sekitar 3 miliar basa, dan di dalamnya
mengandung ribuan gen. Fungsi utama DNA adalah sebagai sandi genetik, yaitu
sebagai panduan sel dalam memproduksi protein, DNA ditranskrip menghasilkan
RNA, RNA kemudian diterjemahkan untuk menghasilkan rantai asam amino alias
protein. Dari sekian panjang DNA genome, bagian yang menyandikan protein
inilah yang disebut gen, sisanya tidak menyandikan protein atau disebut ‘junk
DNA’, DNA ‘sampah’ yang fungsinya belum diketahui dengan baik.
2. DNA Sequencing.
Urutan basa suatu DNA dapat ditentukan dengan teknik DNA Sequencing,
metode yang umum digunakan saat ini adalah metode Sanger (chain termination
method) yang sudah dimodifikasi menggunakan dye-dideoxy terminator, dimana
proses awalnya adalah reaksi PCR dengan pereaksi yang agak berbeda, yaitu
hanya menggunakan satu primer (PCR biasa menggunakan 2 primer) dan adanya
tambahan dideoxynucleotide yang dilabel fluorescent. Karena warna fluorescent
untuk setiap basa berbeda, maka urutan basa suatu DNA yang tidak diketahui bisa
ditentukan.
13
3. Identifikasi Forensik.
identifikasi ini dilakukan biasanya pada korban kecelakaan atau bencana alam
yang sulit untuk dikenali secara fisik, sehingga menggunakan identifikasi ini
dengan cara mengambil sampel DNA dari tubuh bagian mana pun si korban untuk
kemudian diuji laboratorium.
4. Diagnosa Penyakit.
PCR merupakan teknik yang sering digunakan. Teknologi saat ini
memungkinkan diagnosa dalam hitungan jam dengan hasil akurat. Disebut akurat
karena PCR mengamplifikasi daerah tertentu DNA yang merupakan ciri khas
virus itu sendiri yang tidak dimiliki oleh virus atau makhluk lainnya.
14
5 Hot Start PCR : teknik yang mengurangi amplifikasi non-spesifik selama proses
set up awal tahapan PCR. Ini dapat dilakukan secara manual dengan memanaskan
komponen reaksi terhadap temperatur leleh (misalnya, 95°C) sebelum
menambahkan polimerase. Khusus sistem enzim telah dikembangkan yang
menghambat polimerase, aktivitas pada suhu sekitar, baik oleh mengikat dari
antibodi atau oleh kehadiran inhibitor yang terikat kovalen yang terdisosiasi hanya
setelah suhu aktivasi langkah-tinggi. Hot-start/cold-finish PCR dicapai dengan
polimerase hibrida baru yang tidak aktif pada suhu kamar dan akan segera
diaktifkan pada suhu perpanjangan.
6 PCR spesifik Intersequence (ISSR): metode PCR untuk sidik jari DNA yang
memperkuat daerah antara mengulangi urutan sederhana untuk menghasilkan
sidik jari yang unik dengan panjang fragmen diperkuat.
7 Inverse PCR : umumnya digunakan untuk mengidentifikasi urutan mengapit
sekitar genom sisipan. Ini melibatkan serangkaian digestions DNA dan ligasi diri,
sehingga diketahui pada urutan kedua ujung urutan tidak diketahui.
8 Mediated PCR Ligasi : menggunakan linker DNA kecil diligasikan dengan DNA
kepentingan dan beberapa primer anil ke linker DNA, tetapi telah digunakan
untuk sekuensing DNA , berjalan genom , dan DNA footprinting.
9 PCR spesifik Metilasi (MSP): dikembangkan oleh Stephen Baylin dan Jim
Herman di Johns Hopkins School of Medicine dan digunakan untuk mendeteksi
metilasi dari CpG pulau dalam DNA genom.
15
BAB III
PENUTUP
3.1 KESIMPULAN
a) PCR adalah reaksi polimerase berantai, yaitu reaksi yang melibatkan enzim
polimerase yang dilakukan secara berulang-ulang dan juga merupakan Polimerase
Berantai atau dikenal sebagai Polymerase Chain Reaction (PCR), merupakan suatu proses
sintesis enzimatik untuk melipatgandakan suatu sekuens nukleotida tertentu secara in
vitro. Hasil pemeriksaan PCR dapat membantu untuk menegakkan diagnosa
sepanjang pemeriksaan tersebut dikerjakan dengan cara yang benar dan sesuai
dengan standar internasional.
b) Tahapan-Tahapan Polymerase Chain Reaction (PCR), denaturasi DNA templat,
penempelan (annealing) primer, dan polimerisasi (extension) rantai DNA.
c) Komponen-Komponen Polymerase Chain Reaction (PCR),yaitu: DNA cetakan,
Oligonukleotida primer, Deoksiribonukelotida trifosfat (dNTP), Enzim DNA
Polimerase, Komponen pendukung lain adalah senyawa buffer.
d) Jenis jenis PCR yaitu: Restriction Fragment Length Polymorphism
(RFLP),Inverse-PCR, Nested-PCR,Quantitative-PCR; Reverse Transcriptase (RT-
PCR),Random Amplified Polymorphic DNA ( RAPD )
e) Manfaat Polymerase Chain Reaction (pcr), yaitu: amplifikasi urutan nukleotida,
menentukan kondisi urutan nukleotida suatu DNA yang mengalami mutasi,
bidang kedokteran forensik, melacak asal-usul sesorang dengan membandingkan
DNA “finger print”.
f) Variasi dari Polymerase Chain Reaction (PCR) seperti: Alel-spesifik PCR,
Polymerase Cycling Assembly, Asymmetric PCR, Hot Start PCR, PCR spesifik
Intersequence, Inverse PCR, Mediated PCR Ligasi, dll.
3.2 SARAN
Dari pembahasan tentang Polymerase Chain Reactions (PCR) diharapkan agar kepada
semua siswa maupun mahasiswa yang menggunakannya, tidak berhenti disini melainkan
harus memiliki motivasi untuk mencari sumber informasi yang terbaru mengenai materi ini
,agar perkembangan materi ini dapat di ikuti.
16
DAFTAR PUSTAKA
Campbell, N.A., B.R. Jane, G.M. Lawrence, 2000, Biologi Jilid 1 Edisi Kelima, Penerbit
Erlangga, Jakarta
17