Homology

Modelling
SLIDESMANIA.C

Zahra & Melya Puspitasari

 Outline
■ Pendahuluan

■ Homology Modelling

■ Protein 4uv7

■ Langkah kerja

■ Isi

■ Penutup
SLIDESMANIA.C
 Pendahuluan
Latar belakang dan tujuan
SLIDESMANIA.C
 Latar Belakang
 Sifat dan fungsi protein secara biokimia molekular sangat ditentukan oleh struktur
tiga dimensi (3D) protein. Penentuan struktur 3D protein dapat dilakukan dengan
menggunakan peralatan laboratoriun, antara lain Difraksi Sinar-X, Nuclear
Magmetic Resonance, dan lain-lain.

 Namun cara tersebut sangat rumit, lama dan memerlukan biaya sangat besar untuk
penentuan satu struktur protein.

 Secara in silico ada 3 (tiga) metode pemodelan struktur 3D protein, yaitu homology
modelling, fold recognition dan ab initio
SLIDESMANIA.C
 Tujuan
o membuat model struktur 3D protein 4uv7 o Kajian tersebut antara lain mempelajari sifat
menggunakan server SWISSMODEL. dan struktur protein, mengkaji mekanisme
Informasi tentang struktur 3D protein 4uv7 interaksi dengan protein tersebut dengan
dapat memudahkan pengembangan kajian senyawa lain melalui docking molekul.
yang berbasis struktur protein tersebut.
SLIDESMANIA.C
 Homology Modelling
SLIDESMANIA.C

― Irene M. Pepperberg
 Deskripsi

pemodelan struktur 3D protein berdasarkan pada pensejajaran

sekuen asam amino protein target dengan protein lain yang telah
diketahui struktur 3D-nya secara instrumentasi. 1

Homology modeling merupakan solusi untuk mendapatkan informasi struktur

protein apabila terjadi kegagalan dalam eksperimen karena protein yang terlalu
besar untuk analisis NMR dan tidak dapat dikristalisasi untuk difraksi sinar X 1

Proses homology modeling struktur protein dilakukan menggunakan protein homolog

atau protein yang memiliki hubungan struktur dalam famili yang sama dengan asumsi
bahwa protein dalam satu famili dihubungkan oleh evolusi ancestor yang memberikan
SLIDESMANIA.C

bentuk dasar yang sama.1

Krieger, E., Nabuurs, S. B., & Vriend, G. (2005). Homology Modeling. In Structural
1

Bioinformatics. https://doi.org/10.1002/0471721204.ch25
 Protein ERBB-2
(Receptor
Tirosin Kinase
2)
SLIDESMANIA.C

This is where you section ends. Duplicate this set of slides as many times you need to go over all your sections.
 gen ini mengkodekan anggota dari kelompok
reseptor EGF dari reseptor tirosin kinase.
Protein ini tidak memiliki domain pengikatan
sendiri sehingga tidak dapat mengikat factor
pertumbuhan.
Namun ia mengikat erat ke kelompok reseptor
EGF yang terikat dengan ligan lainnya untuk
membentuk heterodimer.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/2064
SLIDESMANIA.C

https://cn.sinobiological.com/resource/her2-erbb2/proteins
 Protein 4uv7
The complex structure of
extracellular domain of EGFR and
GC1118A
SLIDESMANIA.C
 Protein 4uv7
The complex structure of extracellular
domain of EGFR and GC1118A.

https://www.rcsb.org/3d-view/4UV7/1
SLIDESMANIA.C

https://www.rcsb.org/structure/4UV7
 Langkah Kerja

Pemilihan sekuens
target Identifikasi Pemodelan
template target Sekuens target

Penilaian Model
SLIDESMANIA.C
SLIDESMANIA.C
SLIDESMANIA.C
SLIDESMANIA.C
SLIDESMANIA.C
SLIDESMANIA.C
SLIDESMANIA.C
SLIDESMANIA.C
SLIDESMANIA.C
SLIDESMANIA.C

https://swissmodel.expasy.org/assess/2pAkWp/01
SLIDESMANIA.C
Mutasi
SLIDESMANIA.C
SLIDESMANIA.C
SLIDESMANIA.C
SLIDESMANIA.C
 KESIMPULA
N
● Pemodelan homologi menyediakan metode alternatif hemat
biaya yang layak untuk menghasilkan model. Studi pemodelan
homologi dilakukan melalui penggunaan teknik visualisasi, dan
sifat diferensial dari protein dapat ditemukan.
● Hasil blast untuk mutase Receptor tyrosine-protein kinase erbB-
2 isoform b (NP _001005862.1:p.Arg866Cys)dengan jenis
Missense Varian Arg>Cys didapatkan protein 6BGT untuk
dijadikan template HM.
SLIDESMANIA.C
 Thank you!
Do you have any questions?
SLIDESMANIA.C