Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

Proteomik
DR NANDA AYU PUSPITA, MKES . , PHD
Tujuan

✓ Untuk mengembangkan pemahaman tentangproteomik

✓ Untuk mengembangkan pengetahuan praktis tentangproteomikdan kegunaannya dalampenelitian

biomedis

✓ Untuk mengembangkan keterampilan dalampenerapan teknik laboratorium di

bidang penelitian biomedis dan proteomik.
 Perjalanan kita…

➢ pengantar
➢ 5 Pilar Utama Penelitian Proteomik
➢ Penerapan Proteomik dalam penelitian biomedis
Pusat
Dogma

genom Transkriptome proteom

Biologis
fungsi
https://www.news-medical.net/life-sciences/-Types-of-RNA-mRNA-rRNA-and-tRNA.aspx
Definisi ?
genom Apa itu genom?
Genom adalah kumpulan DNA lengkap suatu organisme, termasuk semua gennya. Setiap genom berisi semua informasi yang
dibutuhkan untuk membangun dan memelihara organisme itu. Pada manusia, salinan seluruh genom—lebih dari 3 miliar
pasangan basa DNA—terkandung dalam semua sel yang memiliki nukleus. Genom manusia terdiri dari DNA (asam
deoksiribonukleat), molekul panjang berliku yang berisi instruksi yang dibutuhkan untuk membangun dan memelihara sel.
Instruksi-instruksi ini dijabarkan dalam bentuk "pasangan basa" dari empat bahan kimia yang berbeda, disusun menjadi 20.000
hingga 25.000 gen.

Transkriptome Apa itu transkriptom?

Agar instruksi dapat dilakukan, DNA harus "dibaca" dan ditranskripsi - dengan kata lain, disalin - ke dalam RNA.
Pembacaan gen ini disebut transkrip, dan transkriptom adalah kumpulan dari semua pembacaan gen yang ada
dalam sel.

proteom Apa itu Proteom?

Proteom adalah set lengkap protein yang diekspresikan oleh suatu organisme. Istilah ini juga dapat digunakan untuk
menggambarkan bermacam-macam protein yang diproduksi pada waktu tertentu dalam sel atau jenis jaringan tertentu. Proteom
adalah ekspresi genom suatu organisme.
Gen bekerja
✓ Protein dibuat berdasarkan
instruksi dalam urutan DNA gen.

✓ Instruksi ditranskripsi menjadi

mRNA
✓ mRNA meninggalkan nukleus dan
masuk ke sitoplasma.
✓ Ribosom yang akan menerjemahkan
informasi dalam mRNA untuk merakit
blok bangunan asam amino untuk
menghasilkanprotein

https://www.genome.gov/pages/education/allaboutthehumangenomeproject/guidetoyourgenome07_vs2.pdf
 ribuan
protein !!!

Berbeda dengan genom, yang

dicirikan oleh stabilitasnya,
proteomeaktif berubah
dalam menanggapi berbagai
faktor, termasuk tahap
perkembangan organisme dan
kondisi internal dan eksternal.
 • Studi tentang satu set protein yang dikodekan oleh genom
• Tidak hanya semua protein dalam sel tertentu, tetapi juga
• Himpunan semua isoform dan modifikasi protein
proteom PROTEOMI • Interaksi di antara mereka
• Protein deskripsi struktural dan kompleks
tingkat tinggi mereka
• Hampir semuanya 'pasca-genomik'.

• Proteomik tidak akan mungkin terjadi tanpa

pencapaian genomik sebelumnya
genom GENOMIK • Studi genomik memberikan 'cetak biru' dari produk
gen yang mungkin
• Produk gen adalah titik fokus studi proteomik
Proteomik melengkapi pendekatan genomik fungsional lainnya
Protein dalam
dasar
Definisi
Definisi
▪ Protein adalah molekul kompleks
▪ Struktur protein tergantung
pada urutan asam amino dan
ikatan kimia lokal berenergi
rendah antara atom di tulang
punggung polipeptida dan
rantai samping asam amino
▪ Struktur protein memainkan peran kunci
dalam fungsinya; jika protein kehilangan
bentuknya pada tingkat struktural apa pun,
protein itu mungkin tidak lagi berfungsi
Struktur Protein
◦ Struktur primer adalah urutan
asam amino.
◦ Struktur sekunder adalah interaksi lokal
antara bentangan rantai polipeptida dan
mencakup struktur lembaran -helix dan
-lipit.
◦ Struktur tersier adalah keseluruhan pelipatan
tiga dimensi yang sebagian besar didorong oleh
interaksi antara gugus R.
◦ Struktur kuarterner adalah orientasi
dan susunan subunit dalam protein
multisubunit
Fungsi Protein

Struktur protein : kolagen, keratin, elastin

Transpor molekul : hemoglobin, GLUT
hormon

Reseptor : reseptor membran

Enzim dan biomolekul lainnya
 Proteomik berbasis spektrometri massa

5 Tengah Proteomik berbasis array

pilar dari
Proteomik struktural
Proteomik
Riset Informatika

Proteomik klinis

Tyers M, Mann M. Dari genomik hingga proteomik. Alam. 2003;422(6928)::193-7.

Proteomik berbasis spektrometri massa
• Upaya proteomik awal mengandalkan pemisahan protein dengan
elektroforesis gel 2D, diikuti dengan identifikasi spektrometri massa
dari bintik-bintik protein.

Terlepas dari popularitasnya, ada beberapa batasan:

• Analisis campuran protein bebas gel : mis.Kromatografi
• Protein dengan nilai pI yang ekstrim (yaitu, protein cair 2D, dikombinasikan dengan spektrometri massa
yang sangat basa dan asam) dan protein dengan
domain transmembran tidak dapat
dipisahkan dengan metode ini
• proses pencernaan dalam gel itu melelahkan

COUPLED SIZE-EXCLUSION CHROMATOGRAFI(SEC) DAN RPLC

Reproduksibilitas yang baik dan pemulihan protein/peptida.
Resolusi lebih rendah

2DE
RP DAN RPLC Gabungan
Keterbatasan metode ini adalah bahwa protein dengan
kelimpahan rendah jarang diamati

COUPLED RPLC DAN ELECTROPHORESIS CAPILLARY

Membutuhkan sampel yang sangat terkonsentrasi

PERTUKARAN ION Gabungan

KROMATOGRAFI (IEC) DAN KROMATOGRAFI RP Tidak optimal
untuk campuran peptida yang sangat kompleks Metode yang kuat
untuk sampel yang kurang kompleks

2DLC-LC-MS
Liu H, Lin D, Yates III JR. Pemisahan multidimensi untuk analisis protein/peptida di era pasca-genomik. Bioteknik. 2002;32(4):898-911.
Proteomik berbasis spektrometri massa

• Identifikasi dan Kuantifikasi Protein

• Profil Protein
• Interaksi Protein
• Analisis Modifikasi Protein
 Proteomik berbasis spektrometri massa

5 Tengah Proteomik berbasis array

pilar dari
Proteomik struktural
Proteomik
Riset Informatika

Proteomik klinis

Tyers M, Mann M. Dari genomik hingga proteomik. Alam. 2003;422(6928)::193-7.

Prinsip Aplikasi

Itu teknik penawaran tinggi

spesifik, tetapi memakan waktu.
Namun, ini terbatas untuk
menganalisis spesimen klinis yang
heterogen dan dapat mengalami
kekurangan afinitas antibodi yang
tak tertandingi pada satu susunan.

Chen B, Liu Y, Shen Y, Xia Z, He G, Liang S. Protein microarrays dalam aplikasi di seluruh proteome. Jurnal Proteomik & Bioinformatika. 2014(S12)::1. 2764}
Susunan protein dalam Penelitian Biomedis

• Mengevaluasi kekhususan senyawa timbal dalam upaya penemuan obat

• Mengidentifikasi target sekunder molekul kecil bioaktif
• Mengevaluasi spesifisitas di antara serangkaian target terkait dalam format
penyaringan throughput tinggi.

Array pendeteksi protein

• Digunakan untuk memantau tingkat dan status kimiawi protein asli.
• Eksperimen profil seluruh proteome dan diagnostik klinis

Susunan fungsi protein ,

• Berguna untuk mempelajari aktivitas dan sifat pengikatan
protein asli
• Dalam mengatasi kekhususan molekul kecil yang mengikat protein,
termasuk kandidat obat.

Kodadek T. Protein mikroarray: prospek dan masalah. Kimia & Biologi. 2001;8(2):105-15.
a) Sandwich immunoassay, antibodi penangkap diimobilisasi pada penyangga padat, dan protein terikat dideteksi
menggunakan antibodi deteksi berlabel kedua.
b) Uji penangkapan antigen, protein juga ditangkap oleh antibodi yang tidak bergerak, tetapi protein yang ditangkap dideteksi secara
langsung. Ini biasanya dicapai dengan memberi label secara kimiawi pada campuran kompleks protein sebelum menerapkannya
ke susunan. Dalam versi dua warna dari pengujian ini, dua sampel diberi label secara independen dengan fluorofor yang dapat
dibedakan, dan sampel dicampur sebelum menerapkannya ke susunan.
c) Uji langsung, campuran kompleks protein itu sendiri diimobilisasi pada penyangga padat, dan protein spesifik dalam campuran itu
divisualisasikan menggunakan antibodi pendeteksi berlabel.

Kodadek T. Protein mikroarray: prospek dan masalah. Kimia & Biologi. 2001;8(2):105-15.
 Proteomik berbasis spektrometri massa

5 Tengah Proteomik berbasis array

pilar dari
Proteomik struktural
Proteomik
Riset Informatika

Proteomik klinis

Tyers M, Mann M. Dari genomik hingga proteomik. Alam. 2003;422(6928)::193-7.

 Tujuan:
Proteomik struktural • Untuk mencapai cakupan yang komprehensif dari struktur
protein individu
• Untuk menganalisis struktur kompleks protein besar

TANTANGAN:
• Kompleksitas struktur protein
• Struktur domain protein : unit dasar klasifikasi struktur
protein
Domain “polipeptida dari bagian rantai polipeptida yang dapat
secara independen melipat menjadi struktur tersier yang stabil”
adalah unit penting yang diacak, diduplikasi, dan digabungkan menjadi
protein yang lebih besar.
• Melipat : Deskriptor kualitatif paling mendasar dari struktur
domain

Sali A, Glaeser R, Earnest T, Baumeister W. Dari kata-kata hingga sastra dalam proteomik struktural. Alam. 2003;422(6928):216.
Proteomik struktural

Sistem klasifikasi struktur protein utama :

• SCOP (Klasifikasi Struktural Protein)
• CATH (Arsitektur Kelas-Topologi-
Homologi)
• DALI/FSSP (Klasifikasi Lipat berdasarkan
Structure-Structure Alignment)
Basis data Struktur Kuartener
Protein (PQS)
(http://pqs.ebi.ac.uk/pqs-
doc.shtml ):
Saat ini mengandung ~10.000 kumpulan
protein yang didefinisikan secara struktural
yang dianggap memiliki signifikansi biologis,
yang berasal dari berbagai organisme

Kompleksitas:
• Proteom ragi terdiri dari ~ 6.200 protein
• Proteom manusia terdiri lebih dari
100.000 protein
 domain TAD
Proteomik struktural domain DBD

Contoh : p53
P53 membentuk tetramer
• 4 bundel heliks lipat
• Penting untuk pengikatan DNA, interaksi protein-
protein, modifikasi pasca-translasi, dan degradasi
p53

domain OD domain CTD

Struktur domain protein P53 Struktur kristal domain p53

Sali A, Glaeser R, Earnest T, Baumeister W. Dari kata-kata hingga sastra dalam proteomik struktural. Alam. 2003;422(6928):216.
Metode eksperimental untuk karakterisasi struktural rakitan
kristalografi sinar-X Metode yang paling kuat untuk penentuan struktur karena mampu memberikan struktur atom seluruh
rakitan
Spektroskopi resonansi Memungkinkan penentuan struktur atom dari subunit yang semakin besar dan bahkan kompleksnya
magnetik nuklir (NMR)

kristalografi elektron (mikroskop elektron dua dimensi/2D EM) dan analisis partikel tunggal dapat mengungkapkan bentuk dan simetri
rakitan, terkadang pada resolusi mendekati atom, tetapi lebih sering pada resolusi menengah

tomografi elektron Meskipun dapat digunakan untuk mempelajari struktur rakitan makromolekul terisolasi pada resolusi yang relatif rendah, potensi
sebenarnya terletak pada memvisualisasikan rakitan dalam konteks seluler yang tidak terganggu.

Mikroskop elektron-imun Dapat digunakan untuk menentukan perkiraan posisi protein dalam konteks perakitan

Ikatan silang kimia dengan Dapat digunakan untuk mengidentifikasi kontak protein biner dan orde tinggi
spektroskopi massa

Pemurnian afinitas dengan Menggabungkan pemurnian kompleks protein dengan identifikasi komponen masing-masing dengan spektroskopi
spektroskopi massa massa

Resonansi fluoresensi Ini dapat diterapkan untuk memantau interaksi protein jika satu protein menyatu dengan donor fluoresensi dan pasangan
transfer energi (FRET) potensialnya ke akseptor fluoresensi

Mutagenesis yang diarahkan situs Dapat mengungkapkan subunit mana dalam kompleks yang berinteraksi satu sama lain dan terkadang wajah apa yang terlibat dalam
interaksi

Sistem dua-hibrida ragi Mendeteksi interaksi protein biner dengan mengaktifkan ekspresi gen reporter pada pengikatan langsung antara dua
protein yang diuji

Susunan protein Menghasilkan deteksi interaksi biner

Sali A, Glaeser R, Earnest T, Baumeister W. Dari kata-kata hingga sastra dalam proteomik struktural. Alam. 2003;422(6928):216.
 Proteomik berbasis spektrometri massa

5 Tengah Proteomik berbasis array

pilar dari
Proteomik struktural
Proteomik
Riset Informatika

Proteomik klinis

Tyers M, Mann M. Dari genomik hingga proteomik. Alam. 2003;422(6928)::193-7.

Informatika
Informatika untuk proteomik
membutuhkan beberapa teknologi
proteomik platform, termasuk:
• Elektroforesis gel
poliakrilamida 2D
• Susunan protein dan antibodi
• Spektrometri massa
• Identifikasi protein oleh PMF
• Kuantisasi protein
Basis data protein:
• SEQUEST
• MASKO
• X! Tandem
• SWISSPROT
• LokusLink
Alur kerja khas pemrosesan informatika proteomik dari kumpulan data
• CAKUPAN

• OLAV, dan banyak lagi

Deutsch EW, Lam H, Aebersold R. Analisis data dan alat bioinformatika untuk spektrometri massa tandem dalam proteomik. genomik fisiologis. 2008;33(1):18-25
Informatika

DATA INFORMASI PENGETAHUAN

Struktur informatika dari eksperimen proteomik sederhana yang melibatkan berbagai teknik analitik
Latihan di Kelas
https://www.uniprot.org/

BERI COBA UNTUK MEMERIKSA DATABASE PROTEOME MANUSIA DI UN I PROT

 Proteomik berbasis spektrometri massa

5 Tengah Proteomik berbasis array

pilar dari
Proteomik struktural
Proteomik
Riset Informatika

Proteomik klinis

Tyers M, Mann M. Dari genomik hingga proteomik. Alam. 2003;422(6928)::193-7.

Proteomik klinis
Pendekatan proteomik untuk investigasi penyakit didasarkan pada kesenjangan
besar antarapatogenesis penyakit dan dalam pengembangan strategi yang
efektifuntuk diagnosis dini dan untukperlakuan

untuk diagnosis dini perlakuan

Proteomik Penyakit Hanash S. Alam. 2003;422(6928):226.

Proteomik klinis

Pendekatan Proteomik :
• Penggambaran ekspresi protein yang berubah di
seluruh sel atau tingkat jaringan, struktur subselular,
dalam kompleks protein dan dalam cairan biologis
• Pengembangan biomarker baru untuk
diagnosis dan deteksi dini penyakit
• Identifikasi target baru untuk terapi
• Potensi untuk mempercepat pengembangan obat
melalui strategi yang lebih efektif untuk mengevaluasi
efek terapeutik dan toksisitas
elektroforesis 2D
Proteomik klinis

Penggunaan gel dua dimensi dalam proteomik penyakit

→ Ekspresi protein profil global
Selama tahun-tahun awal proteomik dan sampai saat ini,
pembuatan profil ekspresi protein pada penyakit bergantung
terutama pada penggunaan elektroforesis gel poliakrilamida
dua dimensi.

Klasifikasi leukemia ke dalam subtipe yang

berbeda (awal 1980-an)

Hanash S, Madoz-Gurpide J, Misek D. Identifikasi target baru untuk terapi kanker menggunakan ekspresi proteomik. Leukemia. 2002;16(4):478.
Klasifikasi leukemia limfoblastik akut (ALL) menjadi subtipe yang berbeda(1)

Sel leukemia :
1. Diklasifikasikan sebagai sel B atau sel T sifat Populasi sampel:
(berdasarkan adanya penanda permukaan • 29 CALLA(+)
membran)→20% kasus non-T, non-B ALL
2. Diklasifikasikan sebagai non-B, non-T, atau null-sel ALL • 7 CALLA(-) non-
(karena kurangnya penunjukan yang lebih baik)→80% T, non-B SEMUA

kasus • 6 sel T ALL

• 2 sel B ALL
Sebagian besar tetapi tidak semua pasien dalam kelompok • Jenis kanker padat
ke-2 kemudian ditemukan mengekspresikan antigen yang lainnya dan
disebut sebagai antigen leukemia limfoblastik akut umum AML
(CALLA).

Elektroforesis gel 2D dengan pewarnaan perak:

• 600 bintik polipeptida diskrit (tidak termasuk protein yang mencemari)
• Sebagian besar polipeptida terletak dalam kisaran pemfokusan
efektif pH 4,0-8,0 dengan Mr 15.000-100.000.

(1) Hanash SM, Baier LJ, McCurry L, Schwartz SA. Penanda polipeptida terkait garis keturunan pada leukemia limfoblastik akut terdeteksi oleh elektroforesis gel dua .
dimensi Prosiding National Academy of Sciences. 1986;83(3):807-11.
Klasifikasi leukemia limfoblastik akut (ALL) menjadi subtipe yang berbeda (1)

Distribusi 12 penanda titik polipeptida di antara berbagai jenis sel yang dianalisis
Klasifikasi leukemia limfoblastik akut (ALL) menjadi subtipe yang berbeda(1)

Penanda Polipeptida di CALL

Empat polipeptida diidentifikasi yang dapat membedakan cALL

dari sel T dan sel B ALL:
1. L1 : CALL meningkat tajam (juga ada di penginapan semua tipe
ALL)
2. L2,L3,L4 : ada dalam gel cALL tetapi tidak ada dalam gel
3. sel T dan sel B ALL.
Klasifikasi leukemia limfoblastik akut (ALL) menjadi subtipe yang berbeda(1)

Temuan:
• Mengidentifikasi garis keturunan daridua kasus leukemia akut, sel
asal yang tidak dapat ditentukan dengan analisis penanda
morfologis, sitokimia, atau imun
• Distribusi 12 penanda limfoid dalam gel dari kedua
pasien ini tidak menunjukkan asal limfoid dari sel
leukemia.
• Sebaliknya, kedua pasien menunjukkan penanda yang telah kami
deteksi pada leukemia myelogenous akut

diagnosis dini perlakuan

 Perjalanan kita…

➢ pengantar
➢ 5 Pilar Utama Penelitian Proteomik
➢ Penerapan Proteomik dalam penelitian biomedis
Penerapan proteomik dalam biologi
BIOMEDIS
RISET ??

Graves PR, Haystead TA. Panduan ahli biologi molekuler untuk proteomik. Mikrobiologi dan ulasan biologi molekuler. 2002;66(1):39-63.
BIOMEDIS Ilmu biomedis menyiratkan penerapan prinsip, teori, dan inovasi biologi
untuk pengembangan alat dan teknik yang menemukan aplikasi yang
RISET ?? meningkat dalampengobatan medis penyakit

Studi protein dan

Karakterisasi dari
peptida
penyakit
Patogen
Proses patologis
Identifikasi biomarker
Alat diagnostik baru
PROTEOMI atau target potensial
Pengembangan obat
Toksikologi
Respon terhadap agen
terapeutik
Dan masih banyak lagi…
APA YANG KITA LIHAT DARI PROTEOMI DALAM PENELITIAN BIOMEDIS?

WHO

APA

BAGAIMANA

KAPAN DI MANA

TUJUAN STUDI
Peta berbasis jaringan dari proteome manusia Fragmen Per Kilobase Transkrip Per
Juta Pembacaan yang Dipetakan (FPKM)

https://www.proteinatlas.org

Uhlén M, Fagerberg L, Hallström BM, Lindskog C, Oksvold P, Mardinoglu A, dkk. Peta berbasis jaringan dari proteom manusia. Sains. 2015;347(6220).
Penerapan proteomik dalam biomedis

▪ Proteomik pada penyakit kardiovaskular

▪ Proteomik dalam onkologi
▪ Proteomik pada penyakit metabolik
▪ Proteomik dalam penemuan obat
▪ Proteomik dalam reaksi obat yang merugikan dan
mekanisme resistensi obat
▪ Proteomik dalam mikrobiologi medis dan parasitologi
▪ Proteomik pada penyakit autoimun
▪ …….sebut saja…..
JANTUNG
PROTEOMI

Uhlén M, Fagerberg L, Hallström BM, Lindskog C, Oksvold P, Mardinoglu A, dkk. Peta berbasis jaringan dari proteom manusia. Sains. 2015;347(6220).
 JANTUNG
PROTEOMI

Perjalanan…..
• Itu dimulai dari elektroforesis gel 2D
• Cakupan pH 3-10 adalah ~2000 protein
• Hati manusia mengekspresikan lebih dari 10.000
protein

lisat protein miokard

Uhlén M, Fagerberg L, Hallström BM, Lindskog C, Oksvold P, Mardinoglu A, dkk. Peta berbasis jaringan dari proteom manusia. Sains. 2015;347(6220).
 JANTUNG
PROTEOMI

Perjalanan…..
• Itu dimulai dari elektroforesis gel 2D
• Cakupan pH 3-10 adalah ~2000 protein
• Hati manusia mengekspresikan lebih dari 10.000
protein
• Meningkatkan cakupan proteomik dengan gel zoom 2D
• 2DE protein dasar

Zoom gel

Uhlén M, Fagerberg L, Hallström BM, Lindskog C, Oksvold P, Mardinoglu A, dkk. Peta berbasis jaringan dari proteom manusia. Sains. 2015;347(6220).
 JANTUNG
PROTEOMI

Perjalanan…..
• Itu dimulai dari elektroforesis gel 2D
• Cakupan pH 3-10 adalah ~2000 protein
• Hati manusia mengekspresikan lebih dari 10.000
protein
• Meningkatkan cakupan proteomik dengan gel zoom 2D
• 2DE protein dasar
• Fraksinasi seluler, subseluler dan protein :
imuno-isolasi, flow cytometry, isolasi gradien
densitas, teknik kromatografi dan Laser
Capture Microdissection (LCM).
• 'Pendekatan Shotgun: LC/MS, MudPit, dll
• Bioinformatika LCM jaringan jantung manusia. A) Miosit;
B. Pembuluh darah.

Uhlén M, Fagerberg L, Hallström BM, Lindskog C, Oksvold P, Mardinoglu A, dkk. Peta berbasis jaringan dari proteom manusia. Sains. 2015;347(6220).
JANTUNG Basis data protein Jantung Manusia 2D:

PROTEOMI • HATI-2DPAGE→http://www.chemie.fu-berlin.de/

Kardiomiopati (CDM)

Jalur transduksi sinyal PKC

Karakterisasi dari
penyakit Disfungsi mitokondria pada penyakit jantung

Model hewan penyakit jantung

Proteomik miosit jantung yang dikultur

Uhlén M, Fagerberg L, Hallström BM, Lindskog C, Oksvold P, Mardinoglu A, dkk. Peta berbasis jaringan dari proteom manusia. Sains. 2015;347(6220).
 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3823441/pdf/jcmm0016-2471.pdf

KARDIOMIOPATI dilatasi vs alur kerja

KARDIOMIOPATI ISKEMIK
• Etiologi tidak diketahui Contoh : ICM, gel 2D
• Penyakit parah yang ditandai dengan gangguan CDM, SEHAT elektroforesis
fungsi sistolik→gagal jantung PASIEN dan analisis gel
• Investigasi proteomik : ~100 protein jantung diubah
secara signifikan dalam ekspresinya di DCM.

MS untuk dipilih Western Blot

bintik-bintik untuk gel 2D

PPI Hasil

Rosello-Lleti E, Alonso J, Cortes R, Almenar L, Martinez-Dolz L, Sanchez-Lazaro I, dkk. Perubahan protein jantung pada kardiomiopati iskemik dan dilatasi: studi proteomik jaringan ventrikel kiri
manusia. Sel J Mol Med. 2012;16(10):2471-86.
Analisis proteom berbasis 2DE dari ICM dan DCM

33 titik diubah di DCM (24 diatur ke

atas, 9 diatur ke bawah)

35 tempat diubah di ICM (20

diregulasi, 15 diregulasi ke bawah)

Rosello-Lleti E, Alonso J, Cortes R, Almenar L, Martinez-Dolz L, Sanchez-Lazaro I, dkk. Perubahan protein jantung pada kardiomiopati iskemik dan dilatasi: studi proteomik jaringan ventrikel kiri
manusia. Sel J Mol Med. 2012;16(10):2471-86.
 G3P diekspresikan secara berlebihan pada pasien dengan

ICM dan DCM dibandingkan dengan sampel CNT

HSP71 diekspresikan secara berlebihan pada pasien dengan ICM yang kontras dengan
G3P: gliseraldehida-3-fosfat dehidrogenase
sampel CNT

HSP71 adalah protein kejutan panas yang terlibat dalam pemulihan sel, 2DE western blot
kelangsungan hidup dan pemeliharaan fungsi seluler

analisis
Rosello-Lleti E, Alonso J, Cortes R, Almenar L, Martinez-Dolz L, Sanchez-Lazaro I, dkk. Perubahan protein jantung pada kardiomiopati iskemik dan dilatasi: studi proteomik jaringan ventrikel kiri
manusia. Sel J Mol Med. 2012;16(10):2471-86.
Analisis PPI (Protein-Protein Interaction) – Jalur Kecerdasan

Perangkat lunak Analisis Jalur

Kecerdikan (Sistem Kecerdasan)
digunakan untuk menyelidiki
kemungkinan interaksi antara
protein yang diidentifikasi
umum di kedua etiologi untuk
menyoroti jaringan yang
dominan.

ICM dan DCM berbagi

jalur yang sama

Rosello-Lleti E, Alonso J, Cortes R, Almenar L, Martinez-Dolz L, Sanchez-Lazaro I, dkk. Perubahan protein jantung pada kardiomiopati iskemik dan dilatasi: studi proteomik jaringan ventrikel kiri
manusia. Sel J Mol Med. 2012;16(10):2471-86.
 33 titik diubah di DCM (24 diatur ke atas, 9 diatur ke bawah)

35 tempat diubah di ICM (20 diatur ke atas, 15 diatur ke bawah)

Hasil Perubahan ekspresi sebelas protein yang umum pada etiologi

iskemik dan dilatasi
Juga protein yang berbeda diubah pada kedua kelompok

ICM dan DCM berbagi jalur yang sama

Rosello-Lleti E, Alonso J, Cortes R, Almenar L, Martinez-Dolz L, Sanchez-Lazaro I, dkk. Perubahan protein jantung pada kardiomiopati iskemik dan dilatasi: studi proteomik jaringan ventrikel kiri
manusia. Sel J Mol Med. 2012;16(10):2471-86.
PROTEOMI DAN
KANKER
PROTEOMI DAN
pengendali utama dari
KANKER gen
perilaku seluler

Kanker adalah penyakit multifaset yang dihasilkan dari

jaringan pensinyalan seluler normal yang tidak teratur

pertumbuhan tumor langsung,

protein
ekspresi invasi, metastasis,
interaksi dengan

Tujuan Utama Penelitian sel sekitarnya, dan

respon terhadap terapi
Kanker :
• Pencegahan
• Deteksi dini
• Intervensi Dini
PROTEOMI DAN
KANKER

Tujuan Utama Penelitian Kanker :

• Pencegahan Terapi

• Awal D eteksi NOVEL

BIOMARKER

• Intervensi Dini Tanggapan

Untuk Terapi
 TUMOR
BIOMARKER
WAKTU YANG LAMA :

distilasi protein, Enzyme Linked

• Sebagian besar penanda tumor yang digunakan saat ini diidentifikasi Immuno Sorbent Assay,
dari pendekatan berbasis protein, Western Blot dan Gel
Elektroforesis
• Dari identifikasi pada 1800-an dari endapan urin
abnormal pada multiple myeloma (protein Bence-Jones)
hingga generasi antibodi spesifik tumor terhadap garis
sel kanker epitel
WAKTU MODERN:
HALAMAN 2D, spektrometri massa, MALDI,
Elektrospray Ionization, SELDI-TOF
 KANKER PAYUDARA
PENGALAMAN

2 Hasil Utama dari Analisis Proteomik Kanker Payudara : 1.

Penanda molekuler baru (diagnosis dini dan profiling)
2. Jalur pensinyalan
 PENGALAMAN KANKER PAYUDARA

Pertumbuhan kanker payudara diatur oleh

hormon estrogenik (estradiol dan progesteron)
dan berbagai faktor pertumbuhan lainnya→
KOMPLEKSITAS ADALAH MASALAH!!

Jalur Pensinyalan NGF pada kanker payudara

PENGALAMAN KANKER PAYUDARA

Penanda:
HSP90
HSP70
HSP20
CA15-3

Protokol Analisis Proteomik untuk definisi target obat pada kanker payudara
 PENGALAMAN KANKER PAYUDARA
Sampel: Serum
dari kanker payudara
dan kendalikan
populasi

gel 2D
elektroforesis dan
analisis gel

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.10 02/
pmic.200390058
MS untuk dipilih
bintik-bintik

Western Blot untuk 2D

gel

alur kerja

Rui, Z., dkk. (2003). "Penggunaan metode proteomik serologis untuk menemukan biomarker yang terkait dengan kanker payudara."Proteomik 3(4): 433-439.
PENGALAMAN KANKER PAYUDARA

• Proteomik dalam biomarker kanker payudara masih dalam tahap

eksplorasi perintis
• Penanda serum yang banyak digunakan untuk kanker payudara digunakan
untuk memantau terapi, bukan untuk diagnosis
• Tantangannya adalah memindahkan proteomik kanker payudara dari bangku ke

samping tempat tidur

PENEMUAN OBAT
PROSES PENEMUAN OBAT
Studi praklinis
Pendekatan proteomik dalam penemuan obat
Alur kerja eksperimental dalam proteomik kimia. (sebuah)Pendekatan proteomik global: (b)Profil
protein berbasis aktivitas (ABPP) (c)Senyawa yang diinginkan dapat dimodifikasi dan diimobilisasi pada
penyangga padat.

Drewes, G. (2012). Proteomik kimia dalam penemuan obat.Proteomik Kimia , Pegas:15-21.

KESIMPULAN:

❑ Pendekatan proteomik digunakan dalam penelitian biomedis

untuk tujuan perawatan medis penyakit
❑ Tujuan penerapan proteomik dalam penelitian biomedis :
✓ Karakterisasi penyakit
✓ Identifikasi biomarker potensial atau target terapeutik
✓ Respon terhadap agen terapeutik
Terima kasih