NIM :22416248201018
Kelas :FM22F
RESUME
“Genome,Gen,danMekanismeEpigenetikMetilasiHistone”
Genom
• Genom dalam genetika dan biologi molecular modern adalah
keseluruhaninformasi genetic yang dimiliki suatu sel atau organisme atau
khususnyakeseluruhanasam nukleatyang memuat informasitersebut.
• Secara fisik, genom dapat terbagi menjadi molekul-molekul asam
nukleatyangberbeda(sebagai kromosom/plasmid).
• Secarafungsi,genomdapatterbagimenjadigengen.
• Prokariota memiliki genom yang lebih kecil dengan jumlah gen lebih
sedikitdandensitas gen lebihbesar biladibandingkandengan eukariota.
• Bakteria dan arkea umumnya memiliki genom berukuran sekitar 1–6
jutapasangan basa(Mb)yang mengandung 1.500–7.500 gen.
• Jumlah gen dalam genom eukariota dapat mencapai 5.000 pada fungi
berseltunggalsampai dengan 40.000 padamakhluk multiselular.
• Eukariota secara umum memiliki jumlah gen yang lebih sedikit per
pasanganbasadibandingkan denganprokariota,
yaitudensitasgennyalebihrendah.
1. GenomEukariot
Genom manusia merupakan model yang baik bagi genom
eukariotsecara umum. Genom nuclear eukariotik memiliki molekul DNA
linear yangterdapat di dalam kromosom. Semua eukariot juga memiliki genom
yang lebihkecil yang berbentuk sirkular yaitu genom mitokondria. Pada
tumbuhan,terdapatgenom lain yaitu genom kloroplas.
2. GenomProkariot
B.Gen
• Genadalah unit pewarisansifat bagi organismehidup.
• Bentuk fisiknya adalah urutan DNA yang menyandi suatu
protein,polipeptida, atau seuntai RNA yang memiliki fungsi bagi
organismeyangmemilikinya.
• Batasan modern gen adalah suatu lokasi tertentu pada genom
yangberhubungan dengan pewarisan sifat dan dapat dihubungkan
denganfungsisebagai regulator.
1. StrukturGen
Padaseleukariot, genterdiridari:
2. EkspresiGen
Ekspresi gen adalah proses dimana kode-kode informasi
yangada pada gen diubah menjadi protein-protein yang beroperasi
hanya didalamsel. Ekspresi gen terdiri dari dua tahap:
• Transkripsi,prosespembuatansalinanRNA.
• Translasi, proses sintesis polipeptida yang spesifik
didalamribosom.
C.EpigenetikaMetilasiHistone
• Epigenetika adalah studi tentang perubahan fenotipe atau
ekspresigenetikayangdisebabkanolehmekanismeselainperubahansek
uensDNAdasar.
• Contoh terbaik perubahan epigenetika pada eukariotik adalah
prosesdiferensiasisel.
1. MekanismeEpigenetik
Mekanismeepigenetikaantaralainadalah
• metilasiDNA
• modifikasihiston
• perubahanbentukkromatin
a. MetilasiDNA
Metilasi DNA terjadi pada posisi 5 dari cincin
pirimidinsitosina, dalam konteks dinukleotida CpG. Metilasi
sendirimerupakan peristiwa dimana terjadi penambahan gugus
metil padasitosina. Mekanisme ini mendasari berbagai macam
fenomenatranskripsi, termasuk imprinting, inaktivasi kromosom
X, sertatransgenerational epigenetic inheritance. Enzim yang
berperandalam proses metilasi diantaranya adalah DNA
metiltransferase(DNMT).
b. ModifikasiHistone
Modifikasi histon memengaruhi perubahan bentuk
kromatin.Ada berbagai macam modifikasi yang dapat terjadi
pada histon,diantaranya adalah metilasi, fosforilasi,dan asetilasi.
c. PerubahanBentukKromatin
Pada berbagai sel eukariota tingkat tinggi, ada
duatipekromatin padatahapinterfaseyaitu :
• Eukromatin, merupakan bentuk yang kurang padat,
atauyang bentuk terbuka. Eukromatin berbentuk
padatselama pembelahan sel, tetapi mengendur
menjadibentukyang terbukaselama interfase.
• Heterokromatin, merupakan bentuk yang lebih
padat,atau bentuk tertutup. Heterokromatin sangat
padat padapembelahansel,demikian
pulapadasaattinterfase.
GENOM
Genom (bahasa Inggris: genome), dalam genetika dan biologi
molekularmodern,adalahkeseluruhaninformasigenetikyangdimilikisuatuselatauorgani
sme,atau khususnya keseluruhan asam nukleat yang memuat informasi tersebut.[2]
Secarafisik, genom dapat terbagi menjadi molekul-molekul asam nukleat yang
berbeda(sebagaikromosom atauplasmid), sementarasecarafungsi,genom dapatterbagi
menjadi gen-gen.[3] Istilah genom diperkenalkan oleh Hans Winkler dari
UniversitasHamburg, Jerman, pada tahun 1920, mungkin sebagai gabungan dari kata
gen dankromosomatau dimaksudkan untuk menyatakankumpulan gen.
Setiap organisme memiliki genom yang mengandung informasi biologis
yangdiperlukan untuk membangun tubuhnya dan mempertahankan hidupnya
sertadiwariskan ke generasi berikutnya.[5] Dengan sejumlah interaksi kompleks,
urutannukleotida komponen penyusun asam nukleat digunakan untuk membuat
semuaprotein pada suatu organisme pada waktu dan tempat yang sesuai. Protein ini
menjadikomponen pembentuk tubuh organisme atau memiliki kemampuan
membuatkomponen pembentuk tubuh tersebut atau mendorong reaksi metabolisme
yangdiperlukanuntukhidup.[3]Kebanyakangenom,termasukmilikmanusiadanmakhluk
hidup bersel lainnya, terbuat dari DNA (asam deoksiribonukleat),
namunsejumlahvirus memilikigenom RNA(asam ribonukleat).
Kajian yang mempelajari genom dikenal sebagai genomika (genomics).
Saatini, sekuens (urutan) nukleotida pada genom sejumlah organisme telah
dipetakanseluruhnya dengan teknik sekuensing DNA dalam berbagai proyek genom,
misalnyaProyek Genom Manusia yang diselesaikan pada tahun 2003.[6]
Perbandingan genomorganisme dapat memberikan informasi mengenai karakteristik
organisme tersebut,evolusinya, dan berbagai proses biologis.[7] Organisasi genom
DNA unting ganda(double stranded, "ds") merupakan komponen pembentuk genom
kebanyakanorganisme dan semua sel. Namun, virus RNA memiliki genom RNA ds
atau untingtunggal (single stranded, "ss"). Secara umum, setiap molekul asam nukleat
genomdapat disebut sebagai kromosom. Genom prokariota (organisme tanpa inti
sel,contohnya bakteri) biasanya berupa molekul tunggal dsDNA sirkuler, walaupun
dapatpula terdapat DNA ekstrakromosom berbentuk plasmid sirkuler yang
menyandikanproduk gen yang menguntungkan namun tidak esensial. Sementara itu,
genomeukariota (organisme berinti sel, contohnya manusia) biasanya berupa
sejumlahmolekul "dsDNA linear". Istilah genom inti (nuclear genome) pada
eukariotamengacupadainformasigenetikberupakromosom,dankadangjugaberupa"frag
men DNA ekstrakromosom", di dalam inti sel. Genom ekstranuklear seleukariotik
mencakup genom mitokondria dan kloroplas, yang berupa molekul"dsDNA sirkuler"
(ini sama dengan yang ada pada Prokariota).[8] Kebanyakanprokariota memiliki satu
kromosom saja. Karena itu, prokariota
umumnyamengandungsatusalinansetiapgendandengandemikianbersifathaploid.Semen
tara
itu, eukariota umumnya memiliki dua salinan setiap gen dan secara genetik
bersifatdiploid.[9] Ada pula organisme (misalnya, tumbuhan) yang memiliki lebih
dari duasetkromosom dalaminti setiap seltubuhnya, ataudisebutbersifat poliploid.
• Ukurangenom,jumlahgen,dandensitasgen
Secaraumum,terdapatperbedaanukurangenom,jumlahgen,dandensitasgen
antara prokariota dan eukariota. Prokariota memiliki genom yang lebih kecildengan
jumlah gen lebih sedikit dan densitas gen lebih besar bila dibandingkandengan
eukariota. Bakteria dan arkea umumnya memiliki genom berukuran sekitar 1–6 juta
pasangan basa (Mb) yang mengandung 1.500–7.500 gen. Misalnya,
genombakteriEscherichia coliberukuran 4,6Mb danmengandung sekitar4.300 gen.
Sebaliknya, eukariota memiliki genom lebih besar dengan jumlah gen lebih
banyak.Genom khamir bersel tunggal Saccharomyces cerevisiae (tergolong fungi),
misalnya,berukuran sekitar 12 Mb, sedangkan kebanyakan tumbuhan dan hewan
multiselmemilikigenomlebihdari100Mb.Sementaraitu,jumlahgendalamgenomeukariot
a dapat mencapai 5.000 pada fungi bersel tunggal sampai dengan 40.000
padamakhluk multiselular. Selain itu, eukariota secara umum memiliki jumlah gen
yanglebih sedikit per pasangan basa dibandingkan dengan prokariota, yaitu
densitasgennya lebih rendah. Misalnya, manusia memiliki genom dengan ukuran
ratusansampai ribuan kali lebih besar daripada bakteri, tetapi jumlah gennya hanya 5
sampai15kali lebih banyak.
GEN
Genadalahmaterigenetik yangterdiriatassepenggal DNAyangmenentukan
sifat individu. Unit terkecil materi genetik ini terdapat dalam setiap lokus yang
khaspada kromosom. Gen terdiri atas sepenggal DNA yang menentukan sifat
individumelaluipembentukanpolipeptida. Genberukuranantara4-8 m(mikron).
Gen juga berperan sebagai pengendali sifat pada organisme. Dalam hal
ini,gen memegang peranan penting dalam proses pewarisan sifat. Beberapa sifat
yangdiwariskanantaralainwarnakulit,bentukmata,bentukrambut,ataubeberapajenispe
nyakit tertentu. Proses pewarisan sifat dari orang tua (induk) ke anaknya
disebuthereditas.
• SifatGen
1. Mengandunginformasigenetik.
2. Masing-masinggenmempunyaitugasdanfungsiberbeda.
3. Pada waktu pembelahan mitosis dan meiosis
dapatmengadakanduplikasi.
4. Ditentukanolehsusunankombinasibasanitrogen.
5. Sebagaizarahyangterdapatdalamkromosom.
• SimbolGen
Dilansir dari berbagai sumber, berikut simbol gen
darimasingmasingjenisnya:
1. GenDominan
Gen dominan adalah gen yang
dapatmenutupi ekspresi gen lain, sehingga
sifatyang dibawa muncul pada individu.
Gendominan disimbolkan dengan dengan
hurufkapital,seperti A danW.
2. GenResesif
Genresesifadalahgenyang tertutupiolehgendominan
sehingga sifat yang dibawanya tidak muncul
padaketurunannya. Gen resesif ditulis dengan huruf
kecil,contohnyaadanw.
3. GenHeterozigot
Gen heterozigot adalah perpaduan dua gen dari
selsperma dan sel telur. Gen heterozigot disimbolkan dengan
duahuruf yang terdiri dari satu huruf kapital dan satu huruf
kecil,contohnyaAadan Ww.
4. GenHomozigotDominan
Gen homozigot dominan adalah perpaduan dua
gendominan dari sel kelamin jantan dan sel kelamin betina.
Genhomozigot dominan disimbolkan dengan dua huruf
kapital,sepertiAAdanWW.
• 5.GenHomozigotResesif
Gen homozigot resesif adalah hasil perpaduan dua
genresesif dari dua sel kelamin. Simbol gen homozigot
resesifadalahduahurufkecil, contohnya aadanww.
6. KromosomHomolog
Kromosomhomologadalahkromosomyangberasaldari
induk betina yang berbentuk serupa dengan kromosom
dariindukjantan.
7. Fenotipe
Fenotipemerupakansifat-sifatketurunanyangdapat
dilihatsecaralangsung.Contohnyaadalahtinggi,rendah,warna,d
an bentuk.
8. Genotipe
Genotipeadalahsifat-sifatketurunanyangtidakdapat
dilihat.SepertisimbolAA,Aa,dan aa.
• FungsiGen
Berikutfungsigensebagaimaterihereditas:
1. Gen berfungsi sebagai zarah tersendiri yang terdapat
dalamkromosom.
2. Menyampaikan informasi genetik dari induk
kepadaketurunannya.
3. Mengaturprosesmetabolismedanperkembangan
• ContohGen
Contoh pewarisan sifat atau hereditas dapat dilihat dari ciri-
cirifisiksebagai berikut:
1. Warnarambut
2. Warnakulit
3. Bentukhidung
4. Jenisrambut
5. Warnamata
6. Bentukwajah
7. Tinggibadan
EPIGENETIKAMETILASIHISTONE
Epigenetik adalah suatu studi yang mempelajari tentang
perubahanaktivitasgen yang bukan disebabkan oleh perubahan pada sekuens
DNA ataubisa disebut juga sebagai studi yang mempelajari tentang
perubahan fenotipetanpa adanya perubahan genotipe.Fenotipe adalah sifat
keturunan padaindividu yang dapat diamati sedangkangenotipe adalah
susunan genetik yangtidak nampak, merupakan set lengkap gendan alel. Alel
adalah versi berbedadarigenhomolog (variasiinformasi
genetik),sebagaicontoh: alelB danb.
Darisinilahpewarisansifatterjadipadasuatuorganismekarenagenmerupakan unit
terkecil bahan sifat menurun (faktorketurunan) yang tersimpandidalam
kromosom.
Terdapat tiga mekanisme epigenetik yang dapat memengaruhi
prosesekspresigen, dimana ekspresi gen merupakan pembentukan protein
atau RNAfungsionalolehgenpengodenya. Tigamekanisme tersebut
diantaranya:
1. MetilasiDNApadabasa nitrogensitosin(C);
2. Modifikasi molekul histon dengan penambahan
gugus/senyawametil,asetil,fosfat, dan ubiquitin;
3. PengaturanRNAmelaluinon-coding
.Ketiga mekanisme tersebut memengaruhi kuantitas dari
produkekspresi gen,yaitu molekul protein. Metilasi (penambahan gugus
metil, CHsyang dibantu olehenzim DNA metiltransferase/DNMT) dapat
terjadi dinukleotidasitosin (C) yangselalu berdekatan dengan nukleotida
guanin(G).Banyak kanker timbul dari efek epigenetik yang tidak sesuai dari
metilasiyangsalah diatur. Namun, karena proses ini kadang-kadang dapat
dibalik, adaminatuntuk memanfaatkan aktivitas mereka bersamaan dengan
terapiantikanker.
Metilasi histone adalah proses transfer satu, dua atau tiga gugus
metildari S-adenosyl-L-methionin menjadi lisin atau arginins dari protein
histone.Metilasi inidifasilitasi oleh enzim histone methyltransferases
(HMTs).
HMTsberfungsimengontrolmetilasiDNAyangmembuatmetilasihistoneinidap
at
mengaktifkanmaupun menonaktifkan gen tertentu.Modifikasi yang
dilakukanpada histone memiliki efek pada gen yangdiekspresikan dalam sel
dan iniadalah kasus ketika metil ditambahkan ke residuhistone oleh
histonemethyltransferases. Metilasi histone memainkan peran penting pada
perakitanmekanisme heterokromatin dan pemeliharaan batas genantara gen
yangditranskripsidan yang tidak.
• MekanismeMetilasiHistone
Unit dasarkromatin, yang disebut
nukleosom,mengandung luka DNA disekitaroctamer protein.
Octamer initerdiri dari dua salinan masing-masing dariempat
proteinhiston. Masing-masing protein ini memiliki ekstensi
ekor, danekoriniadalah targetmodifikasi nukleosommelalui
metilasi.
Aktivasi atau inaktivasiDNA sebagian besar tergantung
padaresidu ekor spesifik yang dimetilasi dantingkat
metilasinya.Histon dapat dimetilasi hanya pada residu lisin
(K) danarginin(R). Metilasi ekor histone pada residu berbeda
berfungsisebagai penandauntuk perekrutan berbagai protein
ataukompleks protein yang berfungsi untukmengatur
aktivasikromatin atau inaktivasi. Berbagai tingkat metilasi
residudapatmemberikan fungsi yang
berbeda.Histonemethyltransferasesspesifik untuk lisin atau
arginin.
Transferasespesifik lisin lebih lanjut dipecah menjadi
apakahmereka memiliki domain SETatau domain non-
SET.Domaindomaininimenentukandengantepatbagaimanaenzi
mmengatalisasi transfer metil dari SAM ke protein transfer
danselanjutnyake residu histone. Methyltransferases
dapatmenambahkan1-3 metil padaresidutarget.
Metil-metil yang ditambahkan ke dalam histone
inibertindak untuk mengaturtranskripsi dengan memblokir
ataumendorong akses DNA ke faktor-faktortranskripsi.
Dengancara ini integritas genom dan pewarisan epigenetik
genberadadibawahkendalitindakanhistonemethyltransferases
.Metilasi histone adalahkunci dalam membedakan
integritasgenom dan gen yang diekspresikan oleh
sel,sehinggamemberikan sel identitas mereka. Metilasi
histone ini
dapatmenekanataumengaktifkantranskripsi.Aktivitas histone
methyltransferases diimbangioleh aktivitas
histonedemethylases. Ini memungkinkan untuk
menghidupkanataumematikan transkripsi dengan
membalikkan modifikasi yangsudah adasebelumnya. Hal ini
diperlukan agar aktivitas darikedua histone
metiltrasnferasedan histone demethylases diaturdengan ketat.
Kesalahan pengaturan salah satudapatmenyebabkan ekspresi
gen yang mengarah pada peningkatankerentanan terhadap
penyakit sehingga diferensiasi dariaktivitasini dapatmenjadi
pemicutimbulnyakanker.
MEKANISMEEPIGENETIKA
Epigenetika telah merevolusi Genetika terutama
GenetikaMolekuler. Dalam lima tahun terakhir dan terutama
dalam satuatau dua tahun terakhir, beberapa penelitian telah
mengfokuskandiri pada epigenetik. Selain itu ada pengembangan
tujuan karenamakin jelasnya pemahaman epigenetik dan
epigenomik. Banyakpekerjaan yang berhubungan dan
membutuhkan pemahaman yangmenyeluruh dari semua aspek
genetika, seperti sel-sel induk,kloning, penuaan, biologi sintetis,
konservasi spesies, evolusi, danpertanian membutuhkan
pemahaman Epigenetika. Epigenetikamerupakan cabang ilmu
Genetika (Biologi) yang mempelajaritentang epigenetik dan hal-
hal yang berhubungan secara langsungatau tidak langsung
dengannya. Epigenetik berkaitan denganproses, materi, dampak.
Secara harafiah epigenetik berarti di atasgenetik atau di luar
genetik yang peristiwanya dapat diwariskan.Semua hal ini
diperlajari dalam ilmu yang kita sebut denganEpigenetika.
Kebanyakan orang memiliki pemahaman genetika,bahwa
karakteristik luar mahluk hidup ditentukan oleh gen
yangdikodeolehurutanasamdeoksiribonukleatatauDeoxyribonucle
acAcid(DNA)dalamgenomnya.Halinimemangbenar, tapi
kenyataannyatidak sesederhanaitu.
Meskipun DNA yang diwariskan secara alami tidak
berubah,faktor lingkungan dapat berperan dan mempengaruhi
DNA,khususnya saat ekspresi gen. Perdebatan panjang
mungkin terusterjadiuntukmenentukanciri-
ciriindividusebagaiproduk
bawaaan atau pengalaman dan belajar (nature or
nurture).Epigenetika menjembatani kesenjangan antara nature dan
nurture.Hampirsetiap sel dalam tubuhmahluk hidup memiliki
2 | EPIGENETIKA urutan DNA sama. Misalnya sel
manusiamemiliki urutan DNA sama, sel ikan memiliki urutan
DNAsama, dan seterusnya untuk spesies lain memiliki
materigenetik yang sama. Lalu, mengapa muncul
beranekaragam sel,jaringan, dan organ dari urutan DNA yang
sama? Misalnya adasel jantung yang berbeda dari sel otak, dan
lainnya? Mengapamerekaberbedapadahalmemilikiurutan
DNAyang sama?
Mengapa terbentuk sel saraf, sel otot, dan sel lain
padahalmereka disusun oleh DNA yang sama? Ada banyak
faktortambahan yang dijalankan secara paralel dengan
genom yangmenentukan gen "dihidupkan" atau
diekspresikan dan yang"dimatikan" atau dihambat pada
waktu tertentu, membuat selhati menjadi sel hati dan sel kulit
menjadi sel kulit danseterusnya;Peristiwainidikenal
sebagaiepigenetik.
Alberts, B.; Johnson, A.; Lewis, J.; Raff, M.; Roberts, K.; Walters,
P.(2002). Molecular Biology of the Cell (dalam bahasa Inggris) (edisi
ke-4).New York: Garland Science.
• Brown, T.A. (2002). Genomes (dalam bahasa Inggris) (edisi ke-
2).Oxford:Wiley-Liss.
• Madigan,M.T.;Martinko,J.M.; Stahl,D.;Clark,D.P.(2010).Brock
Biology of Microorganisms (dalam bahasa Inggris) (edisi ke-
13).Boston:Benjamin Cummings.
• Mustami,MuhammadKhalifah.2013.Genetika.
• Makassar:UniversitasIslamNegeriAlauddin.Weinhold, B.2006.
• Beach SRH, Brody GH, Todorov AA, Gunter TD, Philibert
RA.2011. Methylation at 5HTT mediates the impact of child sex
abuseon women’s antisocial behavior: An examination of the
iowaadopteesample. Psychosomatic Medicine. 73(1):83-7.
• Cassel S, Carouge D, Gensburger C, Anglard P, Burgun C,
DietrichJB,etal.2006.Fluoxetineandcocaineinducetheepigeneticfact
ors MeCP2 and MBD1 in adult rat brain.
MolecularPharmacology,70(2), 487–492.
doi:10.1124/mol.106.022301
10.1523/JNEUROSCI.1758-09.2009