STRUKTUR GENOM ORGANISME

Widi Sunaryo, SP. MSi., Ph.D

Materi:
● Genom virus
● Genom bakteri
● Genom organisme eukariot
TIU:
Mahasiswa dapat memahami struktur dan peng-
organisasian genom organisme

TIK:
Mahasiswa dapat menjelaskan perbedaan struktur dan
organisasi genom antara virus dengan organisme
prokariot dan eukariot
 VIRUS
 Virus adalah parasit berukuran mikroskopik yang menginfeksi sel
organisme biologis. Virus bersifat parasit obligat, hal tersebut
disebabkan karena virus hanya dapat bereproduksi di dalam material
hidup dengan menginvasi dan memanfaatkan sel makhluk hidup karena
virus tidak memiliki perlengkapan selular untuk bereproduksi sendiri.

 Biasanya virus mengandung sejumlah kecil asam nukleat (DNA atau

RNA, tetapi tidak kombinasi keduanya) yang diselubungi semacam
bahan pelindung yang terdiri atas protein, lipid, glikoprotein, atau
kombinasi ketiganya.

 Genom virus akan diekspresikan menjadi baik protein yang digunakan

untuk memuat bahan genetik maupun protein yang dibutuhkan dalam
daur hidupnya.
 VIRUS
 Istilah virus biasanya merujuk pada partikel-partikel yang
menginfeksi sel-sel eukariota (organisme multisel dan banyak
jenis organisme sel tunggal), sementara istilah bakteriofage
atau fage digunakan untuk jenis yang menyerang jenis-jenis sel
prokariota (bakteri dan organisme lain yang tidak berinti sel).

 Virus sering diperdebatkan statusnya sebagai makhluk hidup

karena ia tidak dapat menjalankan fungsi biologisnya secara
bebas jika tidak berada dalam sel inang.

 Karena karakteristik khasnya ini virus selalu terasosiasi dengan

penyakit tertentu, baik pada manusia (misalnya virus influenza
dan HIV), hewan (misalnya virus flu burung), atau tanaman
(misalnya virus mosaik tembakau/TMV).
 Beberapa contoh virus

Bakteriofage

Virus influenza Virus ebola

 GENOM VIRUS
 Genom virus dapat berupa DNA ataupun RNA. Genom virus
dapat terdiri dari DNA untai ganda, DNA untai tunggal, RNA
untai ganda, atau RNA untai tunggal. Selain itu, asam nukleat
genom virus dapat berbentuk linear tunggal atau sirkuler.

 Bahan genetik kebanyakan virus hewan dan manusia berupa

DNA, dan pada virus tumbuhan kebanyakan adalah RNA
yang beruntai tunggal.

 Kromosom virus merupakan kromosom yang paling sederhana

dibandingkan kromosom prokariot dan eukriot yaitu berukuran
sekitar 103- 105 pasang basa (pb) dibandingkan dengan
bakteri yang berukuran sekitar 105-107 pb; dan eukriot 107-
1011
 Klassifikasi virus berdasarkan materi genetik yang
dimilikinya (klassifikasi David Baltimore).

● Kelas I : DNA Utas Ganda

Kelompok ini dibagi menjadi dua kelompok :
1. Replikasi terjadi di inti dan relatif tergantung kepada faktor-
faktor seluler.

2. Replikasi terjadi di sitoplasma. Virus ini melibatkan semua

faktor-faktor yang penting untuk transkripsi dan replikasi dari
genomnya, dan kebanyakan tidak tergantung pada perangkat
replikasi dari inangnya.

● Kelas II : DNA Utas Tunggal

Replikasi terjadi di dalam nukleus, melibatkan bentuk utas
ganda intermediate sebagai cetakan untuk sintesis utas tunggal
DNA turunannya.
● Kelas III : RNA Utas Ganda
Virusnya memiliki genom yang tersegmentasi. masing-masing
segmennya ditranskripsi secara terpisah untuk menghasilkan
monosistronik mRNA individual.

● Kelas IV : RNA Utas Tunggal (+)

Virus dengan polisistronik mRNA dimana kelas ini genom RNA
membentuk mRNA yang ditranslasikan untuk membentuk suatu
polyprotein yang dipecah membentuk protein matang.

Utas positif adalah utasan yang basa-basanya homolog dengan

basa-basa mRNA, utas negatif merupakan komplemen atau
antiparalel dari mRNA.
● Kelas V : RNA Utas Tunggal (-)
Tahap pertama dalam replikasi adalah transkripsi dari genom RNA utas (-)
oleh virion RNA-dependent RNA polimerase untuk menghasilkan
monosistronik mRNA yang juga sebagai cetakan untuk replikasi genom.

● Kelas VI : RNA Utas Tunggal (+) dengan DNA Intermediate

Genom Retrovirus RNA utas tunggal (+) bersifat diploid dan tidak
dipakai secara langsung sebagai mRNA tetapi sebagi template untuk
reverse transkriptase menjadi DNA.

● Kelas VII : DNA Utas Ganda dengan RNA Intermediate

Virus kelompok ini bergantung kepada reverse transkriptase, tetapi
berbeda dengan retrovirus, prosesnya terjadi di dalam partikel virus
selama maturasi.
Klasifikasi Baltimore.
Struktur Sel Bakteri
PROKARYOT
 Prokariot (organisme yang tidak memiliki
membran inti ) sehingga materi genetik (DNA
dan RNA) bakteri melayang-layang di daerah
sitoplasma yang bernama nukleoid.
Genom Bakteri

 Bentuk DNA bakteri seperti kalung yang tidak berujung

pangkal. Bentuk demikian dikenal sebagai DNA
sirkuler. DNA tersusun atas dua utas polinukleotida
berpilin.

 DNA merupakan zat pengontrol sintesis protein bakteri,

dan merupakan zat pembawa sifat atau gen. DNA ini
dikenal pula sebagai kromosom bakteri.

 Kromosom bakteri mempunyai ukuran yang relatif

panjang bila dibandingkan ukuran selnya, sekitar tujuh
kali panjang selnya.
 Untuk menghindarkan diri dari kerusakan selama
masa hidupnya DNA itu dikemas berupa gulungan
yang berasosiasi dengan protein dan RNA, dan
gulungan tersebut dinamakan nukleoid .

 Sampai saat ini diketahui hampir semua bakteri

mempunyai satu kromosom yang disusun oleh
DNA sirkular. Tetapi ada beberapa spesies yang
mempunyai dua kromosom, dan mengandung DNA
linear.
 Selain memiliki DNA kromosom, bakteri juga memiliki DNA
ekstra kromosom. DNA ekstra kromosom bentuknya juga
sirkuler dan terletak di luar DNA kromosom.

 DNA ekstra kromosom sirkuler ini dikenal sebagai plasmid.

Plasmid mengandung gen-gen tertentu misalnya gen kebal
antibiotik, gen patogen.

 Seperti halnya DNA yang lain, plasmid mampu melakukan

replikasi dan membentuk kopi dirinya dalam jumlah banyak.

 Keberadaan plasmid di dalam sel bakteri tidak mutlak, gen-

gen yang dibawa plasmid akan memberikan sifat tambahan
terhadap sel bakteri yang membawanya.
 PLASMID
Extra chromosomal circular DNAs
 Ditemukan pada bakteri

 Ukuran bervariasi dari ~ 3,000 bp sampai 100,000

bp.
 Bereplikasi secara otonomi (origin of replication)

 Dapat mengandung gen resisten

 Dapat ditransfer dari satu bakteri ke bakteri lainnya

 Multicopy plasmids (~ up to 400 plasmids/per cell)

 Low copy plasmids (1 –2 copies per cell)

 Digunakan sebagai vektor untuk membawa gen yang

diinginkan
Materi genetik bakteri
 Sel Eukariot

 Eukariot adalah kelompok organisme yang mempunyai inti sel.

 Ciri utama yang membedakan sel ini dan sel prokaryot ialah
adanya membran yang membagi dua sel menjadi inti dan
sitoplasma. Bahan bahan yang disintesis didalam inti seperti
RNA akan keluar melalui pori menuju sitoplasma dan
sebaliknya, bahan yang disintesis didalam sitoplasma seperti
protein, enzim, nukleosida-trifosfat akan masuk ke dalam inti
melalui pori-pori yang sama.

 Eukariota termasuk hewan, tumbuhan, dan jamur—yang

kebanyakan multiselular. Sebaliknya, organisme lainnya,
misalnya bakteri, tidak mempunyai nuklei dan struktur sel
kompleks lainnya.
Perbedaan sel prokaryot dan eukaryot
 Materi genetik pada sel eukaryot

Gen adalah bagian DNA yang mengkode informasi untuk

pembuatan protein. Gen terletak pada kromosom.
 Genom eukaryot

 Inti sel atau nukleus adalah organel yang ditemukan pada sel
eukariotik. Organel ini mengandung sebagian besar materi
genetik sel dengan bentuk molekul DNA linier panjang yang
membentuk kromosom bersama dengan beragam jenis protein.
Gen di dalam kromosom-kromosom inilah yang membentuk
genom inti sel.

 Fungsi utama nukleus adalah untuk menjaga integritas gen-gen

tersebut dan mengontrol aktivitas sel dengan mengelola ekspresi
gen. Selain itu, nukleus juga berfungsi untuk mengorganisasikan
gen saat terjadi pembelahan sel, memproduksi mRNA untuk
mengkodekan protein, sebagai tempat sintesis ribosom, tempat
terjadinya replikasi dan transkripsi dari DNA, serta mengatur
kapan dan di mana ekspresi gen harus dimulai, dijalankan, dan
diakhiri.
Perbedaan struktur antara DNA dan RNA
 Perbedaan struktur antara DNA dan RNA

Characters DNA RNA

1. Molecule Double stranded, helical Single stranded, straight or
variously folded and
twisted.
2. Pentose sugar Deoxyribose Ribose

3. Pyrimidine base Thymine Uracil

4. Complementary base Always present and Normally absent, but may

pairing exists between A = T and be present in twisted
G=C segments of a molecule.
If present, pairing is
between A = U and G = C

5. Ratio of Purines: Always 1:1 Not necessarily 1:1

Pyrimidines
 Dalam sel yang aktif DNA berada dalam keadaan terurai
seperti serat yang disebut kromatin.
 Pada sel eukaryot terdapat lebih dari satu kromosom,
banyaknya kromosom dalam sel eukaryot berbeda dari satu
spesies ke spesies lain.
 Pada eukaryot terdapat DNA ekstra kromosomal, yaitu di dalam
mitokondria dan kloroplas.
 Kloroplas dan mitokondria merupakan organel semiotonom
karena mengandung DNA dan ribosom. Sehingga mampu
mensintesis enzim-enzim yang diperlukan untuk mendukung
reaksi didalam organel tersebut.
On an average, human cell contain 6.4 billion base pairs of
DNA distributed in 46 chromosomes.
Distance between each base pair is 0.34 nm in length. Then
total length of DNA
= 6x109 x 0.34x10-9 =2.04 Meters

Moreover, it is estimated that the human body contains

about 50 trillion cells—which works out to 100 trillion meters
of DNA per human.

Now, consider the fact that the Sun is 150 billion meters from
Earth. This means that each of us has enough DNA to go from
here to the Sun and back more than 300 times.