BAB I

PENDAHULUAN

I.1 Latar Belakang

Ilmu genetika merupakan suatu cabang ilmu yang mendefinisikan dan
menganalisis (keturunan) heredity atau konstansi dan perubahan pengaturan dari
berbagai fungsi fisiologis yang membentuk karakter organisme. Unit keturunan
disebut gen. Gen merupakan suatu segmen DNA yang nukeleotidanya membawa
informasi karakter biokimia atau fisiologis tertentu. Pendekatan tradisional pada
genetika telah mengidentifikasi gen sebagai dasar kontribusi karakter fenotip, atau
karakter dari keseluruhan struktural dan fisiologis dari suatu sel atau organisme.
Genetika mikroba tradisional terutama berdasarkan pada pengamatan atau
observasi perkembangan secara luas. Variasi fenotif telah diamati berdasar
kemampuan gen untuk tumbuh dibawah kondisi terseleksi, misalnya bakteri yang
mengandung atau sautu gen yang resisten terhadap ampicilin dapat dibedakan dari
bakteri yang kekurangan gen selama pertumbuhannnya dalam lingkungan yang
mengandung antibiotik sebagai bahan penyeleksi. Catatan, bahwa seleksi gen
memerlukan ekspresinya dibawah kondisi yang tepat, dapat diamati secara fenotip
Genetika mikroba telah mengungkapkan bahwa gen terdiri dari DNA, suatu
pengamatan yang meletakan dasar bagi biologi molekuler. Penemuan selanjutnya dari
bakteri telah mengungkap adanya restriction enzime (enzim restriksi) yang memotong
DNA pada tempat spesifik, menghasilkan fragmen potongan DNA.plasmid
didentifikasikan sebagai elemen genetika kecil yang telah mampu melakukan
replikasi diri pada bakteri dan ragi. Pengenalan dari sebuah fragmen potongan DNA
ke dalam suatu plasmid memungkinkan fragmen diperbanyak (teramplifikasi).
Amplifkasi regio DNA spesifik dapat dicapai oleh enzim bakteri menggunakan
polymerase chain reaction (PCR) atau metode amplifikasi nukleotida berdasar enzim
yang lain (misalnya amplifikasi berdasarkan transkripsi). DNA yang dimasukkan ke
dalam plasid dapat dikontrol oleh promotor ekspresi pada bakteri yang mengamati
protein, diekspresi pada tingkat tinggi. Genetika bakteri mendasari rekayasa genetika.

1
 Telah diketahui dan dikenal bahwa materi utama dari genetika mikroba adalah
mengenai genertika dari sel dan virus, maka dapat dijadikan suatu bahan diskusi
mengenai bagaimana suatu proses yang terjadi dari suatu organisme menuju
organisme yang lainnya.

I.2 Tujuan Penulisan

I.2.i Tujuan umum
Mahasiswa mampu mengerti dan memahami mengenai materi genetika mikroba

I.2.ii Tujuan khusus

Mahasswa memahami mengenai :
Organisasi gen
Proses replikasi
Transfer DNA
Mutasi dan penataan gen
Ekspresi gen
Rekayasa genetika

2
 BAB II
ISI

II. 1 Organisasi Gen

Struktur DNA dan RNA
Informasi genetika disimpan sebagai suatu urutan basa pada deoxyrybonucleis
acid (DNA). Pada RNA bakteriofagia dan beberapa virus RNA, informasi genetika
disimpan sebagai suatu urutan basa dalam ribonucleid acid (RNA) kebanyakan molekul
DNA adalah rantai ganda dengan basa-basa komplementer berpasangan menggunakan
katan hidrogen pada pusat molekul.sifat komplementer dari basa memungkinkan satu
rantai (rantai cetakan, template) menyediakan informasi untuk salinan atau ekspresi
informasi pada suatu rantai yang lain. Pasangan pasangan basa tersusun dalam bagian
pusat double helix DNA dan menentukan informasi genetikanya. Setiap empat basa
diikatkan pada phospho2`-deoxyribose membentuk suatu nukleotida. Muatan negatif
phosphodiester backbone dari DNA berhadapan dengan pelarut, dan muatan ini tersusun
sepanjang struktur linear basa, atau kilobase pavis (Kbp). Ribonucleic acid (RNA)
umumnya dalam bentuk rantai tunggal. Basa uracil (U) pada RNA membantu fungsi
hibridisasi, sedangkan tymine (T) pada DNA, sehingga basa-basa komplementer yang
menentukan struktur RNA adalah A-U dan C-G. Keseluruhan struktur dari molekul RNA
rantai tunggal dtentukan oleh hibridisasi diantara urutan basa yang membentuk lipatan
(loops), membentuk struktur utuh yang mampu mengekspresikan informasi genetika yang
terkandung di dalam DNA. Beberapa molekul RNA memiliki fungsi enzim (ribozomes).
Fungsi utama RNA adalah komunikasi dari susunan Gen DNA ke ribosom dalam bentuk
mRNA (messenger RNA). Ribosom yang mengandung ribosomal RNA (rRNA) dan
protein-protein, menterjemahkan pesan ke dalam struktur primer dari protein-protein
perantara aminoacyl transfer RNA (tRNA). Molekul-molekul RNA bervariasi dalam
ukuran dari tRNA yang paling kecil sampai mRNA yang dapat membawa pesan genetik
sepanjang ribuan basa.
Genom eukariota

3
 Genom adalah keseluruhan informasi genetik dalam satu organisme. Hampir
semua genom eukariota pada satu atau lebih kromosom linear terpisah dari sitoplasma di
dalam membran inti sel (nukleus). Diploid sel eukariota mengandung 2 homolog (salinan
evolusioner) dari setiap kromosom. Mutasi atau perubahan genetik sering tidak dapat
dideteksi pada sel diploid karena susunan atau salinan gen kompensasi untuk perubahan
fungsi homolognya. Satu gen yang tidak dapat mengekpresi fenotipik pada keberadaan
homolognya dnyataan resesif, sedangkan satu gen yang mengatasi efek homolognya
dinyatakan dominan. Efek mutasi dapat sangat tampak paeda sel-sel haploid, yang
membawa hanya satu salinan tunggal dari kebanyakan gen. Dalam eukariota kebanyakan
gen berhubungan dengan beberapa gen yang berfungsi seperti organel khusus.
Kebanyakan gen berhubungan dengan fungsi organel, dibawa oleh kromosom eukariota.
Sering kali ditemukan adanya suatu kandungan yang berupa suatu elemen genetik
tambahan berbentuk lingkaran dengan diameter 2m yang mampu bereplikasi secara
independent, yang kemudian disebut dengan istilah plasmid. Ukuran kecil dari plasmid
memudahkan maipulasi genetika, dan setelah perubahannya dapat dimasukkan ke dalam
sel-sel. oleh karena itu plasmid sering digunakan dalam rekayasa genetika.
Repetitive DNA sering ditemukan dalam jumlah besar pada sel-sel eukariota, seringkali
dihubungkan dengan regio penyadi dan lokasi utama pada regio ekstra gen. Susunan
pendek berulang (short-sequence respon,SSR) atau short tandemly repeated sequences
(STR) ada dalam beberapa salinan sampai ribuan salinan yang menyebar sampai seluruh
genom
Genom Prokariota
Kebanyakan gen prokariota dibawa pada kromosom bakteri. Data susunan genom
menunjukan bahwa kebanyakan genom prokariota terdiri dari satu molekul DNA sirkuler.
Banyak bakteri yang mengandung gen-gen tambahan pada plasmid yang sangat
bervariasi ukurannya mulai dari beberapa kbp sampai 100 kbp. DNA sirkuler (kromosom
dan plasmid), yang mengandung informasi genetik diperlukan untuk replikasinya disebut
sebagai replicon. Membran tidak memisahkan gen bakteri dari sitoplasma seperti pada
eukariota dengan perkecualian, gen bakteri adalah haploid. Gen-gen yang penting untuk
pertumbuhan bakteri dibawa pada kromosom, dan plasmid yang membawa gen dikaitkan
dengan fungsi-fungsi spesifik. Banyak plasmid membawa gen untuk dipindahkan dari

4
satu organisme ke organisme lain sebaik pada pengaturan DNA (rearanggement DNA).
Oleh karena itu gen-gen yang berasal dari hasil evolusi independent dapat digabungkan
dengan plasmid, dapat menyebar di antara populasi bakteri secara luas. Akibat kejadian
genetik ini telah damati pada peyebaran plasnid pembawa resistensi antibiotika yang
bebas di rumah sakit. Transposon adalah elemen-elemen genetik yang mengandung
beberapa kbp DNA, termasuk informasi yang dperlukan untuk migrasinya dari suatu
lokus gen ke tempat lainnya, sehingga menciptakan mutasi. Peran transposon pendek
dikenal dengan insertion element , menghasilkan banyak mutasi akibat inersi. Elemen ini
juga dikenal dengan insertion sequence(IS) yang hanya membawa gen-gen untuk enzim
yang diperlukan untuk mendorong transposisinya sendiri. Hampir semua bakteri
membawa elemen IS, setiap spesies memiliki karakteristik khusus. Elemen related IS
dapat ditemukan pada bakteri yang berbeda. Palsmid juga membawa elemen IS, yang
penting pada pembentukan strain-strain dengan high-frequency recombinant (Hfr).
Kompleks tranposon membawa gen-gen untuk fungsi-fungsi khusus seperti resistensi
antibiotika yang diapit oleh IS. Tidak seperti plasmid, transposon tidak mengandung
informasi genetik yang diperlukan untuk replikasinya. Seleksi transposon tergantung
pada replikasinya sebagai bagian dan suatu replikon. Deteksi atau eksploitasi gen
transposon dicapai dengan cara seleksi dari informasi genetik khusus (secara normal,
resistensi terhadap antibiotika) yang dibawanya.
Genom Virus
Virus mampu bertahan hidup, tetapi tidak tumbuh, bila tidak didalam sel inang.
Replikasi genom virus tergantung pada energi metabolik dan mesin sintesis
makromolekul pada inang. Sering, bentuk parasitisme genetik ini mengakibatkan
debilitas atau kematian sel inang. Oleh karena itu, keberhasilan perbanyakan virus
memerlukan (1) suatu bentuk stabil yang memungkinkan virus bertahan hidup di luar
inangnya, (2) suatu mekanisme invasi pada sel inang, (3) informasi genetik untuk
replikasi komponen virus dalam sel, dan (4) informasi tambahan yang mungkin
diperlukan untuk packaging (menyimpan) komponen virus dan pengeluaran virus dari sel
inang. Perbedaan sering ditemukan antara virus pada sel eukariota dengan virus pada sel
prokariota (bacteriophage). Perhatian lebih tepat pada sub grup virus, tetapi jangan
dilupakan dictum Andre Lwoff : Virus adalah virus.

5
 Molekul asam nukleat bacteriophage dikelilingi suatu mantel protein. Beberapa
faga juga mengandung lipid, tetapi hal ini adalah perkecualiai. Asam nukleat pada faga
bervaniasi. Banyak faga memiliki DNA rantai ganda, yang lain memiliki RNA rantai
tunggal, dan beberapa memiliki DNA rantai tungga.l. Basa yang tidak urnum ditemukan
seperti hydroxymethylcytosine kadang-kadang ditemukan pada asam nukleat faga.
Banyak faga memiliki struktur menyerupai alat injeksi syringe khusus yang dapat
mengikat rseptor pada permukaan sel dan menginjeksikan asam nukleat ke dalam Sel
inang.
Faga dapat dibedakan berdasarkan pada cara perbanyakan dirinya. Lytic phages
menghasilkan banyak salinan dirinya sebagai cara mematikan sel inangnya. Kebanyakan
tapo ran studi lycicphages, T-phages (misal T2, T4) pada Escherichia coli, memerlukan
waktu yang tepat untuk ekspresi gen virus untuk koordinasi pembentukan faga.
Temperate phages mampu masuk ke dalam suatu prophage pada keadaan nonlitik, pada
replikasi asam nukleatnya dikaitkan dengan replikasi DNA sel inang. Bakteri yang
membawa prophage disebut lysogenic, karena suatu signal fisiologik dapat menjadi
trigger suatu sikius litik yang mengakibarkan kematian sel inang dan mengeluarkan
banyak salinan phages. Karakter terbaik temperate phages adlah E. coli phage
(lambda). Gen-gen penentu litik atau respons lysogenic pada infeksi telah diidentifikasi
dan interaksi yang kompleks telah dieksplorasi secara teliti.
Filamentous phages, contoh yang telah dipelajari dengan baik adalah E. coli
phage M13, filamennya mengandung DNA rantai tunggal yang kompleks dengan protein
dan diperoleh dari inangnya, dimana inang mengalami debilitas (keadaan. memburuk)
tetapi tidak dimatikan oleh infeksi ini. Rekayasa DNA ke dalam phage M13 menyediakan
rantai-rantai tunggal yang sangat bernilai untuk analisis dan manipulasi DNA.

II. 2 Replikasi
Pita DNA ganda disintesiskan oleh replikasi semikonservatif. St penggandaaan
induk terlepas, masing - masing pita berfungsi sebagai sebuah model (yaitu sumber
informasi rangkaian) untuk replikasi DNA. Pita-pita baru yang disintesakan dengan basa
mereka dalam suatu urutan pelengkap terhadap basa pita-pita yang ada sebelumnya. Saat

6
sintesisnya sempurna, tiap molekul anak berisi satu pita induk dan satu pita tersintesiskan
baru.
DNA Eukariota
Replikasi DNA eukariota terjadi pada beberapa titik tumbuh di sepanjang
krornosom linear. Replikasi akurat pada ujung-ujung komosom linear membutuhkan
aktifitas enzimatis yang berbeda dan fungsi-fungsi normal yang terkait dengan replikasi
DNA. Berbagai aktifitas tersebut mungkin rnelibatkan telomer, rangkaian DNA khusus
(yang dibawa pada ujung kromosom eukarita) yang cenderung terlibat dalam replikasi
akurat dan ujung kromosom. Eukariota telah mengembangkan alat-alat khusus yang
disebut kumparan, yang melepas kromosom anak menjadi nukleid terpisah yang baru
terbentuk eleh proses mitosis. Pembagian nukleid yang lebih ekstensif oleh meiosis dan
kromosom dalam bagian-bagian reduktif meiosis merupakan satu faktor penting dalam
mempertahankan struktur kromosom dalam satu spesies. Terkadang sel-sel tunggal
tersebut merupakan garnet. Pembentukan garnet yang diikuti oleh penyatuan mereka
untuk membentuk zigot-zigot ganda merupakan sumber utama untuk variabilitas
genetika melalui rekombinasi eukariota.
DNA Bakteri
Bakteri memiliki kekurangan unsur-unsur yang mengacu pada struktur komplek
yang terlibat dalam pemisahan kromosom-kromosom eukariota menjadi nukleid anak
yang berbeda. Replikasi dan DNA bakteri dimulai pada satu titik dan bergerak ke semua
arah. Dalam prosesnya, dua pita lama DNA terpisah dan digunakan sebagai model untuk
mensintesiskan pita-pita baru (replikasi sernikonservatif). Struktur dimana dua pita
teipisah dan sintesis baru terjadi disebut sebagai percabangan replikasi. Replikasi
kromosom bakteri sangat terkontrol, dan jumlah kromosom tiap sel yang tumbuh berkisar
antara satu dan empat. Beberapa plasmida bakteri bisa memiliki sampai 30 tiruan dalam
satu sel bakteri, dan mutasi yang menyebabkan kontrol bebas dan replikasi plasmida
bahkan bisa menghasilkan tiruan yang lebih banyak.
Replikasi pita DNA ganda sirkular dimulai pada locus ori dan membutuhkan
interaksi dengan beberapa protein. Dalam E. coli, replikasi kromosom berakhir pada
suatu tempat yang disebut ter. Dua ktomosom anak terpisah, atau terpecah sebelum
pembagian sel, sehingga tiap-tiap keturunan memiliki satu DNA anak Hal ini dapat

7
disempurnakan dengan bantuan topoisomerase atau melakukan pengkombinasian. Proses
serupa yang mengacu pada replikasi DNA plasmida, kecuali pada beberapa kasus,
replikasinya adalah tidak terarah.
Transposon
Transposon tidak membawa informasi genetika yang dibutuhkan untuk
memasangkan replikasi sendiri terhadap pembagian sel, sehingga perkembangbiakannya
tergantung pada penyatuan fisiknya denga.n replika bakteri. Penyatuan ini dibantu oleh
kemampuan transposon untuk membentuk tiruannya sendiri, yang mungkin disisipkan
dalarn replika yang sama atau rnungkin disatukan pada replika lainnya. Spesifisitas dan
rangkaian pada bagian sisipan biasanya rendah, sehingga transposon kadang cenderung
menyisip dalam sistern acak. Sebagian besar plasmida ditransfer antar sel-sel bakteni, dan
penyisipan dan sebua,h transposon ke dalam suatu plasmida bisa menyebabkan
penyebaran dalam sebuah populasi.
Fagus
Bakteriofagus menunjukkan cukup banyak keragaman dalam sifat dasar asam
nukleat mereka, dan perbedaan ini direfleksikan pada bentuk replikasi yang berbeda.
Berbagai strategi perkembangbiakan pada dasarnya ditunjukkan oleh fagus litik dan
temperatur. Fagus litik menghasilkan banyak tiruan mereka sendiri dalam saru laju
pertumbuhan tunggal. Fagus temperatur membentuk mereka sendiri sebagai profagus,
baik dengan bagian replika yang terbentuk atau dengan membentuk replika bebas.
Pita DNA ganda dan banyak litik adalah linear dan fase pertama dan replikainya
merupakan pembentukan DNA sirkular. Proses ini tergntung pada ujung-ujung kohesif,
ekor pita tunggal pelengkap DNA yang berhibridasi. Ligasi, pembentukan sebuah ikatan
fosfodiester antar ekornya, meningkatkan DNA sirkular yang terikat secara kovalen yang
mungkin mengalami replikasi dengan cara yang serupa dengan yang digunakan untuk
replika lainnya. Pembelahan dari lingkaran sel rnenghasilkan DNA linear yang
terbungkus dalarn lapisan protein untuk membentuk fagus turunan.
Pita tunggal DNAdari fagus filamentus diubah menjadi sebuah bentuk replikatif
pita ganda sirkular. Sebuah pita bentuk replikatif digunakan sebagai model dalam suatu
proses yang terus menerus yang menghasilkan pita tunggal DNA. Modelnya adalah

8
lingkaran berputar, dan pita tunggal DNA yang dihasilkan terbelah dan terbungkus
protein untuk pengelupasan ekstraseluler.
Ditunjukkan diantara pita tunggal RNA, fagus merupakan partikel ekstraseluler
terkecil yang mengandung informasi untuk membantu replikasi diri mereka sendiri. RNA
dan fagus MS2 misalnya, berisi (kurang dan 4000. nukleotida) tiga gen yang bisa berlaku
seperti mRNA yang mengikuti infeksi. Satu gen mewakili protein pelindung dan yang
lain mewakili polimerase RNA yang menghasilkan bentuk replikatif pita ganda RNA.
Pita tunggal RNA yang dihasilkan dari bentuk replikatif adalah inti partikel infektif baru.
Mekanisme perkembangbiakan retrovirus, vitus-virus RNA hewan yang menggunakan
RNA sebagai model untuk sintesis DNA.
Beberapa bakteriofagus sederhana yang dicontohkan oleh fagus P1 E. coli, dapat
dibentuk pada tahap profagus sebagai plasmida. Pita ganda DNA dan bakteriofagus
sederhana lainnya terbentuk sebagai profagus melalui penyisipannya dalam kromosom
induk. Tempat penyisipannya mungkin cukup spesifik, seperti yang dicontohkan oleh
penyatuan fagus A E. coli pada lokus int tunggal pada kromosom bakteri. Spesifitas
integrasinya ditentukan oleh identitas rangkaian DNA yang terbagi oleh lokus int dan
daerah penghubung genom fagus. Fagus-fagus sederhana lainnya, seperti fagus Mu
E.coli, menyatu pada serangkaian tempat-tempat kromosom dan dalam hal ini
menyerupai transposon.
Profagus yang berisi gen-gen yang diperlukan untuk replikasi litis (juga disebut
replikasi vegetatif), dan ekspresi dan gen-gen tersebut ditahan selama penyempurnaan
status profagus. Manifestasi dan penekanan ini adalah bahwa profagus yang dihasilkan
kadang memberikan kekebalan selular terhadap infeksi litik oleh fagus serupa. Suatu
pancaran interaksi motekuler memicu pembebasan (keluar dan tekanan), sehingga
sebuah profagus mengalami replikasi vegetatif yang menyebabkan pembentukan
sekumpulan partikel infeksi. Rangsangan tiruan seperti cahaya ultra violet bisa
menyebabkan depresi profagus. Peralihan antara lisogenik perkembangbiakan genom
fagus dengan induknya, dan pertumbuhan fagus vegetatif dengan mengorbankan sel bisa
dianggap sebagian karena keadaan fisiologis sel. Sebuah sel yang tidak tumbuh tidak
akan membantu pertumbuhan vegetatif fagus, sedangkan Sel yang tumbuh pesat

9
mengandung cukup energi dan blok-blok dinding untuk membantu replikasi fagus secara
cepat.

II.3 Proses transfer DNA

Transfer DNA antar keturunan prokariota tersebar luas dan memberi banyak
keragaman genetika bakteri yang mengagumkan. Pengkombinasian genetika antar bakteri
cukup berbeda dengan peleburan zigot yang diteilti pada eukariota. Perubahan genetika
bakteri dicirikan oleh transfer genom donor yang relatif kecil kepada sel penerima.
Rekombinasi genetika yang berhasil membutuhkan kondisi dimana DNA donor tersebut
direplikasi dalam organisme rekombinan. Replikasi dapat dilakukan, baik dengan
penyatuan DNA donor ke dalam replikon resipien maupun dengan pemantapan DNA
donor sebagai replika bebas.
Pembatas dan Penghambat Transfer Gen
Enzim-enzim pembatas (endonuklease pembatas) memberi mekanisme pada
bakteri untuk membedakan. antara DNA mereka sendiri dan DNA dan sumber biologis
lain. Enzim-enzim tersebut menghidrolisa DNA pada lokasi pembatas yang ditentukan
oleh rangkaian DNA khusus yang berkisar dan basa 4 sampai 13. Dalam rangkaian
khusus ini terdapat selektifitas DNAyang menjadi dasar dan banyak ilmu genetika. Tiap-
tiap keturunan bakteri yang memiliki sistem pembatasan juga mampu untuk membedakan
lokasi-lokasi pengenalan tersebut pada DNA nya sendiri dengan memodifikasikannya
dengn proses metilasi suatu residu adenin atau sitosin dalam tempatnya. Sistem
pembatasan modifIkasi tersebut dibagi mejadi dua golongan besar: sistem tipe 1, dimana
kegiatan pembatasan dan modifikasi ini dikombinasikan dalam sehuah protein multi
subunit tunggal dan sistem tipe 2, yang terdiri dan endonuklease dan metilase yang
terpisah. Akibat biologis langsung dan pembatasan ini bisa berupa pembelahan DNA
donor sebelum sempat menjadi bagian replika rekombinan. Oleh karenanya, banyak
resipien yang digunakan dalam teknik genetika tersebut tidak fungsional dalam gen-gen
res-nya yang termasuk dalam batasannya.
Beberapa plasmida menunjukkan keragaman induk yang kecil dan mampu
berreplikasi hanya pada sekumpulan bakteri yang terkait erat. Berbagai plamida lain,
yang dicontohkan oleh beberapa plamida yang tahan terhadap obat berreplikasi dalam

10
sekumpulan besar rekombinan bakteri. Meskipun demikian, tidak semua jenis plasmida
bisa secara srabil hidup bersama dalam sebuah sel. Beberapa jenis akan ikut dalam sel
yang sama, satu atau yang lain akan hilang pada tingkat yang lebih tinggi dari pada saat
normal dimana sel terbagi. Fenomena yang tidak dapat hidup berdampingan secara
terus menerus masuk dalam kelompok tidak sesuai (inc), sedangkan dua plasmida yang
mampu hidup berdampingan secara stabil masuk dalam kelompok Inc yang berbeda.
Berbagai Mekanisme Rekombinasi
DNA donor yang tidak membawa informasi yang dibutuhkan untuk replikasi
dirinya sendiri harus merekombinasi dengan DNA resipien agar terbentuk dalam turunan
resipiennya. Rekombinasinya bisa homologis, sebuah akibat dan kesamaan yang dekat
dalam rangkaian DNA donor dan resipien atau nonhomologis yaitu membagi keturunan
umum. Prosesnya hampir selalu membutuhkan pertukaran antar gen yang membagi
keturunan umum. Proses ini membutuhkan sekumpulan gen yan ditandai dengan
recdan disfungsi pada gen tersebut menambah bakteri yang bisa mempertahankan gen-
gen yang sangat homologis tergantung pada berbagai enzim yang dilambangkan oleh
DNA yang menyatu, dan paling jelas dicontohkan dengan penyisipan DNA kepada
resipien untuk membentuk tiruan transparan donor.
Mekanisme rekombinasi yang ditengahi oleh hasil gen rec itu bersifat timbal
balik; pengenalan suatu rangkaian resipien homologis kepada DNA donor. Perhatian
ilmiah yang meningkat dicurahkan terhadap peran konversi gen transfer non resiprok
rangkaian DNA dan donor ke resipien untuk mencapai keragaman genetika.
Mekanisme Transfer Gen
Tiga bentuk utama dan pertukaran gen prokariota dibedakan pada bentuk DNA
donor. Pada konjugasi, hanya satu rantai DNA ditransfer (dipindahkan) (Gambar 7-5).
Resipien melengkapi struktur DNA rantai ganda dengan cara mensintesa rantai
komplementer yang diperoleh dan donor. Pada transduksi, donor DNA dibawa dalam
suatu phage dan ditransfer ke dalam nesipien dengan mekanisme infeksi phage.
Transformasi, pemasukan langsung DNA donor oleh sel resipien, dapat secara alami
atau dipaksakan. Hanya beberapa spesies bakteri kompeten untuk transformasi secara
alami; spesies-spesies ini mengasimilasi DNA donor dalam bentuk linear. Transformasi
paksaan diinduksi di laboratonium, dimana, setelah treatment dengan garam konsentrasi

11
tinggi dan kejutan suhu, banyak bakteri menjadi kompeten untuk berasimilasi plasmid
ekstraseluler. Kapasiras untuk memaksa bakteri dimasuki plasmid ekstraseluler dengan
cara transformasi menjadi dasar rekayasa genetika.
A. Konjugasi: Plasmid adalah elemen genetik yang paling sering ditransfer
menggunakan konjugasi. Fungsi-fungsi genetik yang diperlukan untuk transfer disandi
oleh gen tra, yang dibawa oleh plasmid yang mampu berpisah sendiri (self-transmissible
plasmid). Beberapa plasmid tersebut dapat memobilisasi plasmid lain atau bagian
kromosom untuk transfer. Pada beberapa kasus mobilisasi dicapai karena gen tra
menyediakan fungsi-fungsi yang diperlukan untuk transfer plasmid lain yang tidak
mampu berpindah sendiri. Pada kasus lain, self transmissible plasmid berintegrasi dengan
DNA dan replikon lain, sebagai suatu perluasan diri, membawa suatu DNA ini ke dalam
suatu sel resipien.
Analisis genetik E.coli, secara luas dipelajari dengan cara elusidasi faktor-faktor fertilitas
yang dibawa suatu plasmid F+. Plasmid ini berperan untuk karakteristik donor tertentu
pada sel-sel, karakter ini termasuk sex pilus, suatu tonjolan protein multimer ekstraseluler
yang melekatkan set-sel donor pada organisme resipien yang kekurangan faktor fertilitas.
Suatu jembatan diantara sel-sel memungkinkan suatu rantai dan plasmid F +, disintesa
oleh donor, untuk lewat ke dalam resipien, dimana rantai DNA komplementer dibentuk
(Gambar 7-7). Faktor fertilitas F+ dapat berintegrasi ke dalam sejumlah lokus pada
kromosom sel donor Hfr, dimana DNA kromosomal ditransfer (dan tempat insersi) pada
suatu arah yang ditentukan oleh orientasi insersi (Gambar 7-8).
Kecepatan transfer kromosom dan sel Hfr adalah konstan, dan hasil-hasil
eksperimen konjugasi menyediakan peta genetik E.coli, dimana jarak antar lokus diukur
dalam jumlah menit yang diperlukan untuk transfer pada konjugasi. Suatu peta
yangminip telah dibentuk untuk bakteri coliform Salmonella typhimurium, dan
perbandingan dua peta menunjukkan pola hubungan dari organisasi gen, meskipun
beberapa perataan kembali kromosom terpencar dan kedua spesies bakteri tersebut.
Prosedur analog pada plasmid, telah diteliti peta kromosom sirkuler pada anggota
dan general bakteri yang berbeda: contoh plasmid-resisten obat, disebut faktor R, dapat
mendorong transfer kromosom dari berbagai bakteri, termasuk Pseudomonas aeruginosa
dan Pseudomonas pulida menunjukkan hanya sedikit, tetapi bermakna, penataan genetik

12
bersamaan dengan terpencarnya dua spesies yang berkaitan erat. Peta Pseudomonas
memiliki sedikit kesamaan dengan bakteri coliform yang jauh hubungannya secara
biologis.
Integrasi DNA kromosom ke dalam suatu plasmid konjugal dapat menghasilkan
suatu replicon rekombinan - suatu prime, F (fertilitas) atau R (resisten), tergantung pada
plasmid - dimana DNA kromosom yang berintegrasi dapat direplikasi pada plasmid tidak
tergantung kromosom. Hal ini terjadi ketika plasniid integrasi (contoh F) dipisabkan pada
dua salinan dan suatu elemen IS. Bakteni membawa salinan-salinan gen, satu gen pcnuh
pada kromosom dan sebagian sel pada suatu prime, adalah partial diploids, atau
merodiploids dan sangat berguna untuk studi komplementasi. Suatu gen wild-type sering
komplemen mutannya homolog, dan seleksi fenotip wild-type dapat mempertahankan
merodiploids di laboratonium. Strain seperti itu meniungkinkan analisis interaksi antara
alleles yang berbeda, vanian genetik dan gen yang sama. Merodiploids sering, secara
genetik tidak stabil karena rekombinasi antara plasmid dan kromosom homolog dapat
menghasilkan kehilangan pertukaran mutan atau wild type alleles. Masalah ini sering
dipersulit pada mempertahankan merodiploid pada suatu latar belakang genetik rec A,
suatu gen yang diperlukan untuk rekombinasi antara segmen homolog DNA, yang telah
diinaktifkan oleh mutasi.
Gen-gen homolog dan organisme-organisme yang berbeda terpencar luas,
mencegah rekombinasi antara mereka, tetapi tdak merigubah kapasitas satu gen untuk
komplementasi kehilangan aktivitas yang lain. Contohnya, asal genetik dan suatu enzim
diperlukan untuk sintesa asam-asam amino seperti untuk mempengaruhi aktivitas
katalitik pada sitoplasma dan suatu hospes yang jauh secara biologis. Suatu merodiploid
membawa suatu gen untuk semacam enzim, juga membawa derivat gen pengapit dan
organisme donor. Oleh karena itu, genetika mikrobia konvensional, berdasar pada seleksi
prime plasmid, dapat digunakan untuk isolasi gen-gen dan organisme fastidious, E.coli
atau P. aeruginosa. Teknologi yang bermakna terletak pada kemampuan
menyederhanakan auau mempersulit prosedur yang relatif mahal yang diperlukan pada
rekayasa genetika.
B. Transduksi: Transduksi adalah rekombinasi genetik perantara phage pada
bakteri. Pada terminologi paling sederhana, suatu partikel transduksi dapat dianggap

13
sebagai DNA bakteril dalam suatu mantel phage. Pada suatu populasi lytic phage dapat
mengandung beberapa partikel dimana mantel phage mengelilingi DNA derivat bakteri
lebih baik daripada phage. Populasi seperti ini telah digunakan untuk transfer gen-gen
dan satu bakteri ke bakteri lain. Temperate phage sebagai kendaraan (vehicles) untuk
transfer gen karena infeksi bakteri resipien pada kondisi yang sesuai lysogeny
mengurangi lisis sel dan sesuai kemampuan hidup strain rekombinan. Suatu bakteri
resipien membawa suatu prophage yang sesuai dapat membentuk suatu represor yang
mengakibatkan sel imun menjadi lytic infrction; sel seperti ini masih dapat memasukkan
DNA bakteri dan partikel-partikel transduksan. Campuran transduksan membawa DNA
donor yang dapat disiapkan pada kondisi yang scsuai dengan sildus lytic phage.
Ukuran DNA dalam partikel transduksan pada umumnya tidak lebih dan beberapa
persen dan kromosom bakteri, oleh karena itu kotransduksi mentransfer lebih dan satu
gen pada satu saat - dibatasi untuk terikat pada gen bakteri. Proses ini penting untuk
membuat peta gen yang sangat erat kaitannya dengan dasar transfer konjugal. Phage
mutan dapat diidentiflkasi berdasar morfologi phage yang dibentuk dengan cara lisis
pada suatu lapisan bakteri yang tumbuh pada medium agar padat. Peta genetik phages
telah dikonsrruksi dengan cara analisis plagues yang timbul karena infeksi simultan pada
bakteri yang memiliki dua phage berbeda.
Kecepatan rekombinasi dan replikasi phage menjadi pusat studi proses ini,
banyak generalisasi mekanisme muncul berdasar genetik phage. Kapasitas phage untuk
membuat replikan secara cepat dan DNA membuatnya bernilai pada rekayasa genetika.
Nilai khusus rekayasa phage rekombinan dimana phage mengandung DNA inserts dan
sumber biologik lain. DNA inserts dapat direplikasi dengan pengubahan karakter DNA
phage dan hal ini juga sangat berguna untuk manipulasi. DNA rantai tunggal yang
dihasilkan oleb phage M13 dan derivatnya, membantu sebagai suatu cetakan untuk
susunan dan tempat - arah mutagenesis.
C. Transformasi: Pemasukan langsung DNA donor oleh sel-sel resipien
tergantung pada kompetennya untuk transformasi. Kejadian alami kemampuan ini tidak
umum dianta ra bakteri, beberapa strain ini dapat ditransformasi hanya bila ada faktor
kompeten, dihasilkan hanya pada suatu titik spesifik pada sikius pertumbuhan. Strain-
strain lain siap melakukan transformasi alami, dan organisme ini - memungkinkan untuk

14
rekayasa genetika karena kemudahan memasukkan modified DNA kedalam
kromosomnya. Secara alami competent transformable bacteria ditemukan pada beberapa
genus, termasuk Bacillus subtilis, Haemophilus influenzae, Neisseria gonorrhoeae, dan
Streptococcus pneumoniae. Pragmen-fragmen DNA yang mengandung gen-gen dan
organisme tersebut dapat diidentifikasi bendasarkan kemampuan untuk transformasi sel-
sel mutan menjadi wild type. Teknik ini mendasani prosedur-prosedur laboratorium yang
digunakan oleh Avery dan kawan-kawan. Untuk menunjukkan prinsip transformasi
pneumococcus adalah DNA.
Transformasm alami adalah suatu proses aktif memenuhi kebutuhan protein-
protein spesifik yang dihasilkan oleh sel nesipien. Banyak bakteri tidak mampu
melakukan transformasi alami, dapat dipaksakan untuk memasukkan plasmid dengan
cara treatment menggunakan calcium chloride dan shock suhu. Transformasi
menggunakan plasmid rekombinan hasil rekayasa dengan prosedun tersebut menjadi
perhatian pada biologi molekuler karena hal ini dapat membuat DNA dan berbagai
sumber biologik menjadi nyata sebagai bagian dan replicon bakteri dengan karakter baik.

II.4 Mutasi dan Penataan Gen

Mutasi Spontan
Mutasi adalah perubahan susunan DNA. Mutasi spontan pada gen pada umumnya
terjadi pada frekuesi 10-8 10-6 pada suatu populasi derivat dan suatu bakteri tunggal.
Mutasi termasuk substitusi basa, delesi, insersi dan penataan. Substitusi basa dapat
timbul sebagai suatu akibat mispairing antara basa komplementer selama replikasi. Pada
E.coli, hal ini terjadi berkisar sekali setiap 1010 kali E.coli memasukkan suatu nukleotida.
Penetapan mutasi tersebut dikurangi oleh enzim yang berhuhungan dengan perbaikan
mismatch, suatu proses yang penting pada proof-read suatu rantai yang baru disintesis
untuk menjamin bahwa rantai tersebut secara tepat komplemen dengan cetakannya.
Enzim-enzim membedakan rantai yang baru disintesis dan rantai yang tampak
sebelumnya pada dasar metilasi adenine pada susunan GATC dan rantai yang tampak
sebelumnya. Suatu sistem perbaikan DNA spesifik, respons SOS, dikatakan pada sel-sel
yang DNA nya telah rusak,

15
 Banyak substitusi basa menghindari deteksi pada tingkat fenotip karena mereka
tidak secara bermakna menghilangkan fungsi dan produk gen. Contohnya, mutasi
missense, yang mengakibatkan substitusi satu asam amino, dapat tanpa mempengaruhi
efek fenotipik. Mutasi nonsense menghentikan sintesis protein-protein, menghasilkan
suatu protein terporong pada tempat mutasi. Produk gen mutasi nonsense pada umumnya
tidak aktif.
Akibat mutasi delesi atau insersi juga parah karena mereka dapat secara drastis
mengubah susunan asarn amino dan produk gen. Seperti penjelasan dibawah, ekspresi
akurat dan susunan DNA tergantung pada translasi kodon triplet nukleotida pada fase
yang tepat. Insersi atau delesi suatu nukleotida merusak fase translasi dan menghasilkan
susunan protein yang berbeda secara keseluruhan, distal terhadap kodon asam amino
yang diubah oleh mutasi.
Suatu fraksi mendasar dan mutasi spontan adalah delesi-delesi yang
memindahkan bagian-bagian besar atau satu sel gen. Delesi-delesi melakukan
rekombinasi diantara susunan berulang secara langsung (contoh elemen IS) dan hampir
tidak pernah kembali. Mutasi-mutasi lain dapat membalik sepanjang susunan DNA atau
mengubah urutan susunan itu menjadi lokus baru. Perbandingan peta gen yang berkaitan
dengan strain bakteri menunjukkan bahwa penataan seperti itu dapat difiksasi pada
populasi alami. Pengamatan ini dititikberatkan pada kenyataan bahwa pemisahan linear
fragmen DNA tidak secara lengkap merusak kemungkinan untuk beninteraksi secara fisik
dan kemikal diantara mereka.
Mutagen
Frekuensi mutasi sangat ditingkatkan oleh terpaparnya sel-sel dengan mutagen.
Sinar ultraviolet adalah suatu mutagen fisik yang merusak DNA dengan cara mengikat
basa thymine berdampingan untuk membentuk dimer. Kesalahan susunan dapat terjadi
selama perbaikan enzimatik dan kerusakan gen. Mutagen kemikal juga dapat bekerja
dengan cara perubahan struktur DNA secara khemik atau fisik. Reaksi kimiawi
mengubah struktur basa-basa pada DNA. Contohnya, nitrous acid (HNO3) substitusi
grup hidroksil untuk grup amino. Hasil DNA telah mengubah aktivitas cetakan selama
putaran selanjutnya dan replikasi. Frameshift mutation (mutasi-pergeseran kerangka
basa), memasukkan atau memindahkan suatu pasangan basa tunggal dan DNA,

16
disebabkan oleh tergelincirnya rantai DNA. Pada umumnya DNA tergelincir oleh karena
cat warna aeridine yang dapat interkalasi diantara basa-basa.
Pada umumnya, efek Iangsung mutagen fisik atau khemik adalah merusak DNA.
Hasil mutasi dimulai oleh cnzim-enzim yang berhubungan dengan replikasi atau
perbaikan. Mutasi yang mengubah kemampuan enzim-enzim ini dapat menjadikannya
mutagen biologik, produk gen-gen mutator. Bentuk-bntuk lain dan mutagenesis biologik
adalah insersi-insersi ke dalam perbaikan gen-gen yang disebabkan oleh transposon
seperti phage Mu.
Reversi dan Supresi
Perolehan kembali suatu kehilangan aktivitas sebagai akibat mutasi disebut
reversi fenotipik, dapat atau tidak dihasilkan dan perbaikan dan susunan DNA asal, yang
diperlukan pada resersi genotipik. Sering, suatu mutasi pada suatu lokus kedua, disebut
suatu mutasi supresi, memperbaiki kehilangan aktivitas. Pada supresi intragenik,
sesudah suatu mutasi primer telah mengubah suatu struktur enzim sehingga kehilangan
aktivitasnya, suatu mutasi kedua, pada suatu tempat berbeda pada gen enzim,
memperbaiki struktur yang dipenlukan untuk aktivitas. Supresi ekstragenik disebabkan
oleh suatu mutasi kedua yang terletak diluar gen yang terpengaruh dan asalnya. Contoh
karakteristik yang baik adalah supresi nonsense, yang pada umumnya suatu mutasi pada
suatu gen tRNA mengubh anti kodon tRNA sehinga dapat berpasangan dengan kodon
nonsense dan memungkinkan masuknya asam amino pada tempat-tempat dimana mutasi
nonsense mengakibaikan terminasi (penghentian) sintesis protein.

II.5 Ekspresi Gen

Pemisahan evolusioner yang hebat dan genom eukariota dan prokaniota
digambarkan dengan cara membandingkan mekanisme ekspresi gennya, yang memiliki
kesamaan kemampuan. Pada kedua grup, informasi genetik disandi dalam DNA,
ditranskripsi ke dalam mRNA, dan ditranslasi pada ribosom-nibosom melalui tRNA ke
dalam struktur protein (Gambar 7-9). Triplet codon nukleotida yang digunakan pada
translasi pada umumnya sama, dan banyak enzim dikairkan dengan sintesis
makromolekul dalam dua grup biologik memiliki kemampuan yang mirip. Disamping
generalisasi ini, ada perbedaan nyata antara eukariota dan prokariota pada setiap lahan

17
ekspresi gen. Mekanisme dimana susunan nukleotida pada suatu gen menentukan
susunan asam amino dalam suatu protein adalah sebagai berikut:
(1) RNA polimerase membentuk suatu rantai poliribonukleotida tunggal
messenger RNA (mRNA), menggambarkan DNA sebagai suatu cetakan; proses ini
disebut transkripsi. mRNA memiliki suatu susunan nukleotida komplementer terhadap
rantai cetakan pada DNA double helix bila dibaca pada arah 3 ke 5
(2) Asam amino-asam amino secara enzimatik diaktivasi dan ditransfer ke
molekul adapter spesifik dan RNA, yang disebut transfer RNA (tRNA). Setiap moleleul
adapter memiliki suatu triplet basa-basa (anticodon) komplementer terhadap suatu triplet
basabasa pada mRNA, dan pada satu ujng basa pada mRNA disebut codon untuk asam
amino.
(3) mRNA dan tRNA datang bersamaan pada permukaan ribosom. Setiap tRNA
menemukan triplet nukleotida komplementernya pada mRNA, asam amino yang
dibawanya diletakkan ke dalam ikatan peptida dengan asam amino dan molekul tRNA
berdampingan. Enzim peptidyltransfrrase (yang ternyata 23 S RNA), contohnya suatu
ribozyme mengkatalisis pembentukan ikatan peptida. Ribosom bengerak sepanjang
mRNA, polipeptida tumbuh secara berurutan sampai keseiuruhan molekul mRNA sudah
ditransiasi ke dalam suatu susunan asam amino. Proses ini disebut translasi, Gambar 7-9.
Gen dikaitkan dengan fungsi-fungsi yang berkaitan sering dalam cluster (kelompok) pada
prokanota, sedangkan pengelompokan (cluster) seperti itu tidak umum diantara gen
eukariota. Enhancer sequences adalah region-regio DNA eukariota yang meningkatkan
transkripsi dan mungkin terletak jauh ke arah depan (upstream) dari gen yang
ditranskripsi. Gen-gen eukariota membawa intron-intron, insersi-inseisi DNA yang pada
umumnya tidak ditemukan pada gen-gen prokariota. Intron-intron memisahkan exon-
exon., regio penyandi dan gen-gen eukariota. Intron-intron dipindahkan dan transkripsi
eukariotik selarna proses RNA, suatu reaksi enzimatik serial yang mengambil tempat
dalam nucleus (inti sel), Sepanjang yang telah diketahui, mRNA prokariota bekerja
berulang dengan cepat, dirnana beberapa molekul mRNA eukariota, seperti pada RNA
hemoglobin eritrosit, adalah hanpir stabil.
Ribosom eukariota dan prokariota berbeda dalam banyak hal. Ribosorn eukariota lebih
besar dan memiliki suatu sedimentation coefficient 80 S sedangkan ribosom prokariota 70

18
S. Sub unit nibosomal eukariota 40 S dan 60 S adalah lebih besar daripada sub unit
prokariota 30 5 dan 50 5, dan ribosom-ribosom eukariora relatif kaya protein. Perbedaan
bermakna adalah menurunkan sifat sensitivitas dan aktivitas ribosomal terhadap
antibiotika, banyak yang secara selektif menghambat sintesis protein pada prokariota
tetapi tidak dalam sitoplasma eukariota (lihat Bab 9). Harus diingat, bagaimanapun
ribosom mitokhondria pada eukaniota mirip dengan pada prokariota.
Regulasi Ekspresi Gen
rnRNA eukariota ditransportasi dan nucleus ke sitoplasma, dimana translasi
berlangsung. Berlawanan dengan translasi pada mRNA prokariota dipasangkan dengan
sintesisnya, dalam pasangan ini memberi kesempatan untuk regulasi yang mungkin
secara unik. Conrohnya, pelemahan (attenuation), terminasi prematur dan mRNA
ditranskripsi dan gengen biosintetik bila enzim nidak diperlukan, dipengaruhi kapasitas
seluler untuk sintesis suatu peptida pemimpin (leader peptide). Pelemahan sering
ditentukan oleh apakah codon-codon tertentu pada susunan leader ditranslasi.
Peristirahatan ribosom pada codon-codon ini dapat mengakibarkan perubahan struktur
sekunder pada mRNA leader, memulai terininasi transkripsi oieh mRNA polymerase,
sebelum dia mencapai gen pertama pada operon. Blokade sintesis peptida leader, yang
dapat terjadi dengan cara penghilangan suatu asam amino, mengakibatkan mRNA
bericesimpulan suatu struktur yang ditutupi signal terminasi dan memungkinkan
transkripsi untuk meneruskan ke dalam gen struktural. Jadi, pada induk adanya asam
amino yang diperlukan untuk sintesis peptida, hasil aithir biosintesis berkurang pada
terminasi dan mendorong untuk meningkatkan tingkat enzim biosintetik.
Protein-protein spesifik, hasil gen-gen regulator, mengatur ekspresi gen-gen
struktural yang menjandi enzim-enzim. Transkripsi DNA ke dalam mRNA dimulai pada
promoter, susunan DNA yang mengikat RNA polymerase. Tingkat ekspresi gen
ditentukan sebagian oleh kemampun suatu promoter untuk mengikat polymerase
tersebut, dan efektivitas intninsik promoter sangat berbeda. Pengendalian selanjutnya
pada ekspresi gen oleh protein-protein regulator yang dapat terikat pada rcgio-regio DNA
dekat promoter.
Beberapa gen struktural prokariota yang menyandi satu sen reaksi merabolik
dikelompokkan (cluster) dalam satu operon. Gen-gen seperti itu diekspresi sebagai suatu

19
transkrip mRNA tunggal, dan ekspresi transkrip mungkin diatur oleh satu gen regulator
tunggal. Contohnya, jima gen yang berkaitan dengan biosintesis dikelompokkan (cluster)
dalam operon trp pada E.coli. Ekspresi gen diatur oleh atenuasi (attenuation), seperti
yang di jelaskan diatas, juga dikendalikan oleh represi: pengikatan tryptophan oleh suatu
protein represor membentuk suatu konformasi yang memungkinkannya melekat pada
operator trp, suatu susunan DNA pendek yang membantu meregulasi ekspresi gen. Ikatan
protein represor pada operator mencegah transkripsi gen trp. Bentuk pengendalian ini
tidak tergantung atenuasi, yang juga digunakan untuk mengatur ekspresi gen trp.
Pencegahan transkripsi oleh suatu protein represor disebut kontrol negatif.
Bentuk yang bertentangan dengan regulasi transkripsi - inisiasi (pemula) transkripsi pada
respons untuk ikatan suatu protein aktivator - disebut kontrol positif. Kedua bentuk
pengendalian tampak pada ekspresi operon lac, gen-gen yang berkaitan dengan
fermentasi laktosa pada E.coli. Operon ini mengandung tiga gen struktural. Transportasi
laktosa ke dalam sel diperantarai oleh produk gen lac Y Beta-galactosidase, enzim yang
menghidrolisis laktosa menjadi galaktosa dan glukosa, disandi oleh gen lac Z. Produk ge-
n ketiga (lac A) adalah suatu transacetylase: fungsi fisiologik dan enzim ini belum jelas.
Pada produk dan fungsi normainya, -galactosidase menghasilkan allolactose,
suatu isomer struktural dan transkripsi. Fungsi ini dibantu oleh allolactose, sebagai
inducer pada operon lac karena metabolit ini hampir secara langsung meningkatkan
ekspresi gen. Pada ketiadaan allolactose, represor lac, suatu produk yang dikendalikan
gen lac I secara bebas, melakukan kontrol negatif pada transkripsi operon lac dengan cara
pengikatan pada operator lac. Adanya inducer, represor dilepaskan dan operator, dan
transkripsi dimulai.
Ekspresi operon lac dan banyak operon lain untuk enzim-enzim dikaitkan dengan
fermentasi, ditingkatkan oleh pengikatan dan protein CAP (cyclic AMP- binding protein)
pada suatu susunan DNA spesifik dekat promoter untuk regulasi operon. Protein
melakukan kontrol positif dengan cara meningkatkan aktivitas RNA polymerase.
Metabolit yang memulai (trigger) kontrol positif dengan cara pengikatai pada CAP
adalah 3, 5- cyclic AMP (cAMP). Gabungan ini, dibentuk pada penghasil energi dalam
sel, bekerj melalui CAP untuk meningkatkan ekspresi enzim katabolik yang
meningkatkan energi metabolit.

20
 Cyclic AMP tidak sendiri melakukan pengendalian pada gen-gen yang tidak satu
ikatan (unlinked) pada E.coli. Sejumlah gen-gen yang berbeda bertanggung jawab
terhadap nukleotida pp G pp (p = phosphodiester, G = guanin) sebagai suatu signal
kekurangan asam amino, dan unlinked gene diekspresi sebagai bagian dan respons SOS
pada kerusakan DNA. Satu set lain dan unlinked gene berperan pada respon terhadap
shock panas. Respon ini ditemukan pada prokariota maupun eukaniota.
Pengendalian transkripsi pada prokariota telah teruji memiliki nilai konseptual
dan teknikal. Operon lac menyediakan suatu model yang sangat berguna untuk studi
perbandingan dan ekspresi gen. Contohnya, fenomena represi, pertama menjelaskan
operon lac, menjelaskan respons lysogenic terhadap infeksi oleh temperature phage
seperti Pada studi sistem lac E.coli menyediakan banyak derivat gen yang sangat
berguna pada rekayasa genetika. Insersi DNA asing ke dalam plasmid untuk membentuk
vector rekombinan sering dipantau secara fenotipik menggunakan suatu uji warna untuk
memantau inaktivasi gen lac Y, dan promoter lac sering digunakan untuk mengetahui
ekspresi terkendali dan insersi gen.

II.6 Rekayasa Genetika

Rekayasa genetika adalah aplikasi llmiah untuk keperluan sosial. Pada saat ini,
rekayasa berdasarkan pada genetika bakteri telah mengubah biologi. Fragmen DNA
spesifik dapat diisolasi da diamplifikasi (diperbanyak), dan gen-gennya dapat diekspresi
pada tingkar tinggi. Spesifisitas (kekhususan) nukicotida yang diperlukan, dibelah oleh
enzim uestriksi menghasilkan fragmen yang mengandung gen atau bagian gen yang
sccara covalent diikatkan pada plasmid (vectors) yang kemudian dapat dimasukkan ke
dalam bakteri asing. Kolonikoloni bakteri atau clones membawa gen spesifik yang dapat
diidentifikasi menggunakan hibridisasi DNA atau RNA dengan pelacak khemikal atau
radiokhemikal. Cara lain, p-oduk protein yang disandi oleh gen-gen juga dapat dikenali
menggunakan aktivitas enzim atau menggunakan teknik imunologik. Prosedur
imunologik ditingkatkan selektivitasnya dengan mengguiakan antibodi monokional
(lihat Bab 8) yang dapat mengikat determinan antigenik spesifik pada protein. Jadi,
teknik rekayasa genetika dapat digunakan untuk mengisolasi suatu gen yang
kemampuannya dapat dikenali secara biokhemikal.

21
 Gen-gen yang terisolir dapat digunakan untuk berbagai macam tujuan. Site-
directed mutagenesis dapat mengidentifikasi dan mengubah susunan DNA suatu gen.
Residu nukleotida yang penting untuk fungsi gen dapat ditentukan, dan bila diinginkan,
atau diubah. Adanya teknik hibridisasi, DNPL dapat digunakan sebagai suatu pelacak
yang mengenali asam nukleat yang berhubungan dengan susunan komplementer dan
DNA nya sendiri. Contohnya, suatu virus latent pada jaringan binatang dapat dideteksi
menggunakan suatu pelacak DNA juga terjadi pada keadaan tidak adanya aktivitas virus.
Produk protein dan isolat gen virus sangat menjanjikan suatu vaccines karena, protein-
protein tersebut dapat disiapkan tanpa gen-gen yang menyandi replikasi dan asam nukleat
virus, Lebih lanjut, protein seperi insulin yang memiliki fungsi yang sangat berguna dapat
disiapkan dalam jumlah besar dan bakteri yang mengekspresi cloned genes.
Preparas fragmen DNA menggnakan enzim restriksi
Keanekaragaman genetik bakteri direfleksikan pada variasi enzim restriksi, yang
memiliki selektivitas sehingga mengenali regio spesifik dan DNA untuk dibelah. Susunan
DNA yang dikenali oleh enzim restriksi terutama yang palnidromes (ulangan urutan
terbalik). Suatu palnidrome urutan khusus (tipikal), yang dikenali oleh enzim restriksi
Eco Ri (yang sering digunakan) adalah GAATTC; ulangan terbalik, menurun pada
komplementer dan pasangan basa G-C dan A-T, menghasilkan suatu urutan 5 TTC yang
direfleksikan sebagai.AAG pada rantai 3. Panjang fragmen DNA yang dihasilkan oleh
enzim restriksi bervariasi karena individualitas susunan DNA. Panjang rata-rata dan
fragmen DNA ditentukan oleh jumlah basa spesifik yang dikenali oleh suatu enzim.
Kebanyakan enzim restriksi mengenali empat, enam, atau delapan urutan basa;
bagaimanapun, enzim restniksi yanglain mengenali 10, 11, 12 atau 15 urutan basa.
Pengenalan empat basa menghasilkan fragmen-fragmen dengan panjang rata-rata 250
pasangan basa (bp = base pavis), oleh karena itu pada umumnya sangat berguna untuk
analisis tau manipulasi fragmen-fragmen gen. Gen-gen Iengkap sering dipotong oleh
enzim restniksi yang mengenal enam basa dan menghasilkan fragmen-fragmen dengan
ukuran rata-rata 4000 bp. Enzim restriksi yang mengenal delapan basa menghasilkan
fragmen dengan ukuran kbas 64000 bp dan sangat berguna untuk analisis reglo gn yang
besar.. Enzim restniksi yang mengenal lebih dan sepuluh basa sangat berguna untuk

22
konstruksi suatu peta fisikal dan untuk molecular typing menggunakan pulse-field gel
electrophoresis.

Pemisahan fisik fragmen DNA yang berbeda ukuran

Teknik rekayasa genetika yang sederhana yaitu gel electrophoresis,
memungkinkan fragmen DNA dipisahkan berdasarkan ukurannya (Gambar 7-1OA);
fragmen yang Iebih kecil akan lebih cepat migrasinya. Keseluruhan kecepatan migrasi
dan rata-rata ukuran optimal untuk pemisahan ditentukan oleh keadaan khemis alami dan
gel dan oleb tingkat ikatan silangnya. Ikatan silang tingkat tinggi pada gel mengakibatkan
pemisahan optimal dan fragmen DNA kecil. Cat warna ethidium bromide membentuk
suatu fluoresensi terang pada ikatannya dengan DNA, sehingga sejumlah kecil fragmen
DNA terpisah dapat difoto pada gel (Gambar 7-10). Fragmen DNA spesifik dapar
dikenali oleh pelacak yang mengandung susunan komplemnter (Gambar 7-lOB dan 7-
10C).
Pulses gel electrophoresis memungkinkan pemisahan fragmen DNA yang
mengandung pasangan basa sampai 100.000 bp (100 kbp = kilobasepavis). Karakteristik
fragmen besar seperti itu memungkinkan konstruksi suatu peta fisik kromosom-
knomosom dani bebenapa spesies bakteri. Contohnya, gen-gen bakteri telah dikenal
dalam dua kromosom terpisah.
Kloning fragmen restriksi DNA
Banyak enzim restriksi membelah secara asimetris dan menghasilkan fragmen
DNA dengan ujung cohesive (sticky) ends yang memungkinkan hibridisasi dengan yang
lain. DNA ml dapat digunakan sebagai suaru donor dengan resipien plasinid untuk
membentuk plasmid rekombinan secara genetik. Contohnya, pembelahan DNA oleh Eco
Ri menghasilkan DNA yang mengandung susunan ekor 5 AATT dan komplementer
dengan susunan ekor 3 TTAA (Gambar 7-11). Pembelahan suaru plasmid (suatu
potongan sirkuler dan DNA) dengan enzim restriksi yang sama menghasiikan suatu
fragmen linear dengan ujung cohesive yang identik dengan yang lain. Pemindahan
enzitnatik dan grup phosphate bebas dari ujung-ujung ini menjamin bahwa fragmen

23
tersebut tidak diligasi untuk membentuk plasmid sirkuler asal. Ligasi pada adanya
fragmen DNA lain yang mengandung grup fosfat bebas, menghasilkan plasmid
rekombinan, atau chimeric plasmid, yang mengandung fragmen DNA sebagai insert
secara covalent pada DNA sirkuler terturup (Gambar 7-11). Plasmid harus berbentuk
sirkuler untuk dapat ierreplikasi dalam suatu bakteri inang.
Plasmidrekombinandapat dimasukkan ke dalam suatu bakteri inang, kebanyakan
E coli, dengan cara transformasi. Sel-sel transforman dapat diseleksi berdasarkan pada
saw atau lebih faktor-faktor resistensi yang disandi oleh gen-gen piasmid (Gambar 7-
11).Produk populasi bakteri tersebut mengandung suatu pustaka (library) dan piasmid-
plasmid rekombinan yang membawa berbagai kional fragmen hasil testriksi (cloned
inserted restriction fragments), deriyat dan DNA donor. Teknik hibridisasi dapat
digunakan untuk identifikasi koloni-koloni bakteri yang membawa fragmen DNA
spesifik, atau bila plasmid mengekspresi gen inserted, koloni-koloni dapat diskrining
untuk produk gen (Gainbar
7-12).
Electroporation adalah prosedur yang berkembang saat ml untuk memasukkan
DNA ke dalam bakteri. Prosedur ini meningkatkan kemungkinan berbagai macam bakteri
dapat digunakai sebagai inang untuk rekayasa gen.
Karakterisasi DNA klon
Pemetaan Restriksi
Manipulasi cloned DNA mcmerlukan pengertian strukturnya. Preparasi suatu peta
restriksi adalah tahap pertama untuk mempelajari. Suatu peta restriksi dikonstruksi
seperti suatu jigsaw puzzle dan ukuran fragmen yang dihasilkan oleh pencerna tunggal
(single digests), yang disiapkan dengan enzim restriksi individual, dan oleh pencerna
ganda (double digests), yang dibentuk dengan pasangan-pasangan enzim restriksi
(Gambar 7-10). Peta restriksi juga merupakan tahap awal menuju DNA sequencing,
karena peta tersebut mengidentifikasi jaringan - fragmen yang akan menyediakan
subclones (fragmen DNA yang relatif kecil) yang dapat menjadi subyek untuk analisis
lebih lanjut, yang clapt dilakukan DNA sequencing. Sebagai tambahan, peta restriksi
menyediakan suatu dasar info rmasi yang sangat spesifik yang memungkinkan fragmen
DNA, diidentifikasi berdasarkan ukuran, dikaitkan dengan fungsi-fungsi gen spesifik.

24
Susunan
Susunan DNA menampilkan struktur gen dan memungkinkan peneliti untuk
mengenal struktur produk gen. Informasi susunan gen memungkinkan manipulasi gen
inruk dimengerti atau diubah fungsinya. Analisis susunan DNA menjelaskan regio
regulator yang mengendalikan ekspresi gen dan genetik hot spots khusus yang peka
terhadap mutasi. Perbandingan susunan DNA menjelaskan hubungan evolusioner yang
menyediakan suatu kerangka kerja (frame work) untuk Idasifikasi organisme dan virus.
Perbandingan seperti itu dapat membantu identifikasi regio yang sering ditemukan
(conserved) yang dapat sangat berguna sebagai pelacak hibridisasi spesifik untuk deteksi
organisme atau virus dalam spesimen klinik.
Dua metode yang umum digunakan untuk penentuan susunan DNA adalah teknik
Maxam-Gilbert, yang secara khemis bertanggung jawab terhadap ikatan-ikatan
nuklcotda yang berbeda, dan metode Sanger (dideoxy termination), yang memutus
perpanjangan (elongasi) susunan DNA dengan cara memasukkan dideoxynucleotides ice
dalam susunan DNA.
Kedua teknik menghasilkan suatu set oligonukleotida yang dimutai dan suatu
origin tunggal dan pemisaiian rantai-rantai DNA pada suatu gel sequencing yang
dibedakan dengan penambahan suatu nukleotida tunggal. Suatu gel sequencing
memisahkan rantai-rantai yang berbeda panjangnya dan satu sampai beberapa ratus
nukleotida dan menyatakan susunan DNA bervaniasi panjangnya. Suatu susunan DNA
ditunjukkan dengan menjalankan campuran reaksi yang mirip pada empat jalur sejajar,
masing-masing yang terpapar suatu nukleotida spesifik dalam berbagai susunan (Gambar
7-13). Contohnya, terminasi elongasi dengan memasukkan 2, 3 - deoxyadenine
5phosphate menyatakan suatu panjang relative dan suatu rantai yang mengandung
adenine pada posisi terminasi. Suatu sen rantai semacam itu, masing-masing diterminasi
pada suatu posisi berbeda, dihasilkan dengan memasukkan beberapa dideoxynucleotide
pada suatu campuran reaksi yang mengandung DNA polymerase.
Empat jalur sejajar pada gel yang sama menyatakan panjang relatif dan rantai-
rantai yang melakukan terminasi dideoxy pada adenine, cytidine, guanidine, dan
thymidine. Perbandingan dan empat jalur yang mengandung campuran reaksi yang

25
berbeda, mendasari metode terminasi rantai membuatnya memungkinkan untuk
menentukan urutan DNA dengan cara metode Sanger (Gambar 7-13).
Penyederhanaan metode Sanger mengakibatkannya lebih umum digunakan, tetapi
teknik Maxam-Gilbert secara luas digunakan karena dapat dipapar regio DNA yang
terlindung oleh protein-protein ikatan spesifik melawan modifikasi khemikal.
DNA sequencing sangat dibantu oleh manipulasi genetik dan E.coli
bacteriophage Ml3, yang mengandung DNA rantai tunggal. Bentuk replikatif DNA
phage adalah suatu Iingkaran tertutup secara covalent dan DNA rantai ganda yang
direkayasa sehingga mengandung suatu multiple cloning site yang memungkinkan
integrasi fragmen DNA spesifik yang telah diidentifikasi sebelumnya dengan cara
pemetaan restriksi. Bakteri yang terinfeksi dengan bentukan replikatif mensekresi phage
modifikasi yang dikandungnya, ke dalam mantel proteinnya, DNA rantai tunggal yang
termasuk inserted sequence. DNA ini membantu sebagai cetakan untuk neaksi elongasi.
Origin untuk elongasi ditentukan oleh suatu primer DNA, yang dapat disintesis
menggunakan mesin otomatis untuk sintesis oligonukleotida khemikal. Mesin seperti itu,
yang dapat menghasilkan rantai-rantai DNA mengandung 75 atau lebih oligonukleotida
dalam suatu urutan sebelum ditentukan, secara ekstrim sangat berguna pada sequencing
dan pada modifikasi DNA menggunakan site-directed mu-tagenesis.
Sintesis oligonukleotida secara khemikal dapat membantu sebagai primer-primer
untuk reaksi PCR (polymerase chain reaction), suatu prosedur yang memungkinkan
amplifikasi dan sequencing DNA yang tenletak diantara primer-primer. Banyak contoh,
DNA tidak perlu dilakukan clone supaya disekuens atau dibuat siap untuk rekayasa.
Studi biologi telah mengalami revolusi dengan pengembangan reknologi yang
memungkinkan sequencing dan analisis keseluruhan genom yang berkisar mulai virus
sampai prokaniota uniseluler dan mikroorganisme eukariota sampai manusia. Hal ini
sangat dibantu oleh penggunaan prosedur shotgunning. Pada prosedur ini DNA dipecah
menjadi fragmen-fragmen lebih kecil secara random untuk menciprakan suacu pusraka
fragmen. Fragmen tanpa pesanan ini disekuens menggunakan DNA sequencer otomatis
dan digabungkan kembali pada suatu ururan-yang betul menggunakan powerful
computer software. Jumlab yang cukup dan fragmen-fragmen disekuens untuk menjamin
cakupan yang adekuat pada genom sehingga bila mereka digabung, kehanyakan genom

26
disajikan tanpa meninggalkan sangat banyak gap. Untuk mencapai hal ini, keseluruhan
genom pada umumnya mencakup lima kali sampai delapan kali, meninggalkan sekitar
0,1% dan total DNA yang tidak disekuens. Setelah fragmen-fragmen random digabung
nada daerah sekuens overlap, beberapa gap tersisa dapat diidentifikasi dan didekatkan.
Prosesing data yang rumit memungkinkan penandaan data sekuens dimana coding
regions yang diduga, operons, dan sekuens regulator diidentifikasi. Genom dan sejurniala
mikroorganisme penting, telah disekuens (Tabel 7-1). Analisis berkelanjutan dan data
sekuens dan patogen manusia yang penting digabung dengan studi patogenesis riolekuler
akan membantu pengertian kita tentang bagaimana organisme ini meiigakibatkan
penyakit dan, akan memungkinkan strategi terapeutika dan vaksin yang lebih baik.
Mutagenesis berdasarkan lokasi
Sintesa oligonukleotida secara kimiawi memungkinkan para peneliti untuk
melaksanakan introduksi dan substitusi basa yang terkendali ke dalam sebuah sekuen
DNA. Substitusi tertentu mungkin digunakan untuk menyelidiki efek sebuah mutasi
-yang telah didesain sebelumnya pada ekspresi gen, untuk mengujiperanan sebuah asam
amino yang mensubstitusi terhadap fungsi protein, atau untuk menginaktifasi sebuah gen
- hal ini berdasarkan keterangan sebelumnya tentang residu yang esensial untuk fungsi.
Oligonukleotida untai tunggal yang mengandung mutasi tertentu disintesa secara
kimiawi dan dihibridisasi ke dalam DNA untai tunggal bakteriofag yang membawa
sekuen ash (wild-type) sebagai sebuah sisipan (Gambar 7-14). Hasil sebagian DNA untai
ganda dikonversi ke bentuk replikatif untai ganda seutuhnya secara enzimatik. DNA ini
yang berisi sekuen ash pada suatu untai dan sekuen mutan pada untai lainnya, digunakan
unnak menginfeksi sebuah inang bakteri secara transformasi. Hasil-hasil rplikasi dalam
pemisahan antara DNA ash dengan bentuk mutan, dan gen mutan untai ganda dapat
diisolasi dan selanjutnya dikion dan faga bentiik replikatif.
Sintesa oligonukleotida secara kimiawi memungkinkan untuk membentuk gen
sintetik yang mengandung lokasi-lokasi restriksi yang tersebar luas yang memberikan
substitusi modular dan sekuen DNA yang mengkode protein mutan. Mutasi ganda dapat
segera dikenalkan. Pada pninsipnya, sebuab sifat tertentu yang diinginkan (seperri
antigenisitas) dapat dipertahankan, sedangkan sifat yang tidak diinginkan (seperti
toksisitas) dapat disingkirkan.

27
Analisis dengan DNA klon pelacak hibridisasi
Pelacak hibridisasi digunakan secara rutin dalam kloning DNA. Sekuen asam
amino dan protein dapat digunakan untuk mempelajani sekuen DNA, di mana dapat
dibuat pelacakrya dan digunakan untuk mendeteksi koloni kuman yang mengandung gen
yang diklon.. DNA komplementer, atau cDNA, yang di-enkode oleh mRNA, dapat
digunakan untuk mendeteksi gen yang mengkode mRNA tersebut. Hibridisasi DNA
menjadi RNA dengan Northern blots dapat metighasilkan informasi kuantitatif mengenai
sintesa RNA Sekuen DNA spesifik pada restriksi fragmen-fragmen yang dipisah pada gel.
dapat ditunjukkan dengan Southern blot, suatu metoda yang menggunakan hibridsasi
DNA nienjadi DNA. Blot-blot ini dapai digu nakan untuk mendeteksi fragmen restriksi
yang tumpang tindih. Kioning pada fragmen-fragmen ini memungkinkan untuk isolasi
flanking region dan DNA dengan teknik chromosomal walking (Gambar 7-15). Dengan
Western blots, suatu teknik deteksi yang lain, digunakan antibodi untuk mendeteksi ge
yang dikion dengan mengadakan ikatan dengan protein yang dihasilkannya.
Pelacak dapat digunkan pada prosedur analitik yang cukup luas. Beberapa region
DNA manusia dapat menunjukkan variabilitas yang besar pada distribusi terpat-tempat
restriksi. Variabilitas ini disebut dengan polimorfisme restriksi panjang fragmen
(RFLP, restriction fragment length polymorphisme). Pelacak oligonukleotida yang
dihibridisasi dengan fragmen DNA RFLP dapat digunakan untuk melacak DNA dan suatu
sampel yang sedikit jurnlahnya pada manusia yang menjadi donornya. Jadi teknik ini
bermanfat untuk ilmu pengetahuan forensik. Aplikasi-aplikasi RFLP di bidang medis
termasuk identifikasi region-region genetik yang erat hubungannya dengan gen manusia
yang mengalami disfungsi yang berkaitan dengan penyakit genetika. Informasi ini
merupakan bantuan yang berharga dalam konsultasi genetika.
Pelacak DNA menjanjikan suatu teknik identifikasi cepat dan organisme spesimen
klinik yang sukar ditumbuhkan di laboratonium mikrobiologi. Lebih lanjut ekstensi dan
teknik tersebut memberi kemampuan untuk mengidentifikasi penyebab patogen secara
cepat dan langsung di jaringan yang teninfeksi. Perangkat untuk identifikasi beberapa
patogen spesifik (sebagai contoh: Chiamydia trachomatis, Mycobacterium tuberculosis)
suclah tersedia dan dapat dibeli.

28
 Aflikasi pelacak DNA untuk diagnostik membutuhkan pengetahuan dan (1)
pelacaknya sendir, (2) sistem yang digunakan untuk mendeteksi pelacak, (3) target (DNA
yang akan dihibridisasi dengan pelacak) dan (4) kondisi-kondisi hibridisasi. Pelacak
mungkin relatif merupakan fragmen restriksi besar yang berasal dan DNA klon atau
nukleotida yang sesuai dengan suatu region spesifIk dan DNA. Pelacak yang lebih besar
dapat menghasilkan akurasi yang lebih besar karena kurang sensitif pada perubahan basa
tunggal pad DNA target. Sebaliknya reaksi hibridisasi terjadl lebih cepat dengan pelacak
yang kecil, da dapat didesain terhadap region konservasi dan DNA dimana substitusi basa
nampaknya tidak akan terjadi. Amplifikasi target dengan PCR yang dilanjutkan dengan
deteksi dan produk yang diamplifikasi setelah hibridisasi pada pelacak, terbukti lebih
sensitifdaripada metode-metode deteksi langsung.
Teknik radiokimiawi secara tradisional telah digunakan untuk mendeteki pelacak
di labonatonium-laboratorium niset. Paling sering DNA dilabel dengan fosfat 32P dengan
cara translasi nick, suatu proses yang memecah atau nicks diintroduksikan pada
untaiuntai DNA. Nukleotida radioaktif diintroduksikan pada DNA dengan polimerase
yang mengganti nukleotida yang dimulai pada posisi tempat yang pecah. Sayangnva,
waktu paruh fosfat radioaktif hanya 2 minggu, dan bahan radioaktiftersebut kemungkinan
dapat memberi efek yang berbahaya di laboratorium. Masalah tersebut dapat dihindani
dengan menggunakan suatu molekul reporter yang terikat secara kovalen pada pelacak.
Reporter tensebut mungkin berupa suatu enzim yang menghasilkan produk berwanna
atau suatu molekul yang relatif kecil. Pada molekul tersebut, suatu protein dapat
benikatan secara spesifik setelah terjadi hibridisasi. Ikatan protein pada enzim akan
menghasilkan produk berwarna yang menunjukkan bahwa pelacak telah berhibridisasi.
Persiapan dan DNA. target untuk hibridisasi, meliputi prosedur yang pasti dapat
menyebabkan lisis pada sel yang mengandung DNA, sehingga DNA terpapar untuk
hibridisasi. Kemungkinan untuk hibridisasi ditentukan oleh ketatnya prosedur. Keratnya
prosedur yang ditentukan oleh kondisi-kondisi fisis dan kimiawi, akan merientukan
derajat hibridisasi. Pelacak yang mengandung relatif sedikit nukledtida dalah yang paling
sensitif terhidap perubahan-perubahan pada kondisi yang ketat. Pada beberapa kasus
peruhahan pada ketatnya prosedur dapat digunakan untukmengatur jajaran organisme
yang ditunjukkan oleh hibridisasi: kelornpok biologis yang luas yang mengandung

29
sejumlah nukleotida pengganti mungkin dapat ditunjukkan pada keadaan dengan
keketatan prosedur yang rendah, yang dengan pelacak yang sama dapat mendeteksi hanya
organisme yang memiliki hubungan relatif erat di bawah kondisi keketatan prosedur yang
tinggi.

Manipulasi dari DNA klon

Dengan adanya teknik rekayasa genetika, maka dapat dilakukan separasi dan
ekspresi yang seluruhnya tidak tergantung dan gen yang berasosiasi dengan patogen.
Vaksin yang dibuat dengan gen rekayasa sanggup memberikan hasil yang sebelumnya
tidak dapat dicapai keamanannya. Sebagai contoh, sebuah vaksin mungkin dapat dibuat
terhadap protein pelapis virus (viral coatprotein) yang dihasilkan tanpa ikut sertanya gen
yang berhubungan dengan fungsi replikasi virus; inokulasi dengan vaksin yang demikian
tidak mempunyai resiko ikut sertanya virus yang fungsionl. Kesulitan-kesulitan yang
potensial dalam pengembangan vaksin tertentu adalah karena mudahnya terjadi mutasi
virus, sehinga menghasilkan varian genetik yang takdikenali oleh sistem pertahanan imun
dan seorarg individu yang telah divaksinasi tersebut. Pada akhirnya, vaksin mungkin
terdiri dan suatu jajaran protein yang mengantisipasi respon genetik dan patogen.
Galur rekombinan dalam lingkungan
Kemajuan ilmu pengetahuan yang besar, kadang-kadang menyebabkan timbulnya
reaksi umum yang merugikan, sehingga secara hati-hati perlu mempertimbangkan
konsekuensi potensial dan rekayasa genetika. Yang paling cepat perlu mendapat perhatian
adalah pathogen yang mengalami relatif sedikit modifikasi genetika. Hal ini telah dan
perlu diteliti di laboratorium yang khusus didesain untuk menyimpannya. Keperluan
untuk disimpan berkurang setelah gen yang mempunyai fungsi spesifik, seperti protein
pelapis, dipisahkan dengan gen yang berasosiasi dengan replikasi atau toksisitas dan
patogen. Bagian yang utama adalah tindakan pencegahan baku yang berhubungan dengan
laboratorium mikrobiologi perlu diamati, yang berguna apabila suatu patogen potensial
masuk ke dalam laboratorium.
Pengecualian yang menarik pada peraturan umum ini adalah organisme rekayasa
yang mungkin menghasilkan suatu keuntungan sosial apabila diintroduksi pada

30
masyarakat. Kebanyakan organisme tersebut berasal dan kuman nonpatogen yang terjadi
secara alarniah dengan frekuensi setinggi 1O5/gram tanah. Bukti-bukti yang ada
menunjukkan bahwa predasi dan kompetisi secara cepat mengeliminasi galur kumaii
rekayasa setelah diintroduksi ke dalam lingkungan. Tantangan primer nampakr1ya adalah
untuk mempertahankan organisme rekayasa di dalam lingkungan daripada
melenyapkannya.
Suatu contoh organisme rekayasa yang terkenal adalah galur pseudomonas yang
memproduksi suatu prntein yang mainpu membentuk kristal es. Nilai dari organisme asli
(wild-type) ini dihargai oleh pemilik tempat bermain ski, yang secara sengaja
mengintroduksi kuman tersebut ke dalam lingkungan tanpa menimbulkan perhatian
masyarakat. Suatu efek samping yang tidak rnenguntungkan dan masuknya organisme
tersebut adalah bahwa kristal es yang dihasilkan mereka dapat mengganggu tanaman
yang peka seperti selada selama musimnya, seperti terjadi pembekuan yang ringan.
Kuman mutan yang tidak membentuk kristal es didesain oleh ahli mikrobiologi, yang
mengharapkan bahwa organisme mutan tersebut dapat melindungi tanaman selada
dengan cara untuk sementara menempati lubang yang normalnya dihuni oleh galur
pembentuk es; walaupun demikian usaha untuk menggunakan organisme mutan tersebut
di lapangan penelitian mendapat protes keras, dan penelitian dilakukan hanya setelah
melalui jalur hukum yang mahal dan keterlambatan waktu yang lama. Mungkin putusan
hukum yang timbul dan masalah ini dan kasus yang berkaitan, dapat menetapkan suatu
garis pedoman untuk penggunaan teknik rekayasa genetika yang progresif dan berguna,
dan memfasilitasi penentuan suatu keadaan yang memerlukan perhatian khusus untuk
dipertimbangkan.

31
 BAB III
KESIMPULAN

1. Unit keturunan pada suatu organisme disebut sebagai gen.

2. Gen merupakan suatu segmen DNA yang nukeleotidanya membawa informasi
karakter biokimia atau fisiologis tertentu
3. Genom adalah keseluruhan informasi genetik dalam satu organisme.
4. Informasi genetika disimpan sebagai suatu urutan basa pada deoxyrybonucleis
acid (DNA), meskipun dalam beberapa microorganisme dapat menyimpannya
didalam RNA.
5. Genom organisme dapat diklasifikasikan menjadi, genom eukariota, genom virus,
dan genom prokariota.
6. Mekanisme transfer gen meliputi berbagai proses, antara lain : konjugasi,
transduksi, transformasi
7. Mutasi adalah perubahan susunan DNA, dan dapat terjadi secara spontan
sehingga dinamakan mutasi spontan. Mutasi termasuk substitusi basa, delesi, insersi
dan penataan. Substitusi basa dapat timbul sebagai suatu akibat mispairing antara
basa komplementer selama replikasi
8. Rekayasa genetika adalah aplikasi llmiah untuk keperluan sosial. Pada saat ini,
rekayasa berdasarkan pada genetika bakteri telah mengubah biologi.

32
 DAFTAR PUSTAKA

Jawets, Melnick. 2001. Mikrobiologi Kedokteran. Salemba Medika, jakarta.

Jawets, Melnick. 1999. Review of Medical Microbiology. Lange Medical \Publications.
California
Brock. D. Thomas. 2001. Biology of Microorganisms fifth edition. Prentice hall, new
jersey
Tamarin. Robert H. 2009. Principles of Genetics. McGraw-Hill companies, Talenta

33