Bahan genetik prokaryot tidak dikemas dalam suatu struktur yang jelas karena
prokaryot tidak mempunyai inti.
Bahan genetik prokaryot terikat pada membran sel sebelah dalam yang diduga
berperanan dalam proses pemisahan DNA pada waktu terjadi pembelahan sel.
Seringkali pada jasad prokaryot tertentu dijumpai bahan genetik tambahan yang
disebut Plasmid (berupa DNA untai ganda dengan struktur lingkar).
Pada umumnya plasmid tidak dibutuhkan oleh sel untuk pertumbuhan tetapi
seringkali plasmid membawa gen-gen tertentu yang memberikan keuntungan
tambahan bagi sel, contoh gen ketahanan terhadap antibiotik.
Organisasi Gen Dalam Genom
Prokaryot
Promoter: bagian gen yang berfungsi sebagai pengatur proses
ekspresi genetik (transkripsi) bagian struktural. Bagian ini
akan dikenali pertama kali oleh RNA Polimerase dan protein
regulator sebelum proses transkripsi (sintesis RNA) dimulai.
Unit Transkripsi: sekelompok gen yang secara fisik terletak berdekatan dan
diekspresikan bersama-sama karena produk ekspresi gen-gen tersebut diperlukan
dalam suatu rangkaian fisiologi yang sama. Contoh: rangkaian gen yang mengkode
rRNA dan tRNA.
Kelompok Gen (Gene Cluster): beberapa gen yang secara fisik terletak pada lokus
yang berdekatan dan produk ekspresi gen-gen tersebut diperlukan dalam rangkaian
proses fisiologi yang sama, meskipun masing-masing gen tersebut dikendalikan
secara independen, misalnya kelompok gen yang berperanan dalam proses
penambatan nitrogen pada bakteri Rhizobium sp.