Review Jurnal Organisation of the Plant Genome in Chromosome

Genom inti tanaman terdiri dari DNA dan protein yang diatur ke dalam kromosom diskrit.
Setiap kromosom yang tidak bereplikasi dan kromatid metafase terdiri dari satu molekul DNA
yang linier dan tidak terputus dari satu ujung ke ujung lainnya. Pada metafase mitosis, DNA
dipadatkan menjadi kromosom mitosis - pendek, seperti batang tubuh-sementara pada interfase,
kromosom didekondensasi dalam inti interfase. Ukuran genom tanaman maupun jumlah
kromosom sangat bervariasi antar spesies. Seiring dengan genom nuklir, gen juga dibawa dalam
organel dan genom virus, mikoplasma, bakteri dan jamur dapat hadir dalam atau dalam satu
rangkaian dengan inti tanaman atau sel. Genom ini berinteraksi dan berdampak pada organisasi
dan evolusi genom nuklir tanaman. Kemungkinan keberadaan dan efek genom nonnuklir harus
dipertimbangkan dalam studi genomik dan evolusi. Genom virus, terutama dari pararetrovirus
dengan genom DNA, dapat berpindah dari virus episomal ke dalam nukleus, dan dapat
diekspresikan sebagai partikel virus infektif yang menyebabkan penyakit. Virus banana streak
adalah contoh pertama yang dikarakterisasi. Spesies solanaceous sangat kaya akan pararetrovirus
endogen di mana mayoritas menunjukkan homologi untuk Cavemovirus dan dalam beberapa kasus
mencapai beberapa ribu integran. DNA inti tanaman terdiri dari sekuens pengkodean tunggal atau
salinan rendah, intron, promotor dan sekuens DNA pengatur, tetapi juga dari berbagai kelas motif
DNA berulang yang hadir dalam ratusan atau bahkan ribuan salinan dalam genom . Motif DNA
berulang termasuk urutan karakteristik di sentromer dan telomer kromosom , dan rDNA pada lokus
45S dan 5S. Setiap spesies tumbuhan memiliki jumlah karakteristik pasangan basa dalam
nukleusnya, yang dikenal sebagai ukuran genom atau kandungan DNA nukleusnya.
Kromosom adalah tingkat kunci dari organisasi genom tanaman, menyediakan struktur
untuk kelompok hubungan genetik, memungkinkan replikasi, transkripsi dan transmisi genom, dan
memungkinkan duplikasi dan penggandaan seluruh genom. Ukuran kromosom rata-rata untuk
suatu spesies berasal dari jumlah kromosom dan ukuran genom. Ukuran genom haploid yang tidak
direplikasi untuk angiospermae dan membaginya dengan jumlah haploid (n) dari kromosom
terdapat 18 dari 5163 spesies memiliki molekul DNA kromosom. Molekul DNA untai ganda di
setiap kromatid dari kromosom metaphase Genlisea aurea, rata-rata 2,4 Mb, hanya setengah
ukuran genom bakteri 4,6 Mb Escherichia coli. Karena kromosom dalam suatu spesies dapat
memiliki ukuran yang berbeda, mereka dapat diurutkan menggunakan flowcytometry berdasarkan
fluoresensinya. Kromosom berevolusi dengan pembelahan dan fusi peristiwa yang dapat disertai
dengan duplikasi dan inversi lengan kromosom. Sementara beberapa perubahan jumlah kromosom
terjadi melalui penggandaan jumlah kromosom atau poliploidi banyak yang melibatkan fusi atau
pembelahan kromosom, seperti yang ditunjukkan pada Brassicaceae, rumput dan banyak keluarga
lainnya. Mutasi kromosom sesekali dapat menjadi tetap dalam suatu populasi, sehingga
membangun hambatan reproduksi dan menyebabkan munculnya spesies baru. Spesies yang
menyimpang kemudian dapat membentuk hibrida, seringkali di wilayah geografis yang terbatas,
hibrida atau zona ketegangan, di mana jika tidak, hibrida yang tidak beruntun secara selektif
dengan kebugaran yang berkurang bertahan hidup di lingkungan yang tidak optimal untuk salah
satu spesies. Sebagai contoh, kromosom anggrek asli EropaCephalangthera dengan spesies yang
memiliki 2n = 32, 36 atau 44, diperkirakan telah berevolusi oleh paleotetraploidy dari x = 9 diikuti
oleh fusi sentris (Robertsonian) meninggalkan telomere interstisia. Pengukuran dan katalogisasi
ukuran genom, jumlah kromosom dan kisaran ukuran kromosom dan morfologi telah dilakukan
selama beberapa dekade. Data kariotipe telah terbukti berguna untuk studi evolusi dan filogenetik
pada tingkat taksonomi antara spesies dan famili. Berbeda dengan data sekuens DNA, data
kariotipe seringkali tidak memungkinkan inferensi tingkat hubungan yang lebih tinggi.
Kemasan heliks DNA untai ganda ke dalam nukleosom serupa di semua organisme
melingkar ke tingkat berikutnya. kromosom memiliki tiga fitur struktural yang telah diidentifikasi
sejak pemeriksaan mikroskopis paling awal: telomer di ujung setiap kromosom, sentromer atau
penyempitan primer dan, pada beberapa kromosom, penyempitan sekunder di daerah
pengorganisasian nucleolus. Bentuk kromosom ditentukan oleh posisi sentromer sepanjang
panjangnya: dapat berada di salah satu ujung kromosom (kromosom telosentrik), dekat dengan
ujung (akrosentrik), dekat tengah (metasentrik), atau di suatu tempat di antara tengah fisik. dan
akhir (submetasentris). Struktur fisik inti sel tumbuhan berubah melalui siklus sel. Selama interfase
mungkin ada gradien melintasi nukleus dalam proporsi yang diisi dengan kromatin, dan kromatin
mungkin lebih padat berdekatan dengan amplop nuklir, terutama pada spesies dengan genom kecil.
Inti interfase itu sendiri adalah lingkungan yang dinamis, dan baik komponen struktural maupun
DNA bergerak selama interfase. Yang paling jelas, segera setelah pembagian, Ekspresi gen rRNA
dari beberapa kromosom membentuk nucleolus individu. Pada tahap selanjutnya dari siklus sel,
ini biasanya pindah dan menyatu ke sejumlah kecil nukleolus yang lebih besar. Ukuran inti
interfase bervariasi dalam satu tanaman: sel telur sering dicirikan oleh volume yang besar, dengan
kromatin yang banyak tersebar di seluruh volume, sedangkan inti sel sperma laki-laki sangat padat.