Dasar Genetika

Molekulat

Penyusun:
Ukit, M.Si
Jurusan Pendidikan
Biologi
 GLOSARIUM
• Antikodon:
kumpulan dari 3 urutan basa nukleotida
pada tRNA yang berisi informasi yang
cocok dengan kodon pada mRNA sehingga
asam amino yang dibawa tRNA sesuai dengan
urutan kodon mRNA
• Antisense:
Untai DNA dalam rantai ganda yang komplementer
dengan untai pasangannya
• DNA:
Deoxyribonucleic acid (asam deoksiribo
nukleat); tempat penyimpanan informasi
genetik
• DNA komplementer:
Untau tunggal DNA yang disintesis secara in
vitro dari templet RNA dengan transkriptase
terbalik; banyak digunakan dalam rekayasa
genetik untuk kloning DNA dari mRNA
• DNA rekombinan:
Kumpulan metode molekular yang memungkinkan
peneliti untuk mengisolasi mengidentifikasi dan
melipatgandakan suatu fragmen DNA dalam bentuk
murninya
• Ekson:
Daerah atau sekuen penyandi protein
• Ekspresi gen:
Proses dimana informasi yang dikode di dalam gen
diterjemahkan menjadi urutan asam amino untuk
membangun protein-protein yang menghasilkan sifat-sifat
fenotipik suatu individu
• DNA polimerase:
Enzim katalisator yang membantu sintesis DNA dari templetnya
dalam proses replikasi
• Enzim restriksi:
Enzim yang berfungsi sebagai “gunting
molekular” yang dapat mengenali dan memotong
tempat-tempat khusus di sepanjang untaian DNA
• Gen:
Susunan instruksi dan informasi untuk
menghasilkan atau mempengaruhi karakter dan sifat
individu yang diwariskan
• Genom:
Total informasi genetik yang disimpan di
dalam DNA suatu sel; total jumlah kromosom
dalam inti sel
• Intron:
Daerah atau sekuen bukan penyandi,
sebagai daerah penyela pada gen eukariota
• Kodon:
Kumpulan dari 3 urutan basa nukleotida
pada DNA (atau RNA) yang menentukan
jenis asam amino atau tanda berhenti
pada proses translasi
• Primer:
Untai pendek RNA yang harus disintesis pada
templet DNA, sebelum DNA polimerase memulai
replikasi DNA, diakhir proses untai RNA ini dibuang
dan ruang kosong yang ditinggalkannya digantikan
oleh DNA
• Promotor:
Daerah atau sekuen spesifik pada untai DNA
tempat melekatnya RNA polimerase untuk
memulai proses transkripsi
• RNA polimerase:
Enzim katalisator yang membantu sintesis RNA
dari templetnya dalam proses transkripsi
• Sekuen DNA;
urutan nukleotida atau pasangan basa pada molekul DNA
yang menentukan urutan asam amino dalam pembentukan
protein
• Sel punca (stem cells)
sel embrio atau sel dewasa yang belum
berdiferensiasi (b
erubah bentuk atau fungsi) serta dapat membelah
(memperbanyak) diri den gan jumlah tidak terbatas, yang
dapat berkembang menjadi sel atau bahkan jaringan
baru, misalnya darah, kulit
• Totipotensi:
kemampuan unik sel atau jaringan untuk
berdeferensiasi atau membentuk sel tipe apa saja dan
berkembang menjadi individu utuh yang sempurna
• Transgenik:
hasil rekayasa genetika; organisme yang
menerima gen-gen dari spesies yang lain
• Vektor:
agen yang membawa DNA rekombinan ke
dalam sel hidup (sel inang)
• Plasmid:
Molekul DNA kecil berbentuk lingkaran
sebagai kromosom ekstra yang dapat
berekspresi secara otonomi di dalam sel
bakteri
 GEN
• Elemen informasi yang spesifik
menggambarkan urutan asam amino dari
protein
• Sebuah segmen DNA yang mengandung
urutan nukleotida tertentu yang menentukan
dalam sintesis protein tertentu
• Informasi dalam gen terdapat dalam urutan
basa-basa (purin an pirimidin) DNA
 Struktur dan organisasi genom
Secara sederhana mendel telah mendefinisikan
adanya faktor (sekarang kita mengenalnya
sebagai gen) yang diwariskan dari tetua
kepada keturunannya
Pembuktian bahwa DNA adalah materi genetik
dilakukan melalui percobaan dengan
tikus/mencit dan fage
Penelitian
Watson dan Crick
Dengan dukungan data difraksi
sinar-X dari Rosalind Franklin dan
Maurice Wilkins
Dengan dukungan data analisis kimia
basa nitrogen dari Erwin Chargaff
Memformulasikan struktur DNA
Mengelompokkan basa DNA menjadi
purin dan pirimidin
Memformulasikan model replikasi
DNA
 DNA
• Persenyawaan kimia yang paling penting pada
mahluk hidup, yang membawa keterangan
genetik dari sel khususnya atau dari mahluk
dalam keseluruhannya dari satu generasi ke
generasi berikutnya
• Banyaknya DNA diukur dengan pikogram
(suatu mikrounit dari berat). 1 pikogram (1 pg)
sama dengan 10-12 gram
• Banyaknya DNA konstan dari sel ke sel dan
dari spesies ke spesies
 Morfologi
• Molekul DNA dari sel-sel, nukleus mempunyai bentuk
benang lurus dan tidak bercabang
• Pada mitokondria dan plastida berbentuk lingkaran
• Ukuran DNA berbeda-beda dari satu spesies ke spesies
lainya. Mitokondria 5µ, virus lebih panjang, bakteri 1,4 mm
• Molekul DNA pada sel-sel yang berinti mempunyai
berbagai ukuran, yaitu 50-60 µ, 500 µ dan 1,6 – 1,8 mm
• Jumlah urutan pasangan basa (base pair, bp) yang
membina satu gen menunjukkan banyak pasangan basa ini
disebut se badai satuan ukuran besar molekul atau
panjang DNA pada satu kromatin, diberi singkatan dengan
bp. Satuan yang lebih besar disebut Kb dan Mb. Kb =
kilobasa; MB= megabasa. 1 bp = 10-3 Kb= 10-6 Mb
REPLIKASI DNA
Pola semikonservatif pada replikasi
DNA
Mekanisme Replikasi berbagai jenis
DNA bahan genetik
MODEL REPLIKASI DNA
Replikasi DNA dimulai pada titik ori
Titik ori pada proses replikasi
 prokariot eukariot

Replikasi DNA 1 macam DNA polimerase 3 macam DNA polimerase

Inisiasi replikasi 1 titik ori Banyak titik ori

Terminasi Replikasi genom berbentuk Struktur genom linear, ada

replikasi lingkar akan berakhir pada komplikasi terminasi replikasi
waktu kedua garpu replikasi pada ujung-ujung kromosom
bertemu pada suatu titik
Transkripsi Bersifat polisistronik Bersifat monosistronik

Tiidak Terdapat banyak gen tersusun

atas ekson dan intron
(pembuangan intron)
 prokariot
Translasi Translasi sudah dimulai
sebelum proses transkripsi
selesai dilakukan
Ribosom tersebar diseluruh
bagian sel
inisiasitranslasi Kodon inisiasi adalah formil
metionin
eukariot
Proses transkripsi harus selsasi
terlebih dahulu sebelum
translasi dimulai
Ribosom terletak di
sitoplasma khususnya pada
bagian permukaan membran
RE
Kodon inisiasi adalah metionin
 PLASMID
• Elemen genetika yang dapat bereplikasi
sendiri dan tidak tergantung kromosom inang
• Berbeda dengan virus, plasmid tidak
mempunyai bentuk ekstraselular dan berada
di dalam sel sebagai DNA bebas dan sirkular
• Plasmid dan kromosom dapat dibedakan
karena plasmid biasanya membawa gen yang
tidak esensial tetapi sangat membantu
• Molekul DNA ekstrakromosomal, ukuran kecil,
1 -300 kb, sitoplasma, dapat memperbanyak
secara indepen dalam sel inang, secara
genetik dapat ditransfer dengan stabil, dalam
satu sel > 1kopi
• Vektor : plasmid yang disisipi dengan DNA
genom atau cDNA
• Sel inang/host cell: sel (umumnya bakteri)
dimana vektor dapat memperbanyak diri.
 Jenis Plasmid berdasarkan gen yang
disandikan
• Plasmid fertilitas (F) membawa gen tra, untuk
konjugasi
• Plasmid resistensi (R): ketahanan terhadap
antibiotik atau logam berat
• Plasmid toksin, mengandung gen toksin dan
bakteriosin
• Plasmid degradatif: toluen, camphor
• Plasmid virulensi (pTI)
 Plasmid dalam Rekayasa Genetik
• Ukurannya kecil
• Punya situs pengenalan endonuclease untuk
klon
• Mempunyai satu atau lebih markah genetic
• Plasmid untuk rekayasa: plasmid kloning,
plasmid ekspresi, plasmid untuk transfer
• Gen esensial biasanya berada dalam kromosom
• Lebih dari 300 plasmid dapat diisolasi dari E.coli
dan semua plasmid diketahui mempunyai DNA
utas ganda, yang sebagian besar sirkular tetapi
ada pula yang linear
• Ukuran plasmid berkisar antara 1 kpb hingga 1
mpb
• Plasmid merupakan molekul DNA utas ganda
sirkular yang besarnya 5% dari ukuran
kromosom
• Bila diisolasi dari sel maka konfigurasi berupa kumparan
terpilin (supercoiled) yang membuat plasmid kompak
dalam sel
• Enzim yang berperan dalam replikasi plasmid merupakan
enzim normal sel
• Gen yang dibawa plasmid terkait dengan pengaturan
proses inisiasi replikasi dan pembagian plasmid yang
direplikasi diantara sel anak
• Di dalam ssel dapat dijumpai berbagai plasmid dengan
jumlah berbeda yang disebut jumlah kopi (copy number)
• Beberapa plasmid ada yang berjumlah 1-3 kopi dan ada
yang lebih dari 100 kopi
• Jumlah kopi dikendalikan oleh gen dalam plasmid dan
interaksi antara inang dan plasmid
Kromosom
dari E.coli
strain K-12
• Sebagian besar plasmid pada bakteri gram
negatif bereplikasi dengan cara yang sama
seperti kromosom yang melibatkan inisiasi
pada ori replikasi (origin of replication) dan
replikasi 2 arah dalam lingkaran dengan bentuj
antara theta, tetapi ada juga plasmid
bereplikasi satu arah
• Ukuran plasmid DNA yang kecil dibandingkan
kromosom maka proses replikasi berjalan
sangat cepat kira-kira 1/10 dari waktu yang
diperlukan siklus pembelahan sel
• Sebagian besar plasmid bakteri gram positif
bereplikasi dengan cara replikasi lingkaran
bergulung (rolling circle) seperti pada fag X174
• Mekanisme ini menghasilkan satu utas antara
sehingga plasmid dinamakan plasmid ssDNA
• Plasmid linear bereplikasi dengan melibatkan
protein yang terikat pada ujung 5’ dari tiap
utas yang digunakan untuk mengawali sintesis
DNA
• Beberapa bakteri ada yang mempunyai berbagai
tipe plasmid seperti Borrelia burgdorferi
(penyebab penyakit Lyme) yang mempunyai 17
plasmid sirkular dan linear
• Kemampuan ke dua plasmid berbeda yang
masing-masing bereplikasi dalam sel yang sama
dikendalikan oleh gen plasmid yang berperan
dalam replikasi DNA
• Apabila suatu plasmid ditransper ke dalam sel
yang juga membawa plasmid maka plasmid yang
kedua akan hilang ketika sel bereplikasi, dikatakan
takserasi (incompatible)
• Plasmid dikatakan episom apabila
berintergrasi dengan kromosom dan
replikasiny berada dalam kendali kromosom.
Serupa dengan beberapa virus dengan genom
yang berintegrasi dengan genom inang
• Plasmid dapat dikurangi dari sel inang dengan
berbagai peralakuan dan penyingkiran disebut
curing sebagai akibat hambatan pada replikasi
plasmid dengantidak menghambat replikasi
kromosom
Kromosom bakteri dan plasmid bakteri
• Plasmid yang mengatur transpernya melalui kontak
sel bersifat konjugatif tetapi tidak semua plasmid
bersifat konjugatif
• Transfer melalui konjugasi dikendalikan oleh
himpunan gen tra yang menyandikan protein yang
berfungsi dalam transfer DNA dan replikasi lain
• Adanya gen tra plasmid dapat berintergrasi ke
dalam kromosom, dapat memobilisasi transfer
DNA kromosom dari sel ke sel yang lain
• Plasmid yang telah dikarakterisasi dengan baik
ialah plasmid F dari E.coli
• Plasmid F (fertility) merupakan molekul DNA
sirkular berukuran 99.159 bp
• Sel yang mengandungplasmid tersebut dengan
mudah mengalami curing bila diberi akridin jingga
• Mengandung gen yang terlibat dalam regulasi
replikasi DNA
• Ada sejumlah elemen loncat yang dapat berfungsi
sebagai episom
• Daerah tra cukup lebar, yang mengandung gen-
gen yang memungkinkan plasmid ditransper dari
sel satu ke sel yang lain
• Plasmid yang banyak dipelajari ialah plasmid yang
membawa resistensi seperti plasmid R yang resistensi
terhadap antibiotik atau pemghambat pertumbuhan
• Pertama kali ditemukan di jepang pada galur bakteri
enteron yang mendapat resistensi terhadap antibiotik
(multiple resistance)
• Plasmid R yang konjugatif memungkinkan penyebaran
dengan cepat dan meluas
• Plasmid R kini merupakan masalah dalam bidang
pengobatan
• Gen resistensi antibiotik dibawa plasmid R penyandi
protein yang menginaktivasi antibiotik atau
mencegah sel untuk mengambil antibiotik
Diagram faktor R yang terdiri atas 2 bagian yaitu RTF
mengandung gen untuk replikasi dan transper
plasmid melalui konjugasi dan r-determinan yang
membawa gen resistensi sul (sulfonamida) str
(streptomisin), chl (kloramfenikol), tet (tetrasiklin)
dan mer (merkuri)