12.

Kontrol Ekspresi Gen

 12.1 Nukleus sel eukariot
12.2 Kontrol ekspresi gen bakteri
12.3 Kontrol ekspresi gen eukariot
12.4 Kontrol tahap transkripsi
12.5 Kontrol tahap pemrosesan
12.6 Kontrol tahap translasi
12.7 Kontrol pasca translasi: stabilitas protein
12.1 Nukleus sel eukariot
 Inti sel

Kromatin
Nukleolus: sintesis rRNA dan pembentukan ribosom
Nukleoplasm
Matriks nukleus: jaringan serat protein
Figure 4-9 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)
 Membran
inti
Membatasi
aliran bahan
antara
nukleoplasma
dengan
sitoplasma Lamina inti
Sel mamalia Memberi dukungan mekanik
mempunyai Tempat melekat kromatin
beberapa ribu Terdiri dari polipeptida lamin
pori-pori inti (filamen intermediat)
Figure 12-9 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)
 Kompleks
pori-pori inti

Oktagonal
Nukleoporin: 30
macam protein
Molekul kecil
dapat lewat
dengan difusi
Makromolekul
dapat lewat
dengan bantuan
sistem transport
khusus
 Sinyal pada protein
Sinyal lokalisasi inti (Nuclear localization signal /
NLS)
Terdapat pada protein nukleus
Satu atau dua urutan asam amino bermuatan positif
Antigen T SV40: NLS = PKKKRKV
Sinyal ekspor inti (Nuclear export signal / NES)
Terdapat pada protein yang harus keluar dari inti
 Importin /:
reseptor NLS

Figure 12-15 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

Figure 4-72 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)
 Nukleosom

Figure 4-23 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

Figure 4-24 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)
Figure 4-31 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)
Figure 4-55 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)
Kromatin
Heterokromatin
Konstitutif : telomer, sentromer
Fakultatif :
Pada fase perkembangan tertentu
Gen pada heterokromatin menjadi tidak aktif
Penghambatan penyebaran heterokromatin
Boundary element
Kromatin dengan histon H2AZ
Eukromatin
 Inaktivasi kromosom X
Barr body
Terlihat pada inti sel wanita
Kromosom X yang menjadi heterokromatin
Lyon Hypothesis
Kromosom X menjadi heterokromatin pada mamalia betina pada
awal perkembangan embrio
Kromosom X mana menjadi heterokromatin (maternal/paternal)
terjadi secara acak, diturunkan ke keturunan sel tersebut.
Kromosom X menjadi aktif lagi (eukromatin) pada sel germinal
menjelang meiosis. Semua kromosom X gamet dalam bentuk
eukromatin.
Inisiasi oleh RNA XIST (17 kb), gen terdapat pada
kromosom X
Dipertahankan oleh metilasi DNA
Modifikasi histon
Metilasi, asetilasi, fosforilasi
Kode histon
Pola modifikasi histon
Pengaruhi kepadatan kromatin
Pengaruhi kemungkinan gen ditranskripsi
Heterokromatin:
Histon H3: K9 termetilasi, histon dapat terikat protein
dengan kromodomain, yang berfungsi membentuk dan
mempertahankan heterokromatin
RNA kecil: mentaget bagian genom yang akan dimetilasi
Eukromatin:
Histon H3: K9 bebas atau terasetilasi
 Kariotipe

Figure 4-10 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

 Kromosom mitotik
Telomer
Pengulangan urutan pendek
(vertebrata TTAGGG) 500 5000x
Populasi sel hewan disub-kultur 50-80
kali
Sel mati, telomer tambah pendek
Sentromer
Pengulangan berurutan 171 pb
sepanjang > 500 kb (-satelite DNA)
Histon CENP-A (mengganti histon H3)

Figure 4-20 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

 Replikasi telomer

Figure 5-41 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

 Struktur ujung kromosom mamalia

t-loop

Figure 5-42 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

Figure 4-50c Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)
Epigenetik
Penurunan sifat yang tidak dipengaruhi
oleh urutan nukleotida DNA
Pola ekspresi gen dipertahankan pada
sel anak
Modifikasi histon pada sel induk
menentukan modifikasi histon pada sel
anak
 Letak kromosom/gen di dalam
nukleus tidak acak
Kromosom kecil dan daerah kaya gen cenderung
berada di tengah-tengah nukleus
Kromosom dapat bergerak acak pada daerah
nukleoplasm yang terbatas

Figure 4-63 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

 Speckles
Tempat pemyimpanan
faktor-faktor splicing
Badan nukleus lain
(Cajal bodies, GEMS,
PML bodies)
Mengandung
konsentrasi protein
yang tinggi

Figure 4-68 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

 Matriks nukleus
Jaringan serat-serat
protein di dalam nukleus
Fungsi
Kerangka untuk
mempertahankan bentuk
nukleus
Dasar penyusunan
kromosom
Tempat berbagai aktivitas
di dalam nukleus
12.2 Kontrol ekspresi gen
bakteri
Operon
Beberapa gen di transkripsi dari satu
promoter menjadi satu mRNA yang
panjang
Operon
lac

28
Operon lac:
represor

Kontrol negatif: bila represor terikat DNA (operator), tidak

terjadi transkripsi
Tidak ada laktosa represor terikat operator tidak terjadi
transkripsi
Ada laktosa laktosa terikat represor represor tidak dapat terikat
operator transkripsi
 Operon
lac:
aktivator

Kontrol positif: bila aktivator terikat DNA, baru terjadi

transkripsi
Tidak ada glukosa ATP menjadi cAMP cAMP terikat CAP
(catabolite activator protein) CAP terikat DNA transkripsi
Ada glukosa CAP tidak dapat terikat DNA tidak terjadi transkripsi
 Operon
lac

Figure 7-39 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

 Operon trp (1)

Figure 7-34 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

 Operon trp (2)

Figure 7-35 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

 Bagian non-coding
mRNA terikat
metabolit
Menghambat
ekspresi gen pada
terminasi atau
inisiasi translasi

Figure 7-93a Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

Figure 7-93b Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)
12.3 Kontrol ekspresi gen
eukariot
 DNA dalam nukleus semua sel mengandung
informasi yang lengkap untuk membentuk
individu baru
Kloning hewan
Perbedaan masing-masing sel akibat perbedaan
pola ekspresi gen
Regulasi ekspresi gen eukariot
Tahap transkripsi
Tahap pemrosesan pre-mRNA
Tahap translasi
12.4 Kontrol tahap transkripsi
 DNA
microarray

Analisis ekspresi
gen

Figure 8-73 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

Figure 8-74 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)
Faktor transkripsi
Protein yang meregulasi ekspresi gen
Faktor transkripsi umum
Terikat promoter bersama RNA pol
Aktivator transkripsi
Represor transkripsi
Satu gen dapat diregulasi oleh banyak sisi
regulator, masing-masing terikat faktor-faktor
transkripsi berbeda
Kombinasi faktor transkripsi yang tepat
menentukan apakah suatu gen ditranskripsi atau
tidak
Struktur faktor transkripsi
Domain pengikat DNA
Domain aktivasi

Motif
Zinc finger
Helix-loop-helix (HLH)
Leucine zipper
HMG-box
Protein pengikat DNA: zinc
finger

43
 Helix-loop-helix

Figure 7-23 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

Protein pengikat DNA: leucine
zipper

45
Motif HMG-box
HMG=high mobility group protein
3 heliks- yang membentuk struktur
mirip bumerang
Aktivasi DNA dengan melekukkan DNA
Bagaimana menentukan bagian DNA
mana yang berinteraksi dengan
faktor transkripsi
Deletion mapping
DNA footprinting
Genome-wide location analysis
Deletion mapping: Analisis delesi untuk
identifikasi daerah kontrol transkripsi

48
 Kemampuan ditranskripsi hilang atau
menurun drastis bila delesi terjadi pada
bagian:
TATA box
regulasi inisiasi transkripsi
GC box
mempengaruhi frekuensi RNA pol mentranskripsi
CAAT box
mempengaruhi frekuensi RNA pol mentranskripsi
DNA footprinting

DNA yang tertutup

protein tidak dapat
dihidrolisis oleh nuklease
Genome-wide location analysis
Identifikasi semua bagian DNA yang terikat suatu faktor
transkripsi

Sel dibunuh dengan formaldehide dan faktor transkripsi diikat-

silang dengan DNA dimana dia terikat
Kromatin diisolasi dan dipatahkan menjadi fragmen pendek
Kromatin diendapkan dengan antibodi terhadap faktor
transkripsi (chromatin immunoprecipitation / ChIP)
Ikatan kromatin-antibodi dilepas
Sequence kromatin ditentukan (misalnya dengan microarray)
 Aktivasi gen oleh hormon

AD = domain
aktivasi
DBD = domain
pengikat DNA
LBD = domain
pengikat ligan

Response element glukokortikoid (GRE):

5-AGAACAnnnTGTTCT-3
52
Daerah regulasi aktivitas gen
Elemen proksimal: letaknya dekat gen
Elemen promoter distal: letaknya jauh dari
gen
Response element
Enhancer
Panjang 200 pb, banyak sisi pengikatan faktor transkripsi
Insulator : memisahkan promoter-enhancer
suatu gen dengan promoter-enhancer gen
lain
Ko-aktivator
Kompleks protein yang besar yang
mempengaruhi aktivitas faktor transkripsi
Dua kelompok:
Berinteraksi dengan faktor transkripsi umum
(GTF)
Interaksi dengan TAF dari TFIID
Mediator: menghubungkan faktor transkripsi pada
enhancer dengan GTF
Berinteraksi dengan kromatin
Kontrol transkripsi eukariot

55
 Asetilasi: melonggarkan
struktur kromatin
HAT (histon asetil
transferase)
Menambah gugus asetil pada
histon
Protein memperoleh akses
untuk berinteraksi dengan
DNA
Banyak koaktivator
mempunyai aktivitas HAT

Figure 4-38a Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

Aktivasi gen
Aktivator terikat DNA
Ko-aktivator ditarik ke kromatin target
Histon diasetilasi
Chromatin remodelling complex terikat
Gunakan ATP untuk mengubah struktur dan
lokasi nukleosom
Faktor transkripsi dan protein-protein lain
dapat terikat pada daerah regulator DNA
Represi transkripsi
Histon deasetilase (HDAC)
Subunit dari kompleks ko-represor
Ditarik ke daerah regulator gen yang akan
diinaktifkan
Histon metil transferase (mis.
SUV39H1)
Histon H3 mengalami metilasi pada Lys
Metilasi DNA
DNA metil transferase
Metilasi C5 dari Cytosine pada urutan
CCGG, GCGC, ACGT
Metilasi DNA mempertahankan gen
tetap inaktif
Protein terikat DNA dan menarik kompleks
ko-represor dengan aktivitas HDAC dan
SUV39H1
Perubahan pola metilasi DNA
pada siklus hidup mamalia
Fertilisasi: de-metilasi
Blastosist: metilasi de novo
Genomic imprinting
Ada gen-gen yang aktif atau inaktif selama
perkembangan embrio awal, tergantung gen diwarisi
dari induk paternal atau maternal
Akibat metilasi DNA yang berbeda
Tidak dipengaruhi oleh proses de-metilasi dan re-metilasi
pada embrio
Pada sel germinal, Imprint parental dihapus pada embrio
dan terjadi lagi pada pembentukan gamet.
Misalnya
Gen faktor pertumbuhan fetus IGF2 aktif pada kromosom
parental jantan
Gen saluran kalium aktif pada kromosom parental betina
12.5 Kontrol tahap
pemrosesan
 Splicing alternatif
Satu gen dapat mengkode 2 polipeptida
Jalur splicing tergantung tahap perkembangan atau
jenis jaringan

Figure 6-27 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

Protein hasil alternative
splicing
Sebagian besar urutan asam-aminonya sama
Berbeda di tempat-tempat tertentu, yang akan
mempengaruhi
Lokasi di dalam sel
Ligan yang dapat diikat
Kinetika aktivitas katalitiknya
Ada sistem regulasinya
Sisi splicing yang lemah
Exonic splicing enhancer sebagai tempat pengikatan protein
regulator pada exon
60% gen manusia mengalami alternative splicing
12.6 Kontrol tahap translasi

Lokasi mRNA di dalam sel

Apakah mRNA ditranslasi atau tidak
Stabilitas mRNA
Lokasi mRNA di dalam sel
Informasi lokasi mRNA ada pada 3UTR
(zip-codes)
Interaksi dengan protein spesifik
Dibawa oleh protein motor sepanjang
mikrotubul
Diisangkutkan pada mikrofilamen
Kontrol translasi pada sel telur
Sel telur diinkubasi dengan asam amino radioaktif
tidak terjadi translasi
Sel telur yang telah difertilisasi, diinkubasi dengan
asam amino radioaktif terjadi translasi
Sel telur yang telah difertilisasi, diinkubasi dengan
asam amino radioaktif dan aktinomisin D (inhibitor
transkriosi) terjadi translasi
Kesimpulan?

Inisiasi translasi diawali dengan:

Inaktivasi protein inhibitor yang terikat mRNA
Pemanjangan ekor poli(A) pada mRNA
 Pengaruh stress pada sel
Contoh stress Akibat stress, kinase
Kejutan panas protein teraktivasi dan
Infeksi virus eIF2 difosforilasi
Kehadiran eIF2 tidak dapat menukar
protein yang GDP dengan GTP
salah melipat Inisiasi sintesis protein
Kekurangan terhenti
asam amino
 Inhibitor translasi
Iron regulatory protein (IRP)
Ferritin mengikat atom Fe di dalam sitoplasma
sel, sehingga sel terlindungi dari keracunan Fe
Aktivitas IRP tergantung [Fe] bebas
[Fe] rendah: IRP terikat IRE (iron response
element) pada 5UTR mRNA ferritin, ribosom tidak
dapat terikat mRNA
[Fe] tinggi: IRP tidak dapat terikat IRE
miRNA
Kontrol stabilitas mRNA
t mRNA eukariot bervariasi
FOS (terlibat kontrol pembelahan sel): 10-
30 menit
Hemoglobin, ovalbumin: 24 jam
Stabilitas mRNA dipengaruhi
Panjang ekor poli(A)
Urutan nukleotida pada 3UTR
 Degradasi mRNA

Figure 7-109 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)

Beberapa sistem kontrol
ekspresi gen yang lain
Translational Alternative
frameshifting translation initiation
Termination codon Translational
read-through bypassing
mRNA editing Protein splicing
12.7 Kontrol pasca translasi:
stabilitas protein
 Proteasome

Cap

Subunit
Subunit
Subunit

Cap
74
Figure 6-89 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)
 Protein yang terikat ubiquitin di degradasi
dalam proteasome

75
Figure 6-90 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)
 Pengikatan ubiquitin pada protein

76
Figure 6-92b Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)
Penentu stabilitas protein
Asam amino pada ujung N polipeptida
Urutan asam amino di tengah protein
(degron)
Fosforilasi protein