com
Modul pembelajaran ini memberikan informasi yang diperlukan untuk memahami bagaimana informasi yang
dikodekan secara digital dalam DNA diterjemahkan menjadi protein fungsional yang dapat digunakan untuk
aplikasi biomedis seperti diagnostik, analisis, dan pengukuran. Kegiatan menggali lebih dalam struktur dan
fungsi protein serta transkripsi gen.
Unit PK adalah bahan bacaan Anda dan gambaran umum tentang konsep DNA ke Protein. Informasi ini
akan membantu Anda untuk lebih memahami aplikasi MEMS (MicroElectroMechanical Systems) dalam
bidang medis. Ini adalah pengetahuan dasar yang diperlukan untuk meneliti dan memahami struktur dan
fungsi protein. Informasi ini juga akan digunakan untuk menyalin dan menerjemahkan gen dalam aktivitas
terkait.
Sebagian besar sifat organisme hidup pada akhirnya muncul dari kelas
molekul yang dikenal sebagai protein. Protein adalah polimer yang terdiri
dari subunit yang dikenal sebagai asam amino. Polimer linier ini terlipat
menjadi struktur tiga dimensi tertentu dengan fungsi khusus dan unik.
Asam amino menentukan struktur protein. Urutan linier informasi yang
ditemukan dalam gen dalam DNA organisme menentukan urutan asam
amino.
Bidang proteomik yang muncul adalah menganalisis rentang kompleks ekspresi protein di dalam sel.
Ahli biologi menggunakan informasi ini untuk membuat mikroarray protein pada chip. Susunan ini
menyelidiki interaksi protein yang tersusun dengan protein lain serta potensinya untuk modifikasi
kimia. Mikroarray protein ini dan antarmuka elektroniknya adalah sistem mikroelektromekanis atau
MEMS, atau lebih khusus lagi, bioMEMS.
Aplikasi bioMEMS lainnya dalam proteomik adalah analisis ChIP/chip. BioMEMS ini memberi para
peneliti kemampuan untuk melakukan pengukuran global interaksi protein/DNA.
Tujuan
Studi yang memberikan petunjuk tentang gagasan "The Central Dogma of Biology":
Pada tahun 1902, Archibald Garrod, seorang dokter Inggris, merawat bayi yang popoknya memiliki noda hitam
kemerahan gelap. Dia mengenali noda ini sebagai kondisi langka bernama alkaptonuria. Urin pasien dengan kondisi ini
berubah menjadi hitam setelah terpapar udara.
Garrod dan rekan-rekannya tidak berhenti pada diagnosis. Mereka mengusulkan bahwa bayi itu kehilangan
"fermentasi tertentu" (enzim) yang biasanya digunakan tubuh untuk memecah alkapton sebelum
dikeluarkan. Mereka juga tahu bahwa alkaptonuria adalah kelainan genetik resesif. Mengganti enzim untuk
"fermentasi", Garrod dan rekan-rekannya menggambarkan hubungan antara gen dan protein.
Pada tahun 1940-an, George Beadle dan Edward Tatum memaparkan spora jamur Neurospora ke sinar-X, dan
mengisolasi keturunan mutan. Mereka menyimpulkan bahwa satu gen menentukan satu enzim.
Molekul RNA
RNA adalah molekul yang mirip dengan DNA dengan beberapa perbedaan
yang sangat spesifik. Baik RNA dan DNA adalah molekul polimer panjang
dengan tulang punggung tangga dan anak tangga basa nitrogen. Dalam
RNA, gula di tangga adalah ribosa daripada deoksiribosa (seperti dalam
DNA), dan basa nitrogen urasil menggantikan timin yang ditemukan dalam
DNA. RNA beruntai tunggal dan DNA beruntai ganda seperti yang
ditunjukkan pada grafik.
Setidaknya tiga jenis RNA diketahui terlibat dalam aliran informasi dari DNA ke protein: mRNA,
tRNA, dan RNA ribosom. Kami akan mengidentifikasi RNA ini saat kami bergerak melalui Central
Dogma (DNA ke RNA ke Protein).
ItuLangkah pertama DNA menjadi RNA adalah transkripsi. Transkripsi didefinisikan sebagai sintesis RNA
yang diarahkan DNA. Ini membutuhkan cetakan DNA, RNA polimerase (enzim yang menghasilkan RNA), dan
subunit ribonukleotida. Transkripsi terjadi dalam tiga fase: inisiasi, elongasi dan terminasi.
Inisiasi membutuhkan promotor dan RNA polimerase. Promotor berisi situs inisiasi dan memberi tahu RNA
polimerase di mana harus memulai, untai mana yang harus dibaca, dan arah mana yang harus diambil dari
awal. RNA polimerase kemudianmemanjang transkrip sampaipenghentian terjadi pada urutan basa tertentu.
Kesimpulan…
Dogma Sentral Biologi
Meskipun aliran informasi dipostulasikan pada tahun 1957 melalui Central Dogma of Biology, kode
genetik DNA tidak diuraikan sampai awal 1960-an. Pada tahun 1961, mRNA buatan dibuat dan
ditempatkan dalam sistem translasi bebas sel. (Ingat bahwa mRNA berisi informasi dan instruksi dari
terjemahan:mRNA menjadi Protein). mRNA pertama hanya terdiri dari uridin. Produk translasi adalah
polimer fenilalanin (phe). Peneliti menyimpulkan bahwa kode yang terkandung dalam mRNA adalah
kode triplet atau kodon (rangkaian tiga basa yang berdekatan dalam satu rantai polinukleotida). UUU
mengkodekan asam aminophe. Ini dapat dinyatakan kembali sebagaiUUU adalah kodon untuk phe.(
Temukan UUU pada bagan di bawah ini.)
Sisa kode dengan cepat diuraikan. Membuat semua kemungkinan kodon triplet dari 4 basa RNA (U, C, A, dan
G) menghasilkan 64 kodon, lebih dari cukup untuk mengkodekan 20 asam amino umum(Phe, Leu, Ile,
Bertemu, Val, Ser…). AUG adalah kodon "mulai" dan menentukan metionin (bertemu).(Temukan pada grafik
dan pada molekul mRNA.)Tiga kodon stop adalah UAA, UAG, dan UGA. Ini juga dikenal sebagai kodon tidak
masuk akal karena mereka tidak mengkode asam amino apa pun. Perhatikan dalam bagan bahwa beberapa
kodon menentukan asam amino yang sama. Ini membuat kode menjadi berlebihan, tetapi tidak ambigu.
Juga, kode genetik hampir universal.
Terjemahan Protein
Diagram yang menunjukkan translasi mRNA dan sintesis protein oleh ribosom
[Gambar milik LadyofHats]
Selama translasi protein, asam amino dihubungkan bersama membentuk rantai polipeptida yang
nantinya akan dilipat menjadi protein. Ribosom adalah meja kerja atau pabrik untuk translasi protein. Ini
terdiri dari subunit besar dan kecil(lihat grafik – Terjemahan Protein). Sebuah ribosom dapat
menggunakan mRNA dan semua spesies tRNA untuk membuat produk polipeptida.
Translasi dimulai dengan pembentukan kompleks inisiasi yang terdiri dari subunit ribosom kecil, mRNA
dan tRNAmet. Selanjutnya, subunit besar mengikat dan pemanjangan dimulai. Antikodon dari molekul
tRNA dapat membentuk ikatan kimia (yaitu pasangan basa), dengan kodon tiga huruf mRNA. Dengan
demikian tRNA bertindak sebagai penerjemah antara mRNA dan protein dengan membawa asam
amino spesifik yang disandi oleh kodon mRNA.5Ketika kodon stop tercapai, faktor pelepasan protein
memutuskan ikatan antara polipeptida dan tRNA pada ribosom.
Pelipatan protein itu kompleks, dan dapat dijelaskan pada empat tingkat berbeda(lihat grafik di
atas). Tingkat pertama (Struktur Primer) hanyalah rantai asam amino (output dari translasi
protein). Tingkat kedua (Struktur Sekunder) terdiri dari alpha-helix dan lembaran beta-lipit.
Tingkat ini terjadi ketika urutan asam amino dihubungkan oleh ikatan hidrogen. Tingkat ketiga
(Struktur Tersier) terdiri dari lipatan tambahan dan interaksi antara gugus R spesifik pada asam
amino, termasuk pembentukan ikatan disulfida, agregasi rantai samping hidrofobik, gaya van der
Waals dan pembentukan ikatan ion. Tingkat keempat (Struktur Kuarter) mendefinisikan protein
yang terdiri dari beberapa subunit polipeptida.
Lipatan yang tepat sangat penting untuk fungsi protein. Jika enzim salah melipat, situs aktif mungkin tidak
terbentuk, dan enzim tidak akan dapat berfungsi sebagai biokatalis. Dengan cara yang sama, jika protein
struktural salah lipatan, ia juga tidak akan dapat menjalankan fungsi struktural normal.
Pengetahuan yang kita peroleh tentang sel, DNA, RNA, protein dan berbagai biomolekul yang membentuk
jaringan manusia telah menghasilkan banyak inovasi baru. Seperti disebutkan sebelumnya, bioMEMS
digunakan di bidang biomedis untuk menganalisis biomolekul spesifik dalam sampel (misalnya, tes
kehamilan di rumah dan pemantauan insulin) dan untuk memberikan sejumlah kecil obat (misalnya,
pengiriman insulin). Selain itu, teknologi MEMS dan nanoteknologi digunakan untuk mengembangkan uji
biomedis (perangkat yang digunakan untuk menentukan jumlah konstituen tertentu dari campuran, atau
potensi obat). Perangkat semacam itu menciptakan permukaan yang mempelajari protein, DNA, berbagai
antibodi, dan interaksi obat sintetik dengan jaringan. Biochip berikut dikembangkan oleh Argonne National
Laboratories. Setiap biochip memiliki ratusan hingga ribuan tetes gel pada gelas, substrat plastik atau
membran. Sistem biochip dapat mengidentifikasi jenis penyakit menular dalam waktu kurang dari 15 menit
saat menguji susunan protein dan dalam waktu kurang dari dua jam saat menguji susunan asam nukleat.8
Teknologi MEMS dan pengetahuan kita tentang biomolekul telah memberikan kemampuan untuk mempelajari interaksi
protein-protein berdasarkan peristiwa pengikatan. Perangkat tersebut termasuk manik-manik yang mengandung peptida,
pelat mikro, pin dan permukaan mikro datar lainnya seperti membran dan keripik.9
CD-ELISA BioLOCTM
[Dicetak dengan izin dari BioLOC LLC]
Aplikasi Southwest Center for Microsystems Education Halaman 12 dari 16
(SCME)_BioMEM_PK33_PG_August2017.docx Ikhtisar DNA ke Protein
Ringkasan
• The Central Dogma of Biology menyatakan bahwa informasi genetik mengalir dari DNA ke RNA ke
protein.
• Menguraikan kode genetik telah memungkinkan para ilmuwan untuk menerjemahkan urutan DNA
ke dalam urutan asam amino yang terdiri dari struktur utama protein atau polipeptida.
• Struktur protein berkaitan dengan fungsi, dan protein memenuhi keragaman fungsi yang luas di dalam
sel.
• Protein juga merupakan bagian integral dari banyak alat bantu dan perangkat diagnostik.
• Microarray memungkinkan identifikasi dan studi protein spesifik dalam sampel kecil.
2. DNA terdiri dari 2 untai, di mana hanya satu untai yang digunakan sebagai cetakan untuk sintesis RNA
untuk gen tertentu. Dengan mekanisme apa untai yang benar dipilih?
5. Mengingat jenis interaksi kimia yang mendorong dan mempertahankan struktur protein, dapatkah Anda memikirkan cara
untuk mengganggu atau menghancurkan interaksi tersebut?
8“Teknologi biochip bisa menjadi alat diagnostik standar untuk manusia, kedokteran hewan”.
Asam amino - Subunit, blok bangunan protein. Ada 20 asam amino yang umum
terjadi.
Antibodi - Subset protein spesifik yang dibuat sebagai respons terhadap antigen (zat asing) sebagai bagian
dari respons imun.
Antikodon - Triplet nukleotida pada tRNA yang mengenali kodon pada mRNA dengan pasangan basa
komplementer dan goyangan.
Analisis chip/chip - Juga dikenal sebagai lokalisasi luas genom, teknik ini mengidentifikasi semua situs genomik
di mana faktor transkripsi yang diekspresikan dalam tipe sel tertentu dapat berikatan dengan DNA.
kodon - Triplet nukleotida yang menentukan asam amino tertentu untuk dimasukkan ke dalam rantai polipeptida yang
sedang tumbuh selama translasi.
Bergejolak - Setiap kelompok organisme hidup, seperti khamir, kapang, dan bakteri tertentu, yang menyebabkan
fermentasi.
Kode genetik - Informasi yang terkandung dalam gen dalam DNA yang menentukan sintesis
protein. Kode mengacu pada urutan basa yang pada akhirnya menentukan urutan asam amino
protein.
Promotor - Wilayah urutan DNA yang mengikat RNA polimerase atau faktor transkripsi
terkait.
Protein - Polimer besar yang terdiri dari ratusan hingga ribuan subunit asam amino yang dihubungkan
bersama dalam urutan tertentu menjadi rantai panjang. Protein diperlukan untuk struktur, fungsi, dan
regulasi sel, jaringan, dan organ organisme.
Proteomik - Analisis lengkap semua, atau sebagian besar, protein dalam jenis sel atau organisme tertentu.
Ribosom - Struktur sitoplasma terdiri dari RNA ribosom (rRNA) dan protein. Mereka adalah situs
sintesis protein.
RNA Polimerase - Enzim yang menghasilkan RNA. Polimerase yang mengkatalisis sintesis untai
komplementer RNA dari cetakan DNA, atau, pada beberapa virus, dari cetakan RNA.
Templat - Untai DNA atau ENA yang digunakan sebagai model oleh DNA atau RNA polimerase atau oleh
reverse transcriptase untuk pembuatan untai komplementer DNA atau RNA baru.
Terjemahan - Proses di mana mRNA mengarahkan sintesis polipeptida dari asam amino
sesuai dengan kode genetik.
Faktor transkripsi - Sebuah protein atau RNA yang mengikat atau asosiasi tidak langsung dengan promotor
membantu mengatur waktu, lokasi dan tingkat transkripsi gen tertentu.
Goyangan - Kemampuan nukleotida paling banyak 5' dari antikodon untuk berinteraksi dengan lebih dari
satu nukleotida di ujung 3' kodon. Ini membantu menjelaskan degenerasi kode genetik.
Dukungan untuk pekerjaan ini diberikan oleh Program Pendidikan Teknologi Lanjutan (ATE) National Science
Foundation melalui Hibah. Untuk modul pembelajaran lebih lanjut yang terkait dengan mikroteknologi, kunjungi
situs web SCME (http://scme-nm.org ).
Modul Pembelajaran ini dikembangkan bersama dengan Bio-Link, Pusat Pendidikan Teknologi
Lanjutan (ATE) National Science Foundation untuk Bioteknologi @www.bio-link.org .