Struktur DNA

⚫ DNA terdiri atas 2 molekul yang tersusun dalamstruktur mirip tangga yang disebut
Double Helix.
⚫ Sebuah molekul DNA terdiri atas ber-juta2sub-unit yang disebut
Nukleotida
⚫ Setiap nukleotida terdiri atas : Gugus fosfat, gula pentosa, dan basa
nitrogen
Struktur DNA

Karena adanya pasangan basa ini, susunanDNA ditentukan oleh setiap basa yang ada
Struktur DNA

⚫ Untuk menentukan kode genetic pada DNA,kita harus tahu susunan basanya .
⚫ Basa2 pada DNA tersusun dalam triplet yangdisebut codon.
A G G - CTC -AA G - TC C -TA G
T C C - G A G - TT C - A G G - AT C

Model DNA Watson & Crick

• DNA tersusun dari 2 rantainukleotida yang membentuk susunan berbentuk double
helix

⚫ Kedua pasangan nukleotida bersifatantiparallel.

⚫ Bagian utama DNA tersusun dari molekul guladan gugus fosfat.

⚫ Basa2 nitrogen berpasangan melaluiikatan hidrogen.

⚫ A berpasangan denganT dan G berpasangan dengan C.

DNA
Fungsi:
⚫ 1. Menyimpan informasi genetik
 ⚫ 2. Melakukan duplikasi dan menurunkan sifatpada keturunan.
⚫ 3. Mengekspresikan sifat genetika organisme.
⚫ Fungsi DNA yang utama adalah memberikode untuk protein
⚫ Informasi tersebut di kodefikasi berdasarkanurutan basa nitrogen.

Struktur DNA

⚫ Gen adalah bagian DNA yang mengkodeprotein.

⚫ Setiap gen tertentu ditentukan oleh urutan basa.
⚫ Setiap urutan basa tertentu akan mengkodejenis protein tertentu.
⚫ Jenis protein yang terbentuk serta kombinasinyamemberikan phenotype/sifat pada
organisme.

Kromosom

⚫ Pada prokaryote: berupa DNA yang tidakbermembran

⚫ Pada eukaryot, terbentuk atas 4 molekule:

DNA
RNA

Histone (protein), banyak mengandunglysine & arginine

Protein lain non-histone

RNA
⚫ 3 types—mRNA, tRNA, rRNA
⚫ Terdiri atas: Ribose, Uracil replaces Thymine, Single stranded helix
DNA-RNA

⚫ DNA dapat membentuk 3 jenis RNA dengan fungsiberbeda:

mRNA = messenger RNA, RNA yang memberikan pesan untuk sintesis

protein. Pesanini ada dalam bentuk triplet codon, yang disusundalam RNA

tRNA = transfer RNA, molekul yang berisi nukleotida anticodon. Anticodon

dapat berpasangan dengan triplet codon pada mRNA.Karenanya tRNA adalah
pembaca pesan mRNA

rRNA = ribosomal RNA, unsur struktur padaribosoma, yang memiliki konstanta

sedimentasi tertentu
 ⚫ Manipulasi gen telah banyak digunakan di bidang pertanian

⚫ Fungsinya untuk mempertahankan sifat2 yang menguntungkan manusia,

termasuksifat2 organisme masa lampau yang tidakdimiliki strain baru

⚫ Pada bakteri, materi yang dipindahkan adalah plasmid dan

bakteriofag

Rekombinan/hibrida/transgenic

⚫ Manipulasi atau transfer gen adalah penempelangen ke organisme tertentu, yg

 menghasilkan hibrida, atau lazim disebut rekombinan. Rekombinan organisme
makroskopik disebut transgenik.

⚫ Namun biaya transfer gen sangat mahal, sehingga tidak banyak dilakukan di
bidang TL.

⚫ Kegiatan ini lebih banyak dilakukan pd industrifarmasi dan agroindustri, karena

lebih mudah dalam memperoleh revenue

Manipulasi bakteri konvensional/tanparekayasa genetika

⚫ Bakteri diisolasi dari habitat terkontaminasi,dan ditumbuhkan sebagai
biakan murni

⚫ Biakan murni bakteri di’’training’’/aklimatisasi,atau ditumbuhkan pada media

yang mengandung polutan, guna meningkatkan toleransi, serta kemampuan
mengurai polutan

⚫ Polutan digunakan sebagai pengganti salah satu komponen media. Misalnya

sebagai sumber C.

⚫ Hanya bakteri yang mengalami mutasi dalammedia tsb dapat mengurai

polutan

⚫ Mutasi terjadi sebagai akibat terjadi error dalamreplikasi DNA

⚫ Mutasi terjadi karena adanya mutagen dalammedia

⚫ Mutagen adalah zat kimia yang dapat meningkatkan laju error dalam replikasi
DNA,misalnya karena terganggunya aktivitas enzimDNA polymerase.

⚫ DNA polymerase yg terganggu tidak mampu membentuk rantai nukleotida yang

sempurna.

⚫ Gangguan pada DNA dapat bersifat permanen,dan dapat bersifat menurun.

Genetically engineered microorganisms (GEM)

⚫ Mikroorganisme yang telah direkayasa secara genetik disebut
genetically engineered microorganisms, GEM.

⚫ Bioremediasi lingkungan tercemar membutuhkan percepatan laju biodegradasi

alami. Hal ini dapat dilakukan melalui modifikasi mikroorganisme dan
 pengaturan kondisi lingkungan

⚫ Beberapa polutan organik yang sulit terurai, atau lazim disebutpersistent organic
pollutants (POPs, misalnya pestisida dan organo metal) telah mendapatkan
perhatian khusus karena tingkat toksisitasnya pada makhluk hidup

⚫ Bioremediasi merupakan metode yang banyak diaplikasikanuntuk

memulihkan kualitas lingkungan dari zat pencemar, karena dipandang
efisien dan ramah lingkungan, jika dibandingkan dengan teknik remediasi
fisik-kimia

3 tahap proses bioremediasi

1. Natural attenuation (penurunan kadar polutan secara alami). Pada tahap ini
kontaminan diuraikan atau dikurangi konsentrasinya oleh mikroorganisme yang ada
secara alami ( m.o. indigenous).

2. Biostimulasi. Pada tahap ini nutrien, termasuk oksigen, ditambahkan pada

lingkungan tercemar guna mempercepat proses biodegradasi

3. Bioaugmentasi. Pada tahap ini ditambahkan mikroorganisme dari luar (m.o.

exogenous) yang memiliki kemampuan menguraikan polutan lebih baik dari
mikroorganisme indigenous.

Kriteria m.o. exogenous

⚫ Mikroorganisme yang ditambahkan pada

bioaugmentasi harus memiliki:

⚫ kemampuan beradaptasi yang tinggi

⚫ dapat menguraikan polutan dalam waktu yangsingkat.

⚫ memiliki kemampuan untuk menggunakan polutansebagai substrat, atau

mampu melakukan kometabolisme.