BAB III.

METODE PENELITIAN

3.1 Tempat dan Waktu

Penelitian ini dilakukan di Fakultas Farmasi Universitas Halu Oleo pada bulan
Februari 2021 sampai Juni 2021.

3.2 Alat
a. Perangkat Keras
Perangkat keras berupa laptop Acer dengan spesifikasi Processor Intel Core i3
720U-2.3 GHz, Ram 4 Gb, HDD 1000 GB (1 TB).
b. Perangkat Lunak
Perangkat lunak yang digunakan dalam penelitian ini antara lain yakni, Open
Babel, Schrodinger 10.7 dan Discovery Studio Visualizer (DSV)
c. Bahan
Struktur tiga dimensi dalam bentuk makromolekul yang diunduh dari protein
data bank.

3.3 Variabel
Variabel dalam penelitian ini yaitu:
a. Variabel terikat berupa nilai energi bebas ikatan (ΔG) dari turunan senyawa
Curcuma longa L. sebagai inhibitor 2’-O-methyl transferase dari SARS-COV-2
untuk penanganan corona virus disease-2019 (Covid-19).
b. Variabel bebas berupa turunan senyawa Curcuma longa L. dan turunannya.

3.4 Defenisi Operasional

a. Pemodelan molekul adalah teknik menginvestigasi struktur dan sifat molecular
menggunakan kimia komputasi dan teknik visualisasi grafis dalam upaya
menghasilkan gambaran tiga dimensi yang diteliti dari suatu system kimia.
b. Optimasi adalah proses penentuan struktur. Struktur yang stabil didapatkan dengan
menghitung nilai tolakan dari setiap gugus yang memberikan andil yang penting
dalam proses interaksi pada protein target.
c. Validasi metode penambatan molekul adalah proses yang dilakukan untuk
memastikan dan mengkonfirmasi bahwa metode penambatan molekul yang
dilakukan sudah sesuai dengan prosedur.
d. Penambatan molekul merupakan metode yang memprediksi satu atau dua molekul
ketika mengikat satu sama lain membentuk kompleks stabil yang digunakan untuk
memprediksi kekuatan ikatan atau afinitas bidding antara dua molekul.

3.5 Prosedur Penelitian

a. Preparasi Reseptor
Makromolekul 7jz0 diunduh dari situs penyedia makromolekul
http://www.rscb.org.pdb. Kemudian dimasukkan kode identitas struktur tiga
dimensi yang diinginkan untuk diunduh. Data makromolekul disimpan sebagai
format PDB. Preaparasi reseptor dilakukan menggunakan Receptor preparation
wizard Maestro.
b. Pemodelan struktur molekul
Ligan senyawa Curcumin longa L. dan turunannya dibuat struktur tiga dimensi
berdasarkan struktur senyawa yang telah ada. Struktur tiga dimensi dibuat dengan
menggunakan link Knapsack. Gambar struktur senyawa disimpan dalam format
.mol. Preparasi ligan dilakukan menggunakan model LigPrep pada maestro.
c. Preparasi Grid Box
Preparasi Grid Box dilakukan menggunakan dengan menggunakan ”Grid
generation” merujuk pada situs pengikatan ligan alami.

d. Penambatan molekul
Penambatan molekul dilakukan dengan menggunakan Glide pada Maestro.
Validasi metode docking (redocking) dilakukan untuk menghitung nilai RMSD.

2
 RMSD (Root Mean Square Deviation) merupakan parameter yang digunakan
untuk mengevaluasi parameter proses docking yang dijalankan sudah sesuai atau
tidak, dan menggambarkan seberapa besar perubahan konformasi ligan alami
sebelum dan sesudah validasi dilakukan. Metode docking dikatakan reliable / valid
apabila nilai RMSD Å yang berarti semakin kecil nilai RMSD semakin dekat
posisi ligan alami hasil docking dengan ligan alami hasil kristalografi. Sistem
docking yang digunakan dalam kondisi ligan yang fleksibel. Kondisi ligan
fleksibel memungkinkan ligan untuk melakukan penyesuaian struktur demi
mencapai konformasi yang stabil saat berikatan dengan sisi aktif reseptor.
Proses penambatan dilakukan dengan menambatkan reseptor 7jz0 dengan
senyawa curcuma longa L.dan turunannya. Penambatan molekul dilakukan
terlebih dahulu dengan mencari file struktur tiga dimensi protein pada situs
Research Collabolatory For Structural Bioinformatics (RSCB) protein data bank,
kemudian struktur yang dihasilkan melalui percobaan struktur kristalogi dengan
resolusi ≤ 2,0 A yang telah mengandung ligan. Setelah itu dilakukan preparasi
mekromolekul protein dengan menggunakan perangkat lunak Maestro dan
disimpan dalam format .prj. Preparasi tersebut dilakukan untuk memisahkan
protein dari pelarut dan ligan atau residu lainnya. Struktur dalam format .prj
kemudian dikonversi ke file berformat .prjqt dengan menggunakan perangkat
lunak Maestro. Setelah itu, menentukan parameter (Autogrid) yang digunakan
untuk penambatan molekul yang meliputi ukuran grid box dan posisi grid box
kemudian disimpan dalam format .glg. Selanjutnya mengatur parameter
penambatan (Maestro) kemudian disimpan dalam format dock parameter file .dpf
dan hasil penambatan (docking) disimpan dalam format.dlg.

e. Analisis Hasil
Parameter hasil penambatan berupa energi bebas ikatan (ΔG) reseptor ligan. ΔG
merupakan parameter kestabilan konformasi antara ligan dengan resepto. Ligan

3
 reseptor yang saling berinteraksi akan cenderung berada pada kondisi energi yang
paling rendah, kondisi tersebut menyebabkan molekul akan berada pada keadaan
yang stabil sehingga semakin kecil harga ΔG interaksi ligan dengan reseptor akan
semakin stabil.

Maestro 11.5 Schrodinger software is used by us to investigate the activity

in terms of binding affinity (Kcal/mol), and there after the outcomes
are compared in binding affinity score for best-docked conformation. For
the moleculardockings, the all novel chalcone derivatives (ligand) and
protein structures were generated within software. Ligands were sketched
and minimized with Maestro 11.5 Schrodinger and further converted to the
3D structure. All the designed structures were optimized by energy
minimization using MM2 method. To identify the potential, a protein 4PVR was
selected and which was downloaded from protein data bank. The outcomes
of results were analyzed by Docking score, Glide score, and Binding energy
with various bonding interactions. For the molecular dockings, the all novel
chalcone derivatives (ligand) and protein structures were generated within
software. Ligands were sketched and minimized with Maestro 11.5
Schrodinger.

4
5