Laporan Praktikum Desain Pengembangan Obat 2 November 2018

PENAMBATAN MOLEKUL DAN PEMODELAN FARMAKOFOR

Gebby Silvana46, Joshua56, Zahra Dzakirah Abnaz60, Andrena Natalia62, Destyalitha Setya N63,
Putri Eka S64, Afina Dwi R66, Bella Puteri I68, Iis Nuraeni73, Esther Aprillia N76
Fakultas Farmasi Universitas Padjadjaran, Jatinangor, Jawa Barat, Indonesia

ABSTRAK
Penambatan molekul digunakan untuk mengetahui bagaimana ligan berinteraksi dengan
protein reseptor atau situs tambat sehingga dapat diprediksi aktivitasnya. Pemetaan farmakofor
adalah salah satu elemen utama dari desain obat dengan adanya data struktural reseptor sasaran.
Tujuan dari praktikum ini adalah untuk menentukan besarnya energi bebas (∆G) dan interaksi yang
terjadi antara kompleks ligand-protein hasil docking serta membuat dan menentukan farmakofor
dari suatu kompleks ligand-protein yang terdapat di Protein Data Bank http://www.rcsb.org/ ,
dengan menggunakan software premium LigandScouth. Metode yang digunakan terdiri dari
persiapan reseptor, persiapan ligand, proses docking, analisis hasil docking dan skrining
farmakofor dengan membuat kurva ROC. Diperoleh 9 konformasi dari hasil proses docking.
Interaksi yang paling mirip dengan ligan asli adalah konformasi ke-5 dengan dihasilkan 1 donor
hidrogen, 1 akseptor hidrogen dan interaksi hidrofobik. Diperoleh nilai y 4,89% dan nilai HR>
1,8% yaitu 9,25% dari 23909 total senyawa yang diuji. Jumlah aktif hit yang didapatkan sebanyak
26 dan total hit 281. Sehingga dapat disimpulkan bahwa docking ligand-reseptor dari COX-2 dan
kurkumin dapat digunakan.
Kata Kunci: Penambatan Molekul, Pemetaan Farmakofor, LigandScouth, Kurkumin, COX-2

MOLECULAR DOCKING AND PHARMACOPHORE MODELING

ABSTRACT
Molecular docking is used to find out how ligands interact with receptor proteins or
mooring sites so that their activity can be predicted. Pharmacophoric mapping is one of the main
elements of drug design with the presence of target receptor structural data. The purpose of this
lab is to determine the amount of free energy (∆G) and the interactions that occur between the
docking ligand-protein complex and make and determine the pharmacophore of a ligand-protein
complex found in the Protein Data Bank http: //www.rcsb. org /, using LigandScouth premium
software. The method used consisted of receptor preparation, ligand preparation, docking
process, analysis of docking results and pharmacophore screening by making ROC curves. 9
conformations were obtained from the results of the docking process. The interaction most similar
to the original ligand is the 5th conformation with 1 hydrogen donor, 1 hydrogen acceptor and
hydrophobic interactions. Obtained a y value of 4.89% and an HR value of> 1.8%, ie 9.25% of
the 23909 total compounds tested. The number of active hits obtained was 26 and the total hit was
281. So it can be concluded that ligand-receptor docking from COX-2 and curcumin can be used.
Key words: Molecular Docking, Pharmacophore Mapping, LigandScouth, Curcumin, Cox-2
Laporan Praktikum Desain Pengembangan Obat 2 November 2018

PENDAHULUAN (Muege dan Rarey, 2001 ; Vieth dan

Molecular docking adalah suatu alat Cummins, 2000).
pada struktural biologi molekular dan Farmakofor adalah suatu fitur sterik
komputasi desain obat. Tujuan dari docking dan elektronik yang diperlukan untuk
adalah untuk memprediksi ikatan protein memastikan interaksi supramolekul yang
dengan ligannya menggunakan struktur 3 optimal dengan target biologis tertentu untuk
dimensi (Morris, 2008). memicu atau memblokir reseptor biologisnya
Metode komputasi (in silico) (Hughes et al, 2011).
digunakan untuk memprediksi interaksi dan Farmakofor memiliki beberapa
afinitas ikatan serta konformasi dari macam fitur yang dapat digunakan seperti
kompleks senyawa protein-ligan (Fong and donor ikatan hodrogen, akseptor ikatan
Lei, 2010). Docking dapat dilakukan dengan hidrogen, hidrofobik dan area yang
menempatkan molekul ke sisi aktif protein. terionisasi negatif ataupun positif. Fitur
Pendekatan secara in silico memiliki farmakofor akan menggambarkan sifat-sifat
keuntungan yang lebih bila dibandingkan tertentu dan tidak terikat pada suatu gugus
dengan in vivo ataupun in vitro. tertentu saja. Pada gugus-gugus yang
Keuntungannya antara lain adalah waktu memiliki sifat yang sama, maka akan
penelitian yang cenderung lebih sedikit dan memiliki sifat farmakofor yang sama pula
biaya yang lebih murah. Sintesis obat secara (Winston dan Wayne L, 2014).
tradisional untuk senyawa baru Dalam desain molekul obat terdapat
menggunakan kobinasi kimiawi dan istilah ligan dan reseptor. Ligan merupakan
screening skala besar membutuhkan waktu senyawa aktif yang terikat pada asam-asam
yang lama dan waktu yang lama (Ekins et amino suatu protein dan ligan berupa
al.,2007). molekul organik. Adapun reseptor
Selain itu, docking sering digunakan merupakan molekul tempat terikatnya ligan
bersama dengan fungsi scoring untuk yang umumnya memiliki ukuran molekul
memprediksi afinitas mengikat ligan dalam yang besar, contohnya adalah enzim dan
virtual screening experiment dan protein (Syahputra, 2015).
mempelajari hubungan aktivitas struktur Docking dilakukan untuk
untuk memprioritaskan sintesis senyawa baru mensimulasikan secara komputasi proses
Laporan Praktikum Desain Pengembangan Obat 2 November 2018

pengenalan molekul. Tujuan dari docking aktivitas kerja yang bagus pada target
adalah untuk mencapai konformasi protein (Langer, 2006).
dan ligan yang optimal sehingga energy
Pemetaan farmakofor adalah salah
bebas dari sistem secara keseluruhan
satu elemen utama dari desain obat dengan
diminimalkan. Docking membantu dalam
adanya data struktural reseptor sasaran. Alat
mempelajari obat/ligan atau
ini awalnya diterapkan untuk penemuan
interaksi/reseptor protein dengan
molekul dan optimasi. Farmakofor
mengidentifikasi situs aktif yang cocok pada
digunakan untuk mengambil lead potensial
protein, mendapatkan geometri terbaik dari
dari database struktural untuk merancang
kompleks-ligan reseptor, dan menghitung
molekul dengan atribut yang diinginkan dan
energy interaksi dari ligan yang berbeda
untuk menilai kesamaan dan keragaman
untuk merancang ligan yang lebih efektif
molekul menggunakan sidik jari farmakofor
(Bourne, 2009).
(Hajare, 2011).
Docking digunakan untuk
METODE
mengetahui bagaimana ligan berinteraksi
Alat
dengan protein reseptor atau situs tambat
Alat yang digunakan pada praktikum
sehingga dapat diprediksi aktivitasnya. Ligan
ini yaitu computer.
biasanya berupa molekul kecil atau dapat
Bahan
pula berupa protein, atau dapat pula berupa
Bahan yang digunakan yaitu berupa
DNA atau RNA yang terdapat dalam sel
software, LigandScout, SPDB Viewer,
tubuh (Patrick, 2001).
ChemDraw, Chem3D, AutoDockTools,
Perhitungan untuk mempreduksi
AutoDock Vina, Command prompt.
struktur dan elektronik dari subtituen dalam
strukturnya dengan mengguanakn visual 3D Persiapan Reseptor
Mengunduh protein COX-2 dengan
dinamakan farmakofor. Secara teoritis, hal
kode 3 PGH di Protein Data Bank
pertama kali dilakukan adalah dengan
http://www.rcsb.org/. Pisahkan protein
membentuk kumpulan substituen yang diikat
dengan ligand standar yang ada di dalamnya
dengan elektronik dan sterik yang dibutuhkan
menggunakan program SPDB Viewer.
dalam farmakofor, kemudian barulah
Kemudian dierbaiki struktur molekul protein
diperolah sebuah bahan kimia dengan
dengan menambahkan atom hidrogen polar
Laporan Praktikum Desain Pengembangan Obat 2 November 2018

dan Kollman charges menggunakan program Analisis Hasil Docking

AutoDockTools. Simpan molekul protein Masukkan reseptor dan ligand
dengan format .pdbqt kurkumin pada aplikasi LigandScout untuk
melakukan proses docking, dan amati hasil
Persiapan Ligand
energi Gibbs (ΔG), nilai RMSD, Log P, berat
Menggambar molekul kurkumin
molekul, serta donor dan aseptor hidrogen.
menggunakan program ChemDraw.
Optimasi molekul kurkumin menggunakan Skrining Farmakofor
program Chem3D. Tambahkan parameter Mendownload file decoy dan active
torsi dan Gasteiger charges menggunakan ligand database dari website DUD.E
program AutoDockTools. Simpan molekul (http://dude.docking.org/). Masukkan file
ligand dengan format .pdbqt decoy dan active ligand sebagai database
pada aplikasi LigandScout. Lakukan skrining
Proses Docking
farmakofor dengan membuat kurva ROC.
Tentukan koordinat dan luas area
kantung aktif dari protein COX-2 (3PGH)
HASIL
menggunakan Grid Box pada program
AutoDockTools. Simpan parameter Berdasarkan dari praktikum yang telah

koordinat dan luas area kantung aktif dengan dilakukan didapatkan ligand dan reseptor

format .txt. Lakukan proses docking yang telah dioptimasi menggunakan program

menggunakan program AutoDock Vina ChemBioDraw Ultra, Chembio3D Ultra dan

dengan menjalankannya pada command Autodocktools.

prompt (cmd).

Gambar 1. Optimasi Ligand

Laporan Praktikum Desain Pengembangan Obat 2 November 2018

Gambar 2. Optimasi Reseptor

Tampilan Mode Macromolecule View
Protein

Informasi dari Molekul Ligand

Laporan Praktikum Desain Pengembangan Obat 2 November 2018

Hasil Farmakofor dan Gugus yang terlibat

Dihasilkan 9 konformasi dengan interaksi farmakofor sebagai berikut:

No Konformasi Keterangan
1 Dihasilkan 1 donor hidrogen dan 1
akseptor dan interaksi hidrofobik.
Dengan asam amino yang
berinteraksi adalah lysin, tyrosine
dan serin.

2 Dihasilkan 1 akseptor hidrogen

dengan asam amino yang
berinteraksi adalah serin.
Laporan Praktikum Desain Pengembangan Obat 2 November 2018

3 Dihasilkan 1 akseptor hidrogen

dengan asam amino yang
berinteraksi adalah serin.

4 Dihasilkan konformasi, dengan

tidak ada asam amino yang
berinteraksi

5 Dihasilkan 1 donor hidrogen dan 1

akseptor dan interaksi hidrofobik.
Dengan asam amino yang
berinteraksi adalah lysin, tyrosine
dan serin. Memiliki kemiripan
dengan ligan alami (konformasi 1)

6 Dihasilkan konformasi, dengan

tidak ada asam amino yang
berinteraksi.
Laporan Praktikum Desain Pengembangan Obat 2 November 2018

7 Dihasilkan 1 akseptor hidrogen

dengan asam amino yang
berinteraksi adalah serin.

8 Dihasilkan konformasi, dengan

tidak ada asam amino yang
berinteraksi

9 Dihasilkan 1 akseptor hidrogen

dengan asam amino yang
berinteraksi adalah serin.

Hasil Validasi Docking dengan Data Aktif hit:

Active-Decoy
𝐻𝑎
𝐻𝑎 𝐻𝑎% = 𝑥 100%
𝐻𝑡
𝑦% = 𝑥 100%
𝑇𝑎 26
26 𝐻𝑎% = 𝑥 100%
281
𝑦% = 𝑥 100%
531 𝐻𝑎% = 9,25%
𝑦% = 4,89%
Laporan Praktikum Desain Pengembangan Obat 2 November 2018

PEMBAHASAN mengoptimasi ligand sebelumnya kita harus

Molecular docking merupakan suatu menggambar senyawa ligand yang akan
teknik yang digunakan untuk mempelajari digunakan yaitu curcumine. Kemudian
interaksi yang terjadi dari suatu kompleks molekul diperbaiki dengan penambahan
molekul. Molecular docking dapat atom hidrogen dan Kollman charges yang
memprediksikan orientasi dari suatu molekul merupakan nilai template untuk setiap asam
ke molekul yanglain ketika berikatan amino yang berasal dari potensial
membentuk kompleks yang stabil. elektrostatik yang terkait menggunakan
(Funkhouser, 2007). Fokus penambatan mekanika kuantum.
molekul untuk mesimulasikan secara Senyawa curcumine digambar
komputasi proses pengenalan molekul. menggunakan ChemBioDraw Ultra dan
Tujuan dari penambatan molekul adalah ChemBio3D Ultra. Pada pengoptimasian
untuk mencapai konformasi yang optimal senyawa curcumine dilakukan penambahan
untuk kedua protein dan ligan, sehingga Gasteiger Charges yang merupakan muatan
energi bebas dari system secara keseluruhan yang ditentukan berdasarkan equilibrasi
diminimalkan (Mukesh & Rakesh, 2011). elektronegativitas, yang dapat dihitung oleh
Sebelum dilakukan penambatan AutoDockTools untuk sistem molekul
molekul, reseptor yang digunakan yaitu COX tertentu yaitu ligan atau co-factor yang
-2 yang diunduh pada website www.rscb.org bertujuan untuk memaksimalkan docking.
dengan kode 3PGH. COX-2 yang Setelah dilakukan optimasi, selanjutnya
sebelumnya berikatan dengan ligand dilakukan docking antara ligand dan reseptor
alaminya yaitu Flurbiprofen dipisahkan dengan program LigandScout 4.0. Hasil dari
terlebih dahulu dari ligand aslinya agar dapat docking menunjukan terdapat 9 konformasi
berikatan dengan ligan yang kita miliki pada ligand yang kita uji di reseptor cox-2.
menggunakan aplikasi SPDB Viewer. Untuk
Laporan Praktikum Desain Pengembangan Obat 2 November 2018

Setelah dilakukan proses docking, peroksidasi PGG2 menjadi PGH2. Senyawa

selanjutnya dilakukan skrining farmakofor. PGH adalah prekusor pembentukan beberapa
Skrining farmakofor ini bertujuan untuk mediator penting untuk nyeri, demam, dan
mengetahui interaksi yang terjadi antara ligan inflamasi. Siklooksigenase bersifat
dengan reseptor. Pada praktikum kali ini terinduksi dan berada pada jaringan yang
dilakukan pemodelan farmakofor untuk inflamasi. Penghambatan enzim COX-2 ini
mengetahui sekumpulan ligan aktif yang merupakan mekanisme kerja utama dari obat-
terikat pada target yang sama dan memiliki obat antiinflamasi nonsteroid yang banyak
aktivitas biologis dan untuk analisis digunakan (Rahmana et al., 2009).
konformasi untuk mengembangkan Detail ligan 3PGH menunjukan
farmakofor 3D. Pemodelan farmakofor yang adanya interaksi donor dan akseptor elektron.
dilakukan adalah pemodelan farmakofor dari Atom yang berikatan kovalen dengan
ligan 3PGH merupakan reseptor dari COX-2 hydrogen disebut sebagai donor hydrogen
dikompleks dengan selektif inhibitor dan atom elektronegatif yang lain adalah
flurbiprofen. Siklooksigenase (COX) atau akseptor hydrogen. Pada kasus ini terdapat 29
prostaglandinedoperoksida sintase (PGH) atom dan 29 ikatan. Rotatable bonds ada 6
merupakan enzim bifungsional yang mula- dan cincin aromatic ada 0. Jumlah rotateable
mula mengubah asam arakidonat menjadi bond menunjukan jumlah ikatan yang dapat
prostaglandin G2 (PGG2) melalui bebas berotasi dan merupakan ikatan tunggal
dioksigenasi, kemudian mengkatalis bukan ikatan cincin. Jumlah rotatable ≥ 10
Laporan Praktikum Desain Pengembangan Obat 2 November 2018

menunjukkan bahwa senyawa tersebut jumlah permukaan dari atom polar pada
bioavabilitas oral nya buruk jika PSA (polar molekul. Pada 3 PGH terdapat TPSA
surface area) >140 Å (Veber et al,2002). sebanyak 99,020.
Polaritas dari senyawa 3PGH memiliki Dari hasil docking, diperoleh 9
cLogP : -2,396, logP menunjukkan konformasi dengan interaksi yang paling
hidrofobisitas suatu senyawa, apabila mirip dengan ligan asli adalah konformasi
logP>5.0 maka senyawa tersebut ke-5 dengan dihasilkan 1 donor hidrogen dan
hidrofobistasnya tinggi dan memiliki 1 akseptor dan interaksi hidrofobik. Asam
absorbsi dan permeasi yang buruk. TPSA amino yang berinteraksi adalah lysin,
(topological polar surface area) menunjukan tyrosine dan serin.

Ligan alami Konformasi 5

OH menjadi donor hidrogen yang

berintekasi dengan asam amino
LYS405A (lysin)

Terjadi interaksi hidrofobik

dengan asam amino TYR409A
(tyrosine)
Laporan Praktikum Desain Pengembangan Obat 2 November 2018

O menjadi akseptor karena O adalah atom

elektronegatif yang berinteraksi dengan
parsial positif dari atom hidrogen yang
dimiliki asam amino SER412A (serin)

2. Untuk Rmsd lower (l.b) adalah seberapa

Pada hasil pemodelan farmakofor
akurat suatu molekul dapat berinteraksi atau
diperoleh nilai Rmsd upper maupun lower.
dilakukan docking sedangkan Rmsd upper
Nilai Rmsd ini memiliki fungsi untuk melihat
(u.b) adalah kemungkinan terburuk suatu
apakah hasil docking yang dilakukan akurat
hasil docking/ interaksi yang dapat terjadi.
atau tidak. Dinyatakan valid apabila Rmsd <
Nilai hasil rmsd adalah sebagai berikut:

Sifat kemiripan suatu senyawa obat
merupakan strategi penting dalam memilih
senyawa obat yang memenuhi peraturan
Lipinski rules of five yakni:
- Tidak lebih dari 5 donor ikatan
hidrogen
- Tidak lebih dari 10 akseptor ikatan
hidrogen
- Massa molekul kurang dari 500
dalton
- Koefisien pasrtisi oktanol-air (Log-P)
tidak lebih besar dari 5
Dari hasil yang diperoleh senyawa
yang diuji memenuhi aturan Lipinski yang
artinya dapat dijadikan sediaan untuk oral.
Hasil dapat dilihat seperti berikut:
Laporan Praktikum Desain Pengembangan Obat
Senyawa decoy (pengumpan)
diperlukan dalam docking molekular selain
kelompok senyawa aktif. kelompok senyawa
ini, salah satunya dpat dikoleksi melalui data
decoys untuk membuktikan bahwa nilai
afinitas ikatan yang diperoleh spesifik dan
selektif terhadap protein. tahap tahap dalam
melakukan molekular docking dengan decoy
yaitu pertama mendownload file decoy dan
ligan aktif database dari website DUD.E.
kemudian file decoy dan ligan aktif
dimasukkan pada aplikasi LigandScout.
kemudian dilakukan skrining farmakofor
dengan membuat kurva ROC.
Validasi docking dengan
menggunakan data active decoy ini
menunjukan nilai laju-hit, dimana nilai ini
dapat digunakan untuk menjelaskan jumlah
positif palsu yang mungkin akan didapatkan
dari hasil percobaan dengan komputasi
molekular docking. Nilai dari hit yang
memenuhi syarat untuk selektivitas dan
potensi dapat digunakan untuk menilai sifat
2 November 2018
kimia dari interaksi ligand-reseptor. Dari
23909 total senyawa yang diuji dihasilkan
nilai y 4,89% dan nilai HR> 1,8%, yaitu
9,25% dengan aktif hit didapatkan sebanyak
26 dan total hit 281. Hal ini menunjukan
docking ligand-reseptor dari COX-2 dan
kurkumin dapat digunakan. Selain itu dilihat
dari data nilai EF adalah lebih dari 1%,
menandakan bahwa validasi yang dilakukan
baik. Semakin besar nilai AUC dan EF maka
validasi semakin baik.
SIMPULAN
Berdasarkan percobaan yang telah
dilakukan, diperoleh 9 konformasi dari hasil
docking. Interaksi yang paling mirip dengan
ligan asli adalah konformasi ke-5 dengan
dihasilkan 1 donor hidrogen, 1 akseptor
hidrogen dan interaksi hidrofobik. Diperoleh
nilai y 4,89% dan nilai HR> 1,8% yaitu
9,25% dari 23909 total senyawa yang diuji.
Jumlah aktif hit yang didapatkan sebanyak 26
dan total hit 281. Sehingga dapat disimpulkan
Laporan Praktikum Desain Pengembangan Obat
bahwa docking ligand-reseptor dari COX-2
dan kurkumin dapat digunakan.
DAFTAR PUSTAKA
Bourne, P. E., 2009. Structural
Bioinformatic. Second Edition
penyunt. New York: Willey.
Ekins, S., J. Mestres, and B. Testa. 2007. In
silico Pharmacology for Drug
Discovery: Application to Targets and
Beyond. British Journal of
Pharmacology Review 152:21-37.
Fong, P. and Lei, H., 2010. A Systematic
Review On Computer-Aided Drug
Design, Docking And Scoring. Journal
Of Macao Polytechnic Institute, pp.47–
72.
Hughes JP., Rees S., Kalindjan SB., Philpott
KL. 2011. Principles of Early Drug
Discovery. B.J. Pharmacol, 162(6) :
1239-1249.
Hajare, R.A. 2011. Pharmacophore in Drugs
Desain and Discovery. Jurnal Drugs
Discovery, vol 7, 8-12.
Langer. 2006. Pharmacophores and
Pharmacophore Structure. Jerman:
VCH.
2 November 2018
Morris. 2008. Molecular Docking. Tersedia
online di :
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
/18446297. (28 September 2018)
Muegge, I.; Rarey, M. 2001. In Reviews in
Computational Chemistry; Lip-
kowitz, K. B., Boyd, D. B., Eds.; VCH
Publishers: New York,; p1.
Patrick, G., 2001. Instant Notes in Medical
Chemistry. Jerman: VCH.
Rahmana, E.K., H. Rina, H. Nuriani, dan G.
Tutus. 2009. Docking turunan
kuersetin berdasarkan studi interaksi
flavonoid terhadap enzim
sikloogsigenase. Indo. J. Chem.
9(2):297-302.
Syahputra, G. 2015. Peran Bioinformatika
dalam Kandidat Molekul Obat.
Biotrends, 10(1) : 48-58.
Vieth, M. dan Cummins, D. J. 2000.
Molecular Docking . J Med Chem, 43,
3020.
Veber, D.F., Johnson, S.R., Cheng, H.Y.,
Smith, B.R., Ward, K.W. and Kopple,
K.D., 2002. Molecular properties that
influence the oral bioavailability of
drug candidates. Journal of medicinal
chemistry, 45(12), pp.2615-2623.
Winston dan Wayne, L. 2014. Operation
Research, Application and Algorithms,
4th Ed. Thomson Learning Inc.