PEMODELAN FARMAKOFOR

I. Tujuan:
Membuat dan menentukan farmakofor dari suatu kompleks ligand-protein di Data
Bank, dengan menggunakan software ligand-protein south

II. Prinsip
1. Farmakofor
IUPAC mendefinisikn farmakofor adalah suatu gabungan fitur sterik dan fitur
elektronik yang diperlukan untuk memastikan interaksi supramolekuler optimal
dengan target biologis spesifik dan untuk memicu atau menghambat respon
biologisnya (Wermuth, 1998).

2. Ligand
Ligand adalah gugus fungsi ion atau molekul yang berikatan dengan atom logam
pusat untuk membentuk kompleks koordinasi. Ikatan dengan logam umumnya
melibatkan donasi formal dari satu atau lebih ikatan elektron ligan. Sifat dari ikatan
logam-ligan dapat dapat berkisar dari kovalen hingga ionik. Selanjutnya, susunan
ikatan logam-ligan dapat berkisar dari satu hingga tiga. Ligan dapat dilihat sebagai
basa Lewis, meskipun beberapa kasus langka diketahui adanya ligan asam Lewis
(Miessler,2013).

3. High-Throughput Screening (HTS)

HTS adalah sebuah proses drug discovery yang sering digunakan dalam industri
farmasi. HTS menggunakan otomatisasi untuk secara cepat menguji aktivitas biologis
atau biokimia sebuah senyawa mirip obat dalam jumlah besar. HTS berguna dalam
menemukan ligan untuk reseptor, enzim, kanal ion atau target farmakologi lain, dan
profiling farmakologi sebuah sel atau jalur biokimia yang dicari (Mayr, 2008).

III. Teori Dasar

Pada komputasi kimia modern, farmakofor digunakan untuk menentukan fitur
penting dari satu atau lebih molekul dengan aktivitas biologis yang sama. Sebuah
database dari senyawa kimia yang berbeda dapat diselidiki untuk molekul lain yang
 memiliki fitur yang sama yang diatur dalam orientasi relative yang sama. Farmakofor
juga digunakan sebagai titik awal dalam pengembangan model 3D-QSAR. Alat tersebut
dan konsep yang terkait “Struktur Istimewa”, yang didefinisikan sebagai kerangka kerja
molekuler, yang dapat menyediakan ligan yang bermanfaat untuk lebih dari satu tipe
reseptor target enzim dengan modifikasi struktur yang tepat (Duarte, 2007).
HTS adalah suatu proses yang sangat berpengaruh dalam lead discovery untuk
perusahaan farmasi dan bioteknologi yang kini diaplikasikan untuk penelitian dasar dan
terapan dalam pendidikan dan beberapa research hospitals. Sejak awal kemunculannya
hingga pertengahan tahun 1990, HTS telah terlibat tidak hanya dalam perubahan
berkelanjutan di bidang tekologi dan proses namun juga dalam adaptasi uuntuk
berbagai keperluan dalam lead discovery. Kini HTS berevolusi menjadi suatu disiplin
untuk penemuan obat modern (Mayr, 2008).

IV. Alat dan Bahan

1. Laptop
2. ??
3. ??

V. Prosedur

No Perlakuan Hasil
1 Ketik kode pdb protein yang akan
diunduh (1KE6) pada kotak di area atas
sebelah kanan, kemudian tekan tombol
Download
2 Protein terunduh dan ditampilkan dalam
mode macromolecule view, dimana
protein digambarkan dalam bentuk
ribbon dan ligand berada dalam kotak
yang berwarna kuning
3 Klik pada kotak yang berwarna kuning
yang berada dalam protein, sehingga
molekul ligand akan di zoom, dan
informasinya akan tampil di jendela
 sebelah kanan
4 Apabila molekul ligand dalam data pdb
strukturnya tidak lengkap, misalnya ada
salah satu ikatan yang putus, hal ini
dapat diperiksa dengan cara mengklik
ikatan pada tampilan 2D atau pada
tampilan 3D, dan apabila ada yang tidak
sesuai, ikatan tersebut dapat diperbaiki
dengan mengklik tombol retype bond
atau tombol [1], [2] dan [3]
5 Apabila molekul ligand sudah benar,
tekan tombol [Ctrl+F9] untuk membuat
farmakofor
6 Dari farmakofor yang terbentuk,
tentukan gugus mana yang bertindak
sebagai donor ikatan hidrogen, akseptor
ikatan hidrogen, interaksi hidrofobik

VI. Simpulan

VII. Daftar Pustaka

Duarte, C. D., Eliezer J. B., and Carlos A. M. F. 2007. Privileged Structures: A Useful
Concept for the Rational Design of New Lead Drug Candidates. ini Rev Med
Chem, 7 (11): 1108–1119.
Mayr. L. M., and Fuerst, P. 2008. The Future of High-Throughput Screening. J.
Biomol. Screen. 13(6).
Miessler, Gary L.; Paul J. Fischer; Donald Arthur Tarr (2013). Inorganic Chemistry.
New Jersey: Prentice Hall.
Wermuth CG, Ganellin CR, Lindberg P, Mitscher LA (1998). "Glossary of terms used
in medicinal chemistry (IUPAC Recommendations 1998)". Pure and Applied
Chemistry. 70 (5): 1129–1143.