Sri rahayu

18334015

Tugas diskusi

1. Berikan penjelasan tentang perbedaan metode QSAR dengan metode docking molecular
dalam merancang senyawa obat
Jawaban :
QSAR atau HKSA adalah hubungan matematis yang mengaitkan antara aktivitas biologis
suatu senyawa dengan karakteristik geometri (struktur) dan kimianya.
Docking molekuler merupakan simulasi secara komputasi yang digunakan untuk
memprediksi ikatan antara obat/ligan dan reseptor/protein dengan memasangkan suatu
molekul kecil (ligan) pada sisi aktif dari reseptor, yang sampai saat ini banyak digunakan
dalam proses penemuan dan pengembangan obat baru dengan aktivitas yang lebih baik

2. Jelaskan model interaksi antara obat dengan reseptor yang mendominasi interaksi dalam
analisis docking molecular. Ambil suatu obat yang sudah jelas aktivitasnya terhadap
suatu reseptor
Jawaban :
Struktur tiga dimensi senyawa uji sianidin dan peonidin dibuat dan dioptimasi
menggunakan program HyperChem. Optimasi struktur dilakukan pada struktur tiga
dimensi sianidin dan peonidin dengan metode komputasi semi-empiris AM1 dan
dilakukan kalkulasi dengan single point serta optimasi geometri. dioptimasi di-docking-
kan dengan protein native ligand-nya menggunakan program Autodock dengan grid box
hasil validasi. Hasil analisis akan menunjukkan senyawa dengan konformasi dan energi
ikatan terendah untuk berikatan dengan protein target.
Berdasarkan nilai energi ikatan yang diperoleh menunjukkan bahwa senyawa sianidin
dan peonidin memiliki potensi aktivitas sebagai antiaterosklerosis karena memiliki
afinitas dan membentuk ikatan hidrogen dengan protein NF-4% ,NDWDQ \DQJ terjadi
antara sianidin dan peonidin dengan protein NF-4% PDPSX PHQJKDPEDW transkripsi
gen proinflamasi dan migrasi otot polos sehingga terbentuknya plak aterosklerosis pada
dinding pembuluh darah dapat dihambat.
3. Apa yang dimaksud dengan QSAR-3D yang mampu memberikan prediksi lebih detail
tentang kaitan antara senyawa obat dengan senyawa target
Jawaban:
Analisis HKSA tiga dimensi yaitu dikembangkan sebagai antisipasi
permasalahan y a n g   t e r d a p a t   p a d a   a n a l i s i s   H a n s h ,   y a i t u   s e n y a w a -
s e n y a w a   e n a n t i o m e r   y a n g   m e m i l i k i kuantitas kimia fisika sama tetapi
aktivitas biologi berbeda.

4. Berikan contoh pengembangan metode penemuan obat baru yang diperoleh dari bahan
alam
Jawaban :
Pengembangan bahan obat diawali dengan sintesis atau isolasi dari berbagai sumber yaitu
dari tanaman (glikosida jantung untuk mengobati lemah jantung), jaringan hewan
(heparin untuk mencegah pembekuan darah), kultur mikroba (penisilin G sebagai
antibiotik pertama), urin manusia (choriogonadotropin) dan dengan teknik bioteknologi
dihasilkan human insulin untuk menangani penyakit diabetes.
Dengan mempelajari hubungan struktur obat dan aktivitasnya maka pencarian zat baru
lebih terarah dan memunculkan ilmu baru yaitu kimia medisinal dan farmakologi
molekular. Setelah diperoleh bahan calon obat, maka selanjutnya calon obat tersebut akan
melalui serangkaian uji yang memakan waktu yang panjang dan biaya yang tidak sedikit
sebelum diresmikan sebagai obat oleh Badan pemberi izin. Biaya yang diperlukan dari
mulai isolasi atau sintesis senyawa kimia sampai diperoleh obat baru lebih kurang US$
500 juta per obat. Uji yang harus ditempuh oleh calon obat adalah uji praklinik dan uji
klinik.
Uji praklinik merupakan persyaratan uji untuk calon obat, dari uji ini diperoleh informasi
tentang efikasi (efek farmakologi), profil farmakokinetik dan toksisitas calon obat.
Uji klinik terdiri dari 4 fase yaitu :
1. Fase I , calon obat diuji pada sukarelawan sehat untuk mengetahui apakah sifat yang
diamati pada hewan percobaan juga terlihat pada manusia. Pada fase ini ditentukan
 hubungan dosis dengan efek yang ditimbulkannya dan profil farmakokinetik obat pada
manusia.
2. Fase II, calon obat diuji pada pasien tertentu, diamati efikasi pada penyakit yang
diobati. Yang diharapkan dari obat adalah mempunyai efek yang potensial dengan efek
samping rendah atau tidak toksik. Pada fase ini mulai dilakukan pengembangan dan uji
stabilitas bentuk sediaan obat.
3. Fase III melibatkan kelompok besar pasien, di sini obat baru dibandingkan efek dan
keamanannya terhadap obat pembanding yang sudah diketahui.
4. Fase IV, setelah obat dipasarkan masih dilakukan studi pasca pemasaran (post
marketing surveillance) yang diamati pada pasien dengan berbagai kondisi, berbagai usia
dan ras, studi ini dilakukan dalam jangka waktu lama untuk melihat nilai terapeutik dan
pengalaman jangka panjang dalam menggunakan obat.

5. Jelaskan beberapa keunggulan yang diperoleh dalam menghadapi tantangan kimia

komputasi di masa depan
Jawaban:
Kimia komputasi dapat membantu dalam bidang desain obat dan optimasi proses yang
baru atau proses yang sedang berjalan maupun optimasi produk. Kimia komputasi dapat
mereduksi biaya pengembangan, meningkatkan efisiensi energy, dan daya guna
lingkungan sehingga menaikan produksivitas dan keuntungan, walaupun kimia
komputasi dapat diterapkan pada bidang industry, tetapi masih punya keterbatasan . hal
ini disebabkan karena keterbatasan skala permasalahan industry yang dapat dimodelkan,
juga adanya kesulitan dalam validasi dan kesesuaian hasil pemodelan molekul.
Hambatan lain adalah menghasilkan perangkat lunak komersial yang dengan mudah
digunakan oleh masyarakat. Keterbatasan ini disebabkan karena kualisifikasi masyarakat
pengguna yang masih kurang, jumlah peminat ynag sedikit dan kurangnya publikasi
informasi dan pendidikan tentang keuntungan penggunaan kimia komputasi dalam
bidang yang digeluti masing-masing individu.
Permasalahan utama untuk pemanfaatan komputasia dalah keberadaan aplikasi kimia
komputasi yang memadai dan lengkap. Salah satu aplikasi kimia komputasi yang cukup
memadai untuk penemuan obat adalah molukular opration environment (MOE) yang
dikembangkan chemical computing group.
Pemanfaatn dalam bidang kimia komputasi melibatkan permaslahan pengembangan
arsitektur computer pararel, system perangkat lunak dan aplikasinya. Simulasi kuantum
sangan bermanfaat untuk simulasi molecular yang memerlukan akurasi yang tinggi.