JURNAL

PRAKTIKUM DESIGN DAN PENGEMBANGAN OBAT

“PEMODELAN FARMAKOFOR”

Ruth Michellee Pardede

260110150065
Kelas B 2015
Senin, 10.00-13.00

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS PADJADJARAN
2018
I. Tujuan

Membuat dan menentukan farmakofor dari suatu kompleks ligand-

protein yang terdapat di Protein Data Bank http://www.rcsb.org/ , dengan
meggunakan software premium LigandScouth.

II. Prinsip

1. Farmakofor

Posisi geometrik berbentuk tiga dimensi dari gugus-gugus yang

terdapat di dalam suatu ligan dan membentuk pola yang unik.
Bertanggung jawab terhadap proses pengikatan ligan dengan suatu
reseptor dan aktivasi reseptor. (Thomas, 2007).

2. Ligand

Suatu molekul yang terikat langsung pada pusat dan bertindak

sebagai donor elektron (Cotton and Wilkinson, 1989).

3. High Throughput Screening

Merupakan salah satu metode penemuan obat baru yang terdiri dari
beberapa tahapan antara lain identifikasi target, persiapan reagen,
manajemen senyawa, pengembangan metode (Szymański, 2012).

III. Reaksi

IV. Teori Dasar

 Farmakofor tidak menjelaskan tentang molekul yang asli atau gu-
gus fungsi, tapi hanya berupa konsep abstrak tentang interaksi antara
molekul. Dengan farmakofor dapat melihat donor atau aseptor ikatan
hidrogen, gugus dengan muatan negatif atau positif dan daerah-daerah
hidrofobik. Oleh karena itu, farmakofor dapat digunakan untuk menen-
tukan target-target biologi dari molekul kecil hingga molekul komplemen
(Leach, 2010).

Uji in silico adalah percobaan dengan menggunakan media kom-

puter. Dengan uji in silico dapat memprediksikan interaksi antara gugus
farmakofor dengan reseptor sehingga dapat memprediksikan hasil ran-
cangan. Aktivitas ditunjukan dengan adanya hasil energi ikatan senyawa
dengan reseptor. Semakin kecil nilai energi ikatan bebas, maka semakin
menunjukkan kestabilan dari ikatan dan besarnya aktivitas (Hinchliffe,
2008).

Terdapat 2 pendekatan pada tahapan CADD (Computer Aidede

Drug Design) yaitu Structure Base Drug Design dan Ligand Base Drug
Design. Ligand Based Drug diperuntukkan apabila reseptor yang ingin
digunakan belum diketahui. Akan diketahui kesesuaian antara calon obat
dengan ligand yang sudah diketahui bekerja pada reseptor tertentu. Biasa
digunakan untuk mengamati interaksi calon obat dengan reseptor
(Aparoy, 2012).

Dengan adanya tahapan komputasi, dapat mencapai konformasi

antara protein dan ligan serta orientasi relatif dari protein dan ligan. Se-
lain itu proses komputasi ini membantu dalam mencari ligan yang cocok
baik secara geometris ataupun energi ke situs pengikatan protein. Pe-
nambatan molekul membantu mempelajari obat atau ligan atau interaksi
respetor atau protein (Mukesh, 2011).


V. Alat dan Bahan

1. Alat
1. Laptop

2. Bahan
1. Protein Data Bank
2. LigandScoutch

VI. Data Pengamatan

No Prosedur Hasil

1 Ketik kode pdb protein yang akan

diunduh pada kotak di area atas
sebelah kanan kemudian tekan
Download
2 Klik pada kotak berwarna kuning
yang berada dalam protein
3 Periksa ikatan molekul ligand
dengan cara klik ikatan pada
tampilan 2D dan 3D. Perbaiki
dengan klik tombol retype bond
atau tombol [1], [2], [3]/
4 Apabila ligand sudah benar tekan
tombol [Ctrl + F9] untuk
membuat farmakofor
 5 Tentukan gugus yang bertindak
sebagai donor ikatan hidrogen,
akseptor ikatan hidrogen dan
interaksi hidrofobik.

VII. Kesimpulan
 DAFTAR PUSTAKA

Aparoy, P., et al. 2012. Structure and Ligand Based Drug Design Strategies in the
Development of Novel 5-LOC Inhibitors. Curr. Med Chem 19 (22) : pp.
3763-3778.

Cotton, A., Geoffrey Wilkinson, 1989. Kimia Anorganik Dasar. Cetakan Pertama.
Jakarta : UI Press.

Dror, O., et al. 2009. Novel Approach for Efficient Pharmacophoe-Based Virtual
Screening : Method and Application. Journal Chem Inf Model 49 (10) : pp.
2333-2343.

Hinchliffe, A. 2008. A Molecular Modelling for Beginners 2nd Ed. United King-
dom : John Willey & Sons Ltd.

Leach, A.R., et al. 2010. Three-Dimensional Pharmacophore Methods in Drug

Discovery. Journal Med. Chem. 53 (2) pp. 539-558.

Mukesh. B., Rakesh, K. 2011. Molecular Docking. International Journal of Re-

search in Ayurveda and Pharmacy, 6: 1746-1751.

Szymański, P., Markowicz, M., Mikiciuk-Olasik, E. 2012. Adaptation of High-

Throughput Screening in Drug Discovery-Toxicological Screening Test. In-
ternational Journal of Molecular Sciences.