MUH.

HARISMAN
RETNOYANTI BAHRUN
REGITA HANDAYANI DJAMALU
RATU TASHA HENANZA PUTRI
MUH. FALDRIANSYAH.
1. Structure-Based Drug Design
2. Identifikasi Series baru dari
Inhibitor STAT3 menggunakan
Virtual Screening
3. Molecular Docking Senyawa
Golongan Flavonol sebagai
Antibakteri.
 SBDD saat ini metode memungkinkan untuk desain ligan yang
berisi fitur yang diperlukan untuk modulasi efisien reseptor
target [12,13]. Modulasi selektif target obat yang divalidasi
oleh ligan afinitas tinggi Molekul 2015, 20 13386
mengganggu proses seluler tertentu, akhirnya mengarah ke
farmakologis dan efek terapi [14]. SBDD adalah proses siklik
yang terdiri dari akuisisi pengetahuan bertahap (Gambar 1).
Mulai dari a struktur target yang dikenal, dalam studi silico
dilakukan untuk mengidentifikasi ligan potensial. Molekul ini
prosedur pemodelan diikuti oleh sintesis senyawa yang paling
menjanjikan [15]. Lanjut, evaluasi sifat biologis, seperti potensi,
afinitas, dan kemanjuran, dilakukan dengan menggunakan
beragam platform eksperimental [16]. Asalkan senyawa aktif
diidentifikasi, tiga dimensi struktur kompleks reseptor-ligan
dapat dipecahkan.

Memahami prinsip-prinsip dimana ligan molekul

kecil mengenali dan berinteraksi dengan
makromolekul sangat penting dalam penelitian dan
pengembangan farmasi
 SBDD mengacu pada penggunaan sistematis data
struktural (mis., Target makromolekul, juga disebut
reseptor), yang biasanya diperoleh secara
eksperimental atau melalui pemodelan homologi
komputasi

Tujuan
adalah untuk membuat ligan dengan atribut
elektrostatik dan stereokimia spesifik untuk mencapai
Atau SBDD
reseptor tinggi afinitas mengikat

Deskripsi struktural kompleks ligan-reseptor berguna

untuk penyelidikan konformasi mengikat, karakterisasi
interaksi antar molekul kunci, karakterisasi situs
pengikatan yang tidak diketahui, studi mekanistik dan
penjelasan perubahan konformasi yang diinduksi
ligan.
Gambar 1.1 Garis besar SBDD. Struktur tiga dimensi target molekul adalah dipekerjakan
dalam studi pemodelan molekuler. Senyawa yang menjanjikan disintesis dan kemudian
dievaluasi secara eksperimental. Mengingat bahwa molekul kecil bioaktif ditemukan,
strukturnya dari kompleks reseptor ligan dapat diperoleh. Kompleks pengikat digunakan
dalam molekul studi pemodelan dan senyawa novel dirancang.
 VS adalah penerapan metode in
silico untuk memilih senyawa yang menjanjikan
database kimia. Ini dapat dianggap sebagai
rekan komputasi biologis eksperimental metode
evaluasi, seperti penyaringan throughput tinggi Usually, VS
(HTS). Dalam penemuan obat, penggunaannya strategies fall into
two main types:
besar dan pustaka majemuk yang beragam (i) ligand- and (ii)
secara kimiawi untuk penyaringan komputasi structure-based
virtual screening
dan biologis adalah salah satu yang paling (LBVS and SBVS,
strategi luas. Ini telah merangsang penggunaan respectively)
VS sebagai metode yang cepat dan hemat
biaya evaluasi berbagai lainnya.
Identifikasi Series baru
dari Inhibitor STAT3
menggunakan Virtual
Screening (VS)

Gambar 1.2 Pendekatan SBVS dan LBVS. Basis data virtual majemuk dapat menjalani
prosedur penyaringan yang berbeda. Dalam pendekatan SBVS, struktur tiga dimensi dari
target molekuler digunakan untuk mengidentifikasi senyawa yang kompatibel dengan sifat –
sifat situs pengikat target. Dalam pemodelan farmakofor, koleksi senyawa digunakan untuk
menghasilkan pola struktural yang harus ada dalam senyawa aktif. Dalam studi LBVS,
deskriptor molekuler yang diketahui relevan untuk aktivitas biologis digunakan sebagai seleksi
kriteria untuk mengidentifikasi senyawa yang cocok untuk evaluasi eksperimental.
 Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk :
1. Penambatan molekul antara senyawa bioaktif flavonoid
golongan flavonol (kuersetin, kuersitrin, kaempferol dan rutin)
dengan target D-alanil D-alanin dekarboksipeptidase yang
dilakukan dengan bantuan aplikasi perangkat lunak dari
Molecular komputer (in silico) dengan ligan pembanding ligan alaminya
Docking yaitu klokasilin dan D-alanil D-alanin.

Senyawa
Software
Golongan Software yang digunakan pada penelitian ini adalah :
Flavonol 1. Browser Mozilla Firefox versi 45.0 untuk pencarian
online di Protein Data Bank (http://www.rcsb.org),
sebagai 2. Software yang digunakan untuk molecular docking
Antibakteri. secara virtual molekul digunakan software Autodock
vina versi 1.1.2
3. Software yang digunakan untuk preparasi dan
visualisasi ligan (senyawa golongan flavonol) adalah
MarvinSketch versi 14.0, YASARA).
Peningkatan penyakit yang disebabkan infeksi mikroorganisme patogen telah meningkat di

seluruh dunia dan menyebabkan peningkatan mortalitas terutama di negara berkembang.

Peningkatan penyakit infeksi ini salah satunya disebakan karena penggunaan antibiotik yang

tidak tepat sehingga menyebabkan meningkatnya resistensi mikroorganisme patogen tersebut

[1]. Salah satu upaya penemuan obat baru untuk mengobati infeksi yang disebabkan

mikroorganisme adalah dengan penapisan senyawa bioaktif yang berasal dari alam.

Flavonoid merupakan salah senyawa bioaktif alami yang memiliki berbagai khasiat dalam

pengobatan seperti sebagai antibakteri [2], antijamur, antivirus [3], antioksidan [4] [5],

antiinflamasi, antialergi, aktivitas sebagai cardiotonic [3] dan antitumor. Senyawa bioaktif

yang terdapat di flavonoid yang memiliki aktivitas sebagai antibakteri seperti (+) katekin,

rutin [6], kuersetin [3], kuersitrin , kaempferol, dan luteolin. Beberapa penelitian telah

dilakukan dan dilaporkan bahwa senyawa flavonoid diatas efektif untuk digunakan sebagai

antibakteri pada bakteri yang telah resisten

Dari tabel 1 diatas terlihat binding energy keempat senyawa flavonol lebih rendah dibandingkan
ligan alami (D-alanil D-alanin) dan hanya kuersetin dan rutin yang memiliki binding energy -8,7
dan -8,4 lebih kecil dari klokasilin (-8,1) yang merupakan antibiotika pembanding. Binding
energy hasil docking ligan-ligan diatas pada RMSD < 2 Amstrong. RMSD (Root Mean Square
Deviation) dari heavy atom senyawa hasil docking diterima jika kurang atau sama dengan 2
angstrom, RMSD merupakan perbandingan nilai sudut molekul ligan hasil docking dengan
dengan ligan awal [12]. Berikut gambar hasil docking keempat senyawa flavonol, D-alanil D-
alanin dan klokasilin.
Dari penelitian ini didapat bahwa binding energy keempat senyawa flavonol lebih rendah
dibandingkan ligan alami (D-alanil D-alanin) dan hanya kuersitrin dan rutin yang memiliki
binding energy -8,7 dan -8,4 lebih kecil dari klokasilin (-8,1) pada RMSD < 2 Amstrong
sehingga dapat ditarik kesimpulan bahwa senyawa kuersetin dan rutin lebih poten
dibandingkan D-alanil D-alanin yang merupakan ligan alami dan klokasilin, kedua senyawa
ini dapat digunakan sebagai obat antibakteri alternatif atau digunakan sebagai struktur
model dalam mendisain struktur antibiotika.