KIMIA MEDISINAL

PERANCANGAN OBAT BERBANTUAN KOMPUTASI

(COMPUTER AIDED DRUG DESIGN-CADD

Anggota Kelompok

Desinta lani P (20180305)

Dian Yuliana (201708036)
Endah Budi Arsih ( 201708038)
Erna Nurul W ( 201708039)
 KIMIA MEDISINAL
PERANCANGAN OBAT BERBANTUAN KOMPUTASI
(COMPUTER AIDED DRUG DESIGN-CADD
 Metode in vitro dan in vivo lazin
digunakan dalam proses penemuan obat

menawarkan metode in silico suatu metode yang

menggunakan kemampuan computer dalam
perancangan obat sebagai komplemen dari in vitro dan
in vivo
 Perancangan CAMD atau CADD atau in silico digunakan untuk

mempercepat menghindari
distribusi,
dan memper masalah
metabolisme, mengoptimal seleksi hit-to-
mudah keamanan
ekskresi, profil kan absorpsi lead
identifikasi hit efek samping
toksisitas,
obat
 Tujuan dari CADD adalah untuk
mengidentifikasi dan merancang molekul
kecil yang memiliki efek terapi klinik dan
efisien dan efektif.

. CADD merupakan kombinasi

terbaru model matematika dan
Molekul mekanik (MM) dan
simulasi menggunakan perangkat mekanika kuantum (QM).
lunak simulasi sebagai kesatuan
dalam system
 metode yang sering digunakan untuk menemukan senyawa
pemandu dalam CADD

penapisan acak
ligan-based drug
design (LBDD),
structur-based
drug design de novo design
blind
(SBDD)
design
 PENGGOLONGAN

1. Ligan Based Drug Design (LBDD)

2. Structure Based Drug Design (SBDD)
3. Fragmen Based Drug Design (FBDD)/de Novo
Drug Design
4. Dasar-dasar Pemodelan Farmakofor
5. Simulasi Penambatan Molekuler
6. Simulasi Dinamika Molekuler
7. Perancangan obat metode de novo
DASAR-DASAR PEMODELAN FARMAKOFOR

gabungan kerangka fitur sterik dan elektronik yang

diperlukan untuk memastikan interaksi supramolekul
optimal dengan struktu target biologis yang spesifik dan
memicu respons biologis
Perangkat lunak farmakofor

DISCO merupakan perangkat lunak farmakofor

pertama dan GASP dibuatkan untuk identifikasi
farmakofor

DISCO dan GASP telah dikembangkan oleh TRIPOS

untuk melengkapi metode 3D-QSAR yang disatukan
dalam perangkat lunak SYBYL

Teknik ini merupakan metode penemuan obat untuk menemukan fitur-fitur

penting yang muncul dalam mengikat reseptor target
Prinsip Dasar HipHop

HipHop didasarkan pada penyelarasan fitur-fitur kimia dari suatu kumpulan

molekul dan menghasilkan model-model farmakofor tanpa
mempertimbangkan aktivitas sebagai anput
Fungsi scoring fit diperoleh dari persamaan
Prinsip Dasar Algoritme Hypogen

Metode kedua dalam pemodelan farmakofor merupakan model kuantitatif yang

didasarkan pada training set yang memiliki data aktivitas secara kuantitatif

dengan rentang aktivitas biologis kelipatan 3-4xnya sehingga metode ini dapat

digunakan untuk memprediksi aktivitas.

Ada tiga fase dalam membangun model farmakofor metode Hypogen,

yaitu konstruksi, subtraktif, dan optimasi.
Training set

Turunan dalam suatu molekul yang aktivitas biologis dikenal dikumpulkan

dari berbagai refernsi sebagai training set. Informasi dari treaining set harus
jelas dan ringkas mengacu pada validitas literatur, karena jika training set
berisi informasi yang cukup, model yang dihasilkan mungkin tidak valid

Tahap awal dalam membuat traonig set, setiap anggota training set dibuat berdasarkan
struktur yang benar dari komponen yang berbeda seperti kovalen atom

Tahap kedua, anggota training set diseleksi dengan

kuat berdasrkan fitur kimia yang dihasilkan daro hiphop atau fase konstruktif

Tahap akhir adalah mempersiapkan molekuler alignment daei

subtraining set.
SIMULASI DINAMIKA MOLEKULER

Dinamika molekul adalah salah satu teknik simulasi

komputer yangmengamati pergerakan molekul-
molekul yang saling berinteraksi

Dinamika molekuler adalah metode untuk

menyelidiki struktur dari zat padat, cair dan
gas. Metode ini didasarkan dengan hukun
Newton dan hukum mekanika klasik.
Keunggulan dari simulasi dinamika molekul
ini adalah sifatnya yang determinastik
Langkah-langkah Simulasi Dinamika Molekul