3/21/2020

KIMIA MEDISINAL
DESAIN OBAT BERBASIS KOMPUTASI
TAUFIK MUHAMMAD FAKIH, S.FARM., APT., M.S.FARM

TUJUAN DESAIN OBAT BERBASIS KOMPUTASI

1. Seleksi senyawa dari database yang diprediksi aktif yang dapat diuji secara eksperimental
2. Optimasi senyawa pemandu (meningkatkan aktivitas, menurunkan toksisitas, optimasi ADME)
3. Desain senyawa baru
 3/21/2020

1. GEOMETRI MOLEKUL

1. Konformasi
2. Energi
3. Mekanisme reaksi
4. Reaktifitas secara kimia

2. PREDIKSI PARAMETER FISIKOKIMIA DAN SPEKTROSKOPI

 3/21/2020

3. PREDIKSI INTERAKSI LIGAN DAN PROTEIN

4. Prediksi Kinetika Molekul

5. Desain Senyawa Obat Baru
6. Prediksi Toksisitas
 3/21/2020

DESAIN OBAT BERBASIS KOMPUTASI

DESAIN OBAT BERBASIS KOMPUTASI (2)

 3/21/2020

DESAIN OBAT BERBASIS STRUKTUR

 Harus terdapat informasi mengenai struktur 3D protein target untuk menghitung energi interaksi
1. Protein Data Bank (PDB)
2. Cambridge Crystallographic Data Center (CCDC)
 Tujuan utama : untuk mendesain senyawa yang memiliki ikatan yang kuat dengan target
 Parameter keberhasilan : senyawa yang didesain teruji secara in vitro dan in vivo, serta lokasi pengikatannya
telah dikonfirmasi melalui struktur kristal

DESAIN OBAT BERBASIS STRUKTUR (2)

 3/21/2020

SIMULASI BERBASIS STRUKTUR DALAM CADD

1. Virtual Screening
2. Molecular Docking

PREPARASI STRUKTUR PROTEIN TARGET

1. Struktur protein target ditentukan secara eksperimental melalui X-Ray kristalografi atau teknik NMR
2. Informasi struktur protein yang disimpan dalam PDB atau CCDC
3. Informasi struktur 3D protein target berdasarkan pada metode komparasi atau deteksi sisi pengikatan
 3/21/2020

PREDIKSI STRUKTUR PROTEIN TARGET DENGAN METODE

KOMPARASI

STUDI PENAMBATAN MOLEKULER

CAIX (PDB ID : 5FL6) Porphyrin Derivatives

 3/21/2020

VIRTUAL SCREENING

1. Sering disebut juga in silico screening

2. Dasar dari virtual screening adalah desain obat berbasis struktur dan pemodelan molekul
3. Tujuan utama dari virtual screening adalah mereduksi sejumlah besasr senyawa kimia untuk dilihat interaksinya
terhadap protein target tertentu sehingga bisa memperoleh senyawa pemandu.

VIRTUAL SCREENING (2)

 3/21/2020

TERIMA KASIH