Desain obat yang dibantu komputer menggunakan pendekatan komputasi untuk

menemukan, mengembangkan, dan menganalisis obat-obatan serta molekul-molekul

aktif biologis serupa. Pendekatan penemuan obat berbantuan komputer berbasis
ligan (LB-CADD) melibatkan analisis ligan yang diketahui berinteraksi dengan
target yang diinginkan. Metode ini menggunakan seperangkat struktur referensi
yang dikumpulkan dari senyawa yang diketahui berinteraksi dengan target yang
diinginkan dan menganalisis struktur 2D atau 3D mereka. Tujuan dasar dari
metode ini adalah untuk memprediksi sifat dan kekuatan pengikatan molekul
yang diberikan target. Metode kimia kuantum initio Ab, atau teori fungsional
kerapatan, sering digunakan untuk memberikan parameter yang dioptimalkan
untuk perhitungan mekanika molekuler untuk memprediksi konformasi molekul
kecil dan untuk memodelkan perubahan konformasi dalam target biologis yang
mungkin terjadi ketika molekul kecil berikatan dengannya. . Data juga
memberikan perkiraan sifat elektronik (potensi elektrostatik, polarizability,
dll) dari kandidat obat yang akan mempengaruhi afinitas pengikatan [118].
Metode CADD dapat meningkatkan probabilitas mengenali senyawa dengan
karakteristik yang diinginkan, mempercepat pengembangan hit-to-lead, dan
memperluas kemungkinan mendapatkan senyawa di atas banyak rintangan pengujian
praklinis

Tinjauan terhadap desain obat berbantuan komputer ini memiliki penekanan

historis, dengan fokus pada asal-usul konsep dan interpretasi baru dari
interaksi yang mendasari pengenalan molekuler dalam sistem biologis. Asumsi
yang terlalu menyederhanakan secara bertahap dieliminasi sebagai akses ke
perangkat keras komputasi menjadi kurang ketat, dan apresiasi yang lebih
dalam dari dinamika interaksi molekuler telah dipaksa oleh data eksperimen.
Ini adalah pandangan penulis bahwa pemodelan molekul telah menjadi cukup kuat
untuk menjadi alat standar dalam biologi molekuler. Tetapi seperti semua
alat, kecuali pengguna memiliki apresiasi yang mendalam terhadap utilitas dan
keterbatasan mereka, pelanggaran akan terus menjadi hal yang biasa. Desain
obat yang dibantu komputer (CADD) terus menawarkan banyak janji untuk masa
depan. Upaya untuk mengasimilasi dan menambang banyak informasi biokimia dan
struktural sangat penting untuk memperoleh hubungan struktur-aktivitas.
Menggabungkan informasi struktural tiga dimensi dengan informasi biokimia
telah menyebabkan kemajuan penting, termasuk pendekatan aktif-analog dan
hubungan tiga dimensi struktur-aktivitas kuantitatif (3D-QSAR). Dari teknik
ini, informasi berharga mengenai situs pengikatan dapat disimpulkan tanpa
secara eksplisit mengetahui struktur situs. Ini sangat berguna untuk protein
membran, seperti reseptor G protein-coupled (GPCRs), yang masih sulit
dikristalkan. Kemajuan dalam fungsi energi mekanika docking dan molekul telah
menyebabkan peningkatan prediksi struktur protein, membantu memodelkan target
farmasi. Meskipun docking sulit dilakukan, metode docking saat ini dapat
menghasilkan hasil yang dianggap sangat akurat dalam beberapa kasus.
Peptidomimetic scaffolds yang diturunkan untuk desain obat memiliki potensi
besar dalam rekayasa protein. Perancah yang sangat terbatas ini mengurangi
entropi dalam sistem, yang mengarah ke molekul yang lebih kecil yang mengikat
lebih erat ke targetnya. CADD telah memainkan peran penting dalam kimia
kombinatorial dan juga skrining throughput yang tinggi. Memanfaatkan
teknologi komputer sangat penting, mengingat sejumlah besar informasi yang
timbul dari teknik ini dikombinasikan dengan sekuensing genom. Di masa depan,
komputer akan membantu upaya desain obat tidak hanya dalam memprediksi mode
pengikatan molekul kecil dan afinitas pengikatannya, tetapi juga bagaimana
obat akan diserap dan dimetabolisme di dalam tubuh serta potensi
toksisitasnya. Mungkin, yang lebih penting lagi, wawasan dan teknik yang
dikembangkan dalam pemodelan dan simulasi interaksi obat / reseptor akan
memberikan landasan bagi kemajuan dalam rekayasa protein dan nanoteknologi.